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- EMDB-39507: African swine fever virus RNA Polymerase core -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39507
タイトルAfrican swine fever virus RNA Polymerase core
マップデータ
試料
  • 複合体: African swine fever virus RNA polymerase complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
    • タンパク質・ペプチド: C147L
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase RPB3-11 homolog
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase RPB5 homolog
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase RPB10 homolog
    • タンパク質・ペプチド: C122R
    • タンパク質・ペプチド: D339L
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
キーワードASFV / RNA polymerase / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral transcription / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / virion component / : / : / : ...viral transcription / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / virion component / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / host cell cytoplasm / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. ...RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
C122R / DNA-directed RNA polymerase RPB5 homolog / DNA-directed RNA polymerase RPB10 homolog / C147L / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase RPB3-11 homolog / D339L / DNA-directed RNA polymerase subunit
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Feng XY
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Transcription regulation of African swine fever virus: dual role of M1249L.
著者: Dongming Zhao / Nan Wang / Xiaoying Feng / Zhenjiang Zhang / Kongen Xu / Tao Zheng / Yunge Yang / Xuemei Li / Xianjin Ou / Rui Zhao / Zihe Rao / Zhigao Bu / Yutao Chen / Xiangxi Wang /
要旨: African swine fever virus (ASFV), which poses significant risks to the global economy, encodes a unique host-independent transcription system. This system comprises an eight-subunit RNA polymerase ...African swine fever virus (ASFV), which poses significant risks to the global economy, encodes a unique host-independent transcription system. This system comprises an eight-subunit RNA polymerase (vRNAP), temporally expressed transcription factors and transcript associated proteins, facilitating cross-species transmission via intermediate host. The protein composition of the virion and the presence of transcription factors in virus genome suggest existence of distinct transcription systems during viral infection. However, the precise mechanisms of transcription regulation remain elusive. Through analyses of dynamic transcriptome, vRNAP-associated components and cell-based assay, the critical role of M1249L in viral transcription regulation has been highlighted. Atomic-resolution structures of vRNAP-M1249L supercomplex, exhibiting a variety of conformations, have uncovered the dual functions of M1249L. During early transcription, M1249L could serve as multiple temporary transcription factors with C-terminal domain acting as a switcher for activation/inactivation, while during late transcription it aids in the packaging of the transcription machinery. The structural and functional characteristics of M1249L underscore its vital roles in ASFV transcription, packaging, and capsid assembly, presenting novel opportunities for therapeutic intervention.
履歴
登録2024年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39507.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39507.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 360 pix.
= 290.88 Å		0.81 Å/pix.
x 360 pix.
= 290.88 Å		0.81 Å/pix.
x 360 pix.
= 290.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.808 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.488
最小 - 最大-1.9464704 - 3.260301
平均 (標準偏差)0.00035016303 (±0.09544788)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 290.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39507_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_39507_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : African swine fever virus RNA polymerase complex

全体名称: African swine fever virus RNA polymerase complex
要素
  • 複合体: African swine fever virus RNA polymerase complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
    • タンパク質・ペプチド: C147L
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase RPB3-11 homolog
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase RPB5 homolog
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase RPB10 homolog
    • タンパク質・ペプチド: C122R
    • タンパク質・ペプチド: D339L
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: African swine fever virus RNA polymerase complex

超分子名称: African swine fever virus RNA polymerase complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
分子量理論値: 163.933938 KDa
配列文字列: MEAGYAEIAA VQFNIAGDND HKRQGVMEVT ISNLFEGTLP AEGGIYDARM GTTDHHYKCI TCSHQRKQCM GHPGILQMHA PVLQPLFIA EIRRWLRVIC LNCGAPIVDL KRYEHLIRPK RLIEAASSQT EGKQCYVCKA VHPKIVKDSE DYFTFWADQQ G KIDKLYPQ ...文字列:
MEAGYAEIAA VQFNIAGDND HKRQGVMEVT ISNLFEGTLP AEGGIYDARM GTTDHHYKCI TCSHQRKQCM GHPGILQMHA PVLQPLFIA EIRRWLRVIC LNCGAPIVDL KRYEHLIRPK RLIEAASSQT EGKQCYVCKA VHPKIVKDSE DYFTFWADQQ G KIDKLYPQ IIREIFSRVT YDTVVKLGRS KNSHPEKLVL KAIQIPPISI RPGIRLGIGS GPQSFHDINN VIQYLVRKNL LI PKDLQIV RGQKIPLNID RNLQTIQQLY YNFLLDSVST TATQGGTGKR GIVMGARPAP SIMRRLPRKE GRIRKSLLGS QVW SISRST ICGNSDLHLD EVGYPISFAR TLQVAETVQH YNINRLMPYF LNGKRQYPGC SRVYKQITQS VHDIEGLKQD FRLE VGDIL YRDVVTGDVA FFNRQPSLER SSIGVHRIVV LENPKISTFQ MNVSACAWYN ADFDGDQMNL WVPWSVMSRV EAELL CSVR NWFISTKSSG PVNGQVQDST VGSFLLTRTN TPMGKNVMNK LHAMGLFQTT QTDPPCFANY SPTDLLDGKS VVSMLL RQT PINYQRAPTW YSEVYAPYMH YNKQDISTQI RNGELIEGVL DKKAVGAGSS GGIYHLISRR YGPQQALKMI FATQQLA LN YVRNAGFTVS TADMLLTPEA HQEVQEIINE LLLESEEINN RLLHGDIMPP IGLTTHDFYE KLQLNALKFP DRILKPIM N SINPETNGLF QMVATGAKGS NPNMIHIMAG IGQIEINTQR IQPQFSFGRT LVYYPRFALE AQAYGFICNS YIAGLTSPE FIFGEMNGRF DLINKALSTS STGYANRKAI FGLQSCIVDY YRRVSIDTRL VQQLYGEDGL DARQLETVRF ETIMLSDQEL EDKFKYTGI QSPLFEEEFS RLKKDRDKYR QIFLNVENFN FSQLLTDVRQ VPVNVASIVK NILLSSTSGV LPFDEKSILQ K YAMVKTFC KNLPYVFINN IQERLQTPIP VYLKRAASLM RMLIRIELAT VKTLNITCEQ MSAILDLIRL QYTQSLINYG EA VGILAAQ SVSEPLTQYM LDSHHRSVAG GTNKSGIVRP QEIFSAKPVE AEQSSEMLLR LKNPEVETNK TYAQEIANSI ELI TFERLI LQWHLLYETY SSTKKNVMYP DFASDVEWMT DFLENHPLLQ PPEDIANWCI RLELNKTTMI LKSISLESII NSLR AKHPN TYIMHSVENT ASGIPIIIRI YLRESAFRRS TNTRMATDEK IAVNVVDKLL NSTIRGIPGI KNANVVKLMR HRVDA QGKL VRLDNIYAIK TNGTNIFGAM LDDNIDPYTI VSSSIGDTME LYGIEAARQK IISEIRTVMG DKGPNHRHLL MYADLM TRT GQVTSLEKAG LNAREPSNVL LRMALSSPVQ VLTDAAVDSA VNPIYGIAAP TLMGSVPRIG TMYSDIIMDE KYITENY KS VDSLIDML

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #2: C147L

分子名称: C147L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
分子量理論値: 16.670795 KDa
配列文字列:
MADNDNEDLI MDDLVEEYVE TEEENLVDSE EESEDKDEIV ESPSICEGFV QASSQTLVII PDNERITSNV LTTFEATRLV AVRAQQLAI NGSTMLKKKY SSPIDIAKQE LFNRKIPLLV MRCIKVTPEG QKIVEIWNPR EMGIPLLD

UniProtKB: C147L

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
分子量理論値: 140.056453 KDa
配列文字列: MEPLRPQITY GPIETVDNEE LTEADMLSFI SAAVNSTGLI GYNIKSFDDL MDNGIPQIVK QMFNVDITYK DQRDHTEIDK LRESVQIQF NFTDVNIERP QHRNYSQGNK INLLPNKARL CGLSYSGPVN LAAEVILTAH YSNGRQEVKR ASIPPFQVST F PIMRGSNR ...文字列:
MEPLRPQITY GPIETVDNEE LTEADMLSFI SAAVNSTGLI GYNIKSFDDL MDNGIPQIVK QMFNVDITYK DQRDHTEIDK LRESVQIQF NFTDVNIERP QHRNYSQGNK INLLPNKARL CGLSYSGPVN LAAEVILTAH YSNGRQEVKR ASIPPFQVST F PIMRGSNR CHTHHLSKTA KKEIGEDPNE PGGYFIARGG EWVVDLLENI RFNTLHIHYH TMQQGNNEII RGEFISQPGG AF ENSSQII IRYMTTGAIT IEINSTKFSK LRIPWYLIFR MFGMTGDDSI IEQVVFDLES NSLVNTFMIE ILEKSIHVLD PIF QPVQHE LNREKIIQFL SEKVSKFVSN PSAYKSDENA VQYLNERQLT ILDKILLPHM GQTADTRVRK LRFLGLLIHK ILLV IMNVF PPTDRDSYRT KRVHGSGVSL AKAFKAIFNT SVIAPIINGF KELLKQTAFE ELTQRNIIEA FSAALSKNTA SDLNR SMEQ SIISGNKTIM VRQRPIVNRV STQSLERKNL LNTISALRTV NTHNTTNASK QTERADMMRR VHASYPGYIC VAQSAD TGE KVGMSKQLAI TANVCTAGEV LSLKQRLLSD PAIQQLADVS NKDIVRKGLA RVFINGEWIG CCTNAFELAQ RYRMLRR EG KVVHPHTTIY WDSMVDEVEF WLDVGRLTRP LLIVDNNIEK YNQACYKAAE ARKKGDKDWE KHKIPFIQNT RFTPQMAK D ILAGTLTLED LVAQGICEFI TPEEAENCLV AFSIIELRKH KHDVTRRFTH VDVPQAILGL AALVSPYANC TQPARVTYE TNQGRQTGGW YCFSWPYRVD MNRFFQFYNE MPLVKTIAHN YVIPNGLNTI VAYMIYGGYN QEDSVIVSQS FIDRGGFAGT FYREEKVEL ESDIESFGKP DPLITKNLKP GANYEKLVDG FVPVGTVVKK GDIIIGKVAK IRGEKDELNK YIDRSVMYGF D EPAVVDAV MRPHGPNDEI FGLMRLRYER NLNIGDKMSS RSGNKGIAAL ALPTSDMPFT EDGLQPDLIV NPHSHPSRMT NG QMIETTV GLANALQGVV TDGTAFLPIN VQLLSERLAQ EGLRFNGCQK MFNGQTGEYF DAAIFIGPTY HQRLQKFVLD DRY AVASYG PTDALTGQPL DGKRSHGGLR LGEMEHWVLT AQGAMQTIIE KSHDDSDGCI SYICRNCGEP AIYNASHPIY KCMN CDVQA DIGMVDSRRS SIVFQHEMRA ANVNITSVLS PRVFQPA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase RPB3-11 homolog

分子名称: DNA-directed RNA polymerase RPB3-11 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
分子量理論値: 41.418137 KDa
配列文字列: MEKIFQNVEI KPFLIDFSNL FIKNAAKKLF QLEEQLPLVP VNVVMDFKGI SRAAVHGLSR VLQDEIPNYM LDIKPGGYKI EDSTDLFMT EQFIRNRINF IPIYAKNETL VFALRSLNNS CEVKTIYSRD LIQVAGPKLK YPIFNPTFEI GFLQPGKSLI I EDIYIKKG ...文字列:
MEKIFQNVEI KPFLIDFSNL FIKNAAKKLF QLEEQLPLVP VNVVMDFKGI SRAAVHGLSR VLQDEIPNYM LDIKPGGYKI EDSTDLFMT EQFIRNRINF IPIYAKNETL VFALRSLNNS CEVKTIYSRD LIQVAGPKLK YPIFNPTFEI GFLQPGKSLI I EDIYIKKG IGRKHAAFNL AVKTHFSHLD IEQYPTDKKE YMALSGYKQS SMTSDPRHHR LGLCFPAVPL PHINQAVRTY LK NACRIII GRIQSIQKIY ENFEEPQPEL VLFSMDEEKT KAIITIKDET HTIGNLLKTY IYEMIPDISF VGYQCVPHKQ EMV LTIIHK ASQEDLITLL EKSIQNIIQT FQILEKNVDE LIA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase RPB3-11 homolog

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase RPB5 homolog

分子名称: DNA-directed RNA polymerase RPB5 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
分子量理論値: 23.693711 KDa
配列文字列: MAMQKLFTYI YEFIEYRKMV LLEEKVPYDK FVQMVLNTGF FRINAETLNH GIVSVFIFGA NGKYVHHGGD MRTLLTNTLN EKKHYEELI LIVDKPVLSK KNILDIIVEQ RAANPTIVIN IYPYHLFCIN IPKVSAIPKH KLITQEEAQE FLGREYLQPQ D LMQISASD ...文字列:
MAMQKLFTYI YEFIEYRKMV LLEEKVPYDK FVQMVLNTGF FRINAETLNH GIVSVFIFGA NGKYVHHGGD MRTLLTNTLN EKKHYEELI LIVDKPVLSK KNILDIIVEQ RAANPTIVIN IYPYHLFCIN IPKVSAIPKH KLITQEEAQE FLGREYLQPQ D LMQISASD PPVVWLGGRP GDFVQIERPS ETAMHAVVIR FITKSKI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase RPB5 homolog

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase RPB10 homolog

分子名称: DNA-directed RNA polymerase RPB10 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
分子量理論値: 9.04079 KDa
配列文字列:
MLIPVVCFTC GFPIGTYAAI FDKARTEYIK TKMGGTLPQN IPLDASLQIE LKDLITALGI PMRVCCRTHL ITTLDYRKYY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase RPB10 homolog

+
分子 #7: C122R

分子名称: C122R / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
分子量理論値: 11.831861 KDa
配列文字列:
MKICKACSSC MVRTYVDGNI IFRCSCGESV QGDSQNLLVS SKVYHTGEME DKYKIFIKNA PFDPTNCQIK KDCPNCHLDY LTQICIGSQ KIIILVCRCG YMSNRG

UniProtKB: C122R

+
分子 #8: D339L

分子名称: D339L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
分子量理論値: 38.798594 KDa
配列文字列: MIDQKIFETT LNIDDPTNFC TNVEAHLLKE LENIYVGKCF KNSFILNITG VIQRSPCFIM RTNNSGRGYM HVRFSAVVSY LNAFDLIAA VKIIKNDSNI ILGESLLTEP VTIVIPSSES QNNVAEVGQI VPVQLANSSV YYIPGRQQAS ATGSIFIPKH T FSVYHVQE ...文字列:
MIDQKIFETT LNIDDPTNFC TNVEAHLLKE LENIYVGKCF KNSFILNITG VIQRSPCFIM RTNNSGRGYM HVRFSAVVSY LNAFDLIAA VKIIKNDSNI ILGESLLTEP VTIVIPSSES QNNVAEVGQI VPVQLANSSV YYIPGRQQAS ATGSIFIPKH T FSVYHVQE ELTQEQALNL TKLVNIIEML LESRSKKDFK QICFFEKLYY TYSISSDEIL DLKIWKGPKG KEMSRLKPCN VL SFLYDAL KNKNSSLGFW ARPPNLLKSS PLAYQQDQNS FNATELPIIC SAEVMFVTLL KEIINYLQFI NDLCDTFNNE QLI KRHENI WMLIEQRKIG HDF

UniProtKB: D339L

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 1.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 354548
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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