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- EMDB-39112: SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex (consensus-pore, C3 symmetry) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39112
タイトルSARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex (consensus-pore, C3 symmetry)
マップデータlocal resolution map
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 nsp3-4 pore complex
    • タンパク質・ペプチド: Papain-like protease nsp3
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 4
キーワードDouble membrane vesicle / pore complex / nsp3 / nsp4 / RNA transport / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / double membrane vesicle viral factory outer membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / SARS coronavirus main proteinase / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / lipid binding / DNA-templated transcription / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Huang YX / Zhong LJ / Zhang WX / Ni T
資金援助 香港, 1件
OrganizationGrant number国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC) 香港
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Molecular architecture of coronavirus double-membrane vesicle pore complex.
著者: Yixin Huang / Tongyun Wang / Lijie Zhong / Wenxin Zhang / Yu Zhang / Xiulian Yu / Shuofeng Yuan / Tao Ni /
要旨: Coronaviruses remodel the intracellular host membranes during replication, forming double-membrane vesicles (DMVs) to accommodate viral RNA synthesis and modifications. SARS-CoV-2 non-structural ...Coronaviruses remodel the intracellular host membranes during replication, forming double-membrane vesicles (DMVs) to accommodate viral RNA synthesis and modifications. SARS-CoV-2 non-structural protein 3 (nsp3) and nsp4 are the minimal viral components required to induce DMV formation and to form a double-membrane-spanning pore, essential for the transport of newly synthesized viral RNAs. The mechanism of DMV pore complex formation remains unknown. Here we describe the molecular architecture of the SARS-CoV-2 nsp3-nsp4 pore complex, as resolved by cryogenic electron tomography and subtomogram averaging in isolated DMVs. The structures uncover an unexpected stoichiometry and topology of the nsp3-nsp4 pore complex comprising 12 copies each of nsp3 and nsp4, organized in 4 concentric stacking hexamer rings, mimicking a miniature nuclear pore complex. The transmembrane domains are interdigitated to create a high local curvature at the double-membrane junction, coupling double-membrane reorganization with pore formation. The ectodomains form extensive contacts in a pseudo-12-fold symmetry, belting the pore complex from the intermembrane space. A central positively charged ring of arginine residues coordinates the putative RNA translocation, essential for virus replication. Our work establishes a framework for understanding DMV pore formation and RNA translocation, providing a structural basis for the development of new antiviral strategies to combat coronavirus infection.
履歴
登録2024年2月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39112.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈local resolution map
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.57 Å/pix.
x 288 pix.
= 452.448 Å		1.57 Å/pix.
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= 452.448 Å		1.57 Å/pix.
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= 452.448 Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.571 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-3.1267447 - 4.074438
平均 (標準偏差)0.0000015528066 (±0.10505123)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 452.448 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_39112_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39112_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39112_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 nsp3-4 pore complex

全体名称: SARS-CoV-2 nsp3-4 pore complex
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 nsp3-4 pore complex
    • タンパク質・ペプチド: Papain-like protease nsp3
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 4

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超分子 #1: SARS-CoV-2 nsp3-4 pore complex

超分子名称: SARS-CoV-2 nsp3-4 pore complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Papain-like protease nsp3

分子名称: Papain-like protease nsp3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 217.471188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: APTKVTFGDD TVIEVQGYKS VNITFELDER IDKVLNEKCS AYTVELGTEV NEFACVVADA VIKTLQPVSE LLTPLGIDLD EWSMATYYL FDESGEFKLA SHMYCSFYPP DEDEEEGDCE EEEFEPSTQY EYGTEDDYQG KPLEFGATSA ALQPEEEQEE D WLDDDSQQ ...文字列:
APTKVTFGDD TVIEVQGYKS VNITFELDER IDKVLNEKCS AYTVELGTEV NEFACVVADA VIKTLQPVSE LLTPLGIDLD EWSMATYYL FDESGEFKLA SHMYCSFYPP DEDEEEGDCE EEEFEPSTQY EYGTEDDYQG KPLEFGATSA ALQPEEEQEE D WLDDDSQQ TVGQQDGSED NQTTTIQTIV EVQPQLEMEL TPVVQTIEVN SFSGYLKLTD NVYIKNADIV EEAKKVKPTV VV NAANVYL KHGGGVAGAL NKATNNAMQV ESDDYIATNG PLKVGGSCVL SGHNLAKHCL HVVGPNVNKG EDIQLLKSAY ENF NQHEVL LAPLLSAGIF GADPIHSLRV CVDTVRTNVY LAVFDKNLYD KLVSSFLEMK SEKQVEQKIA EIPKEEVKPF ITES KPSVE QRKQDDKKIK ACVEEVTTTL EETKFLTENL LLYIDINGNL HPDSATLVSD IDITFLKKDA PYIVGDVVQE GVLTA VVIP TKKAGGTTEM LAKALRKVPT DNYITTYPGQ GLNGYTVEEA KTVLKKCKSA FYILPSIISN EKQEILGTVS WNLREM LAH AEETRKLMPV CVETKAIVST IQRKYKGIKI QEGVVDYGAR FYFYTSKTTV ASLINTLNDL NETLVTMPLG YVTHGLN LE EAARYMRSLK VPATVSVSSP DAVTAYNGYL TSSSKTPEEH FIETISLAGS YKDWSYSGQS TQLGIEFLKR GDKSVYYT S NPTTFHLDGE VITFDNLKTL LSLREVRTIK VFTTVDNINL HTQVVDMSMT YGQQFGPTYL DGADVTKIKP HNSHEGKTF YVLPNDDTLR VEAFEYYHTT DPSFLGRYMS ALNHTKKWKY PQVNGLTSIK WADNNCYLAT ALLTLQQIEL KFNPPALQDA YYRARAGEA ANFCALILAY CNKTVGELGD VRETMSYLFQ HANLDSCKRV LNVVCKTCGQ QQTTLKGVEA VMYMGTLSYE Q FKKGVQIP CTCGKQATKY LVQQESPFVM MSAPPAQYEL KHGTFTCASE YTGNYQCGHY KHITSKETLY CIDGALLTKS SE YKGPITD VFYKENSYTT TIKPVTYKLD GVVCTEIDPK LDNYYKKDNS YFTEQPIDLV PNQPYPNASF DNFKFVCDNI KFA DDLNQL TGYKKPASRE LKVTFFPDLN GDVVAIDYKH YTPSFKKGAK LLHKPIVWHV NNATNKATYK PNTWCIRCLW STKP VETSN SFDVLKSEDA QGMDNLACED LKPVSEEVVE NPTIQKDVLE CNVKTTEVVG DIILKPANNS LKITEEVGHT DLMAA YVDN SSLTIKKPNE LSRVLGLKTL ATHGLAAVNS VPWDTIANYA KPFLNKVVST TTNIVTRCLN RVCTNYMPYF FTLLLQ LCT FTRSTNSRIK ASMPTTIAKN TVKSVGKFCL EASFNYLKSP NFSKLINIII WFLLLSVCLG SLIYSTAALG VLMSNLG MP SYCTGYREGY LNSTNVTIAT YCTGSIPCSV CLSGLDSLDT YPSLETIQIT ISSFKWDLTA FGLVAEWFLA YILFTRFF Y VLGLAAIMQL FFSYFAVHFI SNSWLMWLII NLVQMAPISA MVRMYIFFAS FYYVWKSYVH VVDGCNSSTC MMCYKRNRA TRVECTTIVN GVRRSFYVYA NGGKGFCKLH NWNCVNCDTF CAGSTFISDE VARDLSLQFK RPINPTDQSS YIVDSVTVKN GSIHLYFDK AGQKTYERHS LSHFVNLDNL RANNTKGSLP INVIVFDGKS KCEESSAKSA SVYYSQLMCQ PILLLDQALV S DVGDSAEV AVKMFDAYVN TFSSTFNVPM EKLKTLVATA EAELAKNVSL DNVLSTFISA ARQGFVDSDV ETKDVVECLK LS HQSDIEV TGDSCNNYML TYNKVENMTP RDLGACIDCS ARHINAQVAK SHNIALIWNV KDFMSLSEQL RKQIRSAAKK NNL PFKLTC ATTRQVVNVV TTKIALKGG

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

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分子 #2: Non-structural protein 4

分子名称: Non-structural protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 56.229582 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KIVNNWLKQL IKVTLVFLFV AAIFYLITPV HVMSKHTDFS SEIIGYKAID GGVTRDIAST DTCFANKHAD FDTWFSQRGG SYTNDKACP LIAAVITREV GFVVPGLPGT ILRTTNGDFL HFLPRVFSAV GNICYTPSKL IEYTDFATSA CVLAAECTIF K DASGKPVP ...文字列:
KIVNNWLKQL IKVTLVFLFV AAIFYLITPV HVMSKHTDFS SEIIGYKAID GGVTRDIAST DTCFANKHAD FDTWFSQRGG SYTNDKACP LIAAVITREV GFVVPGLPGT ILRTTNGDFL HFLPRVFSAV GNICYTPSKL IEYTDFATSA CVLAAECTIF K DASGKPVP YCYDTNVLEG SVAYESLRPD TRYVLMDGSI IQFPNTYLEG SVRVVTTFDS EYCRHGTCER SEAGVCVSTS GR WVLNNDY YRSLPGVFCG VDAVNLLTNM FTPLIQPIGA LDISASIVAG GIVAIVVTCL AYYFMRFRRA FGEYSHVVAF NTL LFLMSF TVLCLTPVYS FLPGVYSVIY LYLTFYLTND VSFLAHIQWM VMFTPLVPFW ITIAYIICIS TKHFYWFFSN YLKR RVVFN GVSFSTFEEA ALCTFLLNKE MYLKLRSDVL LPLTQYNRYL ALYNKYKYFS GAMDTTSYRE AACCHLAKAL NDFSN SGSD VLYQPPQTSI TSAVLQ

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMTris-HClTris hydrochloride
1.0 mMEDTAEthylenediaminetetraacetic acid

詳細: 150mM NaCl, 10mM Tris-HCl, 1mM EDTA
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
詳細: The tilt-series were acquired using Thermofisher Krios equipped with a Falcon 4i camera and Selectris energy filter. A dose-symmetric scheme (group of 2) was used, with a tilt range of -51 ...詳細: The tilt-series were acquired using Thermofisher Krios equipped with a Falcon 4i camera and Selectris energy filter. A dose-symmetric scheme (group of 2) was used, with a tilt range of -51 degree to 51 degree (or -60 to 60) at 3 degree increments and an exposure dose of 3 e/A2 per image. The total dose was 105 or 123 e/A2.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Falcon 4i Selectris X energy filter
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. v4) / 使用したサブトモグラム数: 113163
抽出トモグラム数: 4746 / 使用した粒子像数: 598699 / 参照モデル: EMD-11514 / ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. v1.6.2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. v4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. v4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
ソフトウェア名称: UCSF Chimera (ver. 1.16)
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8yb7:
SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex (consensus-pore, C3 symmetry)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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