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- EMDB-39099: full length AP5 complex bound to SPG11-SPG15 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39099
タイトルfull length AP5 complex bound to SPG11-SPG15
マップデータ
試料
  • 複合体: full length AP5 complex bound to SPG11-SPG15
    • タンパク質・ペプチド: AP-5 complex subunit zeta-1
    • タンパク質・ペプチド: AP-5 complex subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: AP-5 complex subunit sigma-1
    • タンパク質・ペプチド: AP-5 complex subunit mu-1
    • タンパク質・ペプチド: Spatacsin
キーワードComplex / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


AP-5 adaptor complex / phagosome-lysosome fusion involved in apoptotic cell clearance / late endosome to Golgi transport / AP-type membrane coat adaptor complex / walking behavior / corticospinal tract morphogenesis / regulation of store-operated calcium entry / lysosomal protein catabolic process / localization within membrane / autophagosome organization ...AP-5 adaptor complex / phagosome-lysosome fusion involved in apoptotic cell clearance / late endosome to Golgi transport / AP-type membrane coat adaptor complex / walking behavior / corticospinal tract morphogenesis / regulation of store-operated calcium entry / lysosomal protein catabolic process / localization within membrane / autophagosome organization / vesicle transport along microtubule / axon extension / axo-dendritic transport / motor neuron apoptotic process / cholesterol efflux / endosomal transport / motor behavior / lysosome organization / neuromuscular junction development / synaptic vesicle transport / axon development / Golgi organization / autophagosome assembly / skeletal muscle fiber development / vesicle-mediated transport / axonogenesis / intracellular protein transport / protein catabolic process / double-strand break repair via homologous recombination / memory / autophagy / protein import into nucleus / late endosome membrane / late endosome / protein transport / cytoplasmic vesicle / gene expression / chemical synaptic transmission / lysosome / nuclear speck / axon / lysosomal membrane / synapse / dendrite / protein kinase binding / nucleolus / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AP-5 complex subunit zeta-1 / AP-5 complex subunit sigma-1 / AP-5 complex subunit beta-1 / AP-5 complex subunit mu-1 / : / : / : / : / : / AP-5 complex subunit, vesicle trafficking ...AP-5 complex subunit zeta-1 / AP-5 complex subunit sigma-1 / AP-5 complex subunit beta-1 / AP-5 complex subunit mu-1 / : / : / : / : / : / AP-5 complex subunit, vesicle trafficking / AP-5 complex subunit sigma-1 / AP-5 complex subunit beta-1, N-terminal / AP5B1, middle domain / AP-5 complex subunit beta-1, beta-barrel / AP5B1, C-terminal / Spatacsin / Spatacsin, C-terminal domain / Spatacsin C-terminus / Adaptor complexes medium subunit family / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-5 complex subunit beta-1 / AP-5 complex subunit zeta-1 / AP-5 complex subunit mu-1 / Spatacsin / AP-5 complex subunit sigma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Su M-Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural basis for membrane remodeling by the AP5-SPG11-SPG15 complex.
著者: Xinyi Mai / Yang Wang / Xi Wang / Ming Liu / Fei Teng / Zheng Liu / Ming-Yuan Su / Goran Stjepanovic /
要旨: The human spastizin (spastic paraplegia 15, SPG15) and spatacsin (spastic paraplegia 11, SPG11) complex is involved in the formation of lysosomes, and mutations in these two proteins are linked with ...The human spastizin (spastic paraplegia 15, SPG15) and spatacsin (spastic paraplegia 11, SPG11) complex is involved in the formation of lysosomes, and mutations in these two proteins are linked with hereditary autosomal-recessive spastic paraplegia. SPG11-SPG15 can cooperate with the fifth adaptor protein complex (AP5) involved in membrane sorting of late endosomes. We employed cryogenic-electron microscopy and in silico predictions to investigate the structural assemblies of the SPG11-SPG15 and AP5-SPG11-SPG15 complexes. The W-shaped SPG11-SPG15 intertwined in a head-to-head fashion, and the N-terminal region of SPG11 is required for AP5 complex interaction and assembly. The AP5 complex is in a super-open conformation. Our findings reveal that the AP5-SPG11-SPG15 complex can bind PI3P molecules, sense membrane curvature and drive membrane remodeling in vitro. These studies provide insights into the structure and function of the spastic paraplegia AP5-SPG11-SPG15 complex, which is essential for the initiation of autolysosome tubulation.
履歴
登録2024年2月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39099.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 600 pix.
= 510. Å		0.85 Å/pix.
x 600 pix.
= 510. Å		0.85 Å/pix.
x 600 pix.
= 510. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.5477291 - 1.2225775
平均 (標準偏差)-0.0005154568 (±0.020169187)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 510.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: deepemhancer map highRes model

ファイルemd_39099_additional_1.map
注釈deepemhancer map highRes model
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_39099_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39099_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39099_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : full length AP5 complex bound to SPG11-SPG15

全体名称: full length AP5 complex bound to SPG11-SPG15
要素
  • 複合体: full length AP5 complex bound to SPG11-SPG15
    • タンパク質・ペプチド: AP-5 complex subunit zeta-1
    • タンパク質・ペプチド: AP-5 complex subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: AP-5 complex subunit sigma-1
    • タンパク質・ペプチド: AP-5 complex subunit mu-1
    • タンパク質・ペプチド: Spatacsin

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超分子 #1: full length AP5 complex bound to SPG11-SPG15

超分子名称: full length AP5 complex bound to SPG11-SPG15 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 826 KDa

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分子 #1: AP-5 complex subunit zeta-1

分子名称: AP-5 complex subunit zeta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 89.574422 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAFSAGAESL LHQAREIQDE ELRRFCSRVT KLLQEAPGPA TVDALQRLFL IVSATKYPRR LEKMCVDLLQ TTLCLPASPE QLQVLCAAI LREMSPFNDL ALSCDHTPNT RQLSLVASVL LAQGDRKGEI RCVSQRIFKI LENRQPEGPS VRPLLPILSK V IGLAPGIL ...文字列:
MAFSAGAESL LHQAREIQDE ELRRFCSRVT KLLQEAPGPA TVDALQRLFL IVSATKYPRR LEKMCVDLLQ TTLCLPASPE QLQVLCAAI LREMSPFNDL ALSCDHTPNT RQLSLVASVL LAQGDRKGEI RCVSQRIFKI LENRQPEGPS VRPLLPILSK V IGLAPGIL MEDQTNLLSK RLVDWLRYAS IQQGLPYSGG FFSTPRTRQP GPITEVDGAV ASDFFTVLST GQHFTEDQWV NM QAFSMLR KWLLHSGPED PCSPDADDKS ELEGSTLSVL SAASTASRLL PPRERLREVA FEYCQRLLEQ SNRRALRKGD SDL QKACLV EAVSVLDVLC RQDPSFLYRT LSCLKALHRR LGEDPGSERA LVPLAQFFLN HGEAAAMDAE AVYGQLLRGL PSER FHSPT LAFEVIHFCT HNLALFDSHF LSLLRLSFPS LFKFLAWNSP PLTAEFVVLL PALVDAGTAV EMLHALLDLP CLTAA LDLQ LRSTQTPSER LLWDISLRVP SCLEAFQDPQ FQGLFRHLLR TKASGSTERL TPLHQVLKPM ASCARVTQCA EAVPVL LQA FFSAVTQTAD GALINQLALL LLERSDSLYP VPQYEARVHG VLSSQLLVLC KLKPSLVVEL SRELLEFVGS VSSIHSR AS VFTCVVWAIG EYLSVTWDKR CTAEQINKFF EALEALLFEV TQSRPLADLP CCPPEVVTAL MTTLTKLASR SQDLIPRV S LFLSKMRTLA QNPATSSVHS EEGAESIRTR ASELLTLLKM PSVAQFVFTP PAGVCQPRYH RDTNVALPLA LRTVSRLVE KEAGLLPG

UniProtKB: AP-5 complex subunit zeta-1

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分子 #2: AP-5 complex subunit beta-1

分子名称: AP-5 complex subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 94.038109 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGPLSRDAWA QRLGAFRASP SAFMAGPEGE DLGRDLLSDL RSEKLSEQTK VSLLALSMEY PAQLWPDASA AEVAATSLLD TLVLLPPRP SALRRPLLLA ATTALAAGGA LGPTSGASCR LLPLLLGLAA GSDLGRGFVP ASEQRPLQAT ACECLRELES C KPGLLGGS ...文字列:
MGPLSRDAWA QRLGAFRASP SAFMAGPEGE DLGRDLLSDL RSEKLSEQTK VSLLALSMEY PAQLWPDASA AEVAATSLLD TLVLLPPRP SALRRPLLLA ATTALAAGGA LGPTSGASCR LLPLLLGLAA GSDLGRGFVP ASEQRPLQAT ACECLRELES C KPGLLGGS LGLLRGLLGQ EGPVQPLSLL LALALRNTLV LQSRVGAGLG GLLTDKVSPT GGGPWDWTLV EEGDGRLQPQ AP SWPAAEE GEGERSLTAR EHSPEEAREL RAAVIQLLDT SYLLTPVAQA QLLWLLGWAL RGLQGQPPAL FKPQLVRLLG TAQ LTLLHA MLALKAAFGE ALFTAQDEAL LLRRLTLAAQ HPALPPPTHL FYLHCVLSFP ENWPLGPEGE EAAPLLLGPQ LCRG LLPSL LHDPMALLAR LHLLCLLCAE EEEEEKGQLP SPRHYLEELL AGLRQRAALD GGPRALATLC FQASYLVACC LAGQP TVLT PLIHGLAQLY QARPMLAPHF VDLLDQVDSE LREPLKVVLR QVVVSRPGRD EALCWHLQML AKVADGDAQS ATLNFL QAA AAHCTNWDLQ QGLLRVCRAL LRAGVRGGLV DLLQVLARQL EDPDGRDHAR LYYILLAHLA APKLGVALGP SLAAPAL AS SLVAENQGFV AALMVQEAPA LVRLSLGSHR VKGPLPVLKL QPEALEPIYS LELRFRVEGQ LYAPLEAVHV PCLCPGRP A RPLLLPLQPR CPAPARLDVH ALYTTSTGLT CHAHLPPLFV NFADLFLPFP QPPEGAGLGF FEELWDSCLP EGAESRVWC PLGPQGLEGL VSRHLEPFVV VAQPPTSYCV AIHLPPDSKL LLRLEAALAD GVPVALRTDD WAVLPLAGDY LRGLAAAV

UniProtKB: AP-5 complex subunit beta-1

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分子 #3: AP-5 complex subunit sigma-1

分子名称: AP-5 complex subunit sigma-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.550984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVHAFLIHTL RAPNTEDTGL CRVLYSCVFG AEKSPDDPRP HGAERDRLLR KEQILAVARQ VESMCRLQQQ ASGRPPMDLQ PQSSDEQVP LHEAPRGAFR LAAENPFQEP RTVVWLGVLS LGFALVLDAH ENLLLAEGTL RLLTRLLLDH LRLLAPSTSL L LRADRIEG ...文字列:
MVHAFLIHTL RAPNTEDTGL CRVLYSCVFG AEKSPDDPRP HGAERDRLLR KEQILAVARQ VESMCRLQQQ ASGRPPMDLQ PQSSDEQVP LHEAPRGAFR LAAENPFQEP RTVVWLGVLS LGFALVLDAH ENLLLAEGTL RLLTRLLLDH LRLLAPSTSL L LRADRIEG ILTRFLPHGQ LLFLNDQFVQ GLEKEFSAAW PR

UniProtKB: AP-5 complex subunit sigma-1

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分子 #4: AP-5 complex subunit mu-1

分子名称: AP-5 complex subunit mu-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 54.393285 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MALRAVWLIR HEPGTPLGGT VRFSRRYPTV EKRAKAFNGM TYVPVPEDGP FLRALLFQLR LLDDDKDFME RRDGCSRINK TSIYGLSVG GEELWPVIAF LRDSMIYASV PLVEQALSPR PPLISISGVS QGLELLLGIQ DFLYSSQKND TDLHTKLSQL P DLLLQACP ...文字列:
MALRAVWLIR HEPGTPLGGT VRFSRRYPTV EKRAKAFNGM TYVPVPEDGP FLRALLFQLR LLDDDKDFME RRDGCSRINK TSIYGLSVG GEELWPVIAF LRDSMIYASV PLVEQALSPR PPLISISGVS QGLELLLGIQ DFLYSSQKND TDLHTKLSQL P DLLLQACP LGTLLDANLQ NSLNSINSVS VTQPQKQPAW KVGAYKGKAQ ISISITETVK CMQYGKQDIA DTWQVAGTVA CK CDLEGVM PAVTISLSLP TNGSPLQDII VHPCVTSLDS AILTSSSIDT MDDSAFSGPY KFPFTPPLES FNLCHYTSQV PVP PILGSY HMKEEGVQLK VTVNFKLHES VRNNFEVCEA HIPFYNRGPI THLEYKASFG QLEVFREKSL LVWIIGQKFP KSME ISLSG TLTFGVKGHN KQPFDHICIG NTAYIKLNFR IADYTLTGCY ADQHSVQVFA SGKPKISAYR KLISSDYYIW NSKAP APVT YASLLP

UniProtKB: AP-5 complex subunit mu-1

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分子 #5: Spatacsin

分子名称: Spatacsin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 279.182594 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAEEGVASA ASAGGSWGTA AMGRVLPMLL VPVPAEAMGQ LGSRAQLRTQ PEALGSLTAA GSLQVLSLTP GSRGGGRCCL EGPFWHFLW EDSRNSSTPT EKPKLLALGE NYELLIYEFN LKDGRCDATI LYSCSREALQ KLIDDQDISI SLLSLRILSF H NNTSLLFI ...文字列:
MAAEEGVASA ASAGGSWGTA AMGRVLPMLL VPVPAEAMGQ LGSRAQLRTQ PEALGSLTAA GSLQVLSLTP GSRGGGRCCL EGPFWHFLW EDSRNSSTPT EKPKLLALGE NYELLIYEFN LKDGRCDATI LYSCSREALQ KLIDDQDISI SLLSLRILSF H NNTSLLFI NKCVILHIIF PERDAAIRVL NCFTLPLPAQ AVDMIIDTQL CRGILFVLSS LGWIYIFDVV DGTYVAHVDL AL HKEDMCN EQQQEPAKIS SFTSLKVSQD LDVAVIVSSS NSAVALNLNL YFRQHPGHLL CERILEDLPI QGPKGVDEDD PVN SAYNMK LAKFSFQIDR SWKAQLSSLN ETIKNSKLEV SCCAPWFQDI LHLESPESGN HSTSVQSWAF IPQDIMHGQY NVLQ KDHAK TSDPGRSWKI MHISEQEEPI ELKCVSVTGF TALFTWEVER MGYTITLWDL ETQGMQCFSL GTKCIPVDSS GDQQL CFVL TENGLSLILF GLTQEEFLNR LMIHGSASTV DTLCHLNGWG RCSIPIHALE AGIENRQLDT VNFFLKSKEN LFNPSS KSS VSDQFDHLSS HLYLRNVEEL IPALDLLCSA IRESYSEPQS KHFSEQLLNL TLSFLNNQIK ELFIHTEELD EHLQKGV NI LTSYINELRT FMIKFPWKLT DAIDEYDVHE NVPKVKESNI WKKLSFEEVI ASAILNNKIP EAQTFFRIDS HSAQKLEE L IGIGLNLVFD NLKKNNIKEA SELLKNMGFD VKGQLLKICF YTTNKNIRDF LVEILKEKNY FSEKEKRTID FVHQVEKLY LGHFQENMQI QSFPRYWIKE QDFFKHKSVL DSFLKYDCKD EFNKQDHRIV LNWALWWDQL TQESILLPRI SPEEYKSYSP EALWRYLTA RHDWLNIILW IGEFQTQHSY ASLQQNKWPL LTVDVINQNT SCNNYMRNEI LDKLARNGVF LASELEDFEC F LLRLSRIG GVIQDTLPVQ NYKTKEGWDF HSQFILYCLE HSLQHLLYVY LDCYKLSPEN CPFLEKKELH EAHPWFEFLV QC RQVASNL TDPKLIFQAS LANAQILIPT NQASVSSMLL EGHTLLALAT TMYSPGGVSQ VVQNEENENC LKKVDPQLLK MAL TPYPKL KTALFPQCTP PSVLPSDITI YHLIQSLSPF DPSRLFGWQS ANTLAIGDAW SHLPHFSSPD LVNKYAIVER LNFA YYLHN GRPSFAFGTF LVQELIKSKT PKQLIQQVGN EAYVIGLSSF HIPSIGAACV CFLELLGLDS LKLRVDMKVA NIILS YKCR NEDAQYSFIR ESVAEKLSKL ADGEKTTTEE LLVLLEEGTW NSIQQQEIKR LSSESSSQWA LVVQFCRLHN MKLSIS YLR ECAKANDWLQ FIIHSQLHNY HPAEVKSLIQ YFSPVIQDHL RLAFENLPSV PTSKMDSDQV CNKCPQELQG SKQEMTD LF EILLQCSEEP DSWHWLLVEA VKQQAPILSV LASCLQGASA ISCLCVWIIT SVEDNVATEA MGHIQDSTED HTWNLEDL S VIWRTLLTRQ KSKTLIRGFQ LFFKDSPLLL VMEMYELCMF FRNYKEAEAK LLEFQKSLET LNTAATKVHP VIPAMWLED QVCFLLKLML QQCKTQYELG KLLQLFVERE HLFSDGPDVK KLCILCQILK DTSIAINHTI ITSYSIENLQ HECRSILERL QTDGQFALA RRVAELAELP VDNLVIKEIT QEMQTLKHIE QWSLKQARID FWKKCHENFK KNSISSKAAS SFFSTQAHVA C EHPTGWSS MEERHLLLTL AGHWLAQEDV VPLDKLEELE KQIWLCRITQ HTLGRNQEET EPRFSRQIST SGELSFDSLA SE FSFSKLA ALNTSKYLEL NSLPSKETCE NRLDWKEQES LNFLIGRLLD DGCVHEASRV CRYFHFYNPD VALVLHCRAL ASG EASMED LHPEIHALLQ SAELLEEEAP DIPLRRVHST SSLDSQKFVT VPSSNEVVTN LEVLTSKCLH GKNYCRQVLC LYDL AKELG CSYTDVAAQD GEAMLRKILA SQQPDRCKRA QAFISTQGLK PDTVAELVAE EVTRELLTSS QGTGHKQMFN PTEES QTFL QLTTLCQDRT LVGMKLLDKI SSVPHGELSC TTELLILAHH CFTLTCHMEG IIRVLQAAHM LTDNHLAPSE EYGLVV RLL TGIGRYNEMT YIFDLLHKKH YFEVLMRKKL DPSGTLKTAL LDYIKRCRPG DSEKHNMIAL CFSMCREIGE NHEAAAR IQ LKLIESQPWE DSLKDGHQLK QLLLKALTLM LDAAESYAKD SCVRQAQHCQ RLTKLITLQI HFLNTGQNTM LINLGRHK L MDCILALPRF YQASIVAEAY DFVPDWAEIL YQQVILKGDF NYLEEFKQQR LLKSSIFEEI SKKYKQHQPT DMVMENLKK LLTYCEDVYL YYKLAYEHKF YEIVNVLLKD PQTGCCLKDM LAG

UniProtKB: Spatacsin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.2386 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 586806
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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