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- EMDB-38995: Structure of the Dark/Dronc complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38995
タイトルStructure of the Dark/Dronc complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of the Dark/Dronc complex
    • 複合体: Dronc-CARD
      • タンパク質・ペプチド: Caspase Dronc
    • 複合体: Dark
      • タンパク質・ペプチド: Apaf-1 related killer DARK
キーワードDark / Dronc / apoptosis / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


hemocyte development / nurse cell apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / head involution / Formation of apoptosome / salivary gland histolysis / melanization defense response / caspase-9 ...hemocyte development / nurse cell apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / head involution / Formation of apoptosome / salivary gland histolysis / melanization defense response / caspase-9 / sarcosine catabolic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / compound eye retinal cell programmed cell death / central nervous system formation / positive regulation of apoptotic process involved in development / metamorphosis / compound eye development / chaeta development / sperm individualization / apoptosome / autophagic cell death / programmed cell death involved in cell development / Neutrophil degranulation / S-adenosylmethionine cycle / programmed necrotic cell death / CARD domain binding / programmed cell death / zymogen activation / triglyceride homeostasis / execution phase of apoptosis / neuron remodeling / response to starvation / dendrite morphogenesis / protein autoprocessing / ectopic germ cell programmed cell death / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / determination of adult lifespan / response to gamma radiation / ADP binding / neuron cellular homeostasis / negative regulation of cell population proliferation / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / structural molecule activity / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Dark, CARD domain / Dark, winged-helix domain / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Peptidase C14 family / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 ...: / : / Dark, CARD domain / Dark, winged-helix domain / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Peptidase C14 family / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosome protein Dark / Caspase Dronc
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Tian L / Li Y / Shi Y
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Dark and Dronc activation in .
著者: Lu Tian / Yini Li / Yigong Shi /
要旨: The onset of apoptosis is characterized by a cascade of caspase activation, where initiator caspases are activated by a multimeric adaptor complex known as the apoptosome. In , the initiator caspase ...The onset of apoptosis is characterized by a cascade of caspase activation, where initiator caspases are activated by a multimeric adaptor complex known as the apoptosome. In , the initiator caspase Dronc undergoes autocatalytic activation in the presence of the Dark apoptosome. Despite rigorous investigations, the activation mechanism for Dronc remains elusive. Here, we report the cryo-EM structures of an auto-inhibited Dark monomer and a single-layered, multimeric Dark/Dronc complex. Our biochemical analysis suggests that the auto-inhibited Dark oligomerizes upon binding to Dronc, which is sufficient for the activation of both Dark and Dronc. In contrast, the previously observed double-ring Dark apoptosome may represent a non-functional or "off-pathway" conformation. These findings expand our understanding on the molecular mechanism of apoptosis in .
履歴
登録2024年2月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月7日-
マップ公開2024年8月7日-
更新2024年8月7日-
現状2024年8月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38995.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38995.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 440 pix.
= 426.8 Å		0.97 Å/pix.
x 440 pix.
= 426.8 Å		0.97 Å/pix.
x 440 pix.
= 426.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.23311351 - 0.5296398
平均 (標準偏差)0.0009607445 (±0.037931908)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 426.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38995_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38995_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of the Dark/Dronc complex

全体名称: Structure of the Dark/Dronc complex
要素
  • 複合体: Structure of the Dark/Dronc complex
    • 複合体: Dronc-CARD
      • タンパク質・ペプチド: Caspase Dronc
    • 複合体: Dark
      • タンパク質・ペプチド: Apaf-1 related killer DARK

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超分子 #1: Structure of the Dark/Dronc complex

超分子名称: Structure of the Dark/Dronc complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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超分子 #2: Dronc-CARD

超分子名称: Dronc-CARD / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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超分子 #3: Dark

超分子名称: Dark / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

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分子 #1: Apaf-1 related killer DARK

分子名称: Apaf-1 related killer DARK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 142.710344 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: YQYKDILSVF EDAFVDNFDC KDVQDMPKSI LSKEEIDHII MSKDAVSGTL RLFWTLLSKQ EEMVQKFVEE VLRINYKFLM SPIKTEQRQ PSMMTRMYIE QRDRLYNDNQ VFAKYNVSRL QPYLKLRQAL LELRPAKNVL IDGVLGSGKT WVALDVCLSY K VQCKMDFK ...文字列:
YQYKDILSVF EDAFVDNFDC KDVQDMPKSI LSKEEIDHII MSKDAVSGTL RLFWTLLSKQ EEMVQKFVEE VLRINYKFLM SPIKTEQRQ PSMMTRMYIE QRDRLYNDNQ VFAKYNVSRL QPYLKLRQAL LELRPAKNVL IDGVLGSGKT WVALDVCLSY K VQCKMDFK IFWLNLKNCN SPETVLEMLQ KLLYQIDPNW TSRSDHSSNI KLRIHSIQAE LRRLLKSKPY ENCLLVLLNV QN AKAWNAF NLSCKILLTT RFKQVTDFLS AATTTHISLD HHSMTLTPDE VKSLLLKYLD CRPQDLPREV LTTNPRRLSI IAE SIRDGL ATWDNWKHVN CDKLTTIIES SLNVLEPAEY RKMFDRLSVF PPSAHIPTIL LSLIWFDVIK SDVMVVVNKL HKYS LVEKQ PKESTISIPS IYLELKVKLE NEYALHRSIV DHYNIPKTFD SDDLIPPYLD QYFYSHIGHH LKNIEHPERM TLFRM VFLD FRFLEQKIRH DSTAWNASGS ILNTLQQLKF YKPYICDNDP KYERLVNAIL DFLPKIEENL ICSKYTDLLR IALMAE DEA IFEEAHKQVQ RFDDRVWFTN HGRFHQHRQI INLGDNEGRH AVYLHNDFCL IALASGQILL TDVSLEGEDT YLLRDES DS SDILRMAVFN QQKHLITLHC NGSVKLWSLW PDCPGRRHSG GSKQQLVNSV VKRFIGSYAN LKIVAFYLNE DAGLPEAN I QLHVAFINGD VSILNWDEQD QEFKLSHVPV LKTMQSGIRC FVQVLKRYYV VCTSNCTLTV WDLTNGSSNT LELHVFNVE NDTPLALDVF DERSKTATVL LIFKYSVWRL NFLPGLSVSL QSEAVQLPEG SFITCGKRST DGRYLLLGTS EGLIVYDLKI SDPVLRSNV SEHIECVDIY ELFDPVYKYI VLCGAKGKQV VHVHTLRSVS GSNSHQNREI AWVHSADEIS VMTKACLEPN V YLRSLMDM TRERTQLLAV DSKERIHLIK PAISRISEWS TITPTHAASN CKINAISAFN DEQIFVGYVD GVIIDVIHDT AL PQQFIEE PIDYLKQVSP NILVASAHSA QKTVIFQLEK IDPLQPNDQW PLMMDVSTKY ASLQEGQYII LFSDHGVCHL DIA NPSAFV KPKDSEEYIV GFDLKNSLLF LAYENNIIDV FRLIFSCNQL RYEQICEEEI AQKAKISYLV ATDDGTMLAM GFEN GTLEL FAVENRKVQL IYSIEEVHEH CIRQLLFSPC KL

UniProtKB: Apoptosome protein Dark

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分子 #2: Caspase Dronc

分子名称: Caspase Dronc / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 12.039956 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPKRHREHIR KNLNILVEWT NYERLAMECV QQGILTVQML RNTQDLNGKP FNMDEKDVRV EQHRRLLLKI TQRGPTAYNL LINALRNIN CLDAAVLLES VDE

UniProtKB: Caspase Dronc

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3j9k

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2710
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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