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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3868 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM single particle reconstruction of Melbournevirus particle. | |||||||||
マップデータ | Melbournevirus capsid(applied inner mask) | |||||||||
試料 | Melbournevirus particle != Melbournevirus Melbournevirus particle
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生物種 | Melbournevirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Okamoto K / Miyazaki N / Reddy KNH / Hantke FM / Maia RNCF / Larsson SDD / Abergel C / Claverie JM / Hajdu J / Murata K / Svenda M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of a Marseilleviridae virus particle reveals a large internal microassembly. 著者: Kenta Okamoto / Naoyuki Miyazaki / Hemanth K N Reddy / Max F Hantke / Filipe R N C Maia / Daniel S D Larsson / Chantal Abergel / Jean-Michel Claverie / Janos Hajdu / Kazuyoshi Murata / Martin Svenda / 要旨: Nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) blur the line between viruses and cells. Melbournevirus (MelV, family Marseilleviridae) belongs to a new family of NCLDVs. Here we present an electron ...Nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) blur the line between viruses and cells. Melbournevirus (MelV, family Marseilleviridae) belongs to a new family of NCLDVs. Here we present an electron cryo-microscopy structure of the MelV particle, with the large triangulation number T = 309 constructed by 3080 pseudo-hexagonal capsomers. The most distinct feature of the particle is a large and dense body (LDB) consistently found inside all particles. Electron cryo-tomography of 147 particles shows that the LDB is preferentially located in proximity to the probable lipid bilayer. The LDB is 30 nm in size and its density matches that of a genome/protein complex. The observed LDB reinforces the structural complexity of MelV, setting it apart from other NCLDVs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3868.map.gz | 644.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3868-v30.xml emd-3868.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3868.png | 236.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3868 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3868_validation.pdf.gz | 256.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3868_full_validation.pdf.gz | 255.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3868_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3868 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Melbournevirus capsid(applied inner mask) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Melbournevirus particle
全体 | 名称: Melbournevirus particle |
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要素 |
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-超分子 #1: Melbournevirus
超分子 | 名称: Melbournevirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1560514 / 生物種: Melbournevirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Acanthamoeba (真核生物) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 2320.0 Å / T番号(三角分割数): 309 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: R1.2/1.3 Quantifoil Micro Tools GmbH / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN |