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- EMDB-3855: CryoEM structure of recombinant CMV particles with Tetanus-epitope -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3855
タイトルCryoEM structure of recombinant CMV particles with Tetanus-epitope
マップデータ
試料CryoEM structure of recombinant CMV particles with Tetanus-epitope != cucumber mosaic cucumovirus

CryoEM structure of recombinant CMV particles with Tetanus-epitope

  • ウイルス: cucumber mosaic cucumovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP3
キーワードVLP / Vaccines / CryoEM / CMV / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Cucumovirus coat protein / Cucumovirus coat protein, subunit A superfamily / Cucumovirus coat protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein / Capsid protein / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cucumber mosaic virus (ウイルス) / cucumber mosaic cucumovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Kotecha A / Stuart DI
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)G1000099 英国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100525/1 英国
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2017
タイトル: Incorporation of tetanus-epitope into virus-like particles achieves vaccine responses even in older recipients in models of psoriasis, Alzheimer's and cat allergy.
著者: Andris Zeltins / Jonathan West / Franziska Zabel / Aadil El Turabi / Ina Balke / Stefanie Haas / Melanie Maudrich / Federico Storni / Paul Engeroff / Gary T Jennings / Abhay Kotecha / David I ...著者: Andris Zeltins / Jonathan West / Franziska Zabel / Aadil El Turabi / Ina Balke / Stefanie Haas / Melanie Maudrich / Federico Storni / Paul Engeroff / Gary T Jennings / Abhay Kotecha / David I Stuart / John Foerster / Martin F Bachmann /
要旨: Monoclonal antibodies are widely used to treat non-infectious conditions but are costly. Vaccines could offer a cost-effective alternative but have been limited by sub-optimal T-cell stimulation ...Monoclonal antibodies are widely used to treat non-infectious conditions but are costly. Vaccines could offer a cost-effective alternative but have been limited by sub-optimal T-cell stimulation and/or weak vaccine responses in recipients, for example, in elderly patients. We have previously shown that the repetitive structure of virus-like-particles (VLPs) can effectively bypass self-tolerance in therapeutic vaccines. Their efficacy could be increased even further by the incorporation of an epitope stimulating T cell help. However, the self-assembly and stability of VLPs from envelope monomer proteins is sensitive to geometry, rendering the incorporation of foreign epitopes difficult. We here show that it is possible to engineer VLPs derived from a non human-pathogenic plant virus to incorporate a powerful T-cell-stimulatory epitope derived from Tetanus toxoid. These VLPs (termed CMV) retain self-assembly as well as long-term stability. Since Th cell memory to Tetanus is near universal in humans, CMV-based vaccines can deliver robust antibody-responses even under limiting conditions. By way of proof of concept, we tested a range of such vaccines against chronic inflammatory conditions (model: psoriasis, antigen: interleukin-17), neurodegenerative (Alzheimer's, β-amyloid), and allergic disease (cat allergy, Fel-d1), respectively. Vaccine responses were uniformly strong, selective, efficient , observed even in old mice, and employing low vaccine doses. In addition, randomly ascertained human blood cells were reactive to CMV-VLPs, confirming recognition of the incorporated Tetanus epitope. The CMV-VLP platform is adaptable to almost any antigen and its features and performance are ideally suited for the design of vaccines delivering enhanced responsiveness in aging populations.
履歴
登録2017年8月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年9月13日-
マップ公開2017年9月13日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5ow6
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5ow6
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3855.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3855.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 400 pix.
= 540. Å		1.35 Å/pix.
x 400 pix.
= 540. Å		1.35 Å/pix.
x 400 pix.
= 540. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.028 / ムービー #1: 0.028
最小 - 最大-0.05132204 - 0.12957124
平均 (標準偏差)0.00095981715 (±0.0073745414)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 540.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z540.000540.000540.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0510.1300.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of recombinant CMV particles with Tetanus-epitope

全体名称: CryoEM structure of recombinant CMV particles with Tetanus-epitope
要素
  • ウイルス: cucumber mosaic cucumovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP3

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超分子 #1: cucumber mosaic cucumovirus

超分子名称: cucumber mosaic cucumovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12305 / 生物種: cucumber mosaic cucumovirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Cucumis sativus (キュウリ)
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: PGYTFTSITLKPPKIDRGSYYGKRLLLPDSVTEYDKKLVSRLQIRVNPLPKFDSTVWVTVRKVPASSDLSVAAISAMFADGASPVLVYQYAASGVQANNKLLYDLSAMRADIGDMRKYAVLVYSKDDALETDELVLHVDIEHQRIPTSGVLPV
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cucumber mosaic virus (ウイルス)
分子量理論値: 16.92442 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PGYTFTSITL KPPKIDRGSY YGKRLLLPDS VTEYDKKLVS RLQIRVNPLP KFDSTVWVTV RKVPASSDLS VAAISAMFAD GASPVLVYQ YAASGVQANN KLLYDLSAMR ADIGDMRKYA VLVYSKDDAL ETDELVLHVD IEHQRIPTSG VLPV

UniProtKB: Capsid protein

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分子 #2: Capsid protein, VP2

分子名称: Capsid protein, VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cucumber mosaic virus (ウイルス)
分子量理論値: 21.068152 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DANFRVLSQQ LSRLNKTLAA GRPTINHPTF VGSERCRPGY TFTSITLKPP KIDRGSYYGK RLLLPDSVTE YDKKLVSRLQ IRVNPLPKF DSTVWVTVRK VPASSDLSVA AISAMFADGA SPVLVYQYAA SGVQANNKLL YDLSAMRADI GDMRKYAVLV Y SKDDALET ...文字列:
DANFRVLSQQ LSRLNKTLAA GRPTINHPTF VGSERCRPGY TFTSITLKPP KIDRGSYYGK RLLLPDSVTE YDKKLVSRLQ IRVNPLPKF DSTVWVTVRK VPASSDLSVA AISAMFADGA SPVLVYQYAA SGVQANNKLL YDLSAMRADI GDMRKYAVLV Y SKDDALET DELVLHVDIE HQRIPTSGVL PV

UniProtKB: Capsid protein

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分子 #3: Capsid protein, VP3

分子名称: Capsid protein, VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cucumber mosaic virus (ウイルス)
分子量理論値: 21.139229 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ADANFRVLSQ QLSRLNKTLA AGRPTINHPT FVGSERCRPG YTFTSITLKP PKIDRGSYYG KRLLLPDSVT EYDKKLVSRL QIRVNPLPK FDSTVWVTVR KVPASSDLSV AAISAMFADG ASPVLVYQYA ASGVQANNKL LYDLSAMRAD IGDMRKYAVL V YSKDDALE ...文字列:
ADANFRVLSQ QLSRLNKTLA AGRPTINHPT FVGSERCRPG YTFTSITLKP PKIDRGSYYG KRLLLPDSVT EYDKKLVSRL QIRVNPLPK FDSTVWVTVR KVPASSDLSV AAISAMFADG ASPVLVYQYA ASGVQANNKL LYDLSAMRAD IGDMRKYAVL V YSKDDALE TDELVLHVDI EHQRIPTSGV LPV

UniProtKB: Capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 9 / 詳細: 5 mM sodium borate, 2 mM EDTA, pH 9
グリッドモデル: C Flats 2/1 2C / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 17 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細5 mM sodium borate, 2 mM EDTA, pH 9

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-25 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 500 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 160000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6600
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1f15

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 3582
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 174
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-5ow6:
CryoEM structure of recombinant CMV particles with Tetanus-epitope

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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