[日本語] English
万見
- EMDB-38455: Structure of inactive Photosystem II associated with CAC antenna ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38455
タイトルStructure of inactive Photosystem II associated with CAC antenna from Rhodomonas Salina
マップデータComposite map of PSII-CAC supercomplex from Rhodomonas Salina
試料
  • 複合体: Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding protein
    • タンパク質・ペプチド: x 23種
  • リガンド: x 17種
キーワードPhotosystem II associated with CAC antenna from Rhodomonas Salina / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding ...photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / : / photosynthesis / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL ...Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein Z ...Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodomonas salina (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Si L / Li M
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Basic Research Program of China (973 Program) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the distinct core-antenna assembly of cryptophyte photosystem II.
著者: Long Si / Shumeng Zhang / Xiaodong Su / Mei Li /
要旨: Photosystem II (PSII) catalyzes the light-driven charge separation and water oxidation reactions of photosynthesis. Eukaryotic PSII core is usually associated with membrane-embedded light-harvesting ...Photosystem II (PSII) catalyzes the light-driven charge separation and water oxidation reactions of photosynthesis. Eukaryotic PSII core is usually associated with membrane-embedded light-harvesting antennae, which greatly increase the absorbance cross-section of the core. The peripheral antennae in different phototrophs vary considerably in protein composition and arrangement. Photosynthetic cryptophytes possess chlorophyll a/c binding proteins (CACs) that serve as their antennae. How these CACs assemble with the PSII core remains unclear. Here, we report the 2.57-Å resolution structure of cryptophyte PSII-CAC purified from cells at nitrogen-limited stationary growth phase. We show that each monomer of the PSII homodimer contains a core complex, six chlorophyll a/c binding proteins (CACs) and a previously unseen chlorophyll-binding protein (termed CAL-II). Six CACs are arranged as a double-layered arc-shaped non-parallel belt, and two such belts attach to the dimeric core from opposite sides. The CAL-II simultaneously interacts with a number of core subunits and five CACs. The distinct organization of CACs and the presence of CAL-II may play a critical role in stabilizing the dimeric PSII-CAC complex under stress conditions. Our study provides mechanistic insights into the assembly and function of the PSII-CAC complex as well as the possible adaptation of cryptophytes in response to environmental stresses.
履歴
登録2023年12月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_38455.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38455.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of PSII-CAC supercomplex from Rhodomonas Salina
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 416 pix.
= 432.653 Å		1.04 Å/pix.
x 416 pix.
= 432.653 Å		1.04 Å/pix.
x 416 pix.
= 432.653 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04003 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.024
最小 - 最大0.0 - 0.25331298
平均 (標準偏差)0.0005058164 (±0.0043911315)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 432.65326 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding p...

全体名称: Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding protein
要素
  • 複合体: Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein M
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein W
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center X protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Psb30
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: NCP
    • タンパク質・ペプチド: CAC2
    • タンパク質・ペプチド: CAC3
    • タンパク質・ペプチド: CAC4
    • タンパク質・ペプチド: CAC5
    • タンパク質・ペプチド: CAC6
    • タンパク質・ペプチド: CAC1
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: 1,3,3-trimethyl-2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1R)-2,6,6-trimethylcyclohex-2-en-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohexene
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding p...

超分子名称: Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#23
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)

+
分子 #1: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 36.342285 KDa
配列文字列: ESASLWERFC SWITSTDNRL YIGWFGVLMI PTLLTATTVY IIAFIAAPPV DIDGIREPVA GSLLYGNNII TGAVIPSSAS IGIHFYPIW EAASLDEWLY NGGPYQLIVD HFLLGVCGWI GREWEFSYRL GMRPWISVAF TAPVAAASAV FLVYPIGQGS F SDGMPLGI ...文字列:
ESASLWERFC SWITSTDNRL YIGWFGVLMI PTLLTATTVY IIAFIAAPPV DIDGIREPVA GSLLYGNNII TGAVIPSSAS IGIHFYPIW EAASLDEWLY NGGPYQLIVD HFLLGVCGWI GREWEFSYRL GMRPWISVAF TAPVAAASAV FLVYPIGQGS F SDGMPLGI SGTFNFMLVF QAEHNILMHP FHQLGVAGVF GGSLFSAMHG SLVTSSLIRE TTENESANYG YKFGQEEETY NI VAAHGYF GRLIFQYASF NNSRALHFFL GLWPVVGIWF TALGIMTMAF NLNGFNFNQS VVDSQGRVIN TWADILNRAN LGM EVMHER NA

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 56.331055 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMARIG VTDSWGGWSI TGESVANPG FWSFEGVALA HIGLSGLLFL AAVWHWVYWD LELFRDPRTG NPALDLPKIF GIHLLLSGVL CFGFGAFHVT G AWGPGIWV ...文字列:
MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMARIG VTDSWGGWSI TGESVANPG FWSFEGVALA HIGLSGLLFL AAVWHWVYWD LELFRDPRTG NPALDLPKIF GIHLLLSGVL CFGFGAFHVT G AWGPGIWV SDAYGITGKV QPVAPAWGPE GFNPFNPSGV ASHHIAAGIL GFAAGIFHIA VRPPQRLYRA LRMGNIETVL SS SIAAVFW SAFITTGTMW YGSATTPIEL FGPTRYQWDS GYFQQEIERR VENSLNEGLS LSEAWSRIPD KLAFYDYVGN NPA KGGLFR AGPMNKGDGI AEAWLGHPIF QDKEGRELTV RRMPAFFETF PVILVDKDGI IRADIPFRRA ESKYSIEQVG VTTS FYGGK LNGQVFTDAP TVKKYARKAQ LGEVMEFDRT TLESDGVFRS SPRGWYTFGH ANFALLFFLG HLWHGSRTLF RDVFS GIGA EVTEQVEFGA FQKLGDRSTK KQGAV

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 53.609383 KDa
配列文字列: MKVFALGWLL KISLMKTLYS LRRFYHVETP FNSNLGIAGR DIESTGFAWW SGNSRLINVS GKLLGAHVAH AGLMVFWCGA MTLFEVAHY IPEKPLYEQG LILLPHLATL GWGVGPGGEI VDIYPYFVVG ILHIISSAVL GFGGVYHSLI GPDTLEESFP A FGYDWRDK ...文字列:
MKVFALGWLL KISLMKTLYS LRRFYHVETP FNSNLGIAGR DIESTGFAWW SGNSRLINVS GKLLGAHVAH AGLMVFWCGA MTLFEVAHY IPEKPLYEQG LILLPHLATL GWGVGPGGEI VDIYPYFVVG ILHIISSAVL GFGGVYHSLI GPDTLEESFP A FGYDWRDK NKITTILGIH LVILGFGALL LVVKAMYVGG LYDTWAPGGG DVRIIDNPTL NPVVIIGYVL KSPWGGDGWI VS VNNMEDI VGGHIWIGFT CIAGGFWHIL TKPFAWARRA YVWSGEAYLS YSLVAVSLMG FIASQYSWYN NTAYPSEFYG PTG PEASQS QAFTFLVRDQ RLGASVASAQ GPTGLGKYLM RSPSGEIILG GETQRFWDLR APWIEPLRGP NGLDLNKIKN DIQP WQERR AAEYMTHAPL GSLNSVGGVA TEINSVNFVS PRSWLTCAHF LLGFVFYIGH LWHAGRARAA AAGFEKGINR ENEPT LSLR PID

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 39.220824 KDa
配列文字列: MTIAIGQEEG RGWFDLMDDW LKRDRFVFVG WSGLLLFPTS YLSIGGWFTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFFTAAVSTP ANSMGHSLL LLWGPEAQGD FTRWCQIGGL WAFCALHGSF GLIGFCLRQF EIARLVGIRP YNAIAFSGPI AIFVSVFLMY P LGQASWFF ...文字列:
MTIAIGQEEG RGWFDLMDDW LKRDRFVFVG WSGLLLFPTS YLSIGGWFTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFFTAAVSTP ANSMGHSLL LLWGPEAQGD FTRWCQIGGL WAFCALHGSF GLIGFCLRQF EIARLVGIRP YNAIAFSGPI AIFVSVFLMY P LGQASWFF APSLGVAAIF RFLLFIQGFH NFTLNPFHMM GVAGILGAAL LCAIHGATVQ NTIFEDGDAA NTFRAFTPTQ AE ETYSMVT ANRFWSQIFG VAFSNKRWLH FFMLFVPLAG LWTSAIGIVG LALNLRAYDF VSQELRAAED PEFETFYTKN ILL NEGIRS WMAAQDQPHE NFIFPEEVLP RGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 9.50372 KDa
配列文字列:
MSGGSTGERP FSDIITSIRY WIIHSITIPA LFVAGWLFVS TGLAYDIFGT PRPNEYFTQE RQQVPLVNDR FSAKQELEDL TKGL

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 4.860847 KDa
配列文字列:
MSKIKQPISY PIFTFRWLAI HGLAVPTVFF LGAITSMQFI QR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #7: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 7.429764 KDa
配列文字列:
MALRTRLGEL LRPLNSEYGK VAPGWGTTPI MGFVMLLFAV FLLIILQIYN SSLIIENVDV DWASLGS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 4.390065 KDa
配列文字列:
MFTLKIVVYT TVTLFVSLFT FGFLSNDASR NPNRKDLE

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 5.025104 KDa
配列文字列:
MEGIFLLAKL PEAYAVFKPI IDVAPVIPVF FLLLAFVWQA AVGFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 4.363087 KDa
配列文字列:
MSGPNPNKQP VELNRTSLFW GLLLIFVLAV LFSSYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #11: Photosystem II protein M

分子名称: Photosystem II protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 4.300023 KDa
配列文字列:
MNVSVAAYLA VLLGTFIPVV FLITLFIQSE ARKAAESGQE

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 3.7085 KDa
配列文字列:
METLVYTFLL IGTLGVLFFA VFFRDPPRIA KK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #13: Photosystem II protein W

分子名称: Photosystem II protein W / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 7.864871 KDa
配列文字列:
MNANVAKALA PAVAAFSVAA PAFAEGTGEA LGVDDGRLLV PLVLIPVFIA ILFSNFASTQ DNEDFFDTYD QRRK

+
分子 #14: Photosystem II reaction center X protein

分子名称: Photosystem II reaction center X protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 4.192965 KDa
配列文字列:
MTPSFSAFIN SLLAGLFIVI IPIGTALLIV SQSDRLTRN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein X

+
分子 #15: Photosystem II reaction center protein Psb30

分子名称: Photosystem II reaction center protein Psb30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 3.662478 KDa
配列文字列:
MPNLQTVAQL ISLFLILTSG PAIIVLIALR RGNL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Psb30

+
分子 #16: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 6.656092 KDa
配列文字列:
MVAILQLLVS MLILLSFALV VSVPVILVSP GEWEKSKGLV YTGAGLWFGL VIMTAAFNSF VI

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #17: NCP

分子名称: NCP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 30.760855 KDa
配列文字列: RTVLVLACSL LLFAPSSHAF APAGVARVGM PLRGKSVSAR SARVTPAKMA MDPSQLSHIA DGAQTFLSTL DTVPFIDEVT GEPQGFTSP KNHFASVIGL WVLFALPVWS AAYKQAGCTT PDWFGVSQVA EDAPGVGLLA KAAPEYNGPS FREGLEYVFS F VWKPPILI ...文字列:
RTVLVLACSL LLFAPSSHAF APAGVARVGM PLRGKSVSAR SARVTPAKMA MDPSQLSHIA DGAQTFLSTL DTVPFIDEVT GEPQGFTSP KNHFASVIGL WVLFALPVWS AAYKQAGCTT PDWFGVSQVA EDAPGVGLLA KAAPEYNGPS FREGLEYVFS F VWKPPILI AWKPRADLDR DAMDPARDTV VSSLYKGLGG ALDKTAVYDE EDQLLILSDI VTFEETDLGR RREAIAEASG WY TGNPSFG RSLIEYSEQT RKGKRDQGTV TISTEELAKL RAEAAKK

+
分子 #18: CAC2

分子名称: CAC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 23.912699 KDa
配列文字列: MLRTALIAAC VASASAFVPA SGFAPMAMKS RTSAVSSMRM QEGDFSAAVP FLKRPSNLDG AYIGDVGFDP LGFSDVFDLR VLREAELKH GRFAMLAVLG FIVQELYTFP FFPKMAPVDA HDYFVKQGGG SQIIFWISFV ELFGVVALFE TLQGKREPGD F AFDPLGLA ...文字列:
MLRTALIAAC VASASAFVPA SGFAPMAMKS RTSAVSSMRM QEGDFSAAVP FLKRPSNLDG AYIGDVGFDP LGFSDVFDLR VLREAELKH GRFAMLAVLG FIVQELYTFP FFPKMAPVDA HDYFVKQGGG SQIIFWISFV ELFGVVALFE TLQGKREPGD F AFDPLGLA KDEATLERYR LAEVKHARLA MIAIGGFIHQ YWVTKQTVLE QLGNFKSLA

+
分子 #19: CAC3

分子名称: CAC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 23.723541 KDa
配列文字列: MAVLALACVA AASAFSSPAL LGGVTRATRA SAISGMKMQD RSYSMPFLSR PPALDGTMAG DVGFDPLGFS NYFDLKWLRE AELKHGRIC MLGCLGFITQ EKIQLPLPGF DNKVATEAFF SVPAGGLWQI FFTLGAIEIL SNGGKLAPAD MFAEGRAPGD L GFDPLNLS ...文字列:
MAVLALACVA AASAFSSPAL LGGVTRATRA SAISGMKMQD RSYSMPFLSR PPALDGTMAG DVGFDPLGFS NYFDLKWLRE AELKHGRIC MLGCLGFITQ EKIQLPLPGF DNKVATEAFF SVPAGGLWQI FFTLGAIEIL SNGGKLAPAD MFAEGRAPGD L GFDPLNLS GDDAALRRFE LAELKHARLA MIGLGGMLHQ MLITKQAPLE QLANFQPIQY YGL

+
分子 #20: CAC4

分子名称: CAC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 23.11185 KDa
配列文字列: MAVVASASAF APAGVLPRAA TRAAAKSSAP TMQLYQEGIL QGITVNAIPK AERPPGLDGT YVGDIGFDPL GFSSIIDMRW LREAELKHG RVCMLAATGM IVQDVYQFPG VTKSFGDAKM TTLHDVAVKQ GSMQQLLVWL GFLEIFGFVA IVQMLQGSDR Q PGDFGFDP ...文字列:
MAVVASASAF APAGVLPRAA TRAAAKSSAP TMQLYQEGIL QGITVNAIPK AERPPGLDGT YVGDIGFDPL GFSSIIDMRW LREAELKHG RVCMLAATGM IVQDVYQFPG VTKSFGDAKM TTLHDVAVKQ GSMQQLLVWL GFLEIFGFVA IVQMLQGSDR Q PGDFGFDP LNCAANPDAL ARRQLVELKN GRLAMIATAG MLHHFFITGK GPIQLITG

+
分子 #21: CAC5

分子名称: CAC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 24.738434 KDa
配列文字列: MLRTTLALAA VAGAAAFAPS PAFAPKAATT RAVATQGPRM AVFGGDFSES VPFLKTPTNL DGSLPGDVGF DPLGFSEVFD IRVLREAEL KHGRIAMLAT LGYLVQEAYV LPFFEKVPPI QAHDALVKSG GMSQILLWTS FLEIFGGIAL FSTIQGRRYP G DFSFDPLG ...文字列:
MLRTTLALAA VAGAAAFAPS PAFAPKAATT RAVATQGPRM AVFGGDFSES VPFLKTPTNL DGSLPGDVGF DPLGFSEVFD IRVLREAEL KHGRIAMLAT LGYLVQEAYV LPFFEKVPPI QAHDALVKSG GMSQILLWTS FLEIFGGIAL FSTIQGRRYP G DFSFDPLG LSQGKNADKL EQYQLAEIKH SRLAMLAFSG FVHQGFITKQ GVLEQLGNFR PIPGFPEATF F

+
分子 #22: CAC6

分子名称: CAC6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 24.792469 KDa
配列文字列: MDKHADIETE KSCIPGRIPR SRRCTLISIP RRVSDGCTLC SAAAIARGPT MQDNAMPFLE RPPKLDGSLA GDVGFDPVGF SNYFDLRWL RESELKHGRV CMLGVTGLLV QEAVCLPQFS NGKTPVDDFF VVPAAGLWQV FFAIGAVEFF SHGFKLTPGD M FSEGREAG ...文字列:
MDKHADIETE KSCIPGRIPR SRRCTLISIP RRVSDGCTLC SAAAIARGPT MQDNAMPFLE RPPKLDGSLA GDVGFDPVGF SNYFDLRWL RESELKHGRV CMLGVTGLLV QEAVCLPQFS NGKTPVDDFF VVPAAGLWQV FFAIGAVEFF SHGFKLTPGD M FSEGREAG DFGFDPLNLS GNPDALARRR LVEVKNGRLA MIAFGGLLHQ QLLTGQGTFE QLANFKAIA

+
分子 #23: CAC1

分子名称: CAC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 25.265215 KDa
配列文字列: MRFAFAALCA SASAFTASPA LFTRQSTRAA VSRGPSMQLY QEGVLQGLGV DAIPGTDRPK NLDGTLVGDI GFDPLGFSNW LDLRWAREA EIKHGRVAML AATGMIVQDV YKFPGVQQTF GDASMMKLHN VAVGQGAMQQ LFLWITVLET LTGIPAIIQT L KGSERQPG ...文字列:
MRFAFAALCA SASAFTASPA LFTRQSTRAA VSRGPSMQLY QEGVLQGLGV DAIPGTDRPK NLDGTLVGDI GFDPLGFSNW LDLRWAREA EIKHGRVAML AATGMIVQDV YKFPGVQQTF GDASMMKLHN VAVGQGAMQQ LFLWITVLET LTGIPAIIQT L KGSERQPG DFGFDPLGCG SNPEQLARRQ LVELKNGRLA MIAVGGMVHH YLLVGRGPIE FIKNIPNFKN PLPPF

+
分子 #24: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #25: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 194 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #26: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #27: 1,3,3-trimethyl-2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-3,7,12,16-tet...

分子名称: 1,3,3-trimethyl-2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1R)-2,6,6-trimethylcyclohex-2-en-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohexene
タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 24 / 式: WVN
分子量理論値: 536.873 Da

+
分子 #28: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 4 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #29: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #30: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸 / pH緩衝剤*YM

+
分子 #31: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 20 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #32: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #33: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 4 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

+
分子 #34: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 22 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #35: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 4 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #36: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #37: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 24 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

+
分子 #38: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17- ...名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 48 / 式: II0
分子量理論値: 564.84 Da
Chemical component information

ChemComp-II0:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol / アロキサンチン

+
分子 #39: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 8 / 式: IHT
分子量理論値: 550.856 Da
Chemical component information

ChemComp-IHT:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / 7,8-ジデヒドロ-β-クリプトキサンチン

+
分子 #40: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6jlu

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 112613
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る