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- EMDB-38425: The composite EM map of the Ycf2-FtsHi motor complex from Arabido... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38425
タイトルThe composite EM map of the Ycf2-FtsHi motor complex from Arabidopsis in ATP-bound state
マップデータA composite map combined by EMD-38426 and EMD-38427
試料
  • 複合体: The Ycf2-FtsHi motor complex from Arabidopsis
    • タンパク質・ペプチド: x 16種
  • リガンド: x 4種
キーワードATP-motor / Ycf2 / FtsHi / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of photorespiration / chloroplast protein-transporting ATPase activity / Ycf2/FtsHi complex / plastid stroma / plastid fission / protein import into chloroplast stroma / chloroplast fission / stromule / chloroplast inner membrane / chloroplast organization ...regulation of photorespiration / chloroplast protein-transporting ATPase activity / Ycf2/FtsHi complex / plastid stroma / plastid fission / protein import into chloroplast stroma / chloroplast fission / stromule / chloroplast inner membrane / chloroplast organization / chloroplast membrane / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / embryo development ending in seed dormancy / apoplast / malate metabolic process / chloroplast envelope / plant-type vacuole / plasmodesma / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / chloroplast stroma / plastid / ATP-dependent peptidase activity / chloroplast thylakoid membrane / tricarboxylic acid cycle / cell redox homeostasis / response to cold / chloroplast / metalloendopeptidase activity / defense response to bacterium / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / proteolysis / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised protein family Ycf2 / : / : / : / : / Ycf2 family / AtTam9 family / AtTam37 zinc finger region / AtTam38 family / : ...Uncharacterised protein family Ycf2 / : / : / : / : / Ycf2 family / AtTam9 family / AtTam37 zinc finger region / AtTam38 family / : / Malate dehydrogenase, type 1 / Peptidase M41 / Peptidase M41-like / Peptidase family M41 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / NAD(P)-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 2, chloroplastic / Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 5, chloroplastic / Embryo defective 2737 / Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 4, chloroplastic / Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 1, chloroplastic / Protein Ycf2 / Aspartyl/glutamyl-tRNA (Asn/Gln) amidotransferase subunit B / At4g28210 / ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 12, chloroplastic / Malate dehydrogenase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liang K / Zhan X / Xu Q / Wu J / Yan Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271239 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the chloroplast protein import in land plants.
著者: Ke Liang / Zeyu Jin / Xiechao Zhan / Yuxin Li / Qikui Xu / Yanqiu Xie / Yi Yang / Shaojie Wang / Jianping Wu / Zhen Yan /
要旨: Chloroplast proteins are imported via the translocon at the outer chloroplast membrane (TOC)-translocon at the inner chloroplast membrane (TIC) supercomplex, driven by an ATPase motor. The Ycf2-FtsHi ...Chloroplast proteins are imported via the translocon at the outer chloroplast membrane (TOC)-translocon at the inner chloroplast membrane (TIC) supercomplex, driven by an ATPase motor. The Ycf2-FtsHi complex has been identified as the chloroplast import motor. However, its assembly and cooperation with the TIC complex during preprotein translocation remain unclear. Here, we present the structures of the Ycf2-FtsHi and TIC complexes from Arabidopsis and an ultracomplex formed between them from Pisum. The Ycf2-FtsHi structure reveals a heterohexameric AAA+ ATPase motor module with characteristic features. Four previously uncharacterized components of Ycf2-FtsHi were identified, which aid in complex assembly and anchoring of the motor module at a tilted angle relative to the membrane. When considering the structures of the TIC complex and the TIC-Ycf2-FtsHi ultracomplex together, it becomes evident that the tilted motor module of Ycf2-FtsHi enables its close contact with the TIC complex, thereby facilitating efficient preprotein translocation. Our study provides valuable structural insights into the chloroplast protein import process in land plants.
履歴
登録2023年12月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38425.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38425.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A composite map combined by EMD-38426 and EMD-38427
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 391.32 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 391.32 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 391.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.009
最小 - 最大-0.021426763 - 0.11543987
平均 (標準偏差)0.0003990205 (±0.0016654336)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 391.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The Ycf2-FtsHi motor complex from Arabidopsis

全体名称: The Ycf2-FtsHi motor complex from Arabidopsis
要素
  • 複合体: The Ycf2-FtsHi motor complex from Arabidopsis
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 12, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Malate dehydrogenase, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Protein Ycf2
    • タンパク質・ペプチド: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 4, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 5, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: AtTam46
    • タンパク質・ペプチド: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Embryo defective 2737
    • タンパク質・ペプチド: At4g28210
    • タンパク質・ペプチド: Aspartyl/glutamyl-tRNA (Asn/Gln) amidotransferase subunit B
    • タンパク質・ペプチド: UNK
    • タンパク質・ペプチド: UNK
    • タンパク質・ペプチド: UNK
    • タンパク質・ペプチド: UNK
    • タンパク質・ペプチド: UNK
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

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超分子 #1: The Ycf2-FtsHi motor complex from Arabidopsis

超分子名称: The Ycf2-FtsHi motor complex from Arabidopsis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
含まれる分子: #2, #9, #4, #1, #5, #3, #7, #6, #16, #8, #10, #13, #12, #11, #14-#15
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 4, chl...

分子名称: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 4, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 96.975398 KDa
配列文字列: MTFYISSSLT PTHFSKPLNP SNTLFPSQFR GSLSSFVRRR KPTEAKLSSK FNLFPSRRNG LITCCSTSSF ESTESSVSQE EDAESNRLF EKLRETERER LSNMEELERK ANVQLERQLV MASDWSRTLL TMRGKLKGTE WDPETSHRIN FSDFMKLLDS N SVQYMEYS ...文字列:
MTFYISSSLT PTHFSKPLNP SNTLFPSQFR GSLSSFVRRR KPTEAKLSSK FNLFPSRRNG LITCCSTSSF ESTESSVSQE EDAESNRLF EKLRETERER LSNMEELERK ANVQLERQLV MASDWSRTLL TMRGKLKGTE WDPETSHRIN FSDFMKLLDS N SVQYMEYS NYGQTISVIL PYYKDGEPLG EEEDSKKEII FRRHIVDRMP IDGWNDVWKK LHQQIVNVEV FNVDVVPAEV YT TVATFVV WSMRLALFVS LYVWIDSITR PIYAKLIPCD LGTPTKKIRQ PLKRQALGSL GKSRAKFISA EEKTGVTFDD FAG QEYIKR ELQEIVRILK NDEEFQNKGI YCPKGVLLHG PPGTGKTLLA KAIAGEAGLP FFAANGTDFV EMFVGVAASR VKDL FASSR SYAPSIIFID EIDAIGSKRG GPDIGGGGAE REQGLLQILT EMDGFKVTTS QVLVIGATNR LDILDPALLR KGRFD KIIR VGLPSKDGRL AILKVHARNK FFRSEDEKEE LLQEVAENTE DFTGAELQNV LNEAGILTAR KDLDYIGREE LLEALK RQK GTFETGQEDS TEVPEELKLR LAYREAAVAV LACYLPDQYR PISETDINSI RSQPNMRYSE TSGRVFARKS DYVNSII RA CAPRVVEEEM FGIENLCWIS AKSTLEASQR AEFLILQTGM TAFGKAYYRN QRDLVPNLVP KLEALRDEYM RFAVEKCS S ILQEYQSALE EITDVLLEKG EIKADEIWNI YNTAPRIPQK PVRPVDEYGA LIYAGRWGIH GVSLPGRVTF SPGNIGFAT FGAPRPMETQ IISDDTWKLV DEIWDKKVEE IKAEAVIQIE EEKKKPQILM ATHFF

UniProtKB: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 4, chloroplastic

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分子 #2: ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 12, chloroplastic

分子名称: ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 12, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 115.267148 KDa
配列文字列: MEIAISYKPN PLISSSTQLL KRSKSFGLVR FPAKYGLGAT RKKQLFRVYA SESSSGSSSN SDGGFSWVRL AQSIRLGAER IGEKIGESV KTEIGFDSEE ASGRVNEYVA RVKDSVHKGH HELTRFKNET VPSFIDWNKW EHWKDIRNWD GKRVAALFIY A FALLLSCQ ...文字列:
MEIAISYKPN PLISSSTQLL KRSKSFGLVR FPAKYGLGAT RKKQLFRVYA SESSSGSSSN SDGGFSWVRL AQSIRLGAER IGEKIGESV KTEIGFDSEE ASGRVNEYVA RVKDSVHKGH HELTRFKNET VPSFIDWNKW EHWKDIRNWD GKRVAALFIY A FALLLSCQ RVYVAIQAPR VERERRELTE SFMEALIPEP SPGNIEKFKR NMWRKATPKG LKLKRFIEAP DGTLVHDSSY VG ENAWDDD LETTEGSLKK IIGRNARIQT EAKKKLSQDL GVSGEIGDSV GNWRERLATW KEMLEREKLS EQLNSSAAKY VVE FDMKEV EKSLREDVIG RTSETEGTRA LWISKRWWRY RPKLPYTYFL QKLDSSEVAA VVFTEDLKRL YVTMKEGFPL EYIV DIPLD PYLFETICNA GVEVDLLQKR QIHYFMKVFI ALLPGILILW FIRESAMLLL ITSKRFLYKK YNQLFDMAYA ENFIL PVGD VSETKSMYKE VVLGGDVWDL LDELMIYMGN PMQYYEKDVA FVRGVLLSGP PGTGKTLFAR TLAKESGLPF VFASGA EFT DSEKSGAAKI NEMFSIARRN APAFVFVDEI DAIAGRHARK DPRRRATFEA LIAQLDGEKE KTGIDRFSLR QAVIFIC AT NRPDELDLEF VRSGRIDRRL YIGLPDAKQR VQIFGVHSAG KNLAEDIDFG KLVFRTVGFS GADIRNLVNE AAIMSVRK G RSYIYQQDIV DVLDKQLLEG MGVLLTEEEQ QKCEQSVSYE KKRLLAVHEA GHIVLAHLFP RFDWHAFSQL LPGGKETAV SVFYPREDMV DQGYTTFGYM KMQMVVAHGG RCAERVVFGD NVTDGGKDDL EKITKIAREM VISPQSARLG LTQLVKKIGM VDLPDNPDG ELIKYRWDHP HVMPAEMSVE VSELFTRELT RYIEETEELA MNALRANRHI LDLITRELLE KSRITGLEVE E KMKDLSPL MFEDFVKPFQ INPDDEELLP HKDRVSYQPV DLRAAPLHRS

UniProtKB: ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 12, chloroplastic

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分子 #3: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 5, chl...

分子名称: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 5, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 152.4795 KDa
配列文字列: MDFISASSLS SPFSTQLSPI YLSSGIVSLK PRHRVKNRNF GSRESNNKSR KIVPIRGCFG FSGSFLRSKQ SDYGSEAVSE SLRLCGEGN ELVLSSEYNS AKTRESVIQF VTKPLVYALF CIAIGLSPIR SFQAPALAVP FVSDVIWKKK KERVREKEVV L KAVDHEFS ...文字列:
MDFISASSLS SPFSTQLSPI YLSSGIVSLK PRHRVKNRNF GSRESNNKSR KIVPIRGCFG FSGSFLRSKQ SDYGSEAVSE SLRLCGEGN ELVLSSEYNS AKTRESVIQF VTKPLVYALF CIAIGLSPIR SFQAPALAVP FVSDVIWKKK KERVREKEVV L KAVDHEFS DYTRRLLETV SVLLKTIEIV RKENGEVAEV GAALDAVKVE KEKLQKEIMS GLYRDMRRLR KERDLLMKRA DK IVDEALS LKKQSEKLLR KGAREKMEKL EESVDIMESE YNKIWERIDE IDDIILKKET TTLSFGVREL IFIERECVEL VKS FNRELN QKSFESVPES SITKLSRSEI KQELVNAQRK HLEQMILPNV LELEEVDPFF DRDSVDFSLR IKKRLEESKK LQRD LQNRI RKRMKKFGEE KLFVQKTPEG EAVKGFPEAE VKWMFGEKEV VVPKAIQLHL RHGWKKWQEE AKADLKQKLL EDVDF GKQY IAQRQEQVLL DRDRVVSKTW YNEDKSRWEM DPMAVPYAVS RKLIDSARIR HDYAVMYVAL KGDDKEFYVD IKEYEM LFE KFGGFDALYL KMLACGIPTS VHLMWIPMSE LSLQQQFLLV TRVVSRVFNA LRKTQVVSNA KDTVLEKIRN INDDIMM AV VFPVIEFIIP YQLRLRLGMA WPEEIEQTVG STWYLQWQSE AEMNFKSRNT EDFQWFLWFL IRSSIYGFVL YHVFRFLK R KVPRLLGYGP FRRDPNVRKF WRVKSYFTYR KRRIKQKRKA GIDPIKTAFD RMKRVKNPPI PLKNFASIES MREEINEVV AFLQNPKAFQ EMGARAPRGV LIVGERGTGK TSLALAIAAE ARVPVVNVEA QELEAGLWVG QSAANVRELF QTARDLAPVI IFVEDFDLF AGVRGKFVHT KQQDHESFIN QLLVELDGFE KQDGVVLMAT TRNHKQIDEA LRRPGRMDRV FHLQSPTEME R ERILHNAA EETMDRELVD LVDWRKVSEK TTLLRPIELK LVPMALESSA FRSKFLDTDE LLSYVSWFAT FSHIVPPWLR KT KVAKTMG KMLVNHLGLN LTKDDLENVV DLMEPYGQIS NGIELLNPTV DWTRETKFPH AVWAAGRALI TLLIPNFDVV ENL WLEPSS WEGIGCTKIT KVTSGGSAIG NTESRSYLEK KLVFCFGSHI ASQMLLPPGD ENFLSSSEIT KAQEIATRMV LQYG WGPDD SPAVYYATNA VSALSMGNNH EYEMAGKVEK IYDLAYEKAK GMLLKNRRVL EKITEELLEF EILTHKDLER IVHEN GGIR EKEPFFLSGT NYNEALSRSF LDVGDPPETA LLSAPT

UniProtKB: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 5, chloroplastic

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分子 #4: Protein Ycf2

分子名称: Protein Ycf2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 269.925719 KDa
配列文字列: MKGHQFKSWI FELREIVREI KNAHYFLDSW TQFNSVGSFI HIFFHQERFR KLLDPRIFSI LLLRNSQGST SNRYFTIKGV VLFVVAALL YRINNRNMVE SKNLYLKGLL PIPMNSIGPR NDTSEESFGS CNINRLIVSL LYLTKGKKIS ESCFRDPKES T WVLPITQK ...文字列:
MKGHQFKSWI FELREIVREI KNAHYFLDSW TQFNSVGSFI HIFFHQERFR KLLDPRIFSI LLLRNSQGST SNRYFTIKGV VLFVVAALL YRINNRNMVE SKNLYLKGLL PIPMNSIGPR NDTSEESFGS CNINRLIVSL LYLTKGKKIS ESCFRDPKES T WVLPITQK CIMPESNWSS RWWRNWIGKK RGFCCKISNE TVAGIDISFK EKDIKYLEFL FVYYMDDPIR KGHDWELFDR LS PSKRRNI INLNSGQLFE ILVKDWICYL MFAFREKIPI EVEGFCKQQG AGSTIQSNDI EHVSHLFSRN KWAISLQNCA QFH MWQFHQ DLFVSWGKNP HESDFFRKIS RENWIWLDNV WLVNKDRFFS KVRNVSSNIQ YDSTRSSFVQ VTDSSQLNGS SDQF IDPFD SISNEDSEYH YHTLINQREI QQLKERSILL DPSFIQTEGR EIESDRFPKY LSGYSSMPRL FTEREKRMNN HLLPE ESEE FLGNPTRAIR SFFSDRWSEL HLGSNPTERS TRDQKLLKKE QDVSFVPSRR SENKEIVNIF KIITYLQNTV SIHPIS SDL GCDMVPKDEL DMDSSNKISF LNKNPFFDLF HLFHERKRGG YTLRHESEER FQEMADLFTL SITEPDLVYH KGFAFSI DS YGLDQRQFLK EVFNFRDESK KKSLLVLPPI FYEENESFYR RLRKIWVRIS CGNYLEDQKR VVFASNNIME AVNQYRLI R NMIQIQFQYS PYGYIRNVLN RFFLMKRPDR NFEYGIQRDL IGNDTLNHRT IMKDTINQHL SNLKKSQKKW FDPLIFLSQ TERSINRDPN AYRYKWSNGS KNFQEHLEHF VSERKSRFQV VFDQLCINQY SIDWSEVIDK KDLSKSLRFF LSKLLRFFLS KLLLFLSKL LLFLSNSLPF FFVSFENIPI HRSEIHIYEL KGPNDQLCNQ LLESIGLQIV HLKKLKPFLL DDHNTSQKSK F LINGGTIS PFLFNKIPKW MIDSFHTRKN RRKSFDNTDS AYFSIVSHDQ DNWLNPVKPF QRSSLISSFS KANRLRFLNN PH HFCFYCN KRFPFYVEKA RLNNSDFTFT YGQFLTILFI HNKTFSSCGG KKKHAFLERD TISPSSIESQ VSNIFISNDF PQS GDERYN LYKSFHFPIR SDPLVRRAIY SIADISGTPL IEGQRVNFER TYCQTLSDMN LSDSEEKSLH QYLNFNSNMG LIHT PCSEK YLQRKKRSLC LKKCVDKGQM DRTFQRDSAF STLSKWNLFQ TYMPWFFTST GYKYLNLIFL DTFSDLLRIL SSSQK FVSI FHDIMHGLDI SWRILQKKLC LPQRNLISEI SSKSLHNLLL SEEMIHRNNE SSLISTHLRS PNVREVLYSI LFLLLV AGY IVRTHLLFVS RAYSELQTEF EKIKSLMIPS YMIELRKLLD RYPTSELNSF WLKNLFLVAL EQLGDCLEEI RGSGGNM LW GGDPAYGVKS IRSKKKDLKI NFIDIIDLIS IIPNPINRIT FSRNTRHLSH TSKEIYSLIR KRKNVSGDWI DDKIESWV A NSDSIDDKER EFLVQFSTLR AEKRIDQILL SLTHSDHLSK NDSGYQMIEQ PGTIYLRYLV DIHKKYLMNY EFNTSCLAE RRIFLAHYQT ITYSQTSCGA NSFHFPSHGK PFSLRLALSP SRSILVIGSI GTGRSYLVKY LATNSYVPFI TVFLNKFLDN KPKGFFIDD IDIDDSDDID ASNDIDRELD TELELLTMMN ALTMDMMLEI DRFYITLQFE LAKAMSPCII WIPNIHDLDV N ESSYLALG LLVNSLSRDC ERCSTRNILV IASTHIPQKV DPALIAPNKL NTCIKIRRLL IPQQRKHFFT LSYTRGFHLE KK MFHTNGF ESITMGSSAR DLVALTNEAL SISITQKKSI IDTNTIRSAL HRQTWDLRSQ VRSVQDHGIL FYQIGRAVAQ NVL ISNCPI DPISIYMKKK SCNEGDSYLY KWYFELGTSM KKFTILLYLL SCSAGSVAQD LWSLPVPDEK NRITSYGFVE NDSD LVHGL LEVQGALVGS SRTEKDCSQF DNDRVTLLFR SEPRDPLYMM QDGSCSIVDQ RFLYEKYESE FEEGEGEGVL DPQQI EEDL FNHIVWAPRI WRPRGFLFDC IERPNELGFP YSAGSFRGKR IIYDEKYELQ ENDSEFLQSG TMQYQRRDRS SKEQGF FRI SQFIWDPADP LFFLFKDQPF VSVFSHREFF ADEEMSKGLL TSQTDPPTSI YKRWFIKNTQ EKHFELLIQR QRWLRTN SS LSNGFFRSNT RSESYQYLSN LFISNGTLLD RMTKTLLKKR WLFSDEMKIG FM

UniProtKB: Protein Ycf2

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分子 #5: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 1, chl...

分子名称: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 1, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 105.677828 KDa
配列文字列: MASIDNVFSL GTRFSIPENP KRSILKHATT SSFSARTQTR WRAPILRRSF TVLCELKTGS SSSGETNNSP AADDFVTRVL KENPSQVEP RYRVGDKLYN LKEREDLSKG TNAATGAFEF IKRKFDSKKK TETDKSEESV YLSDILREYK GKLYVPEQVF G PELSEEEE ...文字列:
MASIDNVFSL GTRFSIPENP KRSILKHATT SSFSARTQTR WRAPILRRSF TVLCELKTGS SSSGETNNSP AADDFVTRVL KENPSQVEP RYRVGDKLYN LKEREDLSKG TNAATGAFEF IKRKFDSKKK TETDKSEESV YLSDILREYK GKLYVPEQVF G PELSEEEE FEKNVKDLPK MSLEDFRKAM ENDKVKLLTS KEVSGVSYTS GYRGFIVDLK EIPGVKSLQR TKWSMKLEVG EA QALLKEY TGPQYEIERH MTSWVGKVAD FPNPVASSIS SRVMVELGMV TAVIAAAAVV VGGFLASAVF AVTSFAFVTT VYV VWPIAK PFLKLFVGVF LGVLEKSWDY IVDVLADGGI FSRISDFYTF GGVASSLEML KPILLVVMTM VLLVRFTLSR RPKN FRKWD LWQGIAFSQS KAEARVDGST GVKFADVAGI DEAVDELQEL VKYLKNPDLF DKMGIKPPHG VLLEGPPGCG KTLVA KAIA GEAGVPFYQM AGSEFVEVLV GVGSARIRDL FKRAKVNKPS VIFIDEIDAL ATRRQGIFKE NSDQLYNAAT QERETT LNQ LLIELDGFDT GKGVIFLGAT NRRDLLDPAL LRPGRFDRKI RVRPPNAKGR LDILKIHASK VKMSDSVDLS SYASNLP GW SGAKLAQLVQ EAALVAVRKT HNSILQSDMD DAVDRLTVGP TRIGLELGHQ GQCRRATTEV GVAITSHLLL RYENAKIE R CDRVSIIPRG QTLSQVVFHR LDDESYMFGR LPQLLHRLQV LLGGRAAEEV IYGSDTSKAS VDYLSDASWL ARKILTIWN LENPMVIHGE PPPWRKRPQF VGPRLDFEGS LYDDYDLVEP PVNFNMDDEV AHRSEELISQ MYNKTVSLLR QNQTALLKTV KVLLNQKEI SGEAIDFILD HYPPQTPLNS LLQEQNPGSL PFVPEHLRRE SGDFVLVNHS TDVNAQV

UniProtKB: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 1, chloroplastic

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分子 #6: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 2, chl...

分子名称: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 2, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 100.019688 KDa
配列文字列: MACRFPLHSS SPSQFLSPEN RQRLPRNYPS ISCQNNSATN VVHEDGDDND KAKTNQVNLL AIPITLTIIS ASLAKPSFAA AKVTERKRT QKKPQEALTL EQLKAWSKDL PVVSNRIPYT DILSLKAEGK LKHVIKPPNL SLRQKAEPVL VVLEDSRVLR T VLPSLEGN ...文字列:
MACRFPLHSS SPSQFLSPEN RQRLPRNYPS ISCQNNSATN VVHEDGDDND KAKTNQVNLL AIPITLTIIS ASLAKPSFAA AKVTERKRT QKKPQEALTL EQLKAWSKDL PVVSNRIPYT DILSLKAEGK LKHVIKPPNL SLRQKAEPVL VVLEDSRVLR T VLPSLEGN KRFWEQWDEL GIDVQCVNAY TPPVKRPPVP SPYLGFLWKV PAYMLTWVKP KKESKRAAEL KRMREDFKRQ RK EEIETMK EERVMMEKTM KAQKKQQERK KRKAVRKKKY EESLREARKN YRDMADMWAR LAQDPNVATA LGLVFFYIFY RVV VLNYRK QKKDYEDRLK IEKAEADERK KMRELEREME GIEEEDEEVE EGTGEKNPYL QMAMQFMKSG ARVRRASNKR LPEY LERGV DVKFTDVAGL GKIRLELEEI VKFFTHGEMY RRRGVKIPGG ILLCGPPGVG KTLLAKAVAG EAGVNFFSIS ASQFV EIYV GVGASRVRAL YQEARENAPS VVFIDELDAV GRERGLIKGS GGQERDATLN QLLVSLDGFE GRGEVITIAS TNRPDI LDP ALVRPGRFDR KIFIPKPGLI GRMEILQVHA RKKPMAEDLD YMAVASMTDG MVGAELANIV EIAAINMMRD GRTELTT DD LLQAAQIEER GMLDRKDRSL ETWRQVAINE AAMAVVAVNF PDMKNIEFLT INPRAGRELG YVRVKMDHIK FKEGMLSR Q SILDHITVQL APRAADELWY GEDQLSTIWA ETSDNARSAA RSLVLGGLSD KHHGLNNFWV ADRINDIDVE ALRILNMCY ERAKEILGRN RTLMDEVVEK LVQKKSLTKQ EFFTLVELYG SSKPMPPSIL ELRKIKRLEL EEMVLKLDMT TARNSS

UniProtKB: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 2, chloroplastic

+
分子 #7: AtTam46

分子名称: AtTam46 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 45.844582 KDa
配列文字列: MEAVLLCSKL VPRAASLEGN QKFSFRHLNK HLKCNSLRAD SRDTPLLRGF EAIKSPSIWS CAPFPVRKGS WVPPRCSISS STVSDSDNP FLSQFRTFSF GSMVKKVREL KVKPMDVVKL TLLLSILTVA AKKTLTLVLD PFFWMYFSWT WLFWPWFIAV G LAGYGIYC ...文字列:
MEAVLLCSKL VPRAASLEGN QKFSFRHLNK HLKCNSLRAD SRDTPLLRGF EAIKSPSIWS CAPFPVRKGS WVPPRCSISS STVSDSDNP FLSQFRTFSF GSMVKKVREL KVKPMDVVKL TLLLSILTVA AKKTLTLVLD PFFWMYFSWT WLFWPWFIAV G LAGYGIYC FRKHWLGEAN AFEQLGIVTS VFTWLTLVPP AYFNGYLEGW PYVFFLAYHY FFFFNVSVRK RLYGDFYART HD PKWDVNT PLWSRILFGV GIMVGHWLAA FEGPELHRLP GGWANVGIWI LIVITMLMHY DSTLYLARYS EKVVVPTAVV QFG PYRWVR HPIYASTMLL FAAYCTALRA PLSLLFLLAV CLVYYNKKAK MEEELMVESF GQSYSDYADK VRHKFIPFVY

+
分子 #8: At4g28210

分子名称: At4g28210 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 38.379551 KDa
配列文字列: MTLLALSSSL SSPSFFCRNS RIRFSPVSRI SSLNGDNKLT NSPPQFLNAG ASLRRFVAPG KFPSVRLRVL TRCEKENAPK GGIEDDAER FARRESTMPD RFRYLTKEAP DSPIIWPWFV ALGFLVYAWR AVLFELSNWR KAAFAILAFV GDLSKFALAL V FHFIGDPI ...文字列:
MTLLALSSSL SSPSFFCRNS RIRFSPVSRI SSLNGDNKLT NSPPQFLNAG ASLRRFVAPG KFPSVRLRVL TRCEKENAPK GGIEDDAER FARRESTMPD RFRYLTKEAP DSPIIWPWFV ALGFLVYAWR AVLFELSNWR KAAFAILAFV GDLSKFALAL V FHFIGDPI TSLISLVETA MYSVRAFYSG IVAYTPVREL TTVILLASSV LAIGEAVAPE SISKQPYVVT IAGLVGYAAV QS YISEPFF WTVLLGLYGY SRLIKKRDDV TSALPSAAVL AGVGEPWVRV VAITGYLALA MYHNSTKTSS EEESQILRRA PPM PLLAAA LAIGVRLAAK WAGYRHLTWM IV

UniProtKB: At4g28210

+
分子 #9: Malate dehydrogenase, chloroplastic

分子名称: Malate dehydrogenase, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: malate dehydrogenase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 42.452449 KDa
配列文字列: MATATSASLF STVSSSYSKA SSIPHSRLQS VKFNSVPSFT GLKSTSLISG SDSSSLAKTL RGSVTKAQTS DKKPYGFKIN ASYKVAVLG AAGGIGQPLS LLIKMSPLVS TLHLYDIANV KGVAADLSHC NTPSQVRDFT GPSELADCLK DVNVVVIPAG V PRKPGMTR ...文字列:
MATATSASLF STVSSSYSKA SSIPHSRLQS VKFNSVPSFT GLKSTSLISG SDSSSLAKTL RGSVTKAQTS DKKPYGFKIN ASYKVAVLG AAGGIGQPLS LLIKMSPLVS TLHLYDIANV KGVAADLSHC NTPSQVRDFT GPSELADCLK DVNVVVIPAG V PRKPGMTR DDLFNINANI VKTLVEAVAE NCPNAFIHII SNPVNSTVPI AAEVLKKKGV YDPKKLFGVT TLDVVRANTF VS QKKNLKL IDVDVPVIGG HAGITILPLL SKTKPSVNFT DEEIQELTVR IQNAGTEVVD AKAGAGSATL SMAYAAARFV ESS LRALDG DGDVYECSFV ESTLTDLPFF ASRVKIGKNG LEAVIESDLQ GLTEYEQKAL EALKVELKAS IDKGVAFANK PAAA AAN

UniProtKB: Malate dehydrogenase, chloroplastic

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分子 #10: Aspartyl/glutamyl-tRNA (Asn/Gln) amidotransferase subunit B

分子名称: Aspartyl/glutamyl-tRNA (Asn/Gln) amidotransferase subunit B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 9.327745 KDa
配列文字列:
MGNKATTVKE EREEIHLKIV PPLDKVFLRW LARDLQRVHG FKPKNNTRAI TPPDSYIEFM RLNGSLDVDL DDPDLAHLFK

UniProtKB: Aspartyl/glutamyl-tRNA (Asn/Gln) amidotransferase subunit B

+
分子 #11: UNK

分子名称: UNK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 1.962466 KDa
配列文字列:
(UNK)FLNNLLKVM V(UNK)FL(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #12: UNK

分子名称: UNK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 1.232597 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)VYVLVIKV K

+
分子 #13: UNK

分子名称: UNK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 3.781607 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)V(UNK)(UNK)(UNK)LLN(UNK) VF(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)L(UNK)HG R(UNK)(UNK)Q (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)L YNLM(UNK)(UNK)F(UNK)

+
分子 #14: UNK

分子名称: UNK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 1.934522 KDa
配列文字列:
LTVLIKRGIL ILIHKKA

+
分子 #15: UNK

分子名称: UNK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 1.635006 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #16: Embryo defective 2737

分子名称: Embryo defective 2737 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 37.382914 KDa
配列文字列: MSRGPGRLIQ NVTQFADAQF KQFSTRYGQQ VIDILDFPIK LVLSPFTLAF DIAGSAPRGF GIPEFISKIS YLSVFAVATL GTYDIALDL GKKVICQRDC KTCNGWQALR CTMCKGTGSV HYQIKDYNLR SGEKPTADCV ADAIVENRAE LVHLPSSFNH S APLPSKDC ...文字列:
MSRGPGRLIQ NVTQFADAQF KQFSTRYGQQ VIDILDFPIK LVLSPFTLAF DIAGSAPRGF GIPEFISKIS YLSVFAVATL GTYDIALDL GKKVICQRDC KTCNGWQALR CTMCKGTGSV HYQIKDYNLR SGEKPTADCV ADAIVENRAE LVHLPSSFNH S APLPSKDC PTCDGTGAMS CTECKNKLQV RISADDIMEP PWKAYNVLKK MDYPYEHIVH SMKDPSIANF WLITLPQIVG GF DYDEDVK KKIWWQYEES MRYDQLRDLV AKRNPGWEYL QDALVSIDPV RAREDPVIVK NVPYYKAKKS LEAESQKKAQ KGS RQRKWW FF

UniProtKB: Embryo defective 2737

+
分子 #17: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #18: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #19: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #20: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: PX2
分子量理論値: 535.671 Da
Chemical component information

ChemComp-PX2:
1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 738896
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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