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- EMDB-38422: CryoEM structure of compound HNC-1664 bound with RdRP-RNA complex... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38422
タイトルCryoEM structure of compound HNC-1664 bound with RdRP-RNA complex of SARS-CoV-2
マップデータMap of SARS-CoV-2 RNA dependent RNA Polymerase-RNA substrate-compound HNC-1664
試料
  • 複合体: CryoEM structure of compound HNC-1644 bound with RdRP-RNA
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase nsp12
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 7
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*GP*CP*AP*UP*G)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*CP*AP*UP*GP*CP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*G)-3')
  • リガンド: [[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-4-fluoranyl-5-(5-iodanyl-4-methyl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードRNA dependent RNA polymerase / SARS-CoV-2 / nucleoside analog / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / SARS coronavirus main proteinase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Li M / An L / Hong Y / Li S / Zhang K / Gong Q / Chang C
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: An adenosine analog shows high antiviral potency against coronavirus and arenavirus mainly through an unusual base pairing mode.
著者: Xiaoying Jia / Xuping Jing / Ming Li / Minli Gao / Yao Zhong / Entao Li / Yang Liu / Rui Li / Guoqiang Yao / Qiaojie Liu / Minmin Zhou / Yuxia Hou / Linfeng An / Yibao Hong / Shanshan Li / ...著者: Xiaoying Jia / Xuping Jing / Ming Li / Minli Gao / Yao Zhong / Entao Li / Yang Liu / Rui Li / Guoqiang Yao / Qiaojie Liu / Minmin Zhou / Yuxia Hou / Linfeng An / Yibao Hong / Shanshan Li / Jiancun Zhang / Wei Wang / Kaiming Zhang / Peng Gong / Sandra Chiu /
要旨: By targeting the essential viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRP), nucleoside analogs (NAs) have exhibited great potential in antiviral therapy for RNA virus-related diseases. However, most ribose- ...By targeting the essential viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRP), nucleoside analogs (NAs) have exhibited great potential in antiviral therapy for RNA virus-related diseases. However, most ribose-modified NAs do not present broad-spectrum features, likely due to differences in ribose-RdRP interactions across virus families. Here, we show that HNC-1664, an adenosine analog with modifications both in ribose and base, has broad-spectrum antiviral activity against positive-strand coronaviruses and negative-strand arenaviruses. Importantly, treatment with HNC-1664 demonstrate anti-SARS-CoV-2 efficacy in infected K18-human ACE2 mice, with reduced viral titer and mortality, as well as improved lung injury. Enzymology data demonstrate that HNC-1664 inhibits RNA synthesis mainly at the pre-catalysis stage. The cryo-EM structures of HNC-1664-bound RdRP-RNA complexes from both SARS-CoV-2 and LASV reveal an unusual base pairing mode of HNC-1664 in part due to its base modification, thus revealing its great potency in binding but not catalysis. Under certain circumstances, 1664-TP can be slowly incorporated by RdRP through regular Watson-Crick base pairing, as evidenced by enzymology data and an HNC-1664-incorporated crystal structure of the RdRP-RNA complex. Overall, HNC-1664 achieves broad-spectrum characteristics by favoring an alternative base pairing strategy to non-catalytically block RNA synthesis, providing a novel concept for the rational development of NA drugs.
履歴
登録2023年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2025年1月15日-
現状2025年1月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38422.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38422.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of SARS-CoV-2 RNA dependent RNA Polymerase-RNA substrate-compound HNC-1664
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 336 pix.
= 275.52 Å		0.82 Å/pix.
x 336 pix.
= 275.52 Å		0.82 Å/pix.
x 336 pix.
= 275.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.089
最小 - 最大-0.9576972 - 1.430564
平均 (標準偏差)-0.00005996195 (±0.03218066)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 275.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Map of SARS-CoV-2 RNA dependent RNA Polymerase-RNA substrate-compound...

ファイルemd_38422_additional_1.map
注釈Map of SARS-CoV-2 RNA dependent RNA Polymerase-RNA substrate-compound HNC-1664
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of SARS-CoV-2 RNA dependent RNA Polymerase-RNA...

ファイルemd_38422_half_map_1.map
注釈Half map of SARS-CoV-2 RNA dependent RNA Polymerase-RNA substrate-compound HNC-1664
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of SARS-CoV-2 RNA dependent RNA Polymerase-RNA...

ファイルemd_38422_half_map_2.map
注釈Half map of SARS-CoV-2 RNA dependent RNA Polymerase-RNA substrate-compound HNC-1664
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of compound HNC-1644 bound with RdRP-RNA

全体名称: CryoEM structure of compound HNC-1644 bound with RdRP-RNA
要素
  • 複合体: CryoEM structure of compound HNC-1644 bound with RdRP-RNA
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase nsp12
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 7
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*GP*CP*AP*UP*G)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*CP*AP*UP*GP*CP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*G)-3')
  • リガンド: [[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-4-fluoranyl-5-(5-iodanyl-4-methyl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: CryoEM structure of compound HNC-1644 bound with RdRP-RNA

超分子名称: CryoEM structure of compound HNC-1644 bound with RdRP-RNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase nsp12

分子名称: RNA-directed RNA polymerase nsp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 108.350703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSADAQSFL NRVCGVSAAR LTPCGTGTST DVVYRAFDIY NDKVAGFAKF LKTNCCRFQE KDEDDNLIDS YFVVKRHTFS NYQHEETIY NLLKDCPAVA KHDFFKFRID GDMVPHISRQ RLTKYTMADL VYALRHFDEG NCDTLKEILV TYNCCDDDYF N KKDWYDFV ...文字列:
MGSADAQSFL NRVCGVSAAR LTPCGTGTST DVVYRAFDIY NDKVAGFAKF LKTNCCRFQE KDEDDNLIDS YFVVKRHTFS NYQHEETIY NLLKDCPAVA KHDFFKFRID GDMVPHISRQ RLTKYTMADL VYALRHFDEG NCDTLKEILV TYNCCDDDYF N KKDWYDFV ENPDILRVYA NLGERVRQAL LKTVQFCDAM RNAGIVGVLT LDNQDLNGNW YDFGDFIQTT PGSGVPVVDS YY SLLMPIL TLTRALTAES HVDTDLTKPY IKWDLLKYDF TEERLKLFDR YFKYWDQTYH PNCVNCLDDR CILHCANFNV LFS TVFPPT SFGPLVRKIF VDGVPFVVST GYHFRELGVV HNQDVNLHSS RLSFKELLVY AADPAMHAAS GNLLLDKRTT CFSV AALTN NVAFQTVKPG NFNKDFYDFA VSKGFFKEGS SVELKHFFFA QDGNAAISDY DYYRYNLPTM CDIRQLLFVV EVVDK YFDC YDGGCINANQ VIVNNLDKSA GFPFNKWGKA RLYYDSMSYE DQDALFAYTK RNVIPTITQM NLKYAISAKN RARTVA GVS ICSTMTNRQF HQKLLKSIAA TRGATVVIGT SKFYGGWHNM LKTVYSDVEN PHLMGWDYPK CDRAMPNMLR IMASLVL AR KHTTCCSLSH RFYRLANECA QVLSEMVMCG GSLYVKPGGT SSGDATTAYA NSVFNICQAV TANVNALLST DGNKIADK Y VRNLQHRLYE CLYRNRDVDT DFVNEFYAYL RKHFSMMILS DDAVVCFNST YASQGLVASI KNFKSVLYYQ NNVFMSEAK CWTETDLTKG PHEFCSQHTM LVKQGDDYVY LPYPDPSRIL GAGCFVDDIV KTDGTLMIER FVSLAIDAYP LTKHPNQEYA DVFHLYLQY IRKLHDELTG HMLDMYSVML TNDNTSRYWE PEFYEAMYTP HTVLQHHHHH HHHHH

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

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分子 #2: Non-structural protein 8

分子名称: Non-structural protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
分子量理論値: 23.455707 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHENLY FQGAIASEFS SLPSYAAFAT AQEAYEQAVA NGDSEVVLKK LKKSLNVAKS EFDRDAAMQR KLEKMADQAM TQMYKQARS EDKRAKVTSA MQTMLFTMLR KLDNDALNNI INNARDGCVP LNIIPLTTAA KLMVVIPDYN TYKNTCDGTT F TYASALWE ...文字列:
HHHHHHENLY FQGAIASEFS SLPSYAAFAT AQEAYEQAVA NGDSEVVLKK LKKSLNVAKS EFDRDAAMQR KLEKMADQAM TQMYKQARS EDKRAKVTSA MQTMLFTMLR KLDNDALNNI INNARDGCVP LNIIPLTTAA KLMVVIPDYN TYKNTCDGTT F TYASALWE IQQVVDADSK IVQLSEISMD NSPNLAWPLI VTALRANSAV KL

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

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分子 #3: Non-structural protein 7

分子名称: Non-structural protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
分子量理論値: 10.077685 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SKMSDVKCTS VVLLSVLQQL RVESSSKLWA QCVQLHNDIL LAKDTTEAFE KMVSLLSVLL SMQGAVDINK LCEEMLDNRA TLQHHHHHH

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

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分子 #4: RNA (5'-R(P*CP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*GP*CP*AP*UP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*CP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*GP*CP*AP*UP*G)-3')
タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 4.462708 KDa
配列文字列:
CUACGCGUAG CAUG

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分子 #5: RNA (5'-R(P*UP*UP*CP*AP*UP*GP*CP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*CP*AP*UP*GP*CP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*G)-3')
タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 5.993537 KDa
配列文字列:
UUUUUCAUGC UACGCGUAG

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分子 #6: [[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-4-fluoranyl-5-(5-iodanyl-4-methyl-pyr...

分子名称: [[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-4-fluoranyl-5-(5-iodanyl-4-methyl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: A1LVZ
分子量理論値: 633.092 Da

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1688273
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / 使用した粒子像数: 467095
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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