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- EMDB-38419: Structure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38419
タイトルStructure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 9種
キーワードPhotosystem II / PHOTOSYNTHESIS / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Chroomonas placoidea (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Li XY / Mao ZY / Shen JR / Han GY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesYSBR-004 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure and distinct supramolecular organization of a PSII-ACPII dimer from a cryptophyte alga Chroomonas placoidea.
著者: Zhiyuan Mao / Xingyue Li / Zhenhua Li / Liangliang Shen / Xiaoyi Li / Yanyan Yang / Wenda Wang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Guangye Han /
要旨: Cryptophyte algae are an evolutionarily distinct and ecologically important group of photosynthetic unicellular eukaryotes. Photosystem II (PSII) of cryptophyte algae associates with alloxanthin ...Cryptophyte algae are an evolutionarily distinct and ecologically important group of photosynthetic unicellular eukaryotes. Photosystem II (PSII) of cryptophyte algae associates with alloxanthin chlorophyll a/c-binding proteins (ACPs) to act as the peripheral light-harvesting system, whose supramolecular organization is unknown. Here, we purify the PSII-ACPII supercomplex from a cryptophyte alga Chroomonas placoidea (C. placoidea), and analyze its structure at a resolution of 2.47 Å using cryo-electron microscopy. This structure reveals a dimeric organization of PSII-ACPII containing two PSII core monomers flanked by six symmetrically arranged ACPII subunits. The PSII core is conserved whereas the organization of ACPII subunits exhibits a distinct pattern, different from those observed so far in PSII of other algae and higher plants. Furthermore, we find a Chl a-binding antenna subunit, CCPII-S, which mediates interaction of ACPII with the PSII core. These results provide a structural basis for the assembly of antennas within the supercomplex and possible excitation energy transfer pathways in cryptophyte algal PSII, shedding light on the diversity of supramolecular organization of photosynthetic machinery.
履歴
登録2023年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月5日-
マップ公開2024年6月5日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38419.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38419.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å		1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å		1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å

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投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.266
最小 - 最大-0.4169165 - 1.1308857
平均 (標準偏差)-0.0019910962 (±0.016036496)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 532.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38419_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_38419_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae

全体名称: Structure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae
要素
  • 複合体: Structure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-4
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-1
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-2
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-3
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein G
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-6
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-5
    • タンパク質・ペプチド: CCPII-S
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

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超分子 #1: Structure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae

超分子名称: Structure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)

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分子 #1: ACPII-4

分子名称: ACPII-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.734623 KDa
配列文字列: AVVLAACVAS AAAFAPGASV LPRAAARATS TKGPSMQLLP LYGEGKLQGP GTQAIPGSEP PPALDGTWVG DVGFDPLGFS RVIDMRWLR EAELKHGRVC MLAATGMIVQ DIALFPGVTK TFGPAKITAL HDVAVKQGSM QQLLVWLGFL EIFGFVAIVQ M LQGSGRQP ...文字列:
AVVLAACVAS AAAFAPGASV LPRAAARATS TKGPSMQLLP LYGEGKLQGP GTQAIPGSEP PPALDGTWVG DVGFDPLGFS RVIDMRWLR EAELKHGRVC MLAATGMIVQ DIALFPGVTK TFGPAKITAL HDVAVKQGSM QQLLVWLGFL EIFGFVAIVQ M LQGSGRQP GDFGFDPLNC GANTDTLARR QLVELKNGRL AMIATGGMIH HFFLTGKGPI EFITTLGA

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分子 #2: ACPII-1

分子名称: ACPII-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 25.151223 KDa
配列文字列: KMLRLSILAA CLAAAQAFTS PAALLRPSTR AAVSRGPSMQ LYKDGIIQGL GVEAIPGAGR PANLDGTLVG DVGFDPLGFS NWLDLRWAR EAEIKHGRVA MLAATGMIVQ DAYKFPGFEG EFGGAAMMKL HNLAVEQGAM QQLLLWLGLL EIISGVPAII Q TLNGSERQ ...文字列:
KMLRLSILAA CLAAAQAFTS PAALLRPSTR AAVSRGPSMQ LYKDGIIQGL GVEAIPGAGR PANLDGTLVG DVGFDPLGFS NWLDLRWAR EAEIKHGRVA MLAATGMIVQ DAYKFPGFEG EFGGAAMMKL HNLAVEQGAM QQLLLWLGLL EIISGVPAII Q TLNGSERQ PGDFGFDPLN CGANPDTLAR RQLTELKNGR LAMIAVGGMV HHYLLVGRGP IEFITNIPNF KNPLPPF

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分子 #3: ACPII-2

分子名称: ACPII-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.471201 KDa
配列文字列: AMLRVALIAA ILASASAFAP MGSLGLVKSA RSGAAISPRM QSGDFSAAVP FLKRPSNLDG TLAGDVGFDP LGFSDVFDLR VLREAELKH GRFAMLAVLG FLVQEVYTFP FFPKMAPVDA HDYFVTQGGG SQIIFWISFV EIFGVVALFE LIQGKRDAGD F AFDPLGLG ...文字列:
AMLRVALIAA ILASASAFAP MGSLGLVKSA RSGAAISPRM QSGDFSAAVP FLKRPSNLDG TLAGDVGFDP LGFSDVFDLR VLREAELKH GRFAMLAVLG FLVQEVYTFP FFPKMAPVDA HDYFVTQGGG SQIIFWISFV EIFGVVALFE LIQGKRDAGD F AFDPLGLG KDEATLARYK VAEIKHARLA MIAIGGFIHQ FWVTKQTVLE QLGNFQSLA

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分子 #4: ACPII-3

分子名称: ACPII-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 24.05502 KDa
配列文字列: ITHSRMLRTA ILALCVAGAS AFTASPALYK SASRKAAVSG MKMQDRSYAM PFLSRPPALD GSMAGDVGFD PLGFSNYFDL KWLREAELK HGRVCMLGCL GFLVQEQANL PLPGFDNKLA TEAFFSVPAG GLWQIFFSLG AIEIITNKGK LTPGSMFTGG R APGDLDFD ...文字列:
ITHSRMLRTA ILALCVAGAS AFTASPALYK SASRKAAVSG MKMQDRSYAM PFLSRPPALD GSMAGDVGFD PLGFSNYFDL KWLREAELK HGRVCMLGCL GFLVQEQANL PLPGFDNKLA TEAFFSVPAG GLWQIFFSLG AIEIITNKGK LTPGSMFTGG R APGDLDFD PLNLSVDETA LRRFELAELK HARLAMIGLG GMLHQMLLTK QAPIEQLTNF KSLA

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分子 #5: Photosystem II reaction center protein G

分子名称: Photosystem II reaction center protein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 5.464728 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #6: ACPII-6

分子名称: ACPII-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.923801 KDa
配列文字列: PAMFRAALLL ACLASASAFA PGSLMMPKSA TRAAISRGPR MQANDDLAVP FLERPPMLDG SYAGDIGFDP VGFSNYFDLR WLREAELKH GRVCMLGVVG FLVQEFVTLP MFSNGVTPVD DFFVVPATGL WQIFFTIGFV EAFSNGFKLT PSDMFADDRA P GDLGFDPL ...文字列:
PAMFRAALLL ACLASASAFA PGSLMMPKSA TRAAISRGPR MQANDDLAVP FLERPPMLDG SYAGDIGFDP VGFSNYFDLR WLREAELKH GRVCMLGVVG FLVQEFVTLP MFSNGVTPVD DFFVVPATGL WQIFFTIGFV EAFSNGFKLT PSDMFADDRA P GDLGFDPL GCGKDPAALA RRQLVEVKNG RLAMIAFGGM LHQQLLTKQG VIEQLTNFKA IM

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分子 #7: ACPII-5

分子名称: ACPII-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.762242 KDa
配列文字列: ACASAAAFAP GAMPSIGKAP RAVSKTAPRM AVFPGQFSDS VPFLKQPTNL DGSYVGDVGF DPLGFSDVFD IRVLREAELK HGRIAMLAT LGMVVQEAYT FPFFDKVLPI PAHDVIVKSG GMSQILLWTS FAEIFGGIAL FQTIQGKRAP GDYSFDPLNL S ANDLEKRE ...文字列:
ACASAAAFAP GAMPSIGKAP RAVSKTAPRM AVFPGQFSDS VPFLKQPTNL DGSYVGDVGF DPLGFSDVFD IRVLREAELK HGRIAMLAT LGMVVQEAYT FPFFDKVLPI PAHDVIVKSG GMSQILLWTS FAEIFGGIAL FQTIQGKRAP GDYSFDPLNL S ANDLEKRE RYALAEIKHS RLAMLAFSGM VHQYFITNQG VIEQINNFRP INGFPDATFS

+
分子 #8: CCPII-S

分子名称: CCPII-S / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 30.531848 KDa
配列文字列: DHKRSRMMKS LALAAVGLAV GAEAFAPTPM VGGAKLALRT SSTRSVATVG PKMAMDVNAI VEGAQYLTAA VPNVPFVDEI TGEPQGLTA PIVHFGSVIS LWLLFALPVW SAAYKAAGAD TAEWVGVSQV TEDAPGIGLY GKYAPEYDGP TFREGLEYVL S FAWKPPIL ...文字列:
DHKRSRMMKS LALAAVGLAV GAEAFAPTPM VGGAKLALRT SSTRSVATVG PKMAMDVNAI VEGAQYLTAA VPNVPFVDEI TGEPQGLTA PIVHFGSVIS LWLLFALPVW SAAYKAAGAD TAEWVGVSQV TEDAPGIGLY GKYAPEYDGP TFREGLEYVL S FAWKPPIL IAWKPRADLD RAMMDPARDT VVSSLYKSLG GALDKTAVYD EEDQLLILSD METFPETELG RRRVAQAEAA GW FTGNPSF GKSLIEYSEE TKKGMREPGT VSISAKELAA LRAEAAKK

+
分子 #9: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 69 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

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分子 #10: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 6 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

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分子 #11: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 5 / 式: IHT
分子量理論値: 550.856 Da
Chemical component information

ChemComp-IHT:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / 7,8-ジデヒドロ-β-クリプトキサンチン

+
分子 #12: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17- ...名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 21 / 式: II0
分子量理論値: 564.84 Da
Chemical component information

ChemComp-II0:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol / アロキサンチン

+
分子 #13: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 4 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #14: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca- ...名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: II3
分子量理論値: 566.856 Da
Chemical component information

ChemComp-II3:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / モナドキサンチン

+
分子 #15: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #16: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta...

分子名称: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: 8CT
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-8CT:
(6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene

+
分子 #17: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 610800
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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