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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38419 | |||||||||
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タイトル | Structure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Photosystem II / PHOTOSYNTHESIS / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Chroomonas placoidea (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å | |||||||||
データ登録者 | Li XY / Mao ZY / Shen JR / Han GY | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structure and distinct supramolecular organization of a PSII-ACPII dimer from a cryptophyte alga Chroomonas placoidea. 著者: Zhiyuan Mao / Xingyue Li / Zhenhua Li / Liangliang Shen / Xiaoyi Li / Yanyan Yang / Wenda Wang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Guangye Han / 要旨: Cryptophyte algae are an evolutionarily distinct and ecologically important group of photosynthetic unicellular eukaryotes. Photosystem II (PSII) of cryptophyte algae associates with alloxanthin ...Cryptophyte algae are an evolutionarily distinct and ecologically important group of photosynthetic unicellular eukaryotes. Photosystem II (PSII) of cryptophyte algae associates with alloxanthin chlorophyll a/c-binding proteins (ACPs) to act as the peripheral light-harvesting system, whose supramolecular organization is unknown. Here, we purify the PSII-ACPII supercomplex from a cryptophyte alga Chroomonas placoidea (C. placoidea), and analyze its structure at a resolution of 2.47 Å using cryo-electron microscopy. This structure reveals a dimeric organization of PSII-ACPII containing two PSII core monomers flanked by six symmetrically arranged ACPII subunits. The PSII core is conserved whereas the organization of ACPII subunits exhibits a distinct pattern, different from those observed so far in PSII of other algae and higher plants. Furthermore, we find a Chl a-binding antenna subunit, CCPII-S, which mediates interaction of ACPII with the PSII core. These results provide a structural basis for the assembly of antennas within the supercomplex and possible excitation energy transfer pathways in cryptophyte algal PSII, shedding light on the diversity of supramolecular organization of photosynthetic machinery. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38419.map.gz | 256.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38419-v30.xml emd-38419.xml | 23.7 KB 23.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38419_fsc.xml | 16.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38419.png | 61.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38419.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_38419_half_map_1.map.gz emd_38419_half_map_2.map.gz | 474.4 MB 474.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38419 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38419 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38419_validation.pdf.gz | 907.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38419_full_validation.pdf.gz | 907.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38419_validation.xml.gz | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38419_validation.cif.gz | 34.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38419 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38419 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38419.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38419_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38419_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Structure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae
+超分子 #1: Structure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae
+分子 #1: ACPII-4
+分子 #2: ACPII-1
+分子 #3: ACPII-2
+分子 #4: ACPII-3
+分子 #5: Photosystem II reaction center protein G
+分子 #6: ACPII-6
+分子 #7: ACPII-5
+分子 #8: CCPII-S
+分子 #9: CHLOROPHYLL A
+分子 #10: Chlorophyll c2
+分子 #11: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...
+分子 #12: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...
+分子 #13: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #14: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...
+分子 #15: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #16: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta...
+分子 #17: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |