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万見
- EMDB-38177: Cte-U537ins-Branching,Ca,inactive -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38177
タイトルCte-U537ins-Branching,Ca,inactive
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Cte-U537ins-Branching
    • RNA: RNA (811-mer)
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: water
キーワードCP group ii intron / Cte / back-splicing / circular RNA / SPLICING / RNA
生物種Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Ling XB / Ma JB
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)NSFC 31971130 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structures of a natural circularly permuted group II intron reveal mechanisms of branching and backsplicing.
著者: Xiaobin Ling / Yuqi Yao / Jinbiao Ma /
要旨: Circularly permuted (CP) group II introns, identified in various bacteria phyla, swap domains D5 and D6 near the 5' end and have reversed splice sites (SSs), leading to backsplicing and circular RNA ...Circularly permuted (CP) group II introns, identified in various bacteria phyla, swap domains D5 and D6 near the 5' end and have reversed splice sites (SSs), leading to backsplicing and circular RNA formation. In this study, we present multiple high-resolution cryo-electron microscopy structures of a natural CP group II intron from Comamonas testosteroni KF-1 (Cte 1), elucidating the molecular mechanisms of branching and backsplicing. During branching, the 5' SS is positioned by an auxiliary sequence (AUX)-enhanced interaction between the exon-binding site and intron-binding site (IBS) and stacks on the branch-site adenosine within D6, allowing the attacking 2'-OH group to coordinate with a metal ion in the active center. In backsplicing, the 3' SS is aligned with the branching step, leaving IBS in the active center, stabilized by base pairing with the AUX, which enables the free 3'-end hydroxyl group to directly attack the scissile phosphate of 3' SS. Furthermore, a groove in Cte 1 may stabilize the circular RNA. These findings highlight a conserved catalytic mechanism for canonical group II introns, albeit facilitated by the versatile AUX, opening avenues for designing potent ribozymes producing circular RNAs.
履歴
登録2023年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38177.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38177.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.61
最小 - 最大-0.12694603 - 17.111927000000001
平均 (標準偏差)0.0010814945 (±0.60503894)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38177_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38177_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cte-U537ins-Branching

全体名称: Cte-U537ins-Branching
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Cte-U537ins-Branching
    • RNA: RNA (811-mer)
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Cte-U537ins-Branching

超分子名称: Cte-U537ins-Branching / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)

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分子 #1: RNA (811-mer)

分子名称: RNA (811-mer) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
分子量理論値: 263.339688 KDa
配列文字列: GGCCGGGGCG CCACCCCGGA AGUGAUGCGA GUCGCCAACU CGCAUCACAA GCAAACGCUG UAGCCGCGUG CCUCUAAUAG GGCUGGCGC GGUUGCGAAG GGCGCUGGUG AGUGCAACUC UCACCUUCGA CCCAAUCCAU CUUGCGGCUC AACCCCGCAA G AUCAUCGC ...文字列:
GGCCGGGGCG CCACCCCGGA AGUGAUGCGA GUCGCCAACU CGCAUCACAA GCAAACGCUG UAGCCGCGUG CCUCUAAUAG GGCUGGCGC GGUUGCGAAG GGCGCUGGUG AGUGCAACUC UCACCUUCGA CCCAAUCCAU CUUGCGGCUC AACCCCGCAA G AUCAUCGC CAGACCGCUG GCGGCGUACU GAGUGACAAA CGGGGCAAAA CCAAAUUGAA GUUGGGCGAC CGUGAAACGG CG CUGGGCA GGAAAUGGCC CAGUGACCUG GUCAAUGGUG AAAGUCGGUG AAAGACCGAC CGGUGGGGCG UAUCGAAAGA GCG CAACAC CUGCCGCACA GGAUGGCUUC UGAGGUACCG GUGACGGUAC AGAACGCGGA GGGGAAACCU GGAAGCGAGG GCAC CUCGG GAAACCGGGG GUCGAUGCAU AGCUCAAACC UGUAACGGCA CCAGUGGAGG GUGCUGUGCG GAGCAACGUG GAGCC ACAG GCAUGAAGCC GUGGUUCGUA GUCGAUGAGA CAAGCGGUGA GUAAGGGAAG GGCUUGCGAA CAUCGCCUCC CCGAAA UCC AAGGAAAGCC GAAAGGCUAG CCGCUUUGUU GAGACAGUGG CGCCACGUUG CGCAUUAGCC GUGACCUAAA CGGGGAA CC UCUUGGCCGU ACCGACUCGG GUGGCACCGG UCGGGCUCGA UGGCUCAAGA GGGGGAGAUG UGAUGAUUAG GGUUUGAC C CGUGAUGCGA UACGACCGAA GCAUCCGGGG AGCUGUCUGA CGAAGAGUCG GCAGCAGUGG GUUUGGCGAC CCGCUCCGA AAGUCGCAAG C

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 14 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 19 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 126130
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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