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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cte-U537ins_Branch Intermediate,Ca,active | |||||||||
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![]() | CP group ii intron / Cte / back-splicing / circular RNA / cryo-EM / SPLICING / RNA | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å | |||||||||
![]() | Ling XB / Ma JB | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of a natural circularly permuted group II intron reveal mechanisms of branching and backsplicing. 著者: Xiaobin Ling / Yuqi Yao / Jinbiao Ma / ![]() ![]() 要旨: Circularly permuted (CP) group II introns, identified in various bacteria phyla, swap domains D5 and D6 near the 5' end and have reversed splice sites (SSs), leading to backsplicing and circular RNA ...Circularly permuted (CP) group II introns, identified in various bacteria phyla, swap domains D5 and D6 near the 5' end and have reversed splice sites (SSs), leading to backsplicing and circular RNA formation. In this study, we present multiple high-resolution cryo-electron microscopy structures of a natural CP group II intron from Comamonas testosteroni KF-1 (Cte 1), elucidating the molecular mechanisms of branching and backsplicing. During branching, the 5' SS is positioned by an auxiliary sequence (AUX)-enhanced interaction between the exon-binding site and intron-binding site (IBS) and stacks on the branch-site adenosine within D6, allowing the attacking 2'-OH group to coordinate with a metal ion in the active center. In backsplicing, the 3' SS is aligned with the branching step, leaving IBS in the active center, stabilized by base pairing with the AUX, which enables the free 3'-end hydroxyl group to directly attack the scissile phosphate of 3' SS. Furthermore, a groove in Cte 1 may stabilize the circular RNA. These findings highlight a conserved catalytic mechanism for canonical group II introns, albeit facilitated by the versatile AUX, opening avenues for designing potent ribozymes producing circular RNAs. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 91.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 26.9 KB 26.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 54.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 784.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 784 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38174_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38174_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Cte-U537ins_Branch Intermediate
全体 | 名称: Cte-U537ins_Branch Intermediate |
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要素 |
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-超分子 #1: Cte-U537ins_Branch Intermediate
超分子 | 名称: Cte-U537ins_Branch Intermediate / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: RNA (219-MER)
分子 | 名称: RNA (219-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 70.619031 KDa |
配列 | 文字列: GCCGGGGCGC CACCCCGGAA GUGAUGCGAG UCGCAACUCG CAUCACAAGC AAACGCUGUA GCCGCGUGCC UCUAAUAGGG CUGGCGCGG UUGCGAAGGG CGCUGGUGAG UGCAACUCUC ACCUUCGACC CAAUCCAUCU UGCGGCUCAA CCCCGCAAGA U CAUCGCCA ...文字列: GCCGGGGCGC CACCCCGGAA GUGAUGCGAG UCGCAACUCG CAUCACAAGC AAACGCUGUA GCCGCGUGCC UCUAAUAGGG CUGGCGCGG UUGCGAAGGG CGCUGGUGAG UGCAACUCUC ACCUUCGACC CAAUCCAUCU UGCGGCUCAA CCCCGCAAGA U CAUCGCCA GACCGCUGGC GGCGUACUGA GUGACAAACG AGGCAAAACC AAAUAGAAGU U |
-分子 #2: RNA (590-MER)
分子 | 名称: RNA (590-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 192.000297 KDa |
配列 | 文字列: GGGCGACCGU GAAACGGCGC UGGGCAGGAA AUGGCCCAGU GACCUGGUCA AUGGUGAAAA UCGGUGAAAG ACCGACCGGU GGGGCGUAU CGAAAGAGCG CAACGCCUGC CGCACAGGAU GGCUUCUGAG GUACCGGUGA CGGUACAGAA CGCGGAGGGG A AACCUGGA ...文字列: GGGCGACCGU GAAACGGCGC UGGGCAGGAA AUGGCCCAGU GACCUGGUCA AUGGUGAAAA UCGGUGAAAG ACCGACCGGU GGGGCGUAU CGAAAGAGCG CAACGCCUGC CGCACAGGAU GGCUUCUGAG GUACCGGUGA CGGUACAGAA CGCGGAGGGG A AACCUGGA AGCGAGGGCA CCUCGGGAAA CCGGGGGUCG AUGCAUAGCU CAAACCUGUA ACGGCACCAG UGAAAGGUGC UG UGCGGAG CAACGUGGAG CCACAGGCAU GAAGCCGUGG UUCGUAGUCG AUGAGACAAG CGGUGAGUAA GGGAAGGGCU UGC GAACAU CGCCUCCCCG AAAUCCAAGG AAAGCCGAAA GGCUAGCCGC UUUGUUGAGA CAGUGGCGCC ACGUUGCGCA UUAG CCGUG ACCUAAACGG GGAACCUCUU GGCCGUACCG ACUCGGGUGG CACCGGUCGG GCUCGAUGGC UCAAGAGGGG GAGAU GUGA UGAUUAGGGU UUGACCCGUG AUGCGAUACG ACCGAAGCAU CCGGGGAGCU GUCUGACGAA GAGUCGGCAG CAGUGG GUU UGGCGACCCG CUCCGAAAGU CGCAAGC |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 14 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 15 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |