EMDB-38112: local refinement of MCM_apo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-38112

タイトル

local refinement of MCM_apo

マップデータ

local refinement of MCM_apo

試料

複合体: MCM homohexamer

キーワード

Helicase / Replication / HYDROLASE

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Ma J / Yi G / Ye M / MacGregor-Chatwin C / Sheng Y / Lu Y / Li M / Gilbert RJC / Zhang P

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: MCM in the Apo state
著者: Jianbing M / Gangshun Y / Mingda Y / Craig MGC / Yuewen S / Ying L / Ming L / Gilbert RJC / Peijun Z

履歴

登録	2023年11月25日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年1月17日	-
マップ公開	2024年1月17日	-
更新	2024年1月17日	-
現状	2024年1月17日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_38112.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_38112.map.gz	6.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-38112-v30.xml emd-38112.xml	11.8 KB 11.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_38112.png	75.2 KB
Filedesc metadata	emd-38112.cif.gz	3.8 KB
その他	emd_38112_half_map_1.map.gz emd_38112_half_map_2.map.gz	200.5 MB 200.5 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38112 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38112	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_38112_validation.pdf.gz	766.9 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_38112_full_validation.pdf.gz	766.5 KB	表示
XML形式データ	emd_38112_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	emd_38112_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38112 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38112	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	38109C 38113C 38114C 38115C 38116C 38117C 38118C 38120C 8x7tC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_38112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

local refinement of MCM_apo

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.07 Å/pix. x 384 pix. = 411.648 Å	1.07 Å/pix. x 384 pix. = 411.648 Å	1.07 Å/pix. x 384 pix. = 411.648 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.072 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.16
最小 - 最大	-1.0349288 - 1.6248213
平均 (標準偏差)	0.00023787991 (±0.013664109)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: half map A of local refinement of MCM apo

ファイル

emd_38112_half_map_1.map

注釈

half map A of local refinement of MCM_apo

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B of local refinement of MCM apo

ファイル

emd_38112_half_map_2.map

注釈

half map B of local refinement of MCM_apo

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : MCM homohexamer

全体	名称: MCM homohexamer
要素	複合体: MCM homohexamer

-
超分子 #1: MCM homohexamer

超分子	名称: MCM homohexamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: OTHER 詳細: Generated using ab-initio reconstruction routine in cryoSPARC
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 445096
初期角度割当	タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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