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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38085 | |||||||||
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タイトル | The SIRM reconstruction of the MC-45 de novo processed PS1 | |||||||||
マップデータ | The SIRM reconstruction after Validation and Mask-Picking. | |||||||||
試料 |
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キーワード | PSI-8LHCI / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang XZ / Zhu DJ / Cao WL | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: Correction of preferred orientation-induced distortion in cryo-electron microscopy maps. 著者: Dongjie Zhu / Weili Cao / Junxi Li / Chunling Wu / Duanfang Cao / Xinzheng Zhang / 要旨: Reconstruction maps of cryo-electron microscopy (cryo-EM) exhibit distortion when the cryo-EM dataset is incomplete, usually caused by unevenly distributed orientations. Prior efforts had been ...Reconstruction maps of cryo-electron microscopy (cryo-EM) exhibit distortion when the cryo-EM dataset is incomplete, usually caused by unevenly distributed orientations. Prior efforts had been attempted to address this preferred orientation problem using tilt-collection strategy and modifications to grids or to air-water interfaces. However, these approaches often require time-consuming experiments, and the effect was always protein dependent. Here, we developed a procedure containing removing misaligned particles and an iterative reconstruction method based on signal-to-noise ratio of Fourier component to correct this distortion by recovering missing data using a purely computational algorithm. This procedure called signal-to-noise ratio iterative reconstruction method (SIRM) was applied on incomplete datasets of various proteins to fix distortion in cryo-EM maps and to a more isotropic resolution. In addition, SIRM provides a better reference map for further reconstruction refinements, resulting in an improved alignment, which ultimately improves map quality and benefits model building. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38085.map.gz | 114 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38085-v30.xml emd-38085.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_38085.png | 93.9 KB | ||
マスクデータ | emd_38085_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-38085.cif.gz | 3.9 KB | ||
その他 | emd_38085_half_map_1.map.gz emd_38085_half_map_2.map.gz | 98.4 MB 98.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38085 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38085 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38085_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38085_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38085_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38085_validation.cif.gz | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38085 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38085 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38085.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The SIRM reconstruction after Validation and Mask-Picking. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_38085_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Conventional reconstruction after Validation and Mask-Picking. Only used...
ファイル | emd_38085_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Conventional reconstruction after Validation and Mask-Picking. Only used for computing FSC. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Conventional reconstruction after Validation and Mask-Picking. Only used...
ファイル | emd_38085_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Conventional reconstruction after Validation and Mask-Picking. Only used for computing FSC. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : PSI-8LHCI
全体 | 名称: PSI-8LHCI |
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要素 |
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-超分子 #1: PSI-8LHCI
超分子 | 名称: PSI-8LHCI / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) / ソフトウェア - 詳細: SIRM-RELION 詳細: The main map was low-passed to 3.6 Angstrom. The reported resolution was 3.6 Angstrom via FSC-0.143 Gold-standard. 使用した粒子像数: 35328 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) / ソフトウェア - 詳細: SIRM-RELION |