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- EMDB-37996: ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dc-cParM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37996
タイトルParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dc-cParM1
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Dh-cParM1
    • タンパク質・ペプチド: ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dh-cParM1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードParM / genome / segregation / plasmid / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性: / Archaeal actin homologue MreB-like, C-terminal / Actin-like protein, N-terminal / Actin like proteins N terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Desulfitobacterium hafniense Y51 (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Ali S / Robinson RC / Narita A
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Science and TechnologyJPMJCR19S5 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H02410 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H02440 日本
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Bacterial genome-encoded ParMs.
著者: Samson Ali / Adrian Koh / David Popp / Kotaro Tanaka / Yoshihito Kitaoku / Naoyuki Miyazaki / Kenji Iwasaki / Kaoru Mitsuoka / Robert C Robinson / Akihiro Narita /
要旨: ParMs generally exist on low-copy number plasmids where they contribute to plasmid segregation and stable inheritance. We carried out bioinformatics analysis, which indicated that ParM genes are not ...ParMs generally exist on low-copy number plasmids where they contribute to plasmid segregation and stable inheritance. We carried out bioinformatics analysis, which indicated that ParM genes are not only confined to plasmids but are also occasionally found on genomes. Here we report the discovery and characterization of two chromosome-encoded ParMs (cParMs) from the genomes of Desulfitobacterium hafniense (Dh-cParM1) and Clostridium botulinum (Cb-cParM). Both cParMs form filaments, exhibit nucleotide hydrolysis, and possess characteristic ParM subunit structures. Dh-cParM1 forms single and tightly coupled double filaments and is highly conserved on the chromosomes of five of six Desulfitobacterium species. Interestingly, these bacteria have not been reported to harbor plasmids. Cb-cParM possesses unique properties. Its filaments were stable after nucleotide hydrolysis and Pi release, and its ParR (Cb-cParR) did not affect the initial phase of Cb-cParM polymerization but displayed properties of a depolymerization factor for mature filaments. These results indicate functional, polymerizing ParMs can be encoded on genomes, suggesting that ParM roles may extend to other functions beyond plasmid segregation.
履歴
登録2023年11月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37996.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37996.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.024
最小 - 最大-0.07135027 - 0.15528093
平均 (標準偏差)-0.000016924738 (±0.0062450753)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_37996_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37996_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37996_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dh-cParM1

全体名称: Dh-cParM1
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Dh-cParM1
    • タンパク質・ペプチド: ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dh-cParM1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Dh-cParM1

超分子名称: Dh-cParM1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dh-cParM1
由来(天然)生物種: Desulfitobacterium hafniense Y51 (バクテリア)
分子量理論値: 0.405 kDa/nm

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分子 #1: ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dh-cParM1

分子名称: ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dh-cParM1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: genome encode ParM1 from Desulfitobacterium species / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfitobacterium hafniense Y51 (バクテリア)
分子量理論値: 40.592141 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MFENDILVAG GDPGFGAIKL DAGDTKVLFP AVICKGNERI FSALGNGNVS RGTDEEMQTG SLDVIVTNHS TGVSRHYFMG SLAESLNPN EAHYCWDEDK STDEEATALL VVALAVAQKE PKANIYLGTG VPVKYYAALK DKYEAELKGT WSVAFRSGPF K GQTRQLTI ...文字列:
MFENDILVAG GDPGFGAIKL DAGDTKVLFP AVICKGNERI FSALGNGNVS RGTDEEMQTG SLDVIVTNHS TGVSRHYFMG SLAESLNPN EAHYCWDEDK STDEEATALL VVALAVAQKE PKANIYLGTG VPVKYYAALK DKYEAELKGT WSVAFRSGPF K GQTRQLTI IRSRVLPQSY GVFIKETLNE YGIPISPKLF NGYVVVIDPG FRTTDVATFY DGVMLDPPNS FSIEKGLKWA YT GVAEQLK EMTINHANPI ETDDKELDKV FRVNEGMYPW NNGAINLNPV MQDMLGQLGT DISREVKKSL KPMLGKIHTV LVA GKVGEM IFEHLQFENK VLIENPQFGN ATGFRIMAAN LVNNITKKAN AAP

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度10.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP
詳細ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dc-cParM1

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 2
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 24.5 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 156.03 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1/4.0)
ソフトウェア - 詳細: 3D structure was reconstructed using RELION software
使用した粒子像数: 2100
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1/4.0)
ソフトウェア - 詳細: Gctf incorporated RELION was used for CFT determination and correction
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
Segment selection選択した数: 2500
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Model reconstructed from negative stained images
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Initial fitting was performed using chimera and MDFF performed by ISOLDE and final real space refine by Phenix real space refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8x1i:
ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dh-cParM1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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