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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3799 | |||||||||
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タイトル | Cryotomogram of intracellular amoebophili 0.75 hours post infection | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Boeck D / Medeiros JM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: In situ architecture, function, and evolution of a contractile injection system. 著者: Désirée Böck / João M Medeiros / Han-Fei Tsao / Thomas Penz / Gregor L Weiss / Karin Aistleitner / Matthias Horn / Martin Pilhofer / 要旨: Contractile injection systems mediate bacterial cell-cell interactions by a bacteriophage tail-like structure. In contrast to extracellular systems, the type 6 secretion system (T6SS) is defined by ...Contractile injection systems mediate bacterial cell-cell interactions by a bacteriophage tail-like structure. In contrast to extracellular systems, the type 6 secretion system (T6SS) is defined by intracellular localization and attachment to the cytoplasmic membrane. Here we used cryo-focused ion beam milling, electron cryotomography, and functional assays to study a T6SS in The in situ architecture revealed three modules, including a contractile sheath-tube, a baseplate, and an anchor. All modules showed conformational changes upon firing. Lateral baseplate interactions coordinated T6SSs in hexagonal arrays. The system mediated interactions with host membranes and may participate in phagosome escape. Evolutionary sequence analyses predicted that T6SSs are more widespread than previously thought. Our insights form the basis for understanding T6SS key concepts and exploring T6SS diversity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3799.map.gz | 252.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3799-v30.xml emd-3799.xml | 7.5 KB 7.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3799.png | 126.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3799 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3799 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3799_validation.pdf.gz | 211.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3799_full_validation.pdf.gz | 210.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3799_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3799 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3799 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3799.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 315.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 23.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Amoebophilus asiaticus
全体 | 名称: Amoebophilus asiaticus |
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要素 |
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-超分子 #1: Amoebophilus asiaticus
超分子 | 名称: Amoebophilus asiaticus / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2 (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
切片作成 | 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.025 nA / 集束イオンビーム - Dose rate: 1 / 集束イオンビーム - 時間: 900 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 118 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 10000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Helios 600i. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is ...集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Helios 600i. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is written into the XML file. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.97 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 61 |
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