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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37679 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the intact flagellar motor-hook complex in the CCW state | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Flagellum / Flagellar motor / C ring / Switch complex / MOTOR PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, distal rod, L ring / bacterial-type flagellum basal body, distal rod, P ring / bacterial-type flagellum basal body, distal rod / bacterial-type flagellum basal body, rod / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis / bacterial-type flagellum assembly ...bacterial-type flagellum basal body, distal rod, L ring / bacterial-type flagellum basal body, distal rod, P ring / bacterial-type flagellum basal body, distal rod / bacterial-type flagellum basal body, rod / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis / bacterial-type flagellum assembly / cytoskeletal motor activity / protein secretion / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / protein targeting / cell outer membrane / chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / structural molecule activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tan JX / Zhang L / Zhou Y / Zhu YQ | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the intact flagellar motor-hook complex in the CCW state 著者: Tan JX / Zhang L / Zhou Y / Zhu YQ | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37679.map.gz | 1.8 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37679-v30.xml emd-37679.xml | 33 KB 33 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37679_fsc.xml | 28.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37679.png | 73.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37679.cif.gz | 8.7 KB | ||
その他 | emd_37679_half_map_1.map.gz emd_37679_half_map_2.map.gz | 1.8 GB 1.8 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37679 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37679 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37679_validation.pdf.gz | 914.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37679_full_validation.pdf.gz | 913.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37679_validation.xml.gz | 35.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37679_validation.cif.gz | 48.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37679 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37679 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wo5MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37679.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : C ring-containing flagellar motor-hook complex in the CCW state
+超分子 #1: C ring-containing flagellar motor-hook complex in the CCW state
+分子 #1: Flagellar basal-body rod protein FlgG
+分子 #2: Flagellar L-ring protein
+分子 #3: Flagellar basal body rod protein FlgB
+分子 #4: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
+分子 #5: Flagellar basal-body rod protein FlgF
+分子 #6: Flagellar M-ring protein
+分子 #7: Flagellar biosynthetic protein FliQ
+分子 #8: Flagellar biosynthetic protein FliR
+分子 #9: Flagellar biosynthetic protein FliP
+分子 #10: Flagellar basal-body rod protein FlgC
+分子 #11: Flagellar hook protein FlgE
+分子 #12: Flagellar P-ring protein
+分子 #13: Flagellar motor switch protein FliN
+分子 #14: Flagellar motor switch protein FliG
+分子 #15: Flagellar motor switch protein FliM
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 180 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Blot time: 2 Blot force: -5 Wait time: 5 Blot total: 1 Drain time: 2. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 41.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT | |||||||||||||||
得られたモデル | PDB-8wo5: |