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万見- EMDB-37634: SR protein kinase 2 bound at 2-fold vertex of Hepatitis B virus capsid -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37634 | |||||||||
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タイトル | SR protein kinase 2 bound at 2-fold vertex of Hepatitis B virus capsid | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Viral core capsid / Icosahedral / Kinase / Complex / SPLICING | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Yip RPH / Lai LTF / Kwok DCY / Lau WCY / Ngo JCK | |||||||||
資金援助 | 香港, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2024 タイトル: SRPK2 Mediates HBV Core Protein Phosphorylation and Capsid Assembly via Docking Interaction. 著者: Ryan Pak Hong Yip / Doris Ching Ying Kwok / Louis Tung Faat Lai / Siu-Ming Ho / Ivan Chun Kit Wong / Chi-Ping Chan / Wilson Chun Yu Lau / Jacky Chi Ki Ngo / 要旨: Members of the serine-arginine protein kinase (SRPK) family, SRPK1 and SRPK2, phosphorylate the hepatitis B core protein (Cp) and are crucial for pregenomic RNA encapsidation during viral ...Members of the serine-arginine protein kinase (SRPK) family, SRPK1 and SRPK2, phosphorylate the hepatitis B core protein (Cp) and are crucial for pregenomic RNA encapsidation during viral nucleocapsid assembly. Among them, SRPK2 exhibits higher kinase activity toward Cp. In this study, we identified Cp sites that are phosphorylated by SRPK2 and demonstrated that the kinase utilizes an SRPK-specific docking groove to interact with and regulate the phosphorylation of the C-terminal arginine rich domain of Cp. We determined that direct interaction between the docking groove of SRPK2 and unphosphorylated Cp inhibited premature viral capsid assembly in vitro, whereas the phosphorylation of the viral protein reactivated the process. Pull-down assays together with the new cryo-electron microscopy structure of the HBV capsid in complex with SRPK2 revealed that the kinases decorate the surface of the viral capsid by interacting with the C-terminal domain of Cp, underscoring the importance of the docking interaction in regulating capsid assembly and pregenome packaging. Moreover, SRPK2-knockout in HepG2 cells suppressed Cp phosphorylation, indicating that SRPK2 is an important cellular kinase for HBV life cycle. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37634.map.gz | 35.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37634-v30.xml emd-37634.xml | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37634_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37634.png | 49.3 KB | ||
マスクデータ | emd_37634_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-37634.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_37634_half_map_1.map.gz emd_37634_half_map_2.map.gz | 49.8 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37634 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37634 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37634_validation.pdf.gz | 766.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37634_full_validation.pdf.gz | 765.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37634_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37634_validation.cif.gz | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37634 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37634 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37634.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.938 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_37634_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37634_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37634_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Hepatitis B virus capsid in complex with SR protein kinase 2
全体 | 名称: Hepatitis B virus capsid in complex with SR protein kinase 2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Hepatitis B virus capsid in complex with SR protein kinase 2
超分子 | 名称: Hepatitis B virus capsid in complex with SR protein kinase 2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 52 kDa/nm |
-超分子 #2: SR protein kinase 2
超分子 | 名称: SR protein kinase 2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) |
-超分子 #3: Hepatitis B virus capsid
超分子 | 名称: Hepatitis B virus capsid / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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-分子 #1: SR protein kinase 2
分子 | 名称: SR protein kinase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH NMSVNSEKSS SSERPEPQQK APLVPPPPPP PPPPPPPLPD PTPPEPEEEI LGSDDEEQED PADYCKGGYH PVKIGDLFNG RYHVIRKLGW GHFSTVWLCW DMQGKRFVAM KVVKSAQHYT ETALDEIKLL KCVRESDPSD PNKDMVVQLI ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH NMSVNSEKSS SSERPEPQQK APLVPPPPPP PPPPPPPLPD PTPPEPEEEI LGSDDEEQED PADYCKGGYH PVKIGDLFNG RYHVIRKLGW GHFSTVWLCW DMQGKRFVAM KVVKSAQHYT ETALDEIKLL KCVRESDPSD PNKDMVVQLI DDFKISGMNG IHVCMVFEVL GHHLLKWIIK SNYQGLPVRC VKSIIRQVLQ GLDYLHSKCK IIHTDIKPEN ILMCVDDAYV RRMAAEATEW QKAGAPPPSG SAVSTAPRAA DLLVNPLDPR NADKIRVKIA DLGNACWVHK HFTEDIQTRQ YRSIEVLIGA GYSTPADIWS TACMAFELAT GDYLFEPHSG EDYSRDEDHI AHIIELLGSI PRHFALSGKY SREFFNRRGE LRHITKLKPW SLFDVLVEKY GWPHEDAAQF TDFLIPMLEM VPEKRASAGE CLRHPWLNS |
-分子 #2: Hepatitis B virus core protein
分子 | 名称: Hepatitis B virus core protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MDIDPYKEFG ATVELLSFLP SDFFPSVRDL LDTASALYRE ALESPEHCSP HHTALRQAIL CWGELMTLAT WVGNNLEDPA SRDLVVNYVN TNMGLKIRQL LWFHISCLTF GRETVLEYLV SFGVWIRTPP AYRPPNAPIL STLPETTVVR ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MDIDPYKEFG ATVELLSFLP SDFFPSVRDL LDTASALYRE ALESPEHCSP HHTALRQAIL CWGELMTLAT WVGNNLEDPA SRDLVVNYVN TNMGLKIRQL LWFHISCLTF GRETVLEYLV SFGVWIRTPP AYRPPNAPIL STLPETTVVR RRDRGRSPRR RTPSPRRRRS QSPRRRRSQS RESQC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.9 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TALOS F200C |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 824 / 平均露光時間: 54.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 150000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |