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万見
- EMDB-37457: Cryo-EM structure of TtdAgo-guide DNA-target DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37457
タイトルCryo-EM structure of TtdAgo-guide DNA-target DNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of TtdAgo-guide DNA-target DNA complex
    • 複合体: DNA binding protein
      • タンパク質・ペプチド: Argonaute family protein
    • 複合体: DNA
      • DNA: Target DNA
      • DNA: Guide DNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードDNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute PAZ domain, archaea / PAZ domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ domain profile. ...: / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute PAZ domain, archaea / PAZ domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Argonaute family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア) / Thermococcus thioreducens (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhuang L
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism for target recognition, dimerization, and activation of Pyrococcus furiosus Argonaute.
著者: Longyu Wang / Wanping Chen / Chendi Zhang / Xiaochen Xie / Fuyong Huang / Miaomiao Chen / Wuxiang Mao / Na Yu / Qiang Wei / Lixin Ma / Zhuang Li /
要旨: The Argonaute nuclease from the thermophilic archaeon Pyrococcus furiosus (PfAgo) contributes to host defense and represents a promising biotechnology tool. Here, we report the structure of a PfAgo- ...The Argonaute nuclease from the thermophilic archaeon Pyrococcus furiosus (PfAgo) contributes to host defense and represents a promising biotechnology tool. Here, we report the structure of a PfAgo-guide DNA-target DNA ternary complex at the cleavage-compatible state. The ternary complex is predominantly dimerized, and the dimerization is solely mediated by PfAgo at PIWI-MID, PIWI-PIWI, and PAZ-N interfaces. Additionally, PfAgo accommodates a short 14-bp guide-target DNA duplex with a wedge-type N domain and specifically recognizes 5'-phosphorylated guide DNA. In contrast, the PfAgo-guide DNA binary complex is monomeric, and the engagement of target DNA with 14-bp complementarity induces sufficient dimerization and activation of PfAgo, accompanied by movement of PAZ and N domains. A closely related Argonaute from Thermococcus thioreducens adopts a similar dimerization configuration with an additional zinc finger formed at the dimerization interface. Dimerization of both Argonautes stabilizes the catalytic loops, highlighting the important role of Argonaute dimerization in the activation and target cleavage.
履歴
登録2023年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37457.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37457.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.3344398 - 4.168501
平均 (標準偏差)0.0005319172 (±0.14511278)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37457_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37457_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of TtdAgo-guide DNA-target DNA complex

全体名称: Cryo-EM structure of TtdAgo-guide DNA-target DNA complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of TtdAgo-guide DNA-target DNA complex
    • 複合体: DNA binding protein
      • タンパク質・ペプチド: Argonaute family protein
    • 複合体: DNA
      • DNA: Target DNA
      • DNA: Guide DNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Cryo-EM structure of TtdAgo-guide DNA-target DNA complex

超分子名称: Cryo-EM structure of TtdAgo-guide DNA-target DNA complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)

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超分子 #2: DNA binding protein

超分子名称: DNA binding protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

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超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3

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分子 #1: Argonaute family protein

分子名称: Argonaute family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus thioreducens (古細菌)
分子量理論値: 87.488398 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MLMKVLTNMV KLNQDIIPNE IYLYKIFNKP EDGMNIYKIA YRNHGIVIDP QNRIIATPSE LEYSGKFAIE DEISFNELPE NYQNRLVLR ILRDNGISDH ALSRTLQKYR KPKPFGDFEV IPEIRSSVIK HGGDFYLVLH LSHQIRSKKT LWELVGRNKD A LRDFLKEH ...文字列:
MLMKVLTNMV KLNQDIIPNE IYLYKIFNKP EDGMNIYKIA YRNHGIVIDP QNRIIATPSE LEYSGKFAIE DEISFNELPE NYQNRLVLR ILRDNGISDH ALSRTLQKYR KPKPFGDFEV IPEIRSSVIK HGGDFYLVLH LSHQIRSKKT LWELVGRNKD A LRDFLKEH RGTILLRDIA SEHKVVYKPI FKRYNGDPDL IEDNSNDVEH WYDYHLERYW NTPELKKEFY KKFGPVDLNQ PI ILAKPLR QHNRGDLVHL LPQFVVPVYN AEQLNDILAS EILEYLKLTS NQRISLLSRL INDIKTNTNI IVSSLTELEA NTF DVDLND MLQVRNADNV KVTLSELEIS KTRLFTWMKS RKYPVILPYD IPQKLKKIEK IPVFIIVDSA LSRDIQTFAK DEFR YLISS LQKSLSNWVD FPILDIRDKY IFTIDLTSDK DIVNLSIKLV NLMKNAELGL ALIATRTKLP NETFDEVKKR LFSVN IISQ VVNEATLYKR DKYNESRLNL YVQHNLLFQI LSKLGIKYYV LRHKFSYDYI VGIDVTPMKL SHGYIGGSAV MFDSQG YIR KIIPVEIGEQ MGESIDMKEF FKDMVVQFGK FGIDLEGKSI LILRDGKITK DEEEGLAYIS KVFGIKITTF NIVKRHL LR IFANRKLYLR LANSVYLLPH RIKQSVGTPV PLKLSEKRLI LDGTITSQEI TYNDIFEILL LSELNYGSIS ADMKLPAP V HYAHKFVRAL RKGWRIREEL LAEGFLYFV

UniProtKB: Argonaute family protein

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分子 #2: Target DNA

分子名称: Target DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 5.051302 KDa
配列文字列:
(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT) (DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)

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分子 #3: Guide DNA

分子名称: Guide DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 5.049273 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA) (DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 629194
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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