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- EMDB-36489: Cryo-EM structure of PfAgo-guide DNA-target DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36489
タイトルCryo-EM structure of PfAgo-guide DNA-target DNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of a PfAgo-guide DNA-target DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein argonaute
    • DNA: Guide DNA
    • DNA: Target DNA
    • DNA: Excess DNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードnuclease / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute PAZ domain, archaea / PAZ domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ domain profile. ...: / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute PAZ domain, archaea / PAZ domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌) / Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhuang L
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism for target recognition, dimerization, and activation of Pyrococcus furiosus Argonaute.
著者: Longyu Wang / Wanping Chen / Chendi Zhang / Xiaochen Xie / Fuyong Huang / Miaomiao Chen / Wuxiang Mao / Na Yu / Qiang Wei / Lixin Ma / Zhuang Li /
要旨: The Argonaute nuclease from the thermophilic archaeon Pyrococcus furiosus (PfAgo) contributes to host defense and represents a promising biotechnology tool. Here, we report the structure of a PfAgo- ...The Argonaute nuclease from the thermophilic archaeon Pyrococcus furiosus (PfAgo) contributes to host defense and represents a promising biotechnology tool. Here, we report the structure of a PfAgo-guide DNA-target DNA ternary complex at the cleavage-compatible state. The ternary complex is predominantly dimerized, and the dimerization is solely mediated by PfAgo at PIWI-MID, PIWI-PIWI, and PAZ-N interfaces. Additionally, PfAgo accommodates a short 14-bp guide-target DNA duplex with a wedge-type N domain and specifically recognizes 5'-phosphorylated guide DNA. In contrast, the PfAgo-guide DNA binary complex is monomeric, and the engagement of target DNA with 14-bp complementarity induces sufficient dimerization and activation of PfAgo, accompanied by movement of PAZ and N domains. A closely related Argonaute from Thermococcus thioreducens adopts a similar dimerization configuration with an additional zinc finger formed at the dimerization interface. Dimerization of both Argonautes stabilizes the catalytic loops, highlighting the important role of Argonaute dimerization in the activation and target cleavage.
履歴
登録2023年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36489.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36489.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 200 pix.
= 170. Å		0.85 Å/pix.
x 200 pix.
= 170. Å		0.85 Å/pix.
x 200 pix.
= 170. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-1.0716412 - 2.6407375
平均 (標準偏差)0.007128707 (±0.11640368)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 170.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36489_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36489_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of a PfAgo-guide DNA-target DNA complex

全体名称: Cryo-EM structure of a PfAgo-guide DNA-target DNA complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of a PfAgo-guide DNA-target DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein argonaute
    • DNA: Guide DNA
    • DNA: Target DNA
    • DNA: Excess DNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Cryo-EM structure of a PfAgo-guide DNA-target DNA complex

超分子名称: Cryo-EM structure of a PfAgo-guide DNA-target DNA complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)

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分子 #1: Protein argonaute

分子名称: Protein argonaute / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass)
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
分子量理論値: 90.510094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKAIVVINLV KINKKIIPDK IYVYRLFNDP EEELQKEGYS IYRLAYENVG IVIDPENLII ATTKELEYEG EFIPEGEISF SELRNDYQS KLVLRLLKEN GIGEYELSKL LRKFRKPKTF GDYKVIPSVE MSVIKHDEDF YLVIHIIHQI QSMKTLWELV N KDPKELEE ...文字列:
MKAIVVINLV KINKKIIPDK IYVYRLFNDP EEELQKEGYS IYRLAYENVG IVIDPENLII ATTKELEYEG EFIPEGEISF SELRNDYQS KLVLRLLKEN GIGEYELSKL LRKFRKPKTF GDYKVIPSVE MSVIKHDEDF YLVIHIIHQI QSMKTLWELV N KDPKELEE FLMTHKENLM LKDIASPLKT VYKPCFEEYT KKPKLDHNQE IVKYWYNYHI ERYWNTPEAK LEFYRKFGQV DL KQPAILA KFASKIKKNK NYKIYLLPQL VVPTYNAEQL ESDVAKEILE YTKLMPEERK ELLENILAEV DSDIIDKSLS EIE VEKIAQ ELENKIRVRD DKGNSVPISQ LNVQKSQLLL WTNYSRKYPV ILPYEVPEKF RKIREIPMFI ILDSGLLADI QNFA TNEFR ELVKSMYYSL AKKYNSLAKK ARSTNEIGLP FLDFRGKEKV ITEDLNSDKG IIEVVEQVSS FMKGKELGLA FIAAR NKLS SEKFEEIKRR LFNLNVISQV VNEDTLKNKR DKYDRNRLDL FVRHNLLFQV LSKLGVKYYV LDYRFNYDYI IGIDVA PMK RSEGYIGGSA VMFDSQGYIR KIVPIKIGEQ RGESVDMNEF FKEMVDKFKE FNIKLDNKKI LLLRDGRITN NEEEGLK YI SEMFDIEVVT MDVIKNHPVR AFANMKMYFN LGGAIYLIPH KLKQAKGTPI PIKLAKKRII KNGKVEKQSI TRQDVLDI F ILTRLNYGSI SADMRLPAPV HYAHKFANAI RNEWKIKEEF LAEGFLYFV

UniProtKB: Protein argonaute

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分子 #2: Guide DNA

分子名称: Guide DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
分子量理論値: 5.337467 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA) (DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)

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分子 #3: Target DNA

分子名称: Target DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
分子量理論値: 5.075327 KDa
配列文字列:
(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT) (DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT)

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分子 #4: Excess DNA

分子名称: Excess DNA / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
分子量理論値: 1.780199 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 621102
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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