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- EMDB-37414: Structure of PSII-ACPII supercomplex from cryptophyte algae -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37414
タイトルStructure of PSII-ACPII supercomplex from cryptophyte algae
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of PSII-ACPII supercomplex from cryptophyte algae
    • タンパク質・ペプチド: x 30種
  • リガンド: x 17種
キーワードPhotosystem II / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / plastid / photosystem II / photosynthesis, light reaction ...thylakoid membrane / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / plastid / photosystem II / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily ...Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosystem II protein D1 / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II cytochrome c550 / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Cytochrome b559 subunit alpha ...Photosystem II cytochrome c550 / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center M
類似検索 - 構成要素
生物種Chroomonas placoidea (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Li XY / Mao ZY / Shen JR / Han GY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesYSBR-004 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure and distinct supramolecular organization of a PSII-ACPII dimer from a cryptophyte alga Chroomonas placoidea.
著者: Zhiyuan Mao / Xingyue Li / Zhenhua Li / Liangliang Shen / Xiaoyi Li / Yanyan Yang / Wenda Wang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Guangye Han /
要旨: Cryptophyte algae are an evolutionarily distinct and ecologically important group of photosynthetic unicellular eukaryotes. Photosystem II (PSII) of cryptophyte algae associates with alloxanthin ...Cryptophyte algae are an evolutionarily distinct and ecologically important group of photosynthetic unicellular eukaryotes. Photosystem II (PSII) of cryptophyte algae associates with alloxanthin chlorophyll a/c-binding proteins (ACPs) to act as the peripheral light-harvesting system, whose supramolecular organization is unknown. Here, we purify the PSII-ACPII supercomplex from a cryptophyte alga Chroomonas placoidea (C. placoidea), and analyze its structure at a resolution of 2.47 Å using cryo-electron microscopy. This structure reveals a dimeric organization of PSII-ACPII containing two PSII core monomers flanked by six symmetrically arranged ACPII subunits. The PSII core is conserved whereas the organization of ACPII subunits exhibits a distinct pattern, different from those observed so far in PSII of other algae and higher plants. Furthermore, we find a Chl a-binding antenna subunit, CCPII-S, which mediates interaction of ACPII with the PSII core. These results provide a structural basis for the assembly of antennas within the supercomplex and possible excitation energy transfer pathways in cryptophyte algal PSII, shedding light on the diversity of supramolecular organization of photosynthetic machinery.
履歴
登録2023年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月5日-
マップ公開2024年6月5日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37414.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37414.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å		1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å		1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å

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投影像

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断面 (1/2)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.253
最小 - 最大-0.33255997 - 1.3070133
平均 (標準偏差)-0.0003721935 (±0.030487914)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 532.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37414_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_37414_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of PSII-ACPII supercomplex from cryptophyte algae

全体名称: Structure of PSII-ACPII supercomplex from cryptophyte algae
要素
  • 複合体: Structure of PSII-ACPII supercomplex from cryptophyte algae
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center M
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-1
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-2
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-3
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-4
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-5
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-6
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein O
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Q
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein R
    • タンパク質・ペプチド: CCPII-S
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein U
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II cytochrome c550
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center X protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein G
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein W
  • リガンド: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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超分子 #1: Structure of PSII-ACPII supercomplex from cryptophyte algae

超分子名称: Structure of PSII-ACPII supercomplex from cryptophyte algae
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#30
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)

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分子 #1: Photosystem II reaction center M

分子名称: Photosystem II reaction center M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Author stated: We did not find the sequence of chain m,M in the transcriptome of Chroomonas placoidea, so the sequence in Guillardia theta (strain CCMP2712) (tax id 905079) was used.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 11.880879 KDa
配列文字列:
MQRLALLVAA TIASAAAFAP TPALTGLRQQ APLCSGNKLS AACRAPRAAK PAMTMSLAET TNQAMLLAEG GMNVSVAAYL AVLLGTFIP VVFLLTLYIQ SESRKAAETG SEGDKF

UniProtKB: Photosystem II reaction center M

+
分子 #2: ACPII-1

分子名称: ACPII-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 25.151223 KDa
配列文字列: KMLRLSILAA CLAAAQAFTS PAALLRPSTR AAVSRGPSMQ LYKDGIIQGL GVEAIPGAGR PANLDGTLVG DVGFDPLGFS NWLDLRWAR EAEIKHGRVA MLAATGMIVQ DAYKFPGFEG EFGGAAMMKL HNLAVEQGAM QQLLLWLGLL EIISGVPAII Q TLNGSERQ ...文字列:
KMLRLSILAA CLAAAQAFTS PAALLRPSTR AAVSRGPSMQ LYKDGIIQGL GVEAIPGAGR PANLDGTLVG DVGFDPLGFS NWLDLRWAR EAEIKHGRVA MLAATGMIVQ DAYKFPGFEG EFGGAAMMKL HNLAVEQGAM QQLLLWLGLL EIISGVPAII Q TLNGSERQ PGDFGFDPLN CGANPDTLAR RQLTELKNGR LAMIAVGGMV HHYLLVGRGP IEFITNIPNF KNPLPPF

+
分子 #3: ACPII-2

分子名称: ACPII-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.471201 KDa
配列文字列: AMLRVALIAA ILASASAFAP MGSLGLVKSA RSGAAISPRM QSGDFSAAVP FLKRPSNLDG TLAGDVGFDP LGFSDVFDLR VLREAELKH GRFAMLAVLG FLVQEVYTFP FFPKMAPVDA HDYFVTQGGG SQIIFWISFV EIFGVVALFE LIQGKRDAGD F AFDPLGLG ...文字列:
AMLRVALIAA ILASASAFAP MGSLGLVKSA RSGAAISPRM QSGDFSAAVP FLKRPSNLDG TLAGDVGFDP LGFSDVFDLR VLREAELKH GRFAMLAVLG FLVQEVYTFP FFPKMAPVDA HDYFVTQGGG SQIIFWISFV EIFGVVALFE LIQGKRDAGD F AFDPLGLG KDEATLARYK VAEIKHARLA MIAIGGFIHQ FWVTKQTVLE QLGNFQSLA

+
分子 #4: ACPII-3

分子名称: ACPII-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 24.05502 KDa
配列文字列: ITHSRMLRTA ILALCVAGAS AFTASPALYK SASRKAAVSG MKMQDRSYAM PFLSRPPALD GSMAGDVGFD PLGFSNYFDL KWLREAELK HGRVCMLGCL GFLVQEQANL PLPGFDNKLA TEAFFSVPAG GLWQIFFSLG AIEIITNKGK LTPGSMFTGG R APGDLDFD ...文字列:
ITHSRMLRTA ILALCVAGAS AFTASPALYK SASRKAAVSG MKMQDRSYAM PFLSRPPALD GSMAGDVGFD PLGFSNYFDL KWLREAELK HGRVCMLGCL GFLVQEQANL PLPGFDNKLA TEAFFSVPAG GLWQIFFSLG AIEIITNKGK LTPGSMFTGG R APGDLDFD PLNLSVDETA LRRFELAELK HARLAMIGLG GMLHQMLLTK QAPIEQLTNF KSLA

+
分子 #5: ACPII-4

分子名称: ACPII-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.734623 KDa
配列文字列: AVVLAACVAS AAAFAPGASV LPRAAARATS TKGPSMQLLP LYGEGKLQGP GTQAIPGSEP PPALDGTWVG DVGFDPLGFS RVIDMRWLR EAELKHGRVC MLAATGMIVQ DIALFPGVTK TFGPAKITAL HDVAVKQGSM QQLLVWLGFL EIFGFVAIVQ M LQGSGRQP ...文字列:
AVVLAACVAS AAAFAPGASV LPRAAARATS TKGPSMQLLP LYGEGKLQGP GTQAIPGSEP PPALDGTWVG DVGFDPLGFS RVIDMRWLR EAELKHGRVC MLAATGMIVQ DIALFPGVTK TFGPAKITAL HDVAVKQGSM QQLLVWLGFL EIFGFVAIVQ M LQGSGRQP GDFGFDPLNC GANTDTLARR QLVELKNGRL AMIATGGMIH HFFLTGKGPI EFITTLGA

+
分子 #6: ACPII-5

分子名称: ACPII-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.762242 KDa
配列文字列: ACASAAAFAP GAMPSIGKAP RAVSKTAPRM AVFPGQFSDS VPFLKQPTNL DGSYVGDVGF DPLGFSDVFD IRVLREAELK HGRIAMLAT LGMVVQEAYT FPFFDKVLPI PAHDVIVKSG GMSQILLWTS FAEIFGGIAL FQTIQGKRAP GDYSFDPLNL S ANDLEKRE ...文字列:
ACASAAAFAP GAMPSIGKAP RAVSKTAPRM AVFPGQFSDS VPFLKQPTNL DGSYVGDVGF DPLGFSDVFD IRVLREAELK HGRIAMLAT LGMVVQEAYT FPFFDKVLPI PAHDVIVKSG GMSQILLWTS FAEIFGGIAL FQTIQGKRAP GDYSFDPLNL S ANDLEKRE RYALAEIKHS RLAMLAFSGM VHQYFITNQG VIEQINNFRP INGFPDATFS

+
分子 #7: ACPII-6

分子名称: ACPII-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.923801 KDa
配列文字列: PAMFRAALLL ACLASASAFA PGSLMMPKSA TRAAISRGPR MQANDDLAVP FLERPPMLDG SYAGDIGFDP VGFSNYFDLR WLREAELKH GRVCMLGVVG FLVQEFVTLP MFSNGVTPVD DFFVVPATGL WQIFFTIGFV EAFSNGFKLT PSDMFADDRA P GDLGFDPL ...文字列:
PAMFRAALLL ACLASASAFA PGSLMMPKSA TRAAISRGPR MQANDDLAVP FLERPPMLDG SYAGDIGFDP VGFSNYFDLR WLREAELKH GRVCMLGVVG FLVQEFVTLP MFSNGVTPVD DFFVVPATGL WQIFFTIGFV EAFSNGFKLT PSDMFADDRA P GDLGFDPL GCGKDPAALA RRQLVEVKNG RLAMIAFGGM LHQQLLTKQG VIEQLTNFKA IM

+
分子 #8: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 39.59091 KDa
配列文字列: MTATLERRES ASAWERFCSW ITSTDNRLYI GWFGVLMIPT LLTATTVYII AFVAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIITG AVIPSSASI GIHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIVDHF LLGVCGWIGR EWEFSYRLGM RPWISVAFTA PVAAASAVFL V YPIGQGSF ...文字列:
MTATLERRES ASAWERFCSW ITSTDNRLYI GWFGVLMIPT LLTATTVYII AFVAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIITG AVIPSSASI GIHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIVDHF LLGVCGWIGR EWEFSYRLGM RPWISVAFTA PVAAASAVFL V YPIGQGSF SDGMPLGISG TFNFMLVFQA EHNILMHPFH QLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESANYGYK FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRALHFFLGL WPVVGIWFTA LGVMTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVINTW ADI LNRANL GMEVMHERNA HNFPLDLAAG ESLPVALTAP AVNG

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #9: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 39.216812 KDa
配列文字列: MTIAIGQEEG RGWFDLIDDW LKRDRFVFVG WSGLLLFPTS YLSIGGWFTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFFTAAVSTP ANSMGHSLL LLWGPEAQGD FTRWCQIGGL WAFCALHGSF ALIGFCLRQF EIARLVGIRP YNAIAFSGPI AIFVSVFLMY P LGQASWFF ...文字列:
MTIAIGQEEG RGWFDLIDDW LKRDRFVFVG WSGLLLFPTS YLSIGGWFTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFFTAAVSTP ANSMGHSLL LLWGPEAQGD FTRWCQIGGL WAFCALHGSF ALIGFCLRQF EIARLVGIRP YNAIAFSGPI AIFVSVFLMY P LGQASWFF APSLGVAAIF RFLLFIQGFH NFTLNPFHMM GVAGILGAAL LCAIHGATVQ NTIFEDGDAA NTFRAFTPTQ AE ETYSMVT ANRFWSQIFG VAFSNKRWLH FFMLFVPLAG LWTSAIGIVG LALNLRAYDF VSQELRAAED PEFETFYTKN ILL NEGIRS WMAAQDQPHE NFIFPEEVLP RGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #10: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 9.505693 KDa
配列文字列:
MSGGSTGERP FSDIITSIRY WIIHSITIPA LYVAGWLFVS TGLAYDIFGT PRPNEYFTQD RQQVPLVNDR FSAKQELEDL TKGL

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #11: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 4.845769 KDa
配列文字列:
MSKIQQPVSY PIFTFRWLAI HGLAVPTVFF LGAITSMQFI QR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 7.519887 KDa
配列文字列:
MALRTRLGEL LRPLNSEYGK VAPGWGTTPI MGFVMLLFFL FLLIILQIYN SSLIIENVDV DWASLGS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 4.424081 KDa
配列文字列:
MFTLKIVVYT TVTFFVSLFT FGFLSNDASR NPNRKDLE

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #14: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 3.964609 KDa
配列文字列:
MASTGRIPLW LIATVGGTLA LTVVGIFFYG SYSGVGSSL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein J

+
分子 #15: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 5.005114 KDa
配列文字列:
MEAILLIAKL PEAYAVFKPI IDVAPVIPVF FLLLAFVWQA AVGFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #16: Photosystem II reaction center protein O

分子名称: Photosystem II reaction center protein O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 34.995547 KDa
配列文字列: LAMARLAILL GLVASAAAFT GPAVLPLKAS NRAAACSVTM QDNSLAKKAA GIAAIPLSFL LGVNAANAIT TEDIRGLTYS QVKGTGLAN RCPEVSEQNA GGTIKFADDK KYKVTELCLE PKSFQIEEEV TKRRGETKKE FVDTKLMTRA TYSLTGIEGP I VFKDGGLT ...文字列:
LAMARLAILL GLVASAAAFT GPAVLPLKAS NRAAACSVTM QDNSLAKKAA GIAAIPLSFL LGVNAANAIT TEDIRGLTYS QVKGTGLAN RCPEVSEQNA GGTIKFADDK KYKVTELCLE PKSFQIEEEV TKRRGETKKE FVDTKLMTRA TYSLTGIEGP I VFKDGGLT FLEKGGIDYA ATTVQLPGGE RVPFLFTIKE LEGKFSSSQV SAGTELGGNF KTPSYRTGLF LDPKGRGGTT GY DMAVALP GLEADGGEGQ DELFAETNKV FQVTDGSIEM AFNRVDGTNG EFSGVFVSEQ LSDTDMGSKA PKKVLLKGIV FGK IEEQTG DEDY

+
分子 #17: Photosystem II reaction center protein Q

分子名称: Photosystem II reaction center protein Q / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 1.805216 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #18: Photosystem II reaction center protein R

分子名称: Photosystem II reaction center protein R / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 2.230741 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #19: CCPII-S

分子名称: CCPII-S / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 30.531848 KDa
配列文字列: DHKRSRMMKS LALAAVGLAV GAEAFAPTPM VGGAKLALRT SSTRSVATVG PKMAMDVNAI VEGAQYLTAA VPNVPFVDEI TGEPQGLTA PIVHFGSVIS LWLLFALPVW SAAYKAAGAD TAEWVGVSQV TEDAPGIGLY GKYAPEYDGP TFREGLEYVL S FAWKPPIL ...文字列:
DHKRSRMMKS LALAAVGLAV GAEAFAPTPM VGGAKLALRT SSTRSVATVG PKMAMDVNAI VEGAQYLTAA VPNVPFVDEI TGEPQGLTA PIVHFGSVIS LWLLFALPVW SAAYKAAGAD TAEWVGVSQV TEDAPGIGLY GKYAPEYDGP TFREGLEYVL S FAWKPPIL IAWKPRADLD RAMMDPARDT VVSSLYKSLG GALDKTAVYD EEDQLLILSD METFPETELG RRRVAQAEAA GW FTGNPSF GKSLIEYSEE TKKGMREPGT VSISAKELAA LRAEAAKK

+
分子 #20: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 3.664447 KDa
配列文字列:
METLVYVFLL AGTLGVIFFA VFFRDPPRIA KK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #21: Photosystem II reaction center protein U

分子名称: Photosystem II reaction center protein U / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 15.962294 KDa
配列文字列:
LIAALAVSAS AFSPAVPALR TAPQACGITM QAESVDRRGF LGALGAAVVA APLAASANVE YPNVPYLGGS DIIDVNNANV RVYTRLPGM YPAIAKKIIK RAPYKDINEM LEKGDFTAAE KDILDKYLPN LTALEPAPEY VIDNINNGLY R

+
分子 #22: Photosystem II cytochrome c550

分子名称: Photosystem II cytochrome c550 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 17.708234 KDa
配列文字列:
MLKRFSSLNI ILGMLLVSFV ASPVHATDLD ENTRTVPLDS SGTTVILTPE QVKRGKRLFN SSCGNCHVGG ITKTNPNLGL EPDALSLAT PARDNIDALV DYMKNPTTYD GLESIAELHP SVKSADIFPK MRSLSDEDLF AIGGHILLQP KLSSEKWGGG K IYY

UniProtKB: Photosystem II cytochrome c550

+
分子 #23: Photosystem II reaction center X protein

分子名称: Photosystem II reaction center X protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 4.149939 KDa
配列文字列:
MTPSLSAFIN SLLLGLFVVV IPIGAALFLV SQSDRVTRT

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein X

+
分子 #24: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 3.763581 KDa
配列文字列:
MFNPTTLFQL IALFLVITSG PAIIVLIAFR RGNL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Psb30

+
分子 #25: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 6.57399 KDa
配列文字列:
MVGLLQILVS ILILLSFALV VGVPVILVSP GEWEKSKGLV YSAAGLWFGL VIVIAAFNSF VI

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #26: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 56.354172 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMARIG VTDSWGGWSV TGESVANPG FWSFEGVALA HIGLSGLLFL AAVWHWVYWD LELFRDPRTG NPALDLPKIF GIHLLLSGVL CFGFGAFHVT G AWGPGIWV ...文字列:
MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMARIG VTDSWGGWSV TGESVANPG FWSFEGVALA HIGLSGLLFL AAVWHWVYWD LELFRDPRTG NPALDLPKIF GIHLLLSGVL CFGFGAFHVT G AWGPGIWV SDAYGITGKV QPVAPAWGAE GFNPFNPSGV ASHHIAAGIL GFLAGIFHIA VRPPQRLYRA LRMGNIETVL SS SIAAVFW SAFITTGTMW YGSATTPIEL FGPTRYQWDS GYFQQEIERR VENSLNEGLN LSEAWSRIPD KLAFYDYIGN NPA KGGLFR AGPMNKGDGI AEAWLGHPIF QDKEGKELTV RRMPAFFETF PVILVDKDGI IRADIPFRRA ESKYSIEQVG VTVS FYGGK LNGQVFKDAP TVKKYARKAQ LGEVLEFDRT TLESDGVFRS SPRGWYTFGH ANFALLFFLG HLWHGSRTLF RDVFS GIGA EVTEQVEFGA FQKLGDRSTK KQGAV

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #27: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 50.508488 KDa
配列文字列: METPFNSSLS VAGRDIESTG FAWWSGNSRL INVSGKLLGA HVAHAGLMVF WCGAMTLFEV AHYIPEKPLY EQGLILLPHL AVLGWGVGP GGEIIDIYPY FVVGVLHLIS SAVLGFGGVY HSLIGPDTLE ESFPAFGYDW RDKNKITTIL GIHLIVLGIG A FLLVIKAM ...文字列:
METPFNSSLS VAGRDIESTG FAWWSGNSRL INVSGKLLGA HVAHAGLMVF WCGAMTLFEV AHYIPEKPLY EQGLILLPHL AVLGWGVGP GGEIIDIYPY FVVGVLHLIS SAVLGFGGVY HSLIGPDTLE ESFPAFGYDW RDKNKITTIL GIHLIVLGIG A FLLVIKAM YVGGIYDTWA PGGGDVRIID SPTLNPGVIF GYVLKSPWGG DGWIVSVNNM EDLVGGHIWI GIICIVGGFW HI FTKPFAW ARRAYVWSGE AYLSYSLVAV SLMGFIASQY SWYNNTAYPS EFYGPTGPEA SQSQAFTFLV RDQRLGANVS SAQ GPTGLG KYLMRSPSGE IILGGETQRF WDLRAPWIEP LRGPNGLDLN KIKNDIQPWQ ERRAAEYMTH APLGSLNSVG GVAT EINSV NYVSPRSWLT CAHFFLGFAF YIGHLWHAGR ARAAAAGFEK GINRENEPTL SLRPID

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #28: Photosystem II reaction center protein G

分子名称: Photosystem II reaction center protein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 5.464728 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #29: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 4.363087 KDa
配列文字列:
MSGPNPNKQP VELNRTSLFW GLLLIFVLAV LFSSYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #30: Photosystem II reaction center protein W

分子名称: Photosystem II reaction center protein W / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 11.994986 KDa
配列文字列:
SKVLFLALCL VAGASAFNAP APMALRASKT AMTMKAEGPM PKLAKALAPA IAAANIAIAS PVFAEGTGEA LGIDDTRLIV PVILIPVIT FILYAGFASE QDNEDFFDTY DQRRK

+
分子 #31: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta...

分子名称: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 24 / 式: 8CT
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-8CT:
(6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene

+
分子 #32: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 208 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #33: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 12 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

+
分子 #34: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17- ...名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 42 / 式: II0
分子量理論値: 564.84 Da
Chemical component information

ChemComp-II0:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol / アロキサンチン

+
分子 #35: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca- ...名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 4 / 式: II3
分子量理論値: 566.856 Da
Chemical component information

ChemComp-II3:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / モナドキサンチン

+
分子 #36: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 10 / 式: IHT
分子量理論値: 550.856 Da
Chemical component information

ChemComp-IHT:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / 7,8-ジデヒドロ-β-クリプトキサンチン

+
分子 #37: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 20 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #38: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 18 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #39: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 8 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #40: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #41: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #42: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #43: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #44: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

+
分子 #45: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 10 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #46: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #47: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 305400
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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