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万見
- EMDB-37412: De novo transcribing complex 9 (AdML9G), the initially transcribi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37412
タイトルDe novo transcribing complex 9 (AdML9G), the initially transcribing complex with Pol II positioned 9nt downstream of TSS
マップデータ
試料
  • 複合体: De novo transcribing complex 9 (AdML9G), the initially transcribing complex with Pol II positioned 9nt downstream of TSS
    • 複合体: TFIID
    • 複合体: RNA POLYMERASE II
    • 複合体: TFIIA
    • 複合体: TFIIB
    • 複合体: TFIIF
    • 複合体: DNA
    • 複合体: TFIIH
    • 複合体: RNA
    • 複合体: Alpha-amanitin
    • 複合体: TFIIE
キーワードtranscribing complex / de novo transcription initiation / initially transcribing complex (ITC) / TRANSCRIPTION
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ) / synthetic construct (人工物) / Amanita phalloides (タマゴテングタケ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.47 Å
データ登録者Chen X / Liu W / Xu Y
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structural visualization of transcription initiation in action.
著者: Xizi Chen / Weida Liu / Qianmin Wang / Xinxin Wang / Yulei Ren / Xuechun Qu / Wanjun Li / Yanhui Xu /
要旨: Transcription initiation is a complex process, and its mechanism is incompletely understood. We determined the structures of de novo transcribing complexes TC2 to TC17 with RNA polymerase II halted ...Transcription initiation is a complex process, and its mechanism is incompletely understood. We determined the structures of de novo transcribing complexes TC2 to TC17 with RNA polymerase II halted on G-less promoters when nascent RNAs reach 2 to 17 nucleotides in length, respectively. Connecting these structures generated a movie and a working model. As initially synthesized RNA grows, general transcription factors (GTFs) remain bound to the promoter and the transcription bubble expands. Nucleoside triphosphate (NTP)-driven RNA-DNA translocation and template-strand accumulation in a nearly sealed channel may promote the transition from initially transcribing complexes (ITCs) (TC2 to TC9) to early elongation complexes (EECs) (TC10 to TC17). Our study shows dynamic processes of transcription initiation and reveals why ITCs require GTFs and bubble expansion for initial RNA synthesis, whereas EECs need GTF dissociation from the promoter and bubble collapse for promoter escape.
履歴
登録2023年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2024年1月3日-
現状2024年1月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37412.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37412.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 320 pix.
= 426.88 Å		1.33 Å/pix.
x 320 pix.
= 426.88 Å		1.33 Å/pix.
x 320 pix.
= 426.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.334 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.633
最小 - 最大-0.5828849 - 2.3846607
平均 (標準偏差)0.04596556 (±0.18162386)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 426.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Pol II module of AdML9G

ファイルemd_37412_additional_1.map
注釈Pol II module of AdML9G
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37412_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37412_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : De novo transcribing complex 9 (AdML9G), the initially transcribi...

全体名称: De novo transcribing complex 9 (AdML9G), the initially transcribing complex with Pol II positioned 9nt downstream of TSS
要素
  • 複合体: De novo transcribing complex 9 (AdML9G), the initially transcribing complex with Pol II positioned 9nt downstream of TSS
    • 複合体: TFIID
    • 複合体: RNA POLYMERASE II
    • 複合体: TFIIA
    • 複合体: TFIIB
    • 複合体: TFIIF
    • 複合体: DNA
    • 複合体: TFIIH
    • 複合体: RNA
    • 複合体: Alpha-amanitin
    • 複合体: TFIIE

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超分子 #1: De novo transcribing complex 9 (AdML9G), the initially transcribi...

超分子名称: De novo transcribing complex 9 (AdML9G), the initially transcribing complex with Pol II positioned 9nt downstream of TSS
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18

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超分子 #2: TFIID

超分子名称: TFIID / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11-#20, #31-#33
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: RNA POLYMERASE II

超分子名称: RNA POLYMERASE II / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #34-#45
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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超分子 #4: TFIIA

超分子名称: TFIIA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #21, #23
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #5: TFIIB

超分子名称: TFIIB / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #24
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #6: TFIIF

超分子名称: TFIIF / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #25-#26
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #7: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #29-#30
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物) / Synthetically produced: Yes

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超分子 #8: TFIIH

超分子名称: TFIIH / タイプ: complex / ID: 8 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #9: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 9 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #10
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物) / Synthetically produced: Yes

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超分子 #10: Alpha-amanitin

超分子名称: Alpha-amanitin / タイプ: complex / ID: 10 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9
由来(天然)生物種: Amanita phalloides (タマゴテングタケ)

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超分子 #11: TFIIE

超分子名称: TFIIE / タイプ: complex / ID: 11 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #27-#28
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5flm

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2668
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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