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- EMDB-3735: Class 2 of rotated ribosomes (rotated 1 state) with A/A- and P/E-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3735
タイトルClass 2 of rotated ribosomes (rotated 1 state) with A/A- and P/E-site tRNAs of the Rqt1-FTP pulldown
マップデータClass 2 of rotated ribosomes (rotated 1 state) with A/A- and P/E-site tRNAs of the Rqt1-FTP pulldown
試料
  • 複合体: Class 2 of rotated ribosomes (rotated 1 state) with A/A- and P/E-site tRNAs of the Rqt1-FTP pulldown
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Matsuo Y / Ikeuchi K / Saeki Y / Iwasaki S / Schmidt C / Udagawa T / Sato F / Tsuchiya H / Becker T / Tanaka K ...Matsuo Y / Ikeuchi K / Saeki Y / Iwasaki S / Schmidt C / Udagawa T / Sato F / Tsuchiya H / Becker T / Tanaka K / Ingolia N / Beckmann R / Inada T
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Ubiquitination of stalled ribosome triggers ribosome-associated quality control.
著者: Yoshitaka Matsuo / Ken Ikeuchi / Yasushi Saeki / Shintaro Iwasaki / Christian Schmidt / Tsuyoshi Udagawa / Fumiya Sato / Hikaru Tsuchiya / Thomas Becker / Keiji Tanaka / Nicholas T Ingolia / ...著者: Yoshitaka Matsuo / Ken Ikeuchi / Yasushi Saeki / Shintaro Iwasaki / Christian Schmidt / Tsuyoshi Udagawa / Fumiya Sato / Hikaru Tsuchiya / Thomas Becker / Keiji Tanaka / Nicholas T Ingolia / Roland Beckmann / Toshifumi Inada /
要旨: Translation arrest by polybasic sequences induces ribosome stalling, and the arrest product is degraded by the ribosome-mediated quality control (RQC) system. Here we report that ubiquitination of ...Translation arrest by polybasic sequences induces ribosome stalling, and the arrest product is degraded by the ribosome-mediated quality control (RQC) system. Here we report that ubiquitination of the 40S ribosomal protein uS10 by the E3 ubiquitin ligase Hel2 (or RQT1) is required for RQC. We identify a RQC-trigger (RQT) subcomplex composed of the RNA helicase-family protein Slh1/Rqt2, the ubiquitin-binding protein Cue3/Rqt3, and yKR023W/Rqt4 that is required for RQC. The defects in RQC of the RQT mutants correlate with sensitivity to anisomycin, which stalls ribosome at the rotated form. Cryo-electron microscopy analysis reveals that Hel2-bound ribosome are dominantly the rotated form with hybrid tRNAs. Ribosome profiling reveals that ribosomes stalled at the rotated state with specific pairs of codons at P-A sites serve as RQC substrates. Rqt1 specifically ubiquitinates these arrested ribosomes to target them to the RQT complex, allowing subsequent RQC reactions including dissociation of the stalled ribosome into subunits.Several protein quality control mechanisms are in place to trigger the rapid degradation of aberrant polypeptides and mRNAs. Here the authors describe a mechanism of ribosome-mediated quality control that involves the ubiquitination of ribosomal proteins by the E3 ubiquitin ligase Hel2/RQT1.
履歴
登録2017年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年5月31日-
マップ公開2017年8月9日-
更新2017年8月9日-
現状2017年8月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3735.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3735.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Class 2 of rotated ribosomes (rotated 1 state) with A/A- and P/E-site tRNAs of the Rqt1-FTP pulldown
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.25 Å/pix.
x 130 pix.
= 422.76 Å		3.25 Å/pix.
x 130 pix.
= 422.76 Å		3.25 Å/pix.
x 130 pix.
= 422.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.252 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.027 / ムービー #1: 0.027
最小 - 最大-0.07632151 - 0.23760337
平均 (標準偏差)-0.0006627558 (±0.02365276)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ130130130
Spacing130130130
セルA=B=C: 422.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.2523.2523.252
M x/y/z130130130
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z422.760422.760422.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS130130130
D min/max/mean-0.0760.238-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Class 2 of rotated ribosomes (rotated 1 state) with A/A- and P/E-...

全体名称: Class 2 of rotated ribosomes (rotated 1 state) with A/A- and P/E-site tRNAs of the Rqt1-FTP pulldown
要素
  • 複合体: Class 2 of rotated ribosomes (rotated 1 state) with A/A- and P/E-site tRNAs of the Rqt1-FTP pulldown

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超分子 #1: Class 2 of rotated ribosomes (rotated 1 state) with A/A- and P/E-...

超分子名称: Class 2 of rotated ribosomes (rotated 1 state) with A/A- and P/E-site tRNAs of the Rqt1-FTP pulldown
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Third class from classification for dataset in Frealign
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 3.6 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 28.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31858
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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