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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37334 | |||||||||||||||
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タイトル | Consensus cryo-EM map of human 26S RP (Ed state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub. | |||||||||||||||
マップデータ | Consensus cryo-EM map of human 26S RP (Ed state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub. | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | protein degradation / macromolecular complex / ubiquitin-proteasome system / CYTOSOLIC PROTEIN | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Hsu STD / Draczkowski P / Wang YS | |||||||||||||||
資金援助 | 台湾, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of human 26S proteasomal RP subcomplex bound with branched Ub chain. 著者: Draczkowski P / Hsu STD / Wang YS | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37334.map.gz | 122.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37334-v30.xml emd-37334.xml | 29.1 KB 29.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37334_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37334.png | 99.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37334.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_37334_half_map_1.map.gz emd_37334_half_map_2.map.gz | 226.3 MB 226.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37334 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37334 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37334_validation.pdf.gz | 983.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37334_full_validation.pdf.gz | 983.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37334_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37334_validation.cif.gz | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37334 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37334 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37334.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Consensus cryo-EM map of human 26S RP (Ed state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Consensus cryo-EM half map of human 26S RP...
ファイル | emd_37334_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Consensus cryo-EM half map of human 26S RP (Ed state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Consensus cryo-EM half map of human 26S RP...
ファイル | emd_37334_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Consensus cryo-EM half map of human 26S RP (Ed state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human 26S proteasome
全体 | 名称: Human 26S proteasome |
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要素 |
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-超分子 #1: Human 26S proteasome
超分子 | 名称: Human 26S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#27 詳細: Images of double-capped (RP-CP-RP) 26S proteasome particles were split in half. After combining with subset of single-capped (RP-CP) complexes the signal in particle images was partially ...詳細: Images of double-capped (RP-CP-RP) 26S proteasome particles were split in half. After combining with subset of single-capped (RP-CP) complexes the signal in particle images was partially subtracted leaving only the signal of 19S RP together with alpha subunits of the 20S CP proteasomal subcomplex. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-超分子 #2: 19S regulatory particle (RP) of human 26S proteasome
超分子 | 名称: 19S regulatory particle (RP) of human 26S proteasome タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5, #13-#19, #21-#26 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: AAA+-ATPase of 19S regulatory particle (RP) of human 26S proteasome
超分子 | 名称: AAA+-ATPase of 19S regulatory particle (RP) of human 26S proteasome タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #1-#5, #21 |
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-超分子 #4: alpha subunits of the 20S core particle (CP) of human 26S proteasome
超分子 | 名称: alpha subunits of the 20S core particle (CP) of human 26S proteasome タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#12 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #5: Ubiquitinated substrate
超分子 | 名称: Ubiquitinated substrate / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #20, #27 詳細: Sic1_PY conjugated with K11/K48-branched ubiquitin chain. |
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-超分子 #6: K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub.
超分子 | 名称: K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub. タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 5 / 含まれる分子: #27 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #7: Sic1_PY substrate polypeptide
超分子 | 名称: Sic1_PY substrate polypeptide / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 5 / 含まれる分子: #20 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 20 mA | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: incubation time= 3 s blotting time= 2.5 s. | |||||||||||||||||||||
詳細 | The complex was additionally supplemented with an excess of preformed and SEC-purified RPN13:UCHL5 complex. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
ソフトウェア | 名称: EPU |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 15242 / 平均露光時間: 1.8 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 70000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |