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万見
- EMDB-37319: Local refinement cryo-EM map of human 26S RP (Eb state) bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37319
タイトルLocal refinement cryo-EM map of human 26S RP (Eb state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub, focused on the Ub binding region.
マップデータLocal refinement cryo-EM map of human 26S RP (Eb state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub, focused on the Ub binding region.
試料
  • 複合体: Human 26S proteasome
    • 複合体: 19S regulatory particle (RP) of human 26S proteasome
      • 複合体: AAA+-ATPase of 19S regulatory particle (RP) of human 26S proteasome
    • 複合体: alpha subunits of the 20S core particle (CP) of human 26S proteasome
    • 複合体: K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub.
キーワードprotein degradation / macromolecular complex / ubiquitin-proteasome system / CYTOSOLIC PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Hsu STD / Draczkowski P / Wang YS
資金援助 台湾, 4件
OrganizationGrant number国
Academia Sinica (Taiwan)AS-CDA-109- L08 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)MOST 109-3114-Y-001-001 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)MOST 110-2113-M-001- 050-MY3 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)MOST 110-2311-B-001-013-MY3 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human 26S proteasomal RP subcomplex bound with branched Ub chain.
著者: Draczkowski P / Hsu STD / Wang YS
履歴
登録2023年8月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月28日-
マップ公開2024年8月28日-
更新2024年8月28日-
現状2024年8月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37319.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37319.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refinement cryo-EM map of human 26S RP (Eb state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub, focused on the Ub binding region.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 400 pix.
= 560. Å		1.4 Å/pix.
x 400 pix.
= 560. Å		1.4 Å/pix.
x 400 pix.
= 560. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-0.758321 - 1.8413026
平均 (標準偏差)-0.0023481932 (±0.045893405)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 560.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Local refinement cryo-EM half map of human 26S...

ファイルemd_37319_half_map_1.map
注釈Local refinement cryo-EM half map of human 26S RP (Eb state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub, focused on the Ub binding region.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Local refinement cryo-EM half map of human 26S...

ファイルemd_37319_half_map_2.map
注釈Local refinement cryo-EM half map of human 26S RP (Eb state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub, focused on the Ub binding region.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human 26S proteasome

全体名称: Human 26S proteasome
要素
  • 複合体: Human 26S proteasome
    • 複合体: 19S regulatory particle (RP) of human 26S proteasome
      • 複合体: AAA+-ATPase of 19S regulatory particle (RP) of human 26S proteasome
    • 複合体: alpha subunits of the 20S core particle (CP) of human 26S proteasome
    • 複合体: K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub.

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超分子 #1: Human 26S proteasome

超分子名称: Human 26S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#26
詳細: Images of double-capped (RP-CP-RP) 26S proteasome particles were split in half. After combining with subset of single-capped (RP-CP) complexes the signal in particle images was partially ...詳細: Images of double-capped (RP-CP-RP) 26S proteasome particles were split in half. After combining with subset of single-capped (RP-CP) complexes the signal in particle images was partially subtracted leaving only the signal of 19S RP together with alpha subunits of the 20S CP proteasomal subcomplex.
分子量理論値: 2.5 MDa

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超分子 #2: 19S regulatory particle (RP) of human 26S proteasome

超分子名称: 19S regulatory particle (RP) of human 26S proteasome
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4, #12-#25
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: AAA+-ATPase of 19S regulatory particle (RP) of human 26S proteasome

超分子名称: AAA+-ATPase of 19S regulatory particle (RP) of human 26S proteasome
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #1-#4, #19-#20
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: alpha subunits of the 20S core particle (CP) of human 26S proteasome

超分子名称: alpha subunits of the 20S core particle (CP) of human 26S proteasome
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#11
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #5: K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub.

超分子名称: K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub.
タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #26
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
40.0 mMNaClsodium chloride
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
2.0 mMC2H6OS2-Mercaptoethanol
0.5 mMC12H8N21,10-Phenanthroline
2.0 mMC10H16N5O13P3adenosine triphosphate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 20 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: incubation time= 3 s blotting time= 2.5 s.
詳細The complex was additionally supplemented with an excess of preformed and SEC-purified RPN13:UCHL5 complex.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 15242 / 平均露光時間: 1.8 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 70000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2695911
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Generated by cryoSPARC using Ab-initio Reconstruction job type.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: Local focused refinement / 使用した粒子像数: 52216
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Performed in Relion.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform Refinment
詳細: Performed in cryoSPARC using Local focused refinement job type.
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
詳細: 3D variability analysis (3DVA) followed by Heterogenous refinement using 3DVA cluster volumes as starting references.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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