[日本語] English
万見
- EMDB-3697: Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holoenzyme with promo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3697
タイトルCryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holoenzyme with promoter DNA and transcription activator PspF intermedate complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of RNA polymerase -sigma54 holoenzyme with promoter DNA and transcription activator PspF
    • 複合体: Escherichia coli core RNA polymerase
    • 複合体: PspF transcriptional activator
    • 複合体: Sigma-54 transcription initiation factor
    • 複合体: Sigma-54 promoter DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to stress / nitrogen fixation / RNA polymerase complex / DNA-binding transcription activator activity / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / phosphorelay signal transduction system / bacterial-type flagellum assembly ...regulation of cellular response to stress / nitrogen fixation / RNA polymerase complex / DNA-binding transcription activator activity / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / phosphorelay signal transduction system / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleotidyltransferase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase activity / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / protein-DNA complex / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription activator PspF / Sigma-54 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / Sigma-54 factors family profile. ...Transcription activator PspF / Sigma-54 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / Sigma-54 factors family profile. / RNA polymerase sigma factor 54 / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / Homeobox-like domain superfamily / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma-54 factor / RNA polymerase sigma-54 factor / : / RNA polymerase sigma-54 factor / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Psp operon transcriptional activator
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Glyde R / Ye FZ / Darbari VC / Zhang N / Buck M / Zhang XD
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2017
タイトル: Structures of RNA Polymerase Closed and Intermediate Complexes Reveal Mechanisms of DNA Opening and Transcription Initiation.
著者: Robert Glyde / Fuzhou Ye / Vidya Chandran Darbari / Nan Zhang / Martin Buck / Xiaodong Zhang /
要旨: Gene transcription is carried out by RNA polymerases (RNAPs). For transcription to occur, the closed promoter complex (RPc), where DNA is double stranded, must isomerize into an open promoter complex ...Gene transcription is carried out by RNA polymerases (RNAPs). For transcription to occur, the closed promoter complex (RPc), where DNA is double stranded, must isomerize into an open promoter complex (RPo), where the DNA is melted out into a transcription bubble and the single-stranded template DNA is delivered to the RNAP active site. Using a bacterial RNAP containing the alternative σ factor and cryoelectron microscopy, we determined structures of RPc and the activator-bound intermediate complex en route to RPo at 3.8 and 5.8 Å. Our structures show how RNAP-σ interacts with promoter DNA to initiate the DNA distortions required for transcription bubble formation, and how the activator interacts with RPc, leading to significant conformational changes in RNAP and σ that promote RPo formation. We propose that DNA melting is an active process initiated in RPc and that the RNAP conformations of intermediates are significantly different from that of RPc and RPo.
履歴
登録2017年4月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月28日-
マップ公開2017年6月28日-
更新2018年11月28日-
現状2018年11月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0039
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0039
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3697.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3697.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 76.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 272 pix.
= 285.6 Å		1.05 Å/pix.
x 272 pix.
= 285.6 Å		1.05 Å/pix.
x 272 pix.
= 285.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.00576 / ムービー #1: 0.0039
最小 - 最大-0.0073748953 - 0.02324747
平均 (標準偏差)0.00017240495 (±0.0009918918)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ272272272
Spacing272272272
セルA=B=C: 285.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z272272272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z285.600285.600285.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS272272272
D min/max/mean-0.0070.0230.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Cryo-EM structure of RNA polymerase -sigma54 holoenzyme with prom...

全体名称: Cryo-EM structure of RNA polymerase -sigma54 holoenzyme with promoter DNA and transcription activator PspF
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of RNA polymerase -sigma54 holoenzyme with promoter DNA and transcription activator PspF
    • 複合体: Escherichia coli core RNA polymerase
    • 複合体: PspF transcriptional activator
    • 複合体: Sigma-54 transcription initiation factor
    • 複合体: Sigma-54 promoter DNA

-
超分子 #1: Cryo-EM structure of RNA polymerase -sigma54 holoenzyme with prom...

超分子名称: Cryo-EM structure of RNA polymerase -sigma54 holoenzyme with promoter DNA and transcription activator PspF
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
超分子 #2: Escherichia coli core RNA polymerase

超分子名称: Escherichia coli core RNA polymerase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
超分子 #3: PspF transcriptional activator

超分子名称: PspF transcriptional activator / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
超分子 #4: Sigma-54 transcription initiation factor

超分子名称: Sigma-54 transcription initiation factor / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
超分子 #5: Sigma-54 promoter DNA

超分子名称: Sigma-54 promoter DNA / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 89397
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る