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万見
- EMDB-3678: Structure of the yeast R2TP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3678
タイトルStructure of the yeast R2TP complex
マップデータStructure of the yeast R2TP complex
試料
  • 複合体: Yeast R2TP complex
    • タンパク質・ペプチド: Rvb1p
    • タンパク質・ペプチド: Rvb2p
    • タンパク質・ペプチド: Pih1p
    • タンパク質・ペプチド: Tah1p
機能・相同性
機能・相同性情報


R2TP complex / Swr1 complex / Ino80 complex / box C/D snoRNP assembly / 3'-5' DNA helicase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / DNA helicase activity / rRNA processing / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase ...R2TP complex / Swr1 complex / Ino80 complex / box C/D snoRNP assembly / 3'-5' DNA helicase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / DNA helicase activity / rRNA processing / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase / protein stabilization / chromatin remodeling / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Pih1, Ascomycota, CS domain / Fungal Pih1 CS domain / PIH1, N-terminal / : / PIH1 N-terminal domain / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain ...Pih1, Ascomycota, CS domain / Fungal Pih1 CS domain / PIH1, N-terminal / : / PIH1 N-terminal domain / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Pih1p / RuvB-like protein 1 / RuvB-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.37 Å
データ登録者Rivera-Calzada A / Pal M / Munoz-Hernandez H / Luque-Ortega JR / Gil-Carton D / Degliesposti G / Skehel JM / Prodromou C / Pearl LH / Llorca O
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The Structure of the R2TP Complex Defines a Platform for Recruiting Diverse Client Proteins to the HSP90 Molecular Chaperone System.
著者: Angel Rivera-Calzada / Mohinder Pal / Hugo Muñoz-Hernández / Juan R Luque-Ortega / David Gil-Carton / Gianluca Degliesposti / J Mark Skehel / Chrisostomos Prodromou / Laurence H Pearl / Oscar Llorca /
要旨: The R2TP complex, comprising the Rvb1p-Rvb2p AAA-ATPases, Tah1p, and Pih1p in yeast, is a specialized Hsp90 co-chaperone required for the assembly and maturation of multi-subunit complexes. These ...The R2TP complex, comprising the Rvb1p-Rvb2p AAA-ATPases, Tah1p, and Pih1p in yeast, is a specialized Hsp90 co-chaperone required for the assembly and maturation of multi-subunit complexes. These include the small nucleolar ribonucleoproteins, RNA polymerase II, and complexes containing phosphatidylinositol-3-kinase-like kinases. The structure and stoichiometry of yeast R2TP and how it couples to Hsp90 are currently unknown. Here, we determine the 3D organization of yeast R2TP using sedimentation velocity analysis and cryo-electron microscopy. The 359-kDa complex comprises one Rvb1p/Rvb2p hetero-hexamer with domains II (DIIs) forming an open basket that accommodates a single copy of Tah1p-Pih1p. Tah1p-Pih1p binding to multiple DII domains regulates Rvb1p/Rvb2p ATPase activity. Using domain dissection and cross-linking mass spectrometry, we identified a unique region of Pih1p that is essential for interaction with Rvb1p/Rvb2p. These data provide a structural basis for understanding how R2TP couples an Hsp90 dimer to a diverse set of client proteins and complexes.
履歴
登録2017年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月7日-
マップ公開2017年6月7日-
更新2018年1月31日-
現状2018年1月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3678.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3678.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the yeast R2TP complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 200 pix.
= 268. Å		1.34 Å/pix.
x 200 pix.
= 268. Å		1.34 Å/pix.
x 200 pix.
= 268. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.018430166 - 0.060380638
平均 (標準偏差)0.0008508967 (±0.004211602)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 268.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z268.000268.000268.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0180.0600.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast R2TP complex

全体名称: Yeast R2TP complex
要素
  • 複合体: Yeast R2TP complex
    • タンパク質・ペプチド: Rvb1p
    • タンパク質・ペプチド: Rvb2p
    • タンパク質・ペプチド: Pih1p
    • タンパク質・ペプチド: Tah1p

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超分子 #1: Yeast R2TP complex

超分子名称: Yeast R2TP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量実験値: 359 KDa

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分子 #1: Rvb1p

分子名称: Rvb1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMVAISEVKE NPGVNSSNSG AVTRTAAHTH IKGLGLDESG VAKRVEGGFV GQIEAREACG V IVDLIKAK KMSGRAILLA GGPSTGKTAL ALAISQELGP KVPFCPLVGS ELYSVEVKKT ET LMENFRR AIGLRIKETK EVYEGEVTEL ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMVAISEVKE NPGVNSSNSG AVTRTAAHTH IKGLGLDESG VAKRVEGGFV GQIEAREACG V IVDLIKAK KMSGRAILLA GGPSTGKTAL ALAISQELGP KVPFCPLVGS ELYSVEVKKT ET LMENFRR AIGLRIKETK EVYEGEVTEL TPEDAENPLG GYGKTISHVI VGLKSAKGTK TLR LDPTIY ESIQREKVSI GDVIYIEANT GAVKRVGRSD AYATEFDLET EEYVPLPKGE VHKK KEIVQ DVTLHDLDVA NARPQGGQDV ISMMGQLLKP KKTEITEKLR QEVNKVVAKY IDQGV AELI PGVLFIDEVN MLDIEIFTYL NKALESNIAP VVVLASNRGM TTVRGTEDVI SPHGVP PDL IDRLLIVRTL PYDKDEIRTI IERRATVERL QVESSALDLL ATMGTETSLR YALQLLA PC GILAQTSNRK EIVVNDVNEA KLLFLDAKRS TKILETSANY L

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分子 #2: Rvb2p

分子名称: Rvb2p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MEQKLISEED LLRSEEQKLI SEEDLLRSEE QKLISEEDLL RSE SRGSHH HHHHLEVLFQ GPAS MSIQT SDPNETSDLK SLSLIAAHSH ITGLGLDENL QPRPTSEGMV GQLQARRAAG VILKM VQNG TIAGRAVLVA GPPSTGKTAL AMGVSQSLGK DVPFTAIAGS ...文字列:
MEQKLISEED LLRSEEQKLI SEEDLLRSEE QKLISEEDLL RSE SRGSHH HHHHLEVLFQ GPAS MSIQT SDPNETSDLK SLSLIAAHSH ITGLGLDENL QPRPTSEGMV GQLQARRAAG VILKM VQNG TIAGRAVLVA GPPSTGKTAL AMGVSQSLGK DVPFTAIAGS EIFSLELSKT EALTQA FRK SIGIKIKEET ELIEGEVVEI QIDRSITGGH KQGKLTIKTT DMETIYELGN KMIDGLT KE KVLAGDVISI DKASGKITKL GRSFARSRDY DAMGADTRFV QCPEGELQKR KTVVHTVS L HEIDVINSRT QGFLALFTGD TGEIRSEVRD QINTKVAEWK EEGKAEIVPG VLFIDEVHM LDIECFSFIN RALEDEFAPI VMMATNRGVS KTRGTNYKSP HGLPLDLLDR SIIITTKSYN EQEIKTILS IRAQEEEVEL SSDALDLLTK TGVETSLRYS SNLISVAQQI AMKRKNNTVE V EDVKRAYL LFLDSARSVK YVQENESQYI DDQGNVQISI AKSADPDAMD TTE

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分子 #3: Pih1p

分子名称: Pih1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSHHHHHHMA DFLLRPIKQR HRNEDKYVSV DAADGSVSKI EPIADFVIKT KLLSANGPEK LQDGRKVFIN VCHSPLVPKP EVDFNARIVF PLIIQNEWEI PIITSCYRMD HDKKGQECYV WDCCINSDCS RWICDDIQLR EILVEWCLES CEIRDSVVLC RDRIAFPKMK ...文字列:
MSHHHHHHMA DFLLRPIKQR HRNEDKYVSV DAADGSVSKI EPIADFVIKT KLLSANGPEK LQDGRKVFIN VCHSPLVPKP EVDFNARIVF PLIIQNEWEI PIITSCYRMD HDKKGQECYV WDCCINSDCS RWICDDIQLR EILVEWCLES CEIRDSVVLC RDRIAFPKMK KKGAELPALE VLNDELHQDY KAKMHKIIEE EAGDPMSILR GRNDDGDDNN DPDDGTLPPL FPIENKISGA KIEEIDKNEI AHRNLKQAPA PAPAPHEQQE DVPEYEVKMK RFKGAAYKLR ILIENKAPNS KPDRFSPSYN FAENILYING KLSIPLPRDI VVNAADIKIF HIRKERTLYI YI

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分子 #4: Tah1p

分子名称: Tah1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGSSHHHHHH WSHPQFEKGG GSGGGSGGSS AWSHPQFEKL EVLFQGPHMM SQFEKQKEQG NSLFKQGLY REAVHCYDQL ITAQPQNPVG YSNKAMALIK LGEYTQAIQM CQQGLRYTST AEHVAIRSKL QYRLELAQGA VGSVQIPVVE VDELPEGYDR S

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.45 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
140.0 mMNaClSodium Chloride
5.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
0.5 mMC10H16N2O8EDTA
0.5 mMC9H16ClO6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-19 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
詳細: Data was collected at two different tilts: 0 and 35 degrees.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 346693
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 38962
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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