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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36699 | |||||||||
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タイトル | rat megalin RAP complex bodyA | |||||||||
マップデータ | postprocess map | |||||||||
試料 |
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キーワード | endocytosis receptor / ENDOCYTOSIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipase binding / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle clearance / regulation of receptor-mediated endocytosis / rough endoplasmic reticulum lumen / receptor antagonist activity / amyloid-beta clearance by transcytosis / negative regulation of amyloid-beta clearance / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor internalization / cis-Golgi network ...lipase binding / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle clearance / regulation of receptor-mediated endocytosis / rough endoplasmic reticulum lumen / receptor antagonist activity / amyloid-beta clearance by transcytosis / negative regulation of amyloid-beta clearance / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor internalization / cis-Golgi network / low-density lipoprotein particle receptor binding / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endomembrane system / endosome lumen / Golgi lumen / endocytosis / heparin binding / vesicle / endosome / receptor ligand activity / calcium ion binding / Golgi apparatus / cell surface / signal transduction / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Goto S / Tsutsumi A / Lee Y / Hosojima M / Kabasawa H / Komochi K / Yun-san L / Nagatoshi S / Tsumoto K / Nishizawa T ...Goto S / Tsutsumi A / Lee Y / Hosojima M / Kabasawa H / Komochi K / Yun-san L / Nagatoshi S / Tsumoto K / Nishizawa T / Kikkawa M / Saito A | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structures elucidate the multiligand receptor nature of megalin. 著者: Sawako Goto / Akihisa Tsutsumi / Yongchan Lee / Michihiro Hosojima / Hideyuki Kabasawa / Koichi Komochi / Satoru Nagatoishi / Kazuya Takemoto / Kouhei Tsumoto / Tomohiro Nishizawa / Masahide ...著者: Sawako Goto / Akihisa Tsutsumi / Yongchan Lee / Michihiro Hosojima / Hideyuki Kabasawa / Koichi Komochi / Satoru Nagatoishi / Kazuya Takemoto / Kouhei Tsumoto / Tomohiro Nishizawa / Masahide Kikkawa / Akihiko Saito / 要旨: Megalin (low-density lipoprotein receptor-related protein 2) is a giant glycoprotein of about 600 kDa, mediating the endocytosis of more than 60 ligands, including those of proteins, peptides, and ...Megalin (low-density lipoprotein receptor-related protein 2) is a giant glycoprotein of about 600 kDa, mediating the endocytosis of more than 60 ligands, including those of proteins, peptides, and drug compounds [S. Goto, M. Hosojima, H. Kabasawa, A. Saito, , 106393 (2023)]. It is expressed predominantly in renal proximal tubule epithelial cells, as well as in the brain, lungs, eyes, inner ear, thyroid gland, and placenta. Megalin is also known to mediate the endocytosis of toxic compounds, particularly those that cause renal and hearing disorders [Y. Hori , , 1783-1791 (2017)]. Genetic megalin deficiency causes Donnai-Barrow syndrome/facio-oculo-acoustico-renal syndrome in humans. However, it is not known how megalin interacts with such a wide variety of ligands and plays pathological roles in various organs. In this study, we elucidated the dimeric architecture of megalin, purified from rat kidneys, using cryoelectron microscopy. The maps revealed the densities of endogenous ligands bound to various regions throughout the dimer, elucidating the multiligand receptor nature of megalin. We also determined the structure of megalin in complex with receptor-associated protein, a molecular chaperone for megalin. The results will facilitate further studies on the pathophysiology of megalin-dependent multiligand endocytic pathways in multiple organs and will also be useful for the development of megalin-targeted drugs for renal and hearing disorders, Alzheimer's disease [B. V. Zlokovic , , 4229-4234 (1996)], and other illnesses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36699.map.gz | 4.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36699-v30.xml emd-36699.xml | 23.2 KB 23.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36699_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36699.png | 146.4 KB | ||
マスクデータ | emd_36699_msk_1.map | 67 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-36699.cif.gz | 9.3 KB | ||
その他 | emd_36699_half_map_1.map.gz emd_36699_half_map_2.map.gz | 46.2 MB 46.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36699 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36699 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36699_validation.pdf.gz | 747.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36699_full_validation.pdf.gz | 746.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36699_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36699_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36699 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36699 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jxfMC 8jutC 8juuC 8jx8C 8jx9C 8jxaC 8jxbC 8jxcC 8jxdC 8jxeC 8jxgC 8jxhC 8jxiC 8jxjC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36699.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | postprocess map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.411 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_36699_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap1
ファイル | emd_36699_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap2
ファイル | emd_36699_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : megalin-RAP complex
全体 | 名称: megalin-RAP complex |
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要素 |
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-超分子 #1: megalin-RAP complex
超分子 | 名称: megalin-RAP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
-分子 #1: Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein
分子 | 名称: Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 42.112809 KDa |
配列 | 文字列: MAPLRDRVST LPRLQLLVLL LLPLLLVPQP IAGHGGKYSR EKNEPEMAAK RESGEEFRME KLNQLWEKAK RLHLSPVRLA ELHSDLKIQ ERDELNWKKL KVEGLDGDGE KEAKLVHNLN VILARYGLDG RKDTQTVHSN ALNEDTQDEL GDPRLEKLWH K AKTSGKFS ...文字列: MAPLRDRVST LPRLQLLVLL LLPLLLVPQP IAGHGGKYSR EKNEPEMAAK RESGEEFRME KLNQLWEKAK RLHLSPVRLA ELHSDLKIQ ERDELNWKKL KVEGLDGDGE KEAKLVHNLN VILARYGLDG RKDTQTVHSN ALNEDTQDEL GDPRLEKLWH K AKTSGKFS SEELDKLWRE FLHYKEKIHE YNVLLDTLSR AEEGYENLLS PSDMTHIKSD TLASKHSELK DRLRSINQGL DR LRKVSHQ GYGPATEFEE PRVIDLWDLA QSANFTEKEL ESFREELKHF EAKIEKHNHY QKQLEISHQK LKHVESIGDP EHI SRNKEK YVLLEEKTKE LGYKVKKHLQ DLSSRVSRAR HNEL UniProtKB: Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein |
-分子 #2: LDL receptor related protein 2
分子 | 名称: LDL receptor related protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 519.871438 KDa |
配列 | 文字列: MERGAAAAAW MLLLAIAACL EPVSSQECGS GNFRCDNGYC IPASWRCDGT RDCLDDTDEI GCPPRSCESG LFLCPAEGTC IPSSWVCDE DKDCSDGADE QQNCAGTTCS AQQMTCSNGQ CIPSEYRCDH VSDCPDGSDE RNCHYPTCDQ LTCANGACYN T SQRCDQKV ...文字列: MERGAAAAAW MLLLAIAACL EPVSSQECGS GNFRCDNGYC IPASWRCDGT RDCLDDTDEI GCPPRSCESG LFLCPAEGTC IPSSWVCDE DKDCSDGADE QQNCAGTTCS AQQMTCSNGQ CIPSEYRCDH VSDCPDGSDE RNCHYPTCDQ LTCANGACYN T SQRCDQKV DCRDSSDEAN CTTLCSQKEF ECGSGECILR AYVCDHDNDC EDNSDERNCN YDTCGGHQFT CSNGQCINQN WV CDGDDDC QDSGDEDGCE SNQSHHRCYP REWACPGSGR CISIDKVCDG VPDCPEGDDE NNVTSGRTCG MGVCSVLNCE YQC HQTPFG GECFCPPGHI INSNDSRTCI DFDDCQIWGI CDQKCENRQG RHQCLCEEGY ILERGQHCKS SDSFSAASVI FSNG RDLLV GDLHGRNFRI LAESKNRGMV MGVDFHYQKH RVFWTDPMQE KVFSTDINGL NTQEILNVSV DTPENLAVDW INNKL YLVE TKVNRIDVVN LEGNQRVTLI TENLGHPRGI ALDPTVGYLF FSDWGSLSGQ PKVERAFMDG SNRKDLVTTK VGWPAG ITL DLVSKRVYWV DSRYDYIETV TYDGIQRKTV ARGGSLVPHP FGISLFEEHV FFTDWTKMAV MKASKFTETN PQVYHQS SL RPHGVTVYHA LRQPNATNPC GSNNGGCAQV CVLSHRTDNG GLGYRCKCEF GFELDDDEHR CVAVKNFLLF SSKTAVRG I PFTLSTQEDV MVPVTGSPSF FVGIDFDAQH STVFYSDLSK DIIYKQKIDG TGKEVITANR LESVECLTFD WISRNLYWT DGGLKSVTVL RLADKSRRQI ISNLNNPRSI VVHPTAGYMF LSDWFRPAKI MRAWSDGSHL MPIVNTSLGW PNGLAIDWSA SRLYWVDAF FDKIEHSTLD GLDRKRLGHV DQMTHPFGLT VFKDNVFITD WRLGAIIRVR KSDGGDMTVI RRGISSVMHV K AYDADLQT GSNYCSQTTH ANGDCSHFCF PVPNFQRVCG CPYGMKLQRD QMTCEGDPAR EPPTQQCGSL SFPCNNGKCV PS FFRCDGV DDCHDNSDEH QCGVFNNTCS PSAFACVRGG QCIPGQWHCD RQNDCLDGSD EQNCPTHATS STCPSTSFTC DNH VCIPKD WVCDTDNDCS DGSDEKNCQA SGTCQPTQFR CPDHRCISPL YVCDGDKDCA DGSDEAGCVL NCTSAQFKCA DGSS CINSR YRCDGVYDCR DNSDEAGCPT RPPGMCHLDE FQCQGDGTCI PNTWECDGHP DCIHGSDEHT GCVPKTCSPT HFLCD NGNC IYKAWICDGD NDCRDMSDEK DCPTQPFHCP STQWQCPGYS TCINLSALCD GVFDCPNGTD ESPLCNQDSC SHFNGG CTH QCMQGPFGAT CLCPLGYQLA NDTKTCEDIN ECDIPGFCSQ HCVNMRGSFR CACDPEYTLE SDGRTCKVTG SENPLLV VA SRDKIIVDNI TAHTHNLYSL VQDVSFVVAL DFDSVTGRVF WSDLLQGKTW SVFQNGTDKR VVHDSGLSVT EMIAVDWI G RNLYWTDYAL ETIEVSKIDG SHRTVLISKN VTKPRGLALD PRMGDNVMFW SDWGHHPRIE RASMDGTMRT VIVQEKIYW PCGLSIDYPN RLIYFMDAYL DYIEFCDYDG HNRRQVIASD LVLHHPHALT LFEDFVYWTD RGTRQVMQAN KWHGGNQSVV MYSVHQPLG ITAIHPSRQP PSRNPCASAS CSHLCLLSAQ APRHYSCACP SGWNLSDDSV NCVRGDQPFL MSVRDNIIFG I SLDPEVKS NDAMVPISGI QHGYDVEFDD SEQFIYWVEN PGEIHRVKTD GSNRTVFAPL SLLGSSLGLA LDWVSRNIYY TT PASRSIE VLTLKGDTRY GKTLIANDGT PLGVGFPVGI AVDPARGKLY WSDHGTDSGV PAKIASANMD GTSLKILFTG NLQ HLEVVT LDIQEQKLYW AVTSRGVIER GNVDGTERMI LVHHLAHPWG LVVYGSFLYY SDEQYEVIER VDKSSGNNKV VLRD NVPYL RGLRVYHRRN AADSSNGCSN NPNACQQICL PVPGGMFSCA CASGFKLSPD GRSCSPYNSF MVVSMLPAVR GFSLE LSDH SEAMVPVAGQ GRNVLHADVD VANGFIYWCD FSSSVRSSNG IRRIKPDGSN FTNVVTYGIG ANGIRGVALD WAAGNL YFT NAFVYETLIE VLRINTTYRR VLLKVSVDMP RHIIVDPKHR YLFWADYGQK PKIERSFLDC TNRTVLVSEG IVTPRGL AM DHDTGYIYWV DDSLDLIARI HLDGGESQVV RYGSRYPTPY GITVFGESII WVDRNLKKVF QASKQPGNTD PPVVIRDK I NLLRDVTIFD EHAQPLSPAE LNNNPCLQSN GGCSHFCFAL PELPTPRCGC AFGTLGNDGK SCATSQEDFL IYSLNNSLR SLHFDPRDHS LPFQVISVAG TAIALDYDRR NNRIFFTQKL NSLRGQISYV SLYSGSSSPT VLLSNIGVTD GIAFDWINRR IYYSDFSNQ TINSMAEDGS NRAVIARVSK PRAIVLDPCR GYMYWTDWGT NAKIERATLG GNFRVPIVNT SLVWPNGLAL D LETDLLYW ADASLQKIER STLTGTNREV VVSTAFHSFG LTVYGQYIYW TDLYTRKIYR ANKYDGSDLV AMTTRLPTQP SG ISTVVKT QRQQCSNPCD QFNGGCSHIC APGPNGAECQ CPHEGNWYLA NDNKYCVVDT GTRCNQLQFT CLNGHCINQD WKC DNDNDC GDGSDELPTV CAFHTCRSTA FTCGNGRCVP YHYRCDYYND CGDNSDEAGC LFRNCNSTTE FTCSNGRCIP LSYV CNGIN NCHDNDTSDE KNCPPHTCPP DFTKCQTTNI CVPRAFLCDG DNDCGDGSDE NPIYCASHTC RSNEFQCLSP QRCIP SYWF CDGEADCADG SDEPDTCGHS VNTCRASQFQ CDNGRCISGN WVCDGDNDCG DMSDEDQRHH CELQNCSSTQ FTCVNS RPP NRRCIPQYWV CDGDADCSDA LDELQNCTMR TCSAGEFSCA NGRCVRQSFR CDRRNDCGDY SDERGCSYPP CHANQFT CQ NGRCIPRFFV CDEDNDCGDG SDEQEHLCHT PEPTCPLHQF RCDNGHCIEM GRVCNHVDDC SDNSDEKGCG INECLDSS I SRCDHNCTDT ITSFYCSCLP GYKLMSDKRS CVDIDECKES PQLCSQKCEN VVGSYICKCA PGYIREPDGK SCRQNSNIE PYLIFSNRYY IRNLTTDGSS YSLILQGLGN VVALDFDRVE KRLYWIDAEK QIIERMFLNK TNRETIINHR LRRAESLAVD WVSRKLYWL DAILDCLFVS DLEGRHRKMI AQHCVDANNT FCFEHPRGIV LHPQRGHVYW ADWGVHAYIG RIGMDGTNKS V IISTKIEW PNAITIDYTN DLLYWADAHL GYIEFSDLEG HHRHTVYDGS LPHPFALTIF EDTVFWTDWN TRTVEKGNKY DG SGRVVLV NTTHKPFDIH VYHPYRQPIM SNPCGTNNGG CSHLCLIKAG GRGFTCACPD DFQTVQLRDR TLCMPMCSST QFL CGNNEK CIPIWWKCDG QKDCSDGSDE PDLCPHRFCR LGQFQCRDGN CTSPQALCNA RQDCADGSDE DRVLCEHHRC ESNE WQCAN KRCIPQSWQC DSVNDCLDNS DEDTSHCASR TCRPGQFKCN NGRCIPQSWK CDVDNDCGDY SDEPIDECTT AAYNC DNHT EFSCKTNYRC IPQWAVCNGF DDCRDNSDEQ GCESVPCHPS GDFRCANHHC IPLRWKCDGT DDCGDNSDEE NCVPRE CSE SEFRCADQQC IPSRWVCDQE NDCGDNSDER DCEMKTCHPE HFQCTSGHCV PKALACDGRA DCLDASDESA CPTRFPN GT YCPAAMFECK NHVCIQSFWI CDGENDCVDG SDEEIHLCFN IPCESPQRFR CDNSRCVYGH QLCNGVDDCG DGSDEKEE H CRKPTHKPCT DTEYKCSNGN CISQHYVCDN VNDCGDLSDE TGCNLGDNRT CAENICEQNC TQLSSGGFIC SCRPGFKPS TLDKNSCQDI NECEEFGICP QSCRNSKGSY ECFCVDGFKS MSTHYGERCA ADGSPPLLLL PENVRIRKYN TSSEKFSEYL EEEEHIQTI DYDWDPEHIG LSVVYYTVLA QGSQFGAIKR AYIPNFESGS NNPIREVDLG LKYLMQPDGL AVDWVGRHIY W SDAKSQRI EVATLDGRYR KWLITTQLDQ PAAIAVNPKL GLMFWTDQGK QPKIESAWMN GEHRSVLVSE NLGWPNGLSI DY LNDDRVY WSDSKEDVIE AIKYDGTDRR LIINEAMKPF SLDIFEDKLY WVAKEKGEVW RQNKFGKENK EKVLVVNPWL TQV RIFHQL RYNQSVSNPC KQVCSHLCLL RPGGYSCACP QGSDFVTGST VQCDAASELP VTMPPPCRCM HGGNCYFDEN ELPK CKCSS GYSGEYCEVG LSRGIPPGTT MAVLLTFVIV IIVGALVLVG LFHYRKTGSL LPTLPKLPSL SSLAKPSENG NGVTF RSGA DVNMDIGVSP FGPETIIDRS MAMNEHFVME VGKQPVIFEN PMYAAKDNTS KVALAVQGPS TGAQVTVPEN VENQNY GRP IDPSEIVPEP KPASPGADEI QGKKWNIFKR KPKQTTNFEN PIYAEMDSEV KDAVAVAPPP SPSLPAKASK RNLTPGY TA TEDTFKDTAN LVKEDSDV UniProtKB: LDL receptor related protein 2 |
-分子 #3: unclear peptide
分子 | 名称: unclear peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 詳細: Authors could not experimentally confirm this sequence, but it should be a part of molecule 1 or 2. コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 472.537 Da |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)N(UNK)(UNK) |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: A2G |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-A2G: |
-分子 #10: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 20 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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得られたモデル | PDB-8jxf: |