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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36501 | |||||||||
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タイトル | Local map of the mouse sperm doublet microtubule (Middle02) | |||||||||
マップデータ | Local map of the mouse sperm doublet microtubule (Middel02) | |||||||||
試料 |
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キーワード | doublet microtubule / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou LN / Gui M / Wu JP | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Structures of sperm flagellar doublet microtubules expand the genetic spectrum of male infertility. 著者: Lunni Zhou / Haobin Liu / Siyu Liu / Xiaoyu Yang / Yue Dong / Yun Pan / Zhuang Xiao / Beihong Zheng / Yan Sun / Pengyu Huang / Xixi Zhang / Jin Hu / Rui Sun / Shan Feng / Yi Zhu / Mingxi Liu ...著者: Lunni Zhou / Haobin Liu / Siyu Liu / Xiaoyu Yang / Yue Dong / Yun Pan / Zhuang Xiao / Beihong Zheng / Yan Sun / Pengyu Huang / Xixi Zhang / Jin Hu / Rui Sun / Shan Feng / Yi Zhu / Mingxi Liu / Miao Gui / Jianping Wu / 要旨: Sperm motility is crucial for successful fertilization. Highly decorated doublet microtubules (DMTs) form the sperm tail skeleton, which propels the movement of spermatozoa. Using cryo-electron ...Sperm motility is crucial for successful fertilization. Highly decorated doublet microtubules (DMTs) form the sperm tail skeleton, which propels the movement of spermatozoa. Using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and artificial intelligence (AI)-based modeling, we determined the structures of mouse and human sperm DMTs and built an atomic model of the 48-nm repeat of the mouse sperm DMT. Our analysis revealed 47 DMT-associated proteins, including 45 microtubule inner proteins (MIPs). We identified 10 sperm-specific MIPs, including seven classes of Tektin5 in the lumen of the A tubule and FAM166 family members that bind the intra-tubulin interfaces. Interestingly, the human sperm DMT lacks some MIPs compared with the mouse sperm DMT. We also discovered variants in 10 distinct MIPs associated with a subtype of asthenozoospermia characterized by impaired sperm motility without evident morphological abnormalities. Our study highlights the conservation and tissue/species specificity of DMTs and expands the genetic spectrum of male infertility. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36501.map.gz | 1.8 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36501-v30.xml emd-36501.xml | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36501.png | 154.8 KB | ||
その他 | emd_36501_half_map_1.map.gz emd_36501_half_map_2.map.gz | 1.8 GB 1.8 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36501 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36501 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36501_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36501_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36501_validation.xml.gz | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36501_validation.cif.gz | 30.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36501 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36501 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36501.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Local map of the mouse sperm doublet microtubule (Middel02) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map B of local refinement of the...
ファイル | emd_36501_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of local refinement of the mouse sperm doublet microtubule (Middel02) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A of local refinement of the...
ファイル | emd_36501_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of local refinement of the mouse sperm doublet microtubule (Middel02) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mouse sperm DMT
全体 | 名称: Mouse sperm DMT |
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要素 |
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-超分子 #1: Mouse sperm DMT
超分子 | 名称: Mouse sperm DMT / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#49 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 25135 / 平均露光時間: 2.56 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95290 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |