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- EMDB-3625: Hibernating ribosome from Staphylococcus aureus (Rotated state) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3625
タイトルHibernating ribosome from Staphylococcus aureus (Rotated state)
マップデータ
試料
  • 複合体: Hibernating ribosome from Staphylococcus aureus (Unrotated state)
    • 複合体: Hibernating ribosome from Staphylococcus aureus (Unrotated state)
      • RNA: x 3種
      • タンパク質・ペプチド: x 48種
    • 複合体: Ribosome hibernation promotion factor
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
キーワードS.aureus / HPF / hibernation / 100S ribosome / ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit ...negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / : / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form ...Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / : / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S21 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 ...Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL33B / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Ribosome hibernation promotion factor / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS10
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) / Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Khusainov I / Vicens Q
資金援助 フランス, ロシア, 5件
OrganizationGrant number国
Centre National de la Recherche Scientifique and Agence Nationale de la RechercheANR-10-LABX-0036_NETRNA フランス
Centre National de la Recherche Scientifique and Agence Nationale de la RechercheANR-15-CE11-0021-01 フランス
Russian Science Foundation16-14-10014 ロシア
French National Research Agency294312
French National Research AgencyFDT20140930867 フランス
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2017
タイトル: Structures and dynamics of hibernating ribosomes from mediated by intermolecular interactions of HPF.
著者: Iskander Khusainov / Quentin Vicens / Rustam Ayupov / Konstantin Usachev / Alexander Myasnikov / Angelita Simonetti / Shamil Validov / Bruno Kieffer / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Yaser Hashem /
要旨: In bacteria, ribosomal hibernation shuts down translation as a response to stress, through reversible binding of stress-induced proteins to ribosomes. This process typically involves the formation of ...In bacteria, ribosomal hibernation shuts down translation as a response to stress, through reversible binding of stress-induced proteins to ribosomes. This process typically involves the formation of 100S ribosome dimers. Here, we present the structures of hibernating ribosomes from human pathogen containing a long variant of the hibernation-promoting factor (SaHPF) that we solved using cryo-electron microscopy. Our reconstructions reveal that the N-terminal domain (NTD) of SaHPF binds to the 30S subunit as observed for shorter variants of HPF in other species. The C-terminal domain (CTD) of SaHPF protrudes out of each ribosome in order to mediate dimerization. Using NMR, we characterized the interactions at the CTD-dimer interface. Secondary interactions are provided by helix 26 of the 16S ribosomal RNA We also show that ribosomes in the 100S particle adopt both rotated and unrotated conformations. Overall, our work illustrates a specific mode of ribosome dimerization by long HPF, a finding that may help improve the selectivity of antimicrobials.
履歴
登録2017年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月5日-
マップ公開2017年6月28日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5nd9
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3625.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3625.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 340 pix.
= 374. Å		1.1 Å/pix.
x 340 pix.
= 374. Å		1.1 Å/pix.
x 340 pix.
= 374. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.13156818 - 0.29948527
平均 (標準偏差)0.00071480917 (±0.016866606)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 374.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z374.000374.000374.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean-0.1320.2990.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hibernating ribosome from Staphylococcus aureus (Unrotated state)

全体名称: Hibernating ribosome from Staphylococcus aureus (Unrotated state)
要素
  • 複合体: Hibernating ribosome from Staphylococcus aureus (Unrotated state)
    • 複合体: Hibernating ribosome from Staphylococcus aureus (Unrotated state)
      • RNA: 16S ribosomal RNA
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
      • RNA: 23S ribosomal RNA
      • RNA: 5S ribosomal RNA
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31 type B
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33 2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • 複合体: Ribosome hibernation promotion factor
      • タンパク質・ペプチド: Ribosome hibernation promotion factor

+
超分子 #1: Hibernating ribosome from Staphylococcus aureus (Unrotated state)

超分子名称: Hibernating ribosome from Staphylococcus aureus (Unrotated state)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#52 / 詳細: 70S monosome derived from 100S disome
分子量理論値: 2.5 MDa

+
超分子 #2: Hibernating ribosome from Staphylococcus aureus (Unrotated state)

超分子名称: Hibernating ribosome from Staphylococcus aureus (Unrotated state)
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#21, #23-#52 / 詳細: 70S monosome derived from 100S disome
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)

+
超分子 #3: Ribosome hibernation promotion factor

超分子名称: Ribosome hibernation promotion factor / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #22 / 詳細: Ribosome hibernation promotion factor
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)

+
分子 #1: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 503.242031 KDa
配列文字列: UUUUAUGGAG AGUUUGAUCC UGGCUCAGGA UGAACGCUGG CGGCGUGCCU AAUACAUGCA AGUCGAGCGA ACGGACGAGA AGCUUGCUU CUCUGAUGUU AGCGGCGGAC GGGUGAGUAA CACGUGGAUA ACCUACCUAU AAGACUGGGA UAACUUCGGG A AACCGUAG ...文字列:
UUUUAUGGAG AGUUUGAUCC UGGCUCAGGA UGAACGCUGG CGGCGUGCCU AAUACAUGCA AGUCGAGCGA ACGGACGAGA AGCUUGCUU CUCUGAUGUU AGCGGCGGAC GGGUGAGUAA CACGUGGAUA ACCUACCUAU AAGACUGGGA UAACUUCGGG A AACCGUAG CUAAUACCGG AUAAUAUUUU GAACCGCAUG GUUCAAAAGU GAAAGACGGU CUUGCUGUCA CUUAUAGAUG GA UCCGCGC UGCAUUAGCU AGUUGGUAAG GUAACGGCUU ACCAAGGCAA CGAUGCAUAG CCGACCUGAG AGGGUGAUCG GCC ACACUG GAACUGAGAC ACGGUCCAGA CUCCUACGGG AGGCAGCAGU AGGGAAUCUU CCGCAAUGGG CGAAAGCCUG ACGG AGCAA CGCCGCGUGA GUGAUGAAGG UCUUCGGAUC GUAAAACUCU GUUAUUAGGG AAGAACAUAU GUGUAAGUAA CUGUG CACA UCUUGACGGU ACCUAAUCAG AAAGCCACGG CUAACUACGU GCCAGCAGCC GCGGUAAUAC GUAGGUGGCA AGCGUU AUC CGGAAUUAUU GGGCGUAAAG CGCGCGUAGG CGGUUUUUUA AGUCUGAUGU GAAAGCCCAC GGCUCAACCG UGGAGGG UC AUUGGAAACU GGAAAACUUG AGUGCAGAAG AGGAAAGUGG AAUUCCAUGU GUAGCGGUGA AAUGCGCAGA GAUAUGGA G GAACACCAGU GGCGAAGGCG ACUUUCUGGU CUGUAACUGA CGCUGAUGUG CGAAAGCGUG GGGAUCAAAC AGGAUUAGA UACCCUGGUA GUCCACGCCG UAAACGAUGA GUGCUAAGUG UUAGGGGGUU UCCCGCCCCU UAGUGCUGCA GCUAACGCAU UAAGCACUC CGCCUGGGGA GUACGACCGC AAGGUUGAAA CUCAAAGGAA UUGACGGGGA CCCGCACAAG CGGUGGAGCA U GUGGUUUA AUUCGAAGCA ACGCGAAGAA CCUUACCAAA UCUUGACAUC CUUUGACAAC UCUAGAGAUA GAGCCUUCCC CU UCGGGGG ACAAAGUGAC AGGUGGUGCA UGGUUGUCGU CAGCUCGUGU CGUGAGAUGU UGGGUUAAGU CCCGCAACGA GCG CAACCC UUAAGCUUAG UUGCCAUCAU UAAGUUGGGC ACUCUAAGUU GACUGCCGGU GACAAACCGG AGGAAGGUGG GGAU GACGU CAAAUCAUCA UGCCCCUUAU GAUUUGGGCU ACACACGUGC UACAAUGGAC AAUACAAAGG GCAGCGAAAC CGCGA GGUC AAGCAAAUCC CAUAAAGUUG UUCUCAGUUC GGAUUGUAGU CUGCAACUCG ACUACAUGAA GCUGGAAUCG CUAGUA AUC GUAGAUCAGC AUGCUACGGU GAAUACGUUC CCGGGUCUUG UACACACCGC CCGUCACACC ACGAGAGUUU GUAACAC CC GAAGCCGGUG GAGUAACCUU UUAGGAGCUA GCCGUCGAAG GUGGGACAAA UGAUUGGGGU GAAGUCGUAA CAAGGUAG C CGUAUCGGAA GGUGCGGCUG GAUCACCUCC UUUCU

GENBANK: GENBANK: CP000253.1

+
分子 #23: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 23 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 946.696688 KDa
配列文字列: GAUUAAGUUA UUAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGAAGCCGAU GAAGGACGUU ACUAACGACG AUAUGCUUUG GGGAGCUGU AAGUAAGCUU UGAUCCAGAG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC AGCAUGAGUU AUGUCAUGUU AUCGAUAUGU G AAUACAUA ...文字列:
GAUUAAGUUA UUAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGAAGCCGAU GAAGGACGUU ACUAACGACG AUAUGCUUUG GGGAGCUGU AAGUAAGCUU UGAUCCAGAG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC AGCAUGAGUU AUGUCAUGUU AUCGAUAUGU G AAUACAUA GCAUAUCAGA AGGCACACCC GGAGAACUGA AACAUCUUAG UACCCGGAGG AAGAGAAAGA AAAUUCGAUU CC CUUAGUA GCGGCGAGCG AAAUGGGAAG AGCCCAAACC AACAAGCUUG CUUGUUGGGG UUGUAGGACA CUCUAUACGG AGU UACAAA GGACGACAUU AGACGAAUCA UCUGGAAAGA UGAAUCAAAG AAGGUAAUAA UCCUGUAGUC GAAAAUGUUG UCUC UCUUG AGUGGAUCCU GAGUACGACG GAGCACGUGA AAUUCCGUCG GAAUCUGGGA GGACCAUCUC CUAAGGCUAA AUACU CUCU AGUGACCGAU AGUGAACCAG UACCGUGAGG GAAAGGUGAA AAGCACCCCG GAAGGGGAGU GAAAUAGAAC CUGAAA CCG UGUGCUUACA AGUAGUCAGA GCCCGUUAAU GGGUGAUGGC GUGCCUUUUG UAGAAUGAAC CGGCGAGUUA CGAUUUG AU GCAAGGUUAA GCAGUAAAUG UGGAGCCGUA GCGAAAGCGA GUCUGAAUAG GGCGUUUAGU AUUUGGUCGU AGACCCGA A ACCAGGUGAU CUACCCUUGG UCAGGUUGAA GUUCAGGUAA CACUGAAUGG AGGACCGAAC CGACUUACGU UGAAAAGUG AGCGGAUGAA CUGAGGGUAG CGGAGAAAUU CCAAUCGAAC CUGGAGAUAG CUGGUUCUCU CCGAAAUAGC UUUAGGGCUA GCCUCAAGU GAUGAUUAUU GGAGGUAGAG CACUGUUUGG ACGAGGGGCC CCUCUCGGGU UACCGAAUUC AGACAAACUC C GAAUGCCA AUUAAUUUAA CUUGGGAGUC AGAACAUGGG UGAUAAGGUC CGUGUUCGAA AGGGAAACAG CCCAGACCAC CA GCUAAGG UCCCAAAAUA UAUGUUAAGU GGAAAAGGAU GUGGCGUUGC CCAGACAACU AGGAUGUUGG CUUAGAAGCA GCC AUCAUU UAAAGAGUGC GUAAUAGCUC ACUAGUCGAG UGACACUGCG CCGAAAAUGU ACCGGGGCUA AACAUAUUAC CGAA GCUGU GGAUUGUCCU UUGGACAAUG GUAGGAGAGC GUUCUAAGGG CGUUGAAGCA UGAUCGUAAG GACAUGUGGA GCGCU UAGA AGUGAGAAUG CCGGUGUGAG UCGCGAAAGA CGGGUGAGAA UCCCGUCCAC CGAUUGACUA AGGUUUCCAG AGGAAG GCU CGUCCGCUCU GGGUUAGUCG GGUCCUAAGC UGAGGCCGAC AGGCGUAGGC GAUGGAUAAC AGGUUGAUAU UCCUGUA CC ACCUAUAAUC GUUUUAAUCG AUGGGGGGAC GCAGUAGGAU AGGCGAAGCG UGCGAUUGGA UUGCACGUCU AAGCAGUA A GGCUGAGUAU UAGGCAAAUC CGGUACUCGU UAAGGCUGAG CUGUGAUGGG GAGAAGACAU UGAGUCUUCG AGUCGUUGA UUUCACACUG CCGAGAAAAG CCUCUAGAUA GAAAAUAGGU GCCCGUACCG CAAACCGACA CAGGUAGUCA AGAUGAGAAU UCUAAGGUG AGCGAGCGAA CUCUCGUUAA GGAACUCGGC AAAAUGACCC CGUAACUUCG GGAGAAGGGG UGCUCUUUAG G GUUAACGC CCAGAAGAGC CGCAGUGAAU AGGCCCAAGC GACUGUUUAU CAAAAACACA GGUCUCUGCU AAACCGUAAG GU GAUGUAU AGGGGCUGAC GCCUGCCCGG UGCUGGAAGG UUAAGAGGAG UGGUUAGCUU CUGCGAAGCU ACGAAUCGAA GCC CCAGUA AACGGCGGCC GUAACUAUAA CGGUCCUAAG GUAGCGAAAU UCCUUGUCGG GUAAGUUCCG ACCCGCACGA AAGG CGUAA CGAUUUGGGC ACUGUCUCAA CGAGAGACUC GGUGAAAUCA UAGUACCUGU GAAGAUGCAG GUUACCCGCG ACAGG ACGG AAAGACCCCG UGGAGCUUUA CUGUAGCCUG AUAUUGAAAU UCGGCACAGC UUGUACAGGA UAGGUAGGAG CCUUUG AAA CGUGAGCGCU AGCUUACGUG GAGGCGCUGG UGGGAUACUA CCCUAGCUGU GUUGGCUUUC UAACCCGCAC CACUUAU CG UGGUGGGAGA CAGUGUCAGG CGGGCAGUUU GACUGGGGCG GUCGCCUCCU AAAAGGUAAC GGAGGCGCUC AAAGGUUC C CUCAGAAUGG UUGGAAAUCA UUCAUAGAGU GUAAAGGCAU AAGGGAGCUU GACUGCGAGA CCUACAAGUC GAGCAGGGU CGAAAGACGG ACUUAGUGAU CCGGUGGUUC CGCAUGGAAG GGCCAUCGCU CAACGGAUAA AAGCUACCCC GGGGAUAACA GGCUUAUCU CCCCCAAGAG UUCACAUCGA CGGGGAGGUU UGGCACCUCG AUGUCGGCUC AUCGCAUCCU GGGGCUGUAG U CGGUCCCA AGGGUUGGGC UGUUCGCCCA UUAAAGCGGU ACGCGAGCUG GGUUCAGAAC GUCGUGAGAC AGUUCGGUCC CU AUCCGUC GUGGGCGUAG GAAAUUUGAG AGGAGCUGUC CUUAGUACGA GAGGACCGGG AUGGACAUAC CUCUGGUGUA CCA GUUGUC GUGCCAACGG CAUAGCUGGG UAGCUAUGUG UGGACGGGAU AAGUGCUGAA AGCAUCUAAG CAUGAAGCCC CCCU CAAGA UGAGAUUUCC CAACUUCGGU UAUAAGAUCC CUCAAAGAUG AUGAGGUUAA UAGGUUCGAG GUGGAAGCAU GGUGA CAUG UGGAGCUGAC GAAUACUAAU CGAUCGAAGA CUUAAUCAA

GENBANK: GENBANK: CP000253.1

+
分子 #24: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 24 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 36.692801 KDa
配列文字列:
UCUGGUGACU AUAGCAAGGA GGUCACACCU GUUCCCAUGC CGAACACAGA AGUUAAGGUC UUUAGCGACG AUGGUAGCCA ACUUACGUU CCGCUAGAGU AGAACGUUGC CAGGC

GENBANK: GENBANK: CP000253.1

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 29.136369 KDa
配列文字列: MAVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKKY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV DEAYNFLKQV SEDGGQVLFV GTKKQAQESV KSEAERAGQ FYINQRWLGG LLTNYKTISK RIKRISEIEK MEEDGLFEVL PKKEVVELKK EYDRLIKFLG GIRDMKSMPQ A LFVVDPRK ...文字列:
MAVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKKY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV DEAYNFLKQV SEDGGQVLFV GTKKQAQESV KSEAERAGQ FYINQRWLGG LLTNYKTISK RIKRISEIEK MEEDGLFEVL PKKEVVELKK EYDRLIKFLG GIRDMKSMPQ A LFVVDPRK ERNAIAEARK LNIPIVGIVD TNCDPDEIDY VIPANDDAIR AVKLLTAKMA DAILEGQQGV SNEEVAAEQN ID LDEKEKS EETEATEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 24.143867 KDa
配列文字列: MGQKINPIGL RVGIIRDWEA KWYAEKDFAS LLHEDLKIRK FIDNELKEAS VSHVEIERAA NRINIAIHTG KPGMVIGKGG SEIEKLRNK LNALTDKKVH INVIEIKKVD LDARLVAENI ARQLENRASF RRVQKQAITR AMKLGAKGIK TQVSGRLGGA D IARAEQYS ...文字列:
MGQKINPIGL RVGIIRDWEA KWYAEKDFAS LLHEDLKIRK FIDNELKEAS VSHVEIERAA NRINIAIHTG KPGMVIGKGG SEIEKLRNK LNALTDKKVH INVIEIKKVD LDARLVAENI ARQLENRASF RRVQKQAITR AMKLGAKGIK TQVSGRLGGA D IARAEQYS EGTVPLHTLR ADIDYAHAEA DTTYGKLGVK VWIYRGEVLP TKNTSGGGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 23.051416 KDa
配列文字列: MARFRGSNWK KSRRLGISLS GTGKELEKRP YAPGQHGPNQ RKKLSEYGLQ LREKQKLRYL YGMTERQFRN TFDIAGKKFG VHGENFMIL LASRLDAVVY SLGLARTRRQ ARQLVNHGHI LVDGKRVDIP SYSVKPGQTI SVREKSQKLN IIVESVEINN F VPEYLNFD ...文字列:
MARFRGSNWK KSRRLGISLS GTGKELEKRP YAPGQHGPNQ RKKLSEYGLQ LREKQKLRYL YGMTERQFRN TFDIAGKKFG VHGENFMIL LASRLDAVVY SLGLARTRRQ ARQLVNHGHI LVDGKRVDIP SYSVKPGQTI SVREKSQKLN IIVESVEINN F VPEYLNFD ADSLTGTFVR LPERSELPAE INEQLIVEYY SR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 17.770512 KDa
配列文字列:
MARREEETKE FEERVVTINR VAKVVKGGRR FRFTALVVVG DKNGRVGFGT GKAQEVPEAI KKAVEAAKKD LVVVPRVEGT TPHTITGRY GSGSVFMKPA APGTGVIAGG PVRAVLELAG ITDILSKSLG SNTPINMVRA TIDGLQNLKN AEDVAKLRGK T VEELYN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.613146 KDa
配列文字列:
MRTYEVMYIV RPNIEEDAKK ALVERFNGIL ATEGAEVLEA KDWGKRRLAY EINDFKDGFY NIVRVKSDNN KATDEFQRLA KISDDIIRY MVIREDEDK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 17.826555 KDa
配列文字列:
MPRKGSVPKR DVLPDPIHNS KLVTKLINKI MLDGKRGTAQ RILYSAFDLV EQRSGRDALE VFEEAINNIM PVLEVKARRV GGSNYQVPV EVRPERRTTL GLRWLVNYAR LRGEKTMEDR LANEILDAAN NTGGAVKKRE DTHKMAEANK AFAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 14.854315 KDa
配列文字列:
MTMTDPIADM LTRVRNANMV RHEKLELPAS NIKKEIAEIL KSEGFIKNVE YVEDDKQGVL RLFLKYGQND ERVITGLKRI SKPGLRVYA KASEMPKVLN GLGIALVSTS EGVITDKEAR KRNVGGEIIA YVW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 14.856987 KDa
配列文字列:
MTLAQVEYRG TGRRKNSVAR VRLVPGEGNI TVNNRDVREY LPFESLILDL NQPFDVTETK GNYDVLVNVH GGGFTGQAQA IRHGIARAL LEADPEYRGS LKRAGLLTRD PRMKERKKPG LKAARRSPQF SKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.60052 KDa
配列文字列:
MAKQKIRIRL KAYDHRVIDQ SAEKIVETAK RSGADVSGPI PLPTEKSVYT IIRAVHMYKD SREQFEQRTH KRLIDIVNPT PKTVDALMG LNLPSGVDIE IKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.907978 KDa
配列文字列:
MARKQVSRKR RVKKNIENGV AHIRSTFNNT IVTITDEFGN ALSWSSAGAL GFKGSKKSTP FAAQMASETA SKSAMEHGLK TVEVTVKGP GPGRESAIRA LQSAGLEVTA IRDVTPVPHN GCRPPKRRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 15.32087 KDa
配列文字列:
MPTINQLVRK PRQSKIKKSD SPALNKGFNS KKKKFTDLNS PQKRGVCTRV GTMTPKKPNS ALRKYARVRL SNNIEINAYI PGIGHNLQE HSVVLVRGGR VKDLPGVRYH IVRGALDTSG VDGRRQGRSL YGTKKPKN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.747919 KDa
配列文字列:
MARIAGVDIP REKRVVISLT YIYGIGTSTA QKILEEANVS ADTRVKDLTD DELGRIREVV DGYKVEGDLR RETNLNIKRL MEISSYRGI RHRRGLPVRG QKTKNNARTR KGPVKTVANK KK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 7.317769 KDa
配列文字列:
MAKTSMVAKQ QKKQKYAVRE YTRCERCGRP HSVYRKFKLC RICFRELAYK GQIPGVRKAS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14B

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.63433 KDa
配列文字列:
MAISQERKNE IIKEYRVHET DTGSPEVQIA VLTAEINAVN EHLRTHKKDH HSRRGLLKMV GRRRHLLNYL RSKDIQRYRE LIKSLGIRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.253886 KDa
配列文字列:
MAVKIRLTRL GSKRNPFYRI VVADARSPRD GRIIEQIGTY NPTSANAPEI KVDEALALKW LNDGAKPTDT VHNILSKEGI MKKFDEQKK AK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.196888 KDa
配列文字列:
MSERNDRKVY VGKVVSDKMD KTITVLVETY KTHKLYGKRV KYSKKYKTHD ENNSAKLGDI VKIQETRPLS ATKRFRLVEI VEESVII

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 9.332018 KDa
配列文字列:
MAGGPRRGGR RRKKVCYFTA NGITHIDYKD TELLKRFISE RGKILPRRVT GTSAKYQRML TTAIKRSRHM ALLPYVKEEQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.639309 KDa
配列文字列:
MARSIKKGPF VDEHLMKKVE AQEGSEKKQV IKTWSRRSTI FPNFIGHTFA VYDGRKHVPV YVTEDMVGHK LGEFAPTRTF KGHVADDKK TRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 9.039472 KDa
配列文字列:
MANIKSAIKR VKTTEKAEAR NISQKSAMRT AVKNAKTAVS NNADNKNELV SLAVKLVDKA AQSNLIHSNK ADRIKSQLMT ANK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.994267 KDa
配列文字列:
MSKTVVRKNE SLEDALRRFK RSVSKSGTIQ EVRKREFYEK PSVKRKKKSE AARKRKFK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21

+
分子 #22: Ribosome hibernation promotion factor

分子名称: Ribosome hibernation promotion factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 22.244914 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MIRFEIHGDN LTITDAIRNY IEEKIGKLER YFNDVPNAVA HVKVKTYSNS ATKIEVTIPL KNVTLRAEER NDDLYAGIDL INNKLERQV RKYKTRINRK SRDRGDQEVF VAELQEMQET QVDNDAYDDN EIEIIRSKEF SLKPMDSEEA VLQMNLLGHD F FVFTDRET ...文字列:
MIRFEIHGDN LTITDAIRNY IEEKIGKLER YFNDVPNAVA HVKVKTYSNS ATKIEVTIPL KNVTLRAEER NDDLYAGIDL INNKLERQV RKYKTRINRK SRDRGDQEVF VAELQEMQET QVDNDAYDDN EIEIIRSKEF SLKPMDSEEA VLQMNLLGHD F FVFTDRET DGTSIVYRRK DGKYGLIQTS EQ

UniProtKB: Ribosome hibernation promotion factor

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 30.217164 KDa
配列文字列: MAIKKYKPIT NGRRNMTSLD FAEITKTTPE KSLLKPLPKK AGRNNQGKLT VRHHGGGHKR QYRVIDFKRN KDGINAKVDS IQYDPNRSA NIALVVYADG EKRYIIAPKG LEVGQIVESG AEADIKVGNA LPLQNIPVGT VVHNIELKPG KGGQIARSAG A SAQVLGKE ...文字列:
MAIKKYKPIT NGRRNMTSLD FAEITKTTPE KSLLKPLPKK AGRNNQGKLT VRHHGGGHKR QYRVIDFKRN KDGINAKVDS IQYDPNRSA NIALVVYADG EKRYIIAPKG LEVGQIVESG AEADIKVGNA LPLQNIPVGT VVHNIELKPG KGGQIARSAG A SAQVLGKE GKYVLIRLRS GEVRMILSTC RATIGQVGNL QHELVNVGKA GRSRWKGIRP TVRGSVMNPN DHPHGGGEGR AP IGRPSPM SPWGKPTLGK KTRRGKKSSD KLIVRGRKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 23.760256 KDa
配列文字列: MTKGILGRKI GMTQVFGENG ELIPVTVVEA KENVVLQKKT VEVDGYNAIQ VGFEDKKAYK KDAKSNKYAN KPAEGHAKKA DAAPKRFIR EFRNVDVDAY EVGQEVSVDT FVAGDVIDVT GVSKGKGFQG AIKRHGQSRG PMSHGSHFHR APGSVGMASD A SRVFKGQK ...文字列:
MTKGILGRKI GMTQVFGENG ELIPVTVVEA KENVVLQKKT VEVDGYNAIQ VGFEDKKAYK KDAKSNKYAN KPAEGHAKKA DAAPKRFIR EFRNVDVDAY EVGQEVSVDT FVAGDVIDVT GVSKGKGFQG AIKRHGQSRG PMSHGSHFHR APGSVGMASD A SRVFKGQK MPGRMGGNTV TVQNLEVVQV DTENKVILVK GNVPGPKKGL VEIRTSIKKG NK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 22.495697 KDa
配列文字列: MANYDVLKLD GTKSGSIELS DAVFGIEPNN SVLFEAINLQ RASLRQGTHA VKNRSAVSGG GRKPWKQKGT GRARQGTIRA PQWRGGGIV FGPTPRSYAY KMPKKMRRLA LRSALSFKAQ ENGLTVVDAF NFEAPKTKEF KNVLSTLEQP KKVLVVTENE D VNVELSAR ...文字列:
MANYDVLKLD GTKSGSIELS DAVFGIEPNN SVLFEAINLQ RASLRQGTHA VKNRSAVSGG GRKPWKQKGT GRARQGTIRA PQWRGGGIV FGPTPRSYAY KMPKKMRRLA LRSALSFKAQ ENGLTVVDAF NFEAPKTKEF KNVLSTLEQP KKVLVVTENE D VNVELSAR NIPGVQVTTA QGLNVLDITN ADSLVITEAA AKKVEEVLG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 20.296637 KDa
配列文字列:
MNRLKEKFNT EVTENLMKKF NYSSVMEVPK IDKIVVNMGV GDAVQNSKVL DNAVEELELI TGQKPLVTKA KKSIATFRLR EGMPIGAKV TLRGERMYEF LDKLISVSLP RVRDFQGVSK KAFDGRGNYT LGVKEQLIFP EIDYDKVSKV RGMDIVIVTT A NTDEEARE LLANFGMPFR K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 19.81858 KDa
配列文字列:
MSRVGKKIID IPSDVTVTFD GNHVTVKGPK GELSRTLNER MTFKQEENTI EVVRPSDSKE DRTNHGTTRA LLNNMVQGVS QGYVKVLEL VGVGYRAQMQ GKDLILNVGY SHPVEIKAEE NITFSVEKNT VVKVEGISKE QVGALASNIR SVRPPEPYKG K GIRYQGEY VRRKEGKTGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 16.359427 KDa
配列文字列:
MRQTFMANES NIERKWYVID AEGQTLGRLS SEVASILRGK NKVTYTPHVD TGDYVIVINA SKIEFTGNKE TDKVYYRHSN HPGGIKSIT AGELRRTNPE RLIENSIKGM LPSTRLGEKQ GKKLFVYGGA EHPHAAQQPE NYELRG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.157342 KDa
配列文字列:
MIQQETRLKV ADNSGAREVL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV CTVKNATPGG VVKKGDVVKA VIVRTKSGVR RNDGSYIKFD ENACVIIRD DKGPRGTRIF GPVARELREG NFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 15.62889 KDa
配列文字列:
MKLHELKPAE GSRKERNRVG RGVATGNGKT SGRGHKGQKA RSGGGVRPGF EGGQLPLFRR LPKRGFTNIN RKEYAIVNLD QLNKFEDGT EVTPALLVES GVVKNEKSGI KILGNGSLDK KLTVKAHKFS ASAAEAIDAK GGAHEVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 16.274049 KDa
配列文字列:
MLLPKRVKYR RQHRPKTTGR SKGGNYVTFG EFGLQATTTS WITSRQIESA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP HTPYTKKPLE VRMGAGKGA VEGWIAVVKP GRILFEVAGV SEEVAREALR LASHKLPVKT KFVKREELGG ETNES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.771773 KDa
配列文字列:
MGYRKLGRTS DQRKAMLRDL ATSLIISERI ETTEARAKEV RSVVEKLITL GKKGDLASRR NAAKTLRNVE ILNEDETTQT ALQKLFGEI AERYTERQGG YTRILKQGPR RGDGAESVII ELV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.124093 KDa
配列文字列:
MISKIDKNKV RLKRHARVRT NLSGTAEKPR LNVYRSNKHI YAQIIDDNKG VTLAQASSKD SDIATTATKV ELATKVGEAI AKKAADKGI KEIVFDRGGY LYHGRVKALA EAARESGLEF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #36: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.392771 KDa
配列文字列:
MTNHKLIEAV TKSQLRTDLP SFRPGDTLRV HVRIIEGTRE RIQVFEGVVI KRRGGGVSET FTVRKISSGV GVERTFPLHT PKIEKIEVK RRGKVRRAKL YYLRSLRGKA ARIQEIR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.720295 KDa
配列文字列:
MPRVKGGTVT RARRKKTIKL AKGYFGSKHT LYKVAKQQVM KSGQYAFRDR RQRKRDFRKL WITRINAAAR QHEMSYSRLM NGLKKAGID INRKMLSEIA ISDEKAFAQL VTKAKDALK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #38: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.354081 KDa
配列文字列:
MFAIIETGGK QIKVEEGQEI FVEKLDVNEG DTFTFDKVLF VGGDSVKVGA PTVEGATVTA TVNKQGRGKK ITVFTYKRRK NSKRKKGHR QPYTKLTIDK INA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #39: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 12.857922 KDa
配列文字列:
MEAKAVARTI RIAPRKVRLV LDLIRGKNAA EAIAILKLTN KASSPVIEKV LMSALANAEH NYDMNTDELV VKEAYANEGP TLKRFRPRA QGRASAINKR TSHITIVVSD GKEEAKEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #40: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.625398 KDa
配列文字列:
MEARDILKRP VITEKSSEAM AEDKYTFDVD TRVNKTQVKM AVEEIFNVKV ASVNIMNYKP KKKRMGRYQG YTNKRRKAIV TLKEGSIDL FN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #41: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.561504 KDa
配列文字列:
MHIKKGDNVK VIAGKDKGKE GKVIATLPKK DRVVVEGVNI MKKHQKPTQL NPEGGILETE AAIHVSNVQL LDPKTNEPTR VGYKFVDGK KVRIAKKSGE EIKSNN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #42: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 23.810609 KDa
配列文字列: MASLKSIIRQ GKQTRSDLKQ LRKSGKVPAV VYGYGTKNVS VKVDEVEFIK VIREVGRNGV IELGVGSKTI KVMVADYQFD PLKNQITHI DFLAINMSEE RTVEVPVQLV GEAVGAKEGG VVEQPLFNLE VTATPDNIPE AIEVDITELN INDSLTVADV K VTGDFKIE ...文字列:
MASLKSIIRQ GKQTRSDLKQ LRKSGKVPAV VYGYGTKNVS VKVDEVEFIK VIREVGRNGV IELGVGSKTI KVMVADYQFD PLKNQITHI DFLAINMSEE RTVEVPVQLV GEAVGAKEGG VVEQPLFNLE VTATPDNIPE AIEVDITELN INDSLTVADV K VTGDFKIE NDSAESVVTV VAPTEEPTEE EIEAMEGEQQ TEEPEVVGES KEDEEKTEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #43: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.334798 KDa
配列文字列:
MLKLNLQFFA SKKGVSSTKN GRDSESKRLG AKRADGQFVT GGSILYRQRG TKIYPGENVG RGGDDTLFAK IDGVVKFERK GRDKKQVSV YAVAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #44: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.995289 KDa
配列文字列:
MGKQCFVTGR KASTGNRRSH ALNSTKRRWN ANLQKVRILV DGKPKKVWVS ARALKSGKVT RV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #45: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 8.105266 KDa
配列文字列:
MKAKEIRDLT TSEIEEQIKS SKEELFNLRF QLATGQLEET ARIRTVRKTI ARLKTVARER EIEQSKANQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #46: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.565683 KDa
配列文字列:
MAKLQITLTR SVIGRPETQR KTVEALGLKK TNSSVVVEDN PAIRGQINKV KHLVTVEEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #47: 50S ribosomal protein L31 type B

分子名称: 50S ribosomal protein L31 type B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 9.737912 KDa
配列文字列:
MKQGIHPEYH QVIFLDTTTN FKFLSGSTKT SSEMMEWEDG KEYPVIRLDI SSDSHPFYTG RQKFAAADGR VERFNKKFGL KSNN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31B

+
分子 #48: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.657803 KDa
配列文字列:
MAVPKRRTSK TRKNKRRTHF KISVPGMTEC PNCGREYKLS HRVCKNCGSY NGEEVAAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #49: 50S ribosomal protein L33 2

分子名称: 50S ribosomal protein L33 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 5.885783 KDa
配列文字列:
MRVNVTLACT ECGDRNYITT KNKRNNPERV EMKKFCSREN KQTLHRETK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33B

+
分子 #50: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 5.454642 KDa
配列文字列:
MVKRTYQPNK RKHSKVHGFR KRMSTKNGRK VLARRRRKGR KVLSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #51: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 7.722368 KDa
配列文字列:
MPKMKTHRGA AKRVKRTASG QLKRSRAFTS HLFANKSTKQ KRQLRKARLV SKSDMKRVKQ LLAYKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #52: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 4.318422 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPI CEKCKVIKRK GKVMVICENP KHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 5 mM Hepes-KOH pH 7.5 50 mM KCl 10 mM NH4Cl 10 mM Mg(OAc)2 1 mM DTT
グリッド材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force 5, blot waiting time 30 s.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-8 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 348000
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4050

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 83000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5nd9:
Hibernating ribosome from Staphylococcus aureus (Rotated state)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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