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万見
- EMDB-3613: DyP Encapsulin particle with imposed C3 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3613
タイトルDyP Encapsulin particle with imposed C3 symmetry
マップデータDyP Encapsulin particle with imposed C3 symmetry
試料
  • 細胞器官・細胞要素: DyP encapsulin
生物種Brevibacterium linens (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.7 Å
データ登録者Putri RM / Allende-Ballestero C / Luque D / Klem R / Rousou AA / Liu A / Traulsen CH / Rurup WF / Koay MST / Caston JR / Cornelissen JJLM
引用ジャーナル: ACS Nano / 年: 2017
タイトル: Structural Characterization of Native and Modified Encapsulins as Nanoplatforms for in Vitro Catalysis and Cellular Uptake.
著者: Rindia M Putri / Carolina Allende-Ballestero / Daniel Luque / Robin Klem / Katerina-Asteria Rousou / Aijie Liu / Christoph H-H Traulsen / W Frederik Rurup / Melissa S T Koay / José R Castón ...著者: Rindia M Putri / Carolina Allende-Ballestero / Daniel Luque / Robin Klem / Katerina-Asteria Rousou / Aijie Liu / Christoph H-H Traulsen / W Frederik Rurup / Melissa S T Koay / José R Castón / Jeroen J L M Cornelissen /
要旨: Recent years have witnessed the emergence of bacterial semiorganelle encapsulins as promising platforms for bio-nanotechnology. To advance the development of encapsulins as nanoplatforms, a ...Recent years have witnessed the emergence of bacterial semiorganelle encapsulins as promising platforms for bio-nanotechnology. To advance the development of encapsulins as nanoplatforms, a functional and structural basis of these assemblies is required. Encapsulin from Brevibacterium linens is known to be a protein-based vessel for an enzyme cargo in its cavity, which could be replaced with a foreign cargo, resulting in a modified encapsulin. Here, we characterize the native structure of B. linens encapsulins with both native and foreign cargo using cryo-electron microscopy (cryo-EM). Furthermore, by harnessing the confined enzyme (i.e., a peroxidase), we demonstrate the functionality of the encapsulin for an in vitro surface-immobilized catalysis in a cascade pathway with an additional enzyme, glucose oxidase. We also demonstrate the in vivo functionality of the encapsulin for cellular uptake using mammalian macrophages. Unraveling both the structure and functionality of the encapsulins allows transforming biological nanocompartments into functional systems.
履歴
登録2017年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月5日-
マップ公開2017年12月13日-
更新2018年1月10日-
現状2018年1月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3613.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3613.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DyP Encapsulin particle with imposed C3 symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.32 Å/pix.
x 76 pix.
= 328.32 Å		4.32 Å/pix.
x 76 pix.
= 328.32 Å		4.32 Å/pix.
x 76 pix.
= 328.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.036478 - 0.144729
平均 (標準偏差)0.0104185315 (±0.031776845)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-38-38-38
サイズ767676
Spacing767676
セルA=B=C: 328.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.324.324.32
M x/y/z767676
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.320328.320328.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-38-38-38
NC/NR/NS767676
D min/max/mean-0.0360.1450.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DyP encapsulin

全体名称: DyP encapsulin
要素
  • 細胞器官・細胞要素: DyP encapsulin

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超分子 #1: DyP encapsulin

超分子名称: DyP encapsulin / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Brevibacterium linens encapsulin loaded with DyP
由来(天然)生物種: Brevibacterium linens (バクテリア)
分子量理論値: 2 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris-Cl pH 7.5, 150 mM NH4Cl, 1 mM betamercaptoethanol
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 141 / 平均電子線量: 10.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 4.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 19591
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3dkt

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 9930
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 9930 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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