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- EMDB-36074: Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with tryptophan -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36074
タイトルOverall structure of the LAT1-4F2hc bound with tryptophan
マップデータ
試料
  • 複合体: Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with tryptophan
    • タンパク質・ペプチド: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Large neutral amino acids transporter small subunit 1
  • リガンド: TRYPTOPHAN
キーワードcomplex / membrane protein / amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tryptophan transmembrane transport / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / L-tryptophan transmembrane transporter activity / cellular response to L-arginine / apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity ...L-tryptophan transmembrane transport / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / L-tryptophan transmembrane transporter activity / cellular response to L-arginine / apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / Defective amino acid transport by SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / phenylalanine transport / methionine transport / valine transport / L-leucine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / amino acid transmembrane transport / L-amino acid transmembrane transporter activity / L-leucine transport / proline transport / thyroid hormone transport / alanine transport / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / neutral amino acid transport / positive regulation of cytokine production involved in immune response / amino acid import across plasma membrane / external side of apical plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Tryptophan catabolism / exogenous protein binding / Amino acid transport across the plasma membrane / anchoring junction / amino acid transmembrane transporter activity / antiporter activity / Basigin interactions / response to muscle activity / microvillus membrane / response to exogenous dsRNA / positive regulation of interleukin-4 production / positive regulation of interleukin-17 production / amino acid transport / tryptophan transport / positive regulation of glial cell proliferation / response to hyperoxia / xenobiotic transport / transport across blood-brain barrier / cellular response to glucose starvation / liver regeneration / basal plasma membrane / negative regulation of autophagy / peptide antigen binding / positive regulation of type II interferon production / calcium ion transport / melanosome / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / carbohydrate metabolic process / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / cadherin binding / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / lysosomal membrane / symbiont entry into host cell / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-type amino acid transporter / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain ...L-type amino acid transporter / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid transporter heavy chain SLC3A2 / Large neutral amino acids transporter small subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Yan RH / Li YN / Shi TH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the substrate transport mechanism of the amino acid transporter complex.
著者: Haonan Yang / Tianhao Shi / Jing Dong / Ting Zhang / Yaning Li / Yingying Guo / Yafei Yuan / Liuqing Yang / Jin-Tang Dong / Renhong Yan /
要旨: The -type amino acid transporter 1 (LAT1), in complex with its ancillary protein 4F2hc, mediates the sodium-independent antiport of large neutral amino acids across the plasma membrane. LAT1 ...The -type amino acid transporter 1 (LAT1), in complex with its ancillary protein 4F2hc, mediates the sodium-independent antiport of large neutral amino acids across the plasma membrane. LAT1 preferentially transports substrates, such as -leucine, -tyrosine, and -tryptophan, thyroid hormones, and drugs like 3,4-dihydroxyphenylalanine. Its pivotal role in cancer development and progression has established LAT1 as a promising therapeutic target. While prior studies have resolved the LAT1-4F2hc architecture and inhibitor interactions, the molecular basis of LAT1 substrate selectivity remains elusive. Here, we present the cryo-EM structures of LAT1-4F2hc bound to -tyrosine, -tryptophan, -leucine, and 3,4-dihydroxyphenylalanine, revealing distinct substrate binding modes. Comparative structural analysis highlights differences between LAT1 and LAT2 in substrate coordination, driven by key residues near the binding pocket that influence transport efficiency. These findings advance our mechanistic understanding of the LAT1-4F2hc complex and provide valuable insights for structure-based drug design targeting LAT1.
履歴
登録2023年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36074.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 280.32 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 280.32 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 280.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.095 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.28
最小 - 最大-0.5819205 - 1.3790317
平均 (標準偏差)-0.0012869417 (±0.03919668)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 280.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36074_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36074_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with tryptophan

全体名称: Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with tryptophan
要素
  • 複合体: Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with tryptophan
    • タンパク質・ペプチド: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Large neutral amino acids transporter small subunit 1
  • リガンド: TRYPTOPHAN

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超分子 #1: Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with tryptophan

超分子名称: Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with tryptophan
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 4F2 cell-surface antigen heavy chain

分子名称: 4F2 cell-surface antigen heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.160828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAHHHHHHHH HHSGRELQPP EASIAVVSIP RQLPGSHSEA GVQGLSAGDD SETGSDCVTQ AGLQLLASSD PPALASKNAE VTVETGFHH VSQADIEFLT SIDPTASASG SAGITGTMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV K IKVAEDEA ...文字列:
MAHHHHHHHH HHSGRELQPP EASIAVVSIP RQLPGSHSEA GVQGLSAGDD SETGSDCVTQ AGLQLLASSD PPALASKNAE VTVETGFHH VSQADIEFLT SIDPTASASG SAGITGTMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV K IKVAEDEA EAAAAAKFTG LSKEELLKVA GSPGWVRTRW ALLLLFWLGW LGMLAGAVVI IVRAPRCREL PAQKWWHTGA LY RIGDLQA FQGHGAGNLA GLKGRLDYLS SLKVKGLVLG PIHKNQKDDV AQTDLLQIDP NFGSKEDFDS LLQSAKKKSI RVI LDLTPN YRGENSWFST QVDTVATKVK DALEFWLQAG VDGFQVRDIE NLKDASSFLA EWQNITKGFS EDRLLIAGTN SSDL QQILS LLESNKDLLL TSSYLSDSGS TGEHTKSLVT QYLNATGNRW CSWSLSQARL LTSFLPAQLL RLYQLMLFTL PGTPV FSYG DEIGLDAAAL PGQPMEAPVM LWDESSFPDI PGAVSANMTV KGQSEDPGSL LSLFRRLSDQ RSKERSLLHG DFHAFS AGP GLFSYIRHWD QNERFLVVLN FGDVGLSAGL QASDLPASAS LPAKADLLLS TQPGREEGSP LELERLKLEP HEGLLLR FP YAALE

UniProtKB: Amino acid transporter heavy chain SLC3A2

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分子 #2: Large neutral amino acids transporter small subunit 1

分子名称: Large neutral amino acids transporter small subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.186895 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RAGAGPKRRA LAAPAAEEKE EAREKMLAAK SADGSAPAGE GEGVTLQRNI TLLNGVAIIV GTIIGSGIF VTPTGVLKEA GSPGLALVVW AACGVFSIVG ALCYAELGTT ISKSGGDYAY MLEVYGSLPA FLKLWIELLI I RPSSQYIV ...文字列:
MADYKDDDDK SGPDEVDASG RAGAGPKRRA LAAPAAEEKE EAREKMLAAK SADGSAPAGE GEGVTLQRNI TLLNGVAIIV GTIIGSGIF VTPTGVLKEA GSPGLALVVW AACGVFSIVG ALCYAELGTT ISKSGGDYAY MLEVYGSLPA FLKLWIELLI I RPSSQYIV ALVFATYLLK PLFPTCPVPE EAAKLVACLC VLLLTAVNCY SVKAATRVQD AFAAAKLLAL ALIILLGFVQ IG KGDVSNL DPNFSFEGTK LDVGNIVLAL YSGLFAYGGW NYLNFVTEEM INPYRNLPLA IIISLPIVTL VYVLTNLAYF TTL STEQML SSEAVAVDFG NYHLGVMSWI IPVFVGLSCF GSVNGSLFTS SRLFFVGSRE GHLPSILSMI HPQLLTPVPS LVFT CVMTL LYAFSKDIFS VINFFSFFNW LCVALAIIGM IWLRHRKPEL ERPIKVNLAL PVFFILACLF LIAVSFWKTP VECGI GFTI ILSGLPVYFF GVWWKNKPKW LLQGIFSTTV LCQKLMQVVP QET

UniProtKB: Large neutral amino acids transporter small subunit 1

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分子 #4: TRYPTOPHAN

分子名称: TRYPTOPHAN / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: TRP
分子量理論値: 204.225 Da
Chemical component information

ChemComp-TRP:
TRYPTOPHAN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7dsq

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 342075
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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