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万見
- EMDB-36042: ion channel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36042
タイトルion channel
マップデータ
試料
  • 複合体: ion channel
    • タンパク質・ペプチド: ion channel,Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment)
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードion channel / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / Voltage dependent ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Chen HW / Jiang D
資金援助 ブラジル, 1件
OrganizationGrant number国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)31971134 ブラジル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural mechanism of voltage-gated sodium channel slow inactivation.
著者: Huiwen Chen / Zhanyi Xia / Jie Dong / Bo Huang / Jiangtao Zhang / Feng Zhou / Rui Yan / Yiqiang Shi / Jianke Gong / Juquan Jiang / Zhuo Huang / Daohua Jiang /
要旨: Voltage-gated sodium (Na) channels mediate a plethora of electrical activities. Na channels govern cellular excitability in response to depolarizing stimuli. Inactivation is an intrinsic property of ...Voltage-gated sodium (Na) channels mediate a plethora of electrical activities. Na channels govern cellular excitability in response to depolarizing stimuli. Inactivation is an intrinsic property of Na channels that regulates cellular excitability by controlling the channel availability. The fast inactivation, mediated by the Ile-Phe-Met (IFM) motif and the N-terminal helix (N-helix), has been well-characterized. However, the molecular mechanism underlying Na channel slow inactivation remains elusive. Here, we demonstrate that the removal of the N-helix of NaEh (NaEh) results in a slow-inactivated channel, and present cryo-EM structure of NaEh in a potential slow-inactivated state. The structure features a closed activation gate and a dilated selectivity filter (SF), indicating that the upper SF and the inner gate could serve as a gate for slow inactivation. In comparison to the NaEh structure, NaEh undergoes marked conformational shifts on the intracellular side. Together, our results provide important mechanistic insights into Na channel slow inactivation.
履歴
登録2023年4月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月15日-
マップ公開2024年5月15日-
更新2025年1月15日-
現状2025年1月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36042.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36042.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.423
最小 - 最大-4.126518 - 6.7497845
平均 (標準偏差)0.0044387225 (±0.12753554)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36042_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36042_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ion channel

全体名称: ion channel
要素
  • 複合体: ion channel
    • タンパク質・ペプチド: ion channel,Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment)
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: ion channel

超分子名称: ion channel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: ion channel,Voltage dependent ion channel,Green fluorescent prote...

分子名称: ion channel,Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 90.262719 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEAAAAHKAQ HRTAENSMDS LEDSTHETDA GERAQAGSTK LAWTDVVAPP PRKVVFWLPH QRKVFDFYAS QGVQYFTAFL IVSNFIFNC AEKEWDPYTD QLYQGLWRWG EFAFNTMFLI ELLINFYGIA FCFWRYNWAW NTFDLVVVAI GTLTMAEAIG G NFMPPSMA ...文字列:
MEAAAAHKAQ HRTAENSMDS LEDSTHETDA GERAQAGSTK LAWTDVVAPP PRKVVFWLPH QRKVFDFYAS QGVQYFTAFL IVSNFIFNC AEKEWDPYTD QLYQGLWRWG EFAFNTMFLI ELLINFYGIA FCFWRYNWAW NTFDLVVVAI GTLTMAEAIG G NFMPPSMA LIRNLRAFRI FRLFKRIKSL NKIIVSLGKA IPGVANAFVI MVIIMCIYAI LGVEFYHMTG SDGTYVTYND NV KRGLCTG DEVELGQCSL NQTVSSETAR GYTYGEEYYG TFFRALYTLF QVLTGESWSE AVARPAVFES HYDSFGPVLF YVS FIIICQ IVLINVVVAV LLDKMVEEDD SEDPEKQTVA EKLSEMLSQE HAQLREIFRT WDEDNSGTIS IKEWRKAVKS MGYR GPIDV LDQIFASMDK DHSGELDYAE IDRMLSPTAA RERRSSTHAN PKRSVKEEVV AMRAEFTDHV ARLETQIAAL VLELQ LQRK PCGAEAPAPA HSRLAHDSDG APTEPPPPAA PDHHHLEDDE DTTQRVAAAL EVLFQGPSKG EELFTGVVPI LVELDG DVN GHKFSVRGEG EGDATNGKLT LKFICTTGKL PVPWPTLVTT LTYGVQCFSR YPDHMKRHDF FKSAMPEGYV QERTISF KD DGTYKTRAEV KFEGDTLVNR IELKGIDFKE DGNILGHKLE YNFNSHNVYI TADKQKNGIK ANFKIRHNVE DGSVQLAD H YQQNTPIGDG PVLLPDNHYL STQSVLSKDP NEKRDHMVLL EFVTAAGITH GMDEWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQ FEK

UniProtKB: Voltage dependent ion channel, Green fluorescent protein

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分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 81844
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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