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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3596
タイトルThe structure of the ESX-5 mycobacterial type VII secretion system membrane complex
マップデータ
試料
  • 複合体: ESX-5 T7SS membrane complex
生物種Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 13.1 Å
データ登録者Ciccarelli L / Marlovits TC
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Structure of the mycobacterial ESX-5 type VII secretion system membrane complex by single-particle analysis.
著者: Katherine S H Beckham / Luciano Ciccarelli / Catalin M Bunduc / Haydyn D T Mertens / Roy Ummels / Wolfgang Lugmayr / Julia Mayr / Mandy Rettel / Mikhail M Savitski / Dmitri I Svergun / ...著者: Katherine S H Beckham / Luciano Ciccarelli / Catalin M Bunduc / Haydyn D T Mertens / Roy Ummels / Wolfgang Lugmayr / Julia Mayr / Mandy Rettel / Mikhail M Savitski / Dmitri I Svergun / Wilbert Bitter / Matthias Wilmanns / Thomas C Marlovits / Annabel H A Parret / Edith N G Houben /
要旨: Mycobacteria are characterized by their impermeable outer membrane, which is rich in mycolic acids. To transport substrates across this complex cell envelope, mycobacteria rely on type VII (also ...Mycobacteria are characterized by their impermeable outer membrane, which is rich in mycolic acids. To transport substrates across this complex cell envelope, mycobacteria rely on type VII (also known as ESX) secretion systems. In Mycobacterium tuberculosis, these ESX systems are essential for growth and full virulence and therefore represent an attractive target for anti-tuberculosis drugs. However, the molecular details underlying type VII secretion are largely unknown, due to a lack of structural information. Here, we report the molecular architecture of the ESX-5 membrane complex from Mycobacterium xenopi determined at 13 Å resolution by electron microscopy. The four core proteins of the ESX-5 complex (EccB, EccC, EccD and EccE) assemble with equimolar stoichiometry into an oligomeric assembly that displays six-fold symmetry. This membrane-associated complex seems to be embedded exclusively in the inner membrane, which indicates that additional components are required to translocate substrates across the mycobacterial outer membrane. Furthermore, the extended cytosolic domains of the EccC ATPase, which interact with secretion effectors, are highly flexible, suggesting an as yet unseen mode of substrate interaction. Comparison of our results with known structures of other bacterial secretion systems demonstrates that the architecture of type VII secretion system is fundamentally different, suggesting an alternative secretion mechanism.
履歴
登録2017年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月5日-
マップ公開2017年4月12日-
更新2017年8月2日-
現状2017年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3596.jpg

emd_3596.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.18 Å/pix.
x 320 pix.
= 697.6 Å		2.18 Å/pix.
x 320 pix.
= 697.6 Å		2.18 Å/pix.
x 320 pix.
= 697.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.18 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1. / ムービー #1: 1
最小 - 最大-1.8008946 - 2.1403747
平均 (標準偏差)0.0028283054 (±0.13325706)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 697.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.182.182.18
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z697.600697.600697.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-1.8012.1400.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ESX-5 T7SS membrane complex

全体名称: ESX-5 T7SS membrane complex
要素
  • 複合体: ESX-5 T7SS membrane complex

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超分子 #1: ESX-5 T7SS membrane complex

超分子名称: ESX-5 T7SS membrane complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Solubilized in amphipol A8-35
由来(天然)生物種: Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア)
株: RIVM700367
組換発現生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
組換プラスミド: pMV
分子量理論値: 1.8 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris pH 8, 100 mM NaCl, 5 % (v/v) glycerol
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
詳細: A drop of 2% (w/v) uranyl acetate was added to a carbon-coated grid with absorbed protein and blotted after 30 s.
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 65 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 44000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1418
詳細: A total of 1,418 particles were boxed out manually using e2boxer.py in the EMAN2 software package using a box size of 320 pixels.
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The initial 3D model was obtained using the EMAN2 initial-model generation program e2initialmodel.py without applying symmetry.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2) / 使用した粒子像数: 1418
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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