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- EMDB-3586: Malaria-infected red blood cell section showing partially segment... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3586
タイトルMalaria-infected red blood cell section showing partially segmented schizont
マップデータResin section tomogram of Plasmodium falciparum infected erythrocyte
試料
  • 細胞: Plasmodium falciparum infected human erythrocyte treated with the egress inhibitor Compound 1
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法
データ登録者Hale VL / Saibil HR
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Parasitophorous vacuole poration precedes its rupture and rapid host erythrocyte cytoskeleton collapse in egress.
著者: Victoria L Hale / Jean M Watermeyer / Fiona Hackett / Gema Vizcay-Barrena / Christiaan van Ooij / James A Thomas / Matthew C Spink / Maria Harkiolaki / Elizabeth Duke / Roland A Fleck / ...著者: Victoria L Hale / Jean M Watermeyer / Fiona Hackett / Gema Vizcay-Barrena / Christiaan van Ooij / James A Thomas / Matthew C Spink / Maria Harkiolaki / Elizabeth Duke / Roland A Fleck / Michael J Blackman / Helen R Saibil /
要旨: In the asexual blood stages of malarial infection, merozoites invade erythrocytes and replicate within a parasitophorous vacuole to form daughter cells that eventually exit (egress) by sequential ...In the asexual blood stages of malarial infection, merozoites invade erythrocytes and replicate within a parasitophorous vacuole to form daughter cells that eventually exit (egress) by sequential rupture of the vacuole and erythrocyte membranes. The current model is that PKG, a malarial cGMP-dependent protein kinase, triggers egress, activating malarial proteases and other effectors. Using selective inhibitors of either PKG or cysteine proteases to separately inhibit the sequential steps in membrane perforation, combined with video microscopy, electron tomography, electron energy loss spectroscopy, and soft X-ray tomography of mature intracellular parasites, we resolve intermediate steps in egress. We show that the parasitophorous vacuole membrane (PVM) is permeabilized 10-30 min before its PKG-triggered breakdown into multilayered vesicles. Just before PVM breakdown, the host red cell undergoes an abrupt, dramatic shape change due to the sudden breakdown of the erythrocyte cytoskeleton, before permeabilization and eventual rupture of the erythrocyte membrane to release the parasites. In contrast to the previous view of PKG-triggered initiation of egress and a gradual dismantling of the host erythrocyte cytoskeleton over the course of schizont development, our findings identify an initial step in egress and show that host cell cytoskeleton breakdown is restricted to a narrow time window within the final stages of egress.
履歴
登録2017年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年3月1日-
マップ公開2017年3月22日-
更新2017年8月2日-
現状2017年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3586.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3586.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 849.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Resin section tomogram of Plasmodium falciparum infected erythrocyte
ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.7 Å
密度
最小 - 最大-128. - 127.
平均 (標準偏差)-38.984319999999997 (±5.025255)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-10-2106
サイズ19161986234
Spacing19861916234
セルA: 23236.2 Å / B: 22417.2 Å / C: 2737.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z11.70388016112811.70388048016711.70388034188
M x/y/z19861916234
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z23243.90622424.6352738.708
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-2-10106
NC/NR/NS19861916234
D min/max/mean-128.000126.00088.978

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Plasmodium falciparum infected human erythrocyte treated with the...

全体名称: Plasmodium falciparum infected human erythrocyte treated with the egress inhibitor Compound 1
要素
  • 細胞: Plasmodium falciparum infected human erythrocyte treated with the egress inhibitor Compound 1

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超分子 #1: Plasmodium falciparum infected human erythrocyte treated with the...

超分子名称: Plasmodium falciparum infected human erythrocyte treated with the egress inhibitor Compound 1
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: High pressure frozen and freeze-substituted cell section
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: RPMI medium
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
糖包埋材質: HM20 / 詳細: Freeze substitution
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is Baltech HPM010. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION ...詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is Baltech HPM010. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'OTHER', 'LEICA EM HPM100', 'BAL-TEC HPM 010']) so OTHER is written into the XML file.
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Leica EM UC7 / ウルトラミクロトーム - 温度: 293 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 250
位置合わせマーカー直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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