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- EMDB-35788: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35788
タイトルCryo-EM structure of SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein in complex with 1G11 (local refinement)
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein in complex with 1G11
    • 複合体: SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein
      • タンパク質・ペプチド: BA.4/5 variant spike protein
    • 複合体: nAb 1G11
      • タンパク質・ペプチド: light chain of 1G11
      • タンパク質・ペプチド: heavy chain of 1G11
キーワードSARS-CoV-2 / Neutralizing antibody / Cryo-EM / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.98 Å
データ登録者Sun H / Jiang Y / Zheng Z / Zheng Q / Li S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2023
タイトル: Structural basis for broad neutralization of human antibody against Omicron sublineages and evasion by XBB variant.
著者: Hui Sun / Yizhen Wang / Xiuting Chen / Yanan Jiang / Siling Wang / Yang Huang / Liqin Liu / Yu Li / Miaolin Lan / Huilin Guo / Quan Yuan / Yali Zhang / Tingting Li / Hai Yu / Ying Gu / Jun ...著者: Hui Sun / Yizhen Wang / Xiuting Chen / Yanan Jiang / Siling Wang / Yang Huang / Liqin Liu / Yu Li / Miaolin Lan / Huilin Guo / Quan Yuan / Yali Zhang / Tingting Li / Hai Yu / Ying Gu / Jun Zhang / Shaowei Li / Zizheng Zheng / Qingbing Zheng / Ningshao Xia /
要旨: The ongoing COVID-19 pandemic has been characterized by the emergence of new SARS-CoV-2 variants including the highly transmissible Omicron XBB sublineages, which have shown significant resistance to ...The ongoing COVID-19 pandemic has been characterized by the emergence of new SARS-CoV-2 variants including the highly transmissible Omicron XBB sublineages, which have shown significant resistance to neutralizing antibodies (nAbs). This resistance has led to decreased vaccine effectiveness and therefore result in breakthrough infections and reinfections, which continuously threaten public health. To date, almost all available therapeutic nAbs, including those authorized under Emergency Use Authorization nAbs that were previously clinically useful against early strains, have recently been found to be ineffective against newly emerging variants. In this study, we provide a comprehensive structural basis about how the Class 3 nAbs, including 1G11 in this study and noted LY-CoV1404, are evaded by the newly emerged SARS-CoV-2 variants.
履歴
登録2023年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35788.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.78 Å/pix.
x 576 pix.
= 448.128 Å		0.78 Å/pix.
x 576 pix.
= 448.128 Å		0.78 Å/pix.
x 576 pix.
= 448.128 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.778 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.8732755 - 1.4271754
平均 (標準偏差)-0.00007068105 (±0.008315321)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ576576576
Spacing576576576
セルA=B=C: 448.128 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35788_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35788_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein in complex with 1G11

全体名称: SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein in complex with 1G11
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein in complex with 1G11
    • 複合体: SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein
      • タンパク質・ペプチド: BA.4/5 variant spike protein
    • 複合体: nAb 1G11
      • タンパク質・ペプチド: light chain of 1G11
      • タンパク質・ペプチド: heavy chain of 1G11

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超分子 #1: SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein in complex with 1G11

超分子名称: SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein in complex with 1G11
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein

超分子名称: SARS-CoV-2 BA.4/5 spike protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #3: nAb 1G11

超分子名称: nAb 1G11 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: light chain of 1G11

分子名称: light chain of 1G11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.628971 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
DIQLTQSPSF LSASVGDRVT ITCRASQGID KYLAWYQQKP GQAPKVLIYA ASTLHSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QLYTFPVTFG PGTKVDVR

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分子 #2: heavy chain of 1G11

分子名称: heavy chain of 1G11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.772198 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVQPGRSLRL SCAASGFKFD DYAMHWVRQA PGKGLEWVSG TSWNSGTTGY ADSVRGRFTI SRDNAKKSLY LQMNSLGVE DTAFYYCVKD SNYDSSGYLI NNFDYWGQGI LVTVSS

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分子 #3: BA.4/5 variant spike protein

分子名称: BA.4/5 variant spike protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 23.949986 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TNLCPFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNFA PFFAFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGNEVSQIAP GQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVGGNYNY RYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGVNCYFP L QSYGFRPT ...文字列:
TNLCPFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNFA PFFAFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGNEVSQIAP GQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVGGNYNY RYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGVNCYFP L QSYGFRPT YGVGHQPYRV VVLSFELLHA PATVCGKKFN FNGLTGTGVL TESNK

UniProtKB: Spike glycoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 275583
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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