+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the inactive CD97 | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | adhension GPCR / CD97 / inactive / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Class B/2 (Secretin family receptors) / secretory granule membrane / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / cell-cell signaling / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway ...Class B/2 (Secretin family receptors) / secretory granule membrane / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / cell-cell signaling / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / inflammatory response / iron ion binding / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / focal adhesion / calcium ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Mao C / Zhao R / Dong Y / Gao M / Chen L / Zhang C / Xiao P / Guo J / Qin J / Shen D ...Mao C / Zhao R / Dong Y / Gao M / Chen L / Zhang C / Xiao P / Guo J / Qin J / Shen D / Ji S / Zang S / Zhang H / Wang W / Shen Q / Sun P / Zhang Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Conformational transitions and activation of the adhesion receptor CD97. 著者: Chunyou Mao / Ru-Jia Zhao / Ying-Jun Dong / Mingxin Gao / Li-Nan Chen / Chao Zhang / Peng Xiao / Jia Guo / Jiao Qin / Dan-Dan Shen / Su-Yu Ji / Shao-Kun Zang / Huibing Zhang / Wei-Wei Wang / ...著者: Chunyou Mao / Ru-Jia Zhao / Ying-Jun Dong / Mingxin Gao / Li-Nan Chen / Chao Zhang / Peng Xiao / Jia Guo / Jiao Qin / Dan-Dan Shen / Su-Yu Ji / Shao-Kun Zang / Huibing Zhang / Wei-Wei Wang / Qingya Shen / Jin-Peng Sun / Yan Zhang / ![]() 要旨: Adhesion G protein-coupled receptors (aGPCRs) are evolutionarily ancient receptors involved in a variety of physiological and pathophysiological processes. Modulators of aGPCR, particularly ...Adhesion G protein-coupled receptors (aGPCRs) are evolutionarily ancient receptors involved in a variety of physiological and pathophysiological processes. Modulators of aGPCR, particularly antagonists, hold therapeutic promise for diseases like cancer and immune and neurological disorders. Hindered by the inactive state structural information, our understanding of antagonist development and aGPCR activation faces challenges. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of human CD97, a prototypical aGPCR that plays crucial roles in immune system, in its inactive apo and G13-bound fully active states. Compared with other family GPCRs, CD97 adopts a compact inactive conformation with a constrained ligand pocket. Activation induces significant conformational changes for both extracellular and intracellular sides, creating larger cavities for Stachel sequence binding and G13 engagement. Integrated with functional and metadynamics analyses, our study provides significant mechanistic insights into the activation and signaling of aGPCRs, paving the way for future drug discovery efforts. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 449.1 KB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 41.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 312.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 311.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ikjMC ![]() 8iklC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.93 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Adhesion G protein-coupled receptor E5
全体 | 名称: Adhesion G protein-coupled receptor E5 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Adhesion G protein-coupled receptor E5
超分子 | 名称: Adhesion G protein-coupled receptor E5 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Adhesion G protein-coupled receptor E5,Soluble cytochrome b562,Ad...
分子 | 名称: Adhesion G protein-coupled receptor E5,Soluble cytochrome b562,Adhesion G protein-coupled receptor E5 subunit beta タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 72.551656 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EDMTFSTWTP PPGVHSQTLS RFFDKVQDLG RDSKTSSAEV TIQNVIKLVD ELMEAPGDVE ALAPPVRHLI ATQLLSNLED IMRILAKSL PKGPFTYISP SNTELTLMIQ ERGDKNVTMG QSSARMKLNW AVAAGAEDPG PAVAGILSIQ NMTTLLANAS L NLHSKKQA ...文字列: EDMTFSTWTP PPGVHSQTLS RFFDKVQDLG RDSKTSSAEV TIQNVIKLVD ELMEAPGDVE ALAPPVRHLI ATQLLSNLED IMRILAKSL PKGPFTYISP SNTELTLMIQ ERGDKNVTMG QSSARMKLNW AVAAGAEDPG PAVAGILSIQ NMTTLLANAS L NLHSKKQA ELEEIYESSI RGVQLRRLSA VNSIFLSHNN TKELNSPILF AFSHLESSDG EAGRDPPAKD VMPGPRQELL CA FWKSDSD RGGHWATEGC QVLGSKNGST TCQCSSLSSF AILMAHYDVE DWKLTLITRV GLALSLFCLL LCILTFLLVR PIQ GSRTTI HLHLCICLFV GSTIFLAGIE NEGGQVGLRC RLVAGLLHYC FLAAFCWMSL EGLELYFLVV RVFQGQGLST RWLC LIGYG VPLLIVGVSA AIYSKGYGRP RYCWLDFEQG FLWSFLGPVT FIILCNAVIF VTTVWKLTQL AADLEDNWET LNDNL KVIE KADNAAQVKD ALTKMRAAAL DAQKATPPKL EDKSPDSPEM KDFRHGFDIL VGQIDDALKL ANEGKVKEAQ AAAEQL KTT RNAYIQKYLE RARSTLQKAR ALTITAIAQL FLLGCTWVFG LFIFDDRSLV LTYVFTILNC LQGAFLYLLH CLLNKKV RE EYRKWACLVA GGS UniProtKB: Adhesion G protein-coupled receptor E5, Soluble cytochrome b562, Adhesion G protein-coupled receptor E5 |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 540042 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |