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万見
- EMDB-35514: Cryo-EM structure of the inactive CD97 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35514
タイトルCryo-EM structure of the inactive CD97
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Adhesion G protein-coupled receptor E5
    • タンパク質・ペプチド: Adhesion G protein-coupled receptor E5,Soluble cytochrome b562,Adhesion G protein-coupled receptor E5 subunit beta
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードadhension GPCR / CD97 / inactive / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Class B/2 (Secretin family receptors) / secretory granule membrane / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / cell-cell signaling / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway ...Class B/2 (Secretin family receptors) / secretory granule membrane / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / cell-cell signaling / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / inflammatory response / focal adhesion / heme binding / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, ADGRE2/ADGRE5 / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / : / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / : / Calcium-binding EGF domain / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. ...GPCR, family 2, ADGRE2/ADGRE5 / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / : / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / : / Calcium-binding EGF domain / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Cytochrome c/b562 / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Adhesion G protein-coupled receptor E5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Mao C / Zhao R / Dong Y / Gao M / Chen L / Zhang C / Xiao P / Guo J / Qin J / Shen D ...Mao C / Zhao R / Dong Y / Gao M / Chen L / Zhang C / Xiao P / Guo J / Qin J / Shen D / Ji S / Zang S / Zhang H / Wang W / Shen Q / Sun P / Zhang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Conformational transitions and activation of the adhesion receptor CD97.
著者: Chunyou Mao / Ru-Jia Zhao / Ying-Jun Dong / Mingxin Gao / Li-Nan Chen / Chao Zhang / Peng Xiao / Jia Guo / Jiao Qin / Dan-Dan Shen / Su-Yu Ji / Shao-Kun Zang / Huibing Zhang / Wei-Wei Wang / ...著者: Chunyou Mao / Ru-Jia Zhao / Ying-Jun Dong / Mingxin Gao / Li-Nan Chen / Chao Zhang / Peng Xiao / Jia Guo / Jiao Qin / Dan-Dan Shen / Su-Yu Ji / Shao-Kun Zang / Huibing Zhang / Wei-Wei Wang / Qingya Shen / Jin-Peng Sun / Yan Zhang /
要旨: Adhesion G protein-coupled receptors (aGPCRs) are evolutionarily ancient receptors involved in a variety of physiological and pathophysiological processes. Modulators of aGPCR, particularly ...Adhesion G protein-coupled receptors (aGPCRs) are evolutionarily ancient receptors involved in a variety of physiological and pathophysiological processes. Modulators of aGPCR, particularly antagonists, hold therapeutic promise for diseases like cancer and immune and neurological disorders. Hindered by the inactive state structural information, our understanding of antagonist development and aGPCR activation faces challenges. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of human CD97, a prototypical aGPCR that plays crucial roles in immune system, in its inactive apo and G13-bound fully active states. Compared with other family GPCRs, CD97 adopts a compact inactive conformation with a constrained ligand pocket. Activation induces significant conformational changes for both extracellular and intracellular sides, creating larger cavities for Stachel sequence binding and G13 engagement. Integrated with functional and metadynamics analyses, our study provides significant mechanistic insights into the activation and signaling of aGPCRs, paving the way for future drug discovery efforts.
履歴
登録2023年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月14日-
マップ公開2024年2月14日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35514.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35514.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.0006579501 - 1.3627725
平均 (標準偏差)0.0004965271 (±0.012521489)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 238.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Adhesion G protein-coupled receptor E5

全体名称: Adhesion G protein-coupled receptor E5
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Adhesion G protein-coupled receptor E5
    • タンパク質・ペプチド: Adhesion G protein-coupled receptor E5,Soluble cytochrome b562,Adhesion G protein-coupled receptor E5 subunit beta
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Adhesion G protein-coupled receptor E5

超分子名称: Adhesion G protein-coupled receptor E5 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Adhesion G protein-coupled receptor E5,Soluble cytochrome b562,Ad...

分子名称: Adhesion G protein-coupled receptor E5,Soluble cytochrome b562,Adhesion G protein-coupled receptor E5 subunit beta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.551656 KDa
組換発現生物種: Fusarium sinicum (菌類)
配列文字列: EDMTFSTWTP PPGVHSQTLS RFFDKVQDLG RDSKTSSAEV TIQNVIKLVD ELMEAPGDVE ALAPPVRHLI ATQLLSNLED IMRILAKSL PKGPFTYISP SNTELTLMIQ ERGDKNVTMG QSSARMKLNW AVAAGAEDPG PAVAGILSIQ NMTTLLANAS L NLHSKKQA ...文字列:
EDMTFSTWTP PPGVHSQTLS RFFDKVQDLG RDSKTSSAEV TIQNVIKLVD ELMEAPGDVE ALAPPVRHLI ATQLLSNLED IMRILAKSL PKGPFTYISP SNTELTLMIQ ERGDKNVTMG QSSARMKLNW AVAAGAEDPG PAVAGILSIQ NMTTLLANAS L NLHSKKQA ELEEIYESSI RGVQLRRLSA VNSIFLSHNN TKELNSPILF AFSHLESSDG EAGRDPPAKD VMPGPRQELL CA FWKSDSD RGGHWATEGC QVLGSKNGST TCQCSSLSSF AILMAHYDVE DWKLTLITRV GLALSLFCLL LCILTFLLVR PIQ GSRTTI HLHLCICLFV GSTIFLAGIE NEGGQVGLRC RLVAGLLHYC FLAAFCWMSL EGLELYFLVV RVFQGQGLST RWLC LIGYG VPLLIVGVSA AIYSKGYGRP RYCWLDFEQG FLWSFLGPVT FIILCNAVIF VTTVWKLTQL AADLEDNWET LNDNL KVIE KADNAAQVKD ALTKMRAAAL DAQKATPPKL EDKSPDSPEM KDFRHGFDIL VGQIDDALKL ANEGKVKEAQ AAAEQL KTT RNAYIQKYLE RARSTLQKAR ALTITAIAQL FLLGCTWVFG LFIFDDRSLV LTYVFTILNC LQGAFLYLLH CLLNKKV RE EYRKWACLVA GGS

UniProtKB: Adhesion G protein-coupled receptor E5, Soluble cytochrome b562, Adhesion G protein-coupled receptor E5

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 540042
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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