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- EMDB-35447: Cryo-EM structure of HCA3-Gi complex with acifran (local) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35447
タイトルCryo-EM structure of HCA3-Gi complex with acifran (local)
マップデータmap
試料
  • 複合体: Multiprotein complex
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Hydroxycarboxylic acid receptor 3
  • リガンド: (5~{S})-5-methyl-4-oxidanylidene-5-phenyl-furan-2-carboxylic acid
キーワードGPCR / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinic acid receptor activity / Hydroxycarboxylic acid-binding receptors / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / cell junction / G alpha (i) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding ...nicotinic acid receptor activity / Hydroxycarboxylic acid-binding receptors / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / cell junction / G alpha (i) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Hydroxycarboxylic acid receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Suzuki S / Nishikawa K / Suzuki H / Fujiyoshi Y
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H00451 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of hydroxycarboxylic acid receptor signaling mechanisms through ligand binding.
著者: Shota Suzuki / Kotaro Tanaka / Kouki Nishikawa / Hiroshi Suzuki / Atsunori Oshima / Yoshinori Fujiyoshi /
要旨: Hydroxycarboxylic acid receptors (HCA) are expressed in various tissues and immune cells. HCA2 and its agonist are thus important targets for treating inflammatory and metabolic disorders. Only ...Hydroxycarboxylic acid receptors (HCA) are expressed in various tissues and immune cells. HCA2 and its agonist are thus important targets for treating inflammatory and metabolic disorders. Only limited information is available, however, on the active-state binding of HCAs with agonists. Here, we present cryo-EM structures of human HCA2-Gi and HCA3-Gi signaling complexes binding with multiple compounds bound. Agonists were revealed to form a salt bridge with arginine, which is conserved in the HCA family, to activate these receptors. Extracellular regions of the receptors form a lid-like structure that covers the ligand-binding pocket. Although transmembrane (TM) 6 in HCAs undergoes dynamic conformational changes, ligands do not directly interact with amino acids in TM6, suggesting that indirect signaling induces a slight shift in TM6 to activate Gi proteins. Structural analyses of agonist-bound HCA2 and HCA3 together with mutagenesis and molecular dynamics simulation provide molecular insights into HCA ligand recognition and activation mechanisms.
履歴
登録2023年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月30日-
マップ公開2023年8月30日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35447.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35447.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 37.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.78 Å/pix.
x 214 pix.
= 166.92 Å		0.78 Å/pix.
x 214 pix.
= 166.92 Å		0.78 Å/pix.
x 214 pix.
= 166.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-1.2181531 - 1.8434094
平均 (標準偏差)0.0015022873 (±0.034390897)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ214214214
Spacing214214214
セルA=B=C: 166.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_35447_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_35447_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_35447_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Multiprotein complex

全体名称: Multiprotein complex
要素
  • 複合体: Multiprotein complex
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Hydroxycarboxylic acid receptor 3
  • リガンド: (5~{S})-5-methyl-4-oxidanylidene-5-phenyl-furan-2-carboxylic acid

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超分子 #1: Multiprotein complex

超分子名称: Multiprotein complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Soluble cytochrome b562,Hydroxycarboxylic acid receptor 3

分子名称: Soluble cytochrome b562,Hydroxycarboxylic acid receptor 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.749406 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKADLEDN WETLNDNLKV IEKADNAAQV KDALTKMRAA ALDAQKATPP KLEDKSPDSP EMKDFRHGF DILVGQIDDA LKLANEGKVK EAQAAAEQLK TTRNAYIQKY LNRHHLQDHF LEIDKKNCCV FRDDFIAKVL P PVLGLEFI ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKADLEDN WETLNDNLKV IEKADNAAQV KDALTKMRAA ALDAQKATPP KLEDKSPDSP EMKDFRHGF DILVGQIDDA LKLANEGKVK EAQAAAEQLK TTRNAYIQKY LNRHHLQDHF LEIDKKNCCV FRDDFIAKVL P PVLGLEFI FGLLGNGLAL WIFCFHLKSW KSSRIFLFNL AVADFLLIIC LPFVMDYYVR RSDWKFGDIP CRLVLFMFAM NR QGSIIFL TVVAVDRYFR VVHPHHALNK ISNWTAAIIS CLLWGITVGL TVHLLKKKLL IQNGTANVCI SFSICHTFRW HEA MFLLEF FLPLGIILFC SARIIWSLRQ RQMDRHAKIK RAITFIMVVA IVFVICFLPS VVVRIHIFWL LHTSGTQNCE VYRS VDLAF FITLSFTYMN SMLDPVVYYF SSPSFPNFFS TLINRCLQRK ITGEPDNNRS TSVELTGDPN KTRGAPEALI ANSGE PWSP SYLGPTSNNH SKKGHCHQEP ASLEKQLGCC IEENLYFQGS HHHHHH

UniProtKB: Soluble cytochrome b562, Hydroxycarboxylic acid receptor 3

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分子 #2: (5~{S})-5-methyl-4-oxidanylidene-5-phenyl-furan-2-carboxylic acid

分子名称: (5~{S})-5-methyl-4-oxidanylidene-5-phenyl-furan-2-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: P9X
分子量理論値: 218.205 Da
Chemical component information

ChemComp-P9X:
(5~{S})-5-methyl-4-oxidanylidene-5-phenyl-furan-2-carboxylic acid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95567
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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