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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35338 | |||||||||
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タイトル | Respiratory complex Membrane domain of CI, focus-refined of type IB, Wild type mouse under cold temperature | |||||||||
マップデータ | Focus-refined map, Membrane Domain, Cold Acclimated, Type IB of Respiratory Supercomplex | |||||||||
試料 |
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キーワード | Respiratory complex / Respiratory supercomplex / ELECTRON TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / Mitochondrial protein import / Respiratory electron transport / cellular response to oxygen levels / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / neural precursor cell proliferation ...Protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / Mitochondrial protein import / Respiratory electron transport / cellular response to oxygen levels / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / positive regulation of mitochondrial membrane potential / iron-sulfur cluster assembly / positive regulation of ATP biosynthetic process / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / ubiquinone binding / : / NADH dehydrogenase activity / : / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / electron transport coupled proton transport / acyl binding / acyl carrier activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / ionotropic glutamate receptor binding / aerobic respiration / Neutrophil degranulation / reactive oxygen species metabolic process / neurogenesis / cerebellum development / response to cocaine / electron transport chain / response to nicotine / response to hydrogen peroxide / mitochondrial intermembrane space / NAD binding / myelin sheath / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to ethanol / in utero embryonic development / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / response to hypoxia / nuclear speck / mitochondrial matrix / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Shin Y-C / Liao M | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Respiratory complex Membrane domain of CI, focus-refined of type IB, Wild type mouse under cold temperature 著者: Shin Y-C / Liao M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35338.map.gz | 180.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35338-v30.xml emd-35338.xml | 40.4 KB 40.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35338_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35338.png | 97.7 KB | ||
マスクデータ | emd_35338_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-35338.cif.gz | 9.6 KB | ||
その他 | emd_35338_half_map_1.map.gz emd_35338_half_map_2.map.gz | 177.3 MB 177.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35338 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35338 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35338_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35338_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35338_validation.xml.gz | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35338_validation.cif.gz | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35338 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35338 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ibbMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35338.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Focus-refined map, Membrane Domain, Cold Acclimated, Type IB of Respiratory Supercomplex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_35338_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Respiratory Supercomplex CI:CIII2
+超分子 #1: Respiratory Supercomplex CI:CIII2
+分子 #1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
+分子 #2: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
+分子 #3: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
+分子 #4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
+分子 #5: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
+分子 #6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
+分子 #7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mi...
+分子 #8: Acyl carrier protein, mitochondrial
+分子 #9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
+分子 #10: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
+分子 #11: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
+分子 #12: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
+分子 #13: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
+分子 #14: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
+分子 #15: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mit...
+分子 #16: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mito...
+分子 #17: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
+分子 #18: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mito...
+分子 #19: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
+分子 #20: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mito...
+分子 #21: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
+分子 #22: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
+分子 #23: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
+分子 #24: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
+分子 #25: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
+分子 #26: CARDIOLIPIN
+分子 #27: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
+分子 #28: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #29: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butan...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.33 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #0 - 平均電子線量: 46.1 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #1 - 平均電子線量: 45.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |