EMDB-35273: cryo-EM map of the ACE2-B0AT1 complex bound with methionine, focu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-35273

タイトル

cryo-EM map of the ACE2-B0AT1 complex bound with methionine, focused refined on transmembrane region

マップデータ

試料

複合体: ACE2-SIT1 complex bound with proline

キーワード

transporter / MEMBRANE PROTEIN

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Li YN / Zhang YY / Shen YP / Yan RH

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Structural insight into the substrate recognition and transport mechanism of amino acid transporter complex ACE2-BAT1 and ACE2-SIT1.
著者: Yaning Li / Yiming Chen / Yuanyuan Zhang / Yaping Shen / Kangtai Xu / Yaqi Liu / Zilong Wang / Renhong Yan /

履歴

登録	2023年2月6日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年9月27日	-
マップ公開	2023年9月27日	-
更新	2023年9月27日	-
現状	2023年9月27日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_35273.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_35273.map.gz	84.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-35273-v30.xml emd-35273.xml	12 KB 12 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_35273.png	44.9 KB
その他	emd_35273_half_map_1.map.gz emd_35273_half_map_2.map.gz	1.8 MB 1.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35273 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35273	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_35273_validation.pdf.gz	536.8 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_35273_full_validation.pdf.gz	536.4 KB	表示
XML形式データ	emd_35273_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	emd_35273_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35273 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35273	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	35254C 35255C 35256C 35260C 35261C 35262C 35265C 35271C 8i91C 8i92C 8i93C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_35273.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.09 Å/pix. x 288 pix. = 313.056 Å	1.09 Å/pix. x 288 pix. = 313.056 Å	1.09 Å/pix. x 288 pix. = 313.056 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.087 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.025
最小 - 最大	-0.17248881 - 0.22254515
平均 (標準偏差)	0.000041491603 (±0.0034677677)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_35273_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_35273_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : ACE2-SIT1 complex bound with proline

全体	名称: ACE2-SIT1 complex bound with proline
要素	複合体: ACE2-SIT1 complex bound with proline

-
超分子 #1: ACE2-SIT1 complex bound with proline

超分子	名称: ACE2-SIT1 complex bound with proline / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 306658
初期角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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