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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35260 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of the ACE2-SIT1 complex bound with proline, focused refined on extracellular region | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | transporter (運搬体タンパク質) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Li YN / Zhang YY / Shen YP / Yan RH | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023 タイトル: Structural insight into the substrate recognition and transport mechanism of amino acid transporter complex ACE2-BAT1 and ACE2-SIT1. 著者: Yaning Li / Yiming Chen / Yuanyuan Zhang / Yaping Shen / Kangtai Xu / Yaqi Liu / Zilong Wang / Renhong Yan / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35260.map.gz | 85.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35260-v30.xml emd-35260.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35260.png | 46.1 KB | ||
その他 | emd_35260_half_map_1.map.gz emd_35260_half_map_2.map.gz | 84.3 MB 84.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35260 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35260 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35260.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35260_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35260_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : cryo-EM map of the ACE2-SIT1 complex bound with proline, focused ...
全体 | 名称: cryo-EM map of the ACE2-SIT1 complex bound with proline, focused refined on extracellular region |
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要素 |
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-超分子 #1: cryo-EM map of the ACE2-SIT1 complex bound with proline, focused ...
超分子 | 名称: cryo-EM map of the ACE2-SIT1 complex bound with proline, focused refined on extracellular region タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4) / 使用した粒子像数: 782837 |