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- EMDB-3525: Cryo-EM structure of the spinach chloroplast ribosome reveals the... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3525
タイトルCryo-EM structure of the spinach chloroplast ribosome reveals the location of plastid-specific ribosomal proteins and extensions
マップデータReconstruction of the spinach chloroplast 50S ribosomal subunit.
試料
  • 複合体: 50S subunit of the spinach chloroplast ribosome
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 29種
キーワードChloroplast / ribosome / ribosomal protein / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid translation / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast stroma / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity ...plastid translation / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast stroma / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. ...Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein uL4c ...Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein uL4c / Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy / Large ribosomal subunit protein uL22c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Large ribosomal subunit protein bL36c / Large ribosomal subunit protein uL13c / Large ribosomal subunit protein uL16c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein bL35c / Large ribosomal subunit protein bL21c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein bL20c / Large ribosomal subunit protein bL32c / Large ribosomal subunit protein bL33c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Ribosome-recycling factor, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein bL34c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein cL38 / Large ribosomal subunit protein bL19c / Large ribosomal subunit protein uL23c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Graf M / Arenz S
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationFOR-1805 ドイツ
German Research FoundationSPP-1879 ドイツ
German Research FoundationGRK-1721 ドイツ
iNEXT653706
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structure of the spinach chloroplast ribosome reveals the location of plastid-specific ribosomal proteins and extensions.
著者: Michael Graf / Stefan Arenz / Paul Huter / Alexandra Dönhöfer / Jirí Novácek / Daniel N Wilson /
要旨: Ribosomes are the protein synthesizing machines of the cell. Recent advances in cryo-EM have led to the determination of structures from a variety of species, including bacterial 70S and eukaryotic ...Ribosomes are the protein synthesizing machines of the cell. Recent advances in cryo-EM have led to the determination of structures from a variety of species, including bacterial 70S and eukaryotic 80S ribosomes as well as mitoribosomes from eukaryotic mitochondria, however, to date high resolution structures of plastid 70S ribosomes have been lacking. Here we present a cryo-EM structure of the spinach chloroplast 70S ribosome, with an average resolution of 5.4 Å for the small 30S subunit and 3.6 Å for the large 50S ribosomal subunit. The structure reveals the location of the plastid-specific ribosomal proteins (RPs) PSRP1, PSRP4, PSRP5 and PSRP6 as well as the numerous plastid-specific extensions of the RPs. We discover many features by which the plastid-specific extensions stabilize the ribosome via establishing additional interactions with surrounding ribosomal RNA and RPs. Moreover, we identify a large conglomerate of plastid-specific protein mass adjacent to the tunnel exit site that could facilitate interaction of the chloroplast ribosome with the thylakoid membrane and the protein-targeting machinery. Comparing the Escherichia coli 70S ribosome with that of the spinach chloroplast ribosome provides detailed insight into the co-evolution of RP and rRNA.
履歴
登録2016年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年12月21日-
マップ公開2016年12月28日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5mlc
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3525.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3525.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 190.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the spinach chloroplast 50S ribosomal subunit.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 368 pix.
= 390.448 Å		1.06 Å/pix.
x 368 pix.
= 390.448 Å		1.06 Å/pix.
x 368 pix.
= 390.448 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-1.4556776 - 2.2175808
平均 (標準偏差)0.004995937 (±0.06810637)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 390.448 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0611.0611.061
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z390.448390.448390.448
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-1.4562.2180.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 50S subunit of the spinach chloroplast ribosome

全体名称: 50S subunit of the spinach chloroplast ribosome
要素
  • 複合体: 50S subunit of the spinach chloroplast ribosome
    • RNA: 23S ribosomal RNA, chloroplastic
    • RNA: 5S ribosomal RNA, chloroplastic
    • RNA: 4.8S ribosomal RNA, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome-recycling factor, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: PSRP5alpha, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: PSRP6, chloroplastic

+
超分子 #1: 50S subunit of the spinach chloroplast ribosome

超分子名称: 50S subunit of the spinach chloroplast ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / Organelle: Chloroplast

+
分子 #1: 23S ribosomal RNA, chloroplastic

分子名称: 23S ribosomal RNA, chloroplastic / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 911.650438 KDa
配列文字列: UUCAAACGAG GAAAGGCUUA CGGUGGAUAC CUAGGCACCC AGAGACGAGG AAGGGCGUAU UAAUCGACGA AAUGCUUCGG GGAGUUGAA AAUAAGCAGA GAUCCGGAGA UUCCCGAAUA GGUCAACCUU UCGAACUUCU GCUGAAUCCA UGGGCAGGCA A GAGACAAC ...文字列:
UUCAAACGAG GAAAGGCUUA CGGUGGAUAC CUAGGCACCC AGAGACGAGG AAGGGCGUAU UAAUCGACGA AAUGCUUCGG GGAGUUGAA AAUAAGCAGA GAUCCGGAGA UUCCCGAAUA GGUCAACCUU UCGAACUUCU GCUGAAUCCA UGGGCAGGCA A GAGACAAC CUGGCGAACU GAAACAUCUU AGUAGCCAGA GGAAAAGAAA GCAAAAGCGA UUCCCGUAGU AGCGGCGAGC GA AAUGGGA GCAGCCUAAA CCGUGAAAAC GGGGUUGUGG GAGAGCAAUA CAAGCGUCGU GCUGCUAGGC GAAUCAGUGG AGU GCGGAA CCCUAGAUGG UGAAAGUCCA GUAGCCGAAA GCAUCACUAG CUUAUGCUCU GACCCGAGUA GCAUGGGGCA CGUG GAAUC CCGUGUGAAU CAGCAAGGAC CACCUUGCAA GGCUAAAUAC UCCUGGGUGA CCGAUAGCGA AGUAGUACCG UGAGG GAAG GGUGAAAAGA ACCCCCAUCG GGGAGUGAAA UAGAACAUGA AACCGUAAGC UCUCAAGCAG UGGGAGGGGG ACCAGA CCC UGACCGCGUG CCUGUUGAAG AAUGAGCCGG CGACUCAUAG GCAGUGGCUU GGUUAAGGGA ACCCACCGGA GCCGUAG CG AAAGCGAGUC UUCAUAGGGC AAUUGUCACU GCUUAUGGAC CCGAACCUGG GUGAUCUAUC CAUGACCAGG AUGAAGCU U GGGUGAAACU AAGUGGAGGU CCGAACCGAC UGAUGUUGAA GAAUCAGCGG AUGAGUUGUG GUUAGGGGUG AAAUGCCAC UCGAACCCAG AGCUAGCUGG UUCUCCCCGA AAUGCGUUGA GGCGCAGCAG UUGACUGGAC AUCUAGGGGU AAAGCACUGU UUCGGUGCG GGCCGCGAGA GCGGUACCAA AUCGAGGCAA ACUCUGAAUA CUAGAUAUGA CCUCCAAAUA ACAGGGGUCA A GGUCGGCC AGUGAGACGA UGGGGGAUAA GCUUCAUCGU CGAGAGGGAA ACAGCCCGGA UCACCAGCUA AGGCCCCUAA AU GACCGCU CAGUGAUAAA GGAGGUAGGG GUGCAGAGAC AGCCAGGAGG UUUGCCUAGA AGCAGCCACC CUUGAAAGAG UGC GUAAUA GCUCACUGAU CGAGCGCUCU UGCGCCGAAG AUGAACGGGG CUAAGCGGUC UGCCGAAGCU GUGGGAUGUA AAAA AACAU CGGUAGGGGA GCGUUCCGUG UUAGGGAGAA ACGCGUGCGU GAGCCGCGUU GGACGAAGCG GAAGCGAGAA UGUCG GCUU GAGUAACGCA AACAUUGGUG AGAAUCCAAU GCCCCGAAAA CCUAAGGGUU CCUCCGCAAG GUUCGUCCAC GGAGGG UGA GUCAGGGCCU AAGAUCAGGC CGAAAGGCGU AGUCGAUGGA CAACAGGUGA AUAUUCCUGU ACUACCCCUU GUUGGUC CC GAGGGACGGA GGAGGCUAGG UUAGCCGAAA GAUGGUUAUC GGUUCAAGGA CGCAAGGUGA CCCUGUUUUU CAGGGUAA G AAGGGGUAGA GAAAAUGCCU CGAGCCAAUG UUCGAGUACC AGGCGCUACG GCGCUGAAGU AACCGAUGCC AUACUCCCA GGAAAAGCUC GAACGACCUU CAACAAAAGG GUACCUGUAC CCGAAACCGA CACAGGUAGG UAGGUAGAGA AUACCUAGGG GCGCGAGAC AACUCUCUCU AAGGAACUCG GCAAAAUAGC CCCGUAACUU CGGGAGAAGG GGUGCCCCCU CACAAAGGGG G UCGAAGUG ACCAGGCCCG GGCGACUGUU UACCAAAAAC ACAGGUCUCC GCAAAGUCGU AAGACCAUGU AUGGGGGCUG AC GCCUGCC CAGUGCCGGA AGGUCAAGGA AGUUGGUGAC CUGAUGACAG GGGAGCCGGC GACCGAAGCC CCGGUGAACG GCG GCCGUA ACUAUAACGG UCCUAAGGUA GCGAAAUUCC UUGUCGGGUA AGUUCCGACC CGCACGAAAG GCGUAACGAU CUGG GCACU GUCUCGGAGA GAGGCUCGGU GAAAUAGACA UGUCUGUGAA GAUGCGGACU ACCUGCACCU GGACAGAAAG ACCCU AUGA AGCUUUACUG UUCCCUGGGA UUGGCUUUGG GCUUUUCCUG CGCAGCUUAG GUGGAAGGCG AAGAAGGCCC CCUUCC GGG GGGGCCCGAG CCAUCAGUGA GAUACCACUC UGGAAGAGCU AGAAUUCUAA CCUUGUGUCA GGACCUACGG GCCAAGG GA CAUUCUCAGG UAGACAGUUU CUAUGGGGCG UAGGCCUCCC AAAAGGUAAC GGAGGCGUGC AAAGGUUUCC UCGGGCCG G ACGGAGAUUG GCCCUCGAGU GCAAAGGCAG AAGGGAGCUU GACUGCAAGA CCCACCCGUC GAGCAGGGAC GAAAGUCGG CCUUAGUGAU CCGACGGUGC CGAGUGGAAG GGCCGUCGCU CAACGGAUAA AAGUUACUCU AGGGAUAACA GGCUGAUCUU CCCCAAGAG UUCACAUCGA CGGGAAGGUU UGGCACCUCG AUGUCGGCUC UUCGCCACCU GGGGCUGUAG UAUGUUCCAA G GGUUGGGC UGUUCGCCCA UUAAAGCGGU ACGUGAGCUG GGUUCAGAAC GUCGUGAGAC AGUUCGGUCC AUAUCCGGUG UG GGCGUUA GAGCAUUGAG AGGACCUUUC CCUAGUACGA GAGGACCGGG AAGGACGCAC CUCUGGUGUA CCAGUUAUCG UGC CCACGG UAAACGCUGG GUAGCCAAGU GCGGAGCGGA UAACUGCUGA AAGCAUCUAA GUAGUAAGCC CACCCCAAGA UGAG UGCUC UCCUAU

GENBANK: GENBANK: AJ400848.1

+
分子 #2: 5S ribosomal RNA, chloroplastic

分子名称: 5S ribosomal RNA, chloroplastic / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 39.014184 KDa
配列文字列:
UAUUCUGGUG UCCUAGGCGU AGAGGAACCA CACCAAUCCA UCCCGAACUU GGUGGUUAAA CUCUACUGCG GUGACGAUAC UGUAGGGGA GGUCCUGCGG AAAAAUAGCU CGACGCCAGG AU

GENBANK: GENBANK: AJ400848.1

+
分子 #3: 4.8S ribosomal RNA, chloroplastic

分子名称: 4.8S ribosomal RNA, chloroplastic / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 33.330867 KDa
配列文字列:
GAAGGUCACG GCGAGACGAG CCGUUUAUCA UUACGAUAGG UGUCAAGUGG AAGUGCAGUG AUGUAUGCAG CUGAGGCAUC CUAACAGAC CCACAGACUU GAAC

GENBANK: GENBANK: X04977.1

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 29.853623 KDa
配列文字列: MAIHLYKTST SSTRNGAVQV KSNPRNNLIS GQRRCGKGRN ARGIITARHR GGGHKRLYRK IDFRRNEKDI YGKIVTIEYD PNRNAYICL IHYGDGEKRY ILHPRGAIIG DTIVSGTEVP IKMGNALPLT DMPLGTAIHN IEITLGRGGQ LARAAGAVAK L IAKEGKSA ...文字列:
MAIHLYKTST SSTRNGAVQV KSNPRNNLIS GQRRCGKGRN ARGIITARHR GGGHKRLYRK IDFRRNEKDI YGKIVTIEYD PNRNAYICL IHYGDGEKRY ILHPRGAIIG DTIVSGTEVP IKMGNALPLT DMPLGTAIHN IEITLGRGGQ LARAAGAVAK L IAKEGKSA TLKLPSGEVR LISKNCSATV GQVGNVGVNQ KRLGRAGSKR WLGKRPVVRG VVMNPVDHPH GGGEGRAPIG RK SPTTPWG YPALGRRSRK RNKYSDNFII RRRSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L3, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L3, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 33.03475 KDa
配列文字列: MAAILPTFSI KSSSCTYSSS KRSLSSPKAV SLSSSVNGTP KVQSLRLSTS FVCSPNQIIK LKSVSPSRST QLRRAVGGLE IKMMSVDAG IGVMGTKLGM MSFFEEDGTV VPVTVIGFKE GNIVTQVKTE STDGYNAVQV GYERLRDRKL TMPERGHLNK A GVIPMRHL ...文字列:
MAAILPTFSI KSSSCTYSSS KRSLSSPKAV SLSSSVNGTP KVQSLRLSTS FVCSPNQIIK LKSVSPSRST QLRRAVGGLE IKMMSVDAG IGVMGTKLGM MSFFEEDGTV VPVTVIGFKE GNIVTQVKTE STDGYNAVQV GYERLRDRKL TMPERGHLNK A GVIPMRHL QEFRLVSVDD FTPSQKLLFE ELFKEGDMVD ISGTTIGKGF QGGIKRHNFK RGLMTHGSKS HRALGSIGAG TT PGHVYKG KKMPGRMGGT KTKIRKLKIM KIDTDLRVVM IKGAVPGKPG NLLRLAPAKI VGKNIPKN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3c

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 32.479617 KDa
配列文字列: MATSTSSSLS LSFFSSSLFS SKSRNFSSKP ILKLPSSSHS QTSLSLSIKS ELIPLPILNF SGEKVGETFL NLKTAPPEKA RAVVHRGLI THLQNKRRGT ASTLTRAEVR GGGRKPYPQK KTGRARRGSQ GSPLRPGGGV IFGPKPRDWT IKMNKKERRL A LSTAIASA ...文字列:
MATSTSSSLS LSFFSSSLFS SKSRNFSSKP ILKLPSSSHS QTSLSLSIKS ELIPLPILNF SGEKVGETFL NLKTAPPEKA RAVVHRGLI THLQNKRRGT ASTLTRAEVR GGGRKPYPQK KTGRARRGSQ GSPLRPGGGV IFGPKPRDWT IKMNKKERRL A LSTAIASA VGNSFVVEEF AENFEKPKTK DFIAAMQRWG LDPAEKSLFF LMDLVENVEK SGRNIRTLKL LTPRSLNLFD VL NAEKLVF TEGTIQYLNQ RYGVDTLEDE DEEEEEEEEG EEVDDGVEDG TPEPAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4c

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.248189 KDa
配列文字列: AAGTAVFVDK AEAETINRLK TNYIEKMVPL LKEEFSYSNI LEVPKVVKIV VNCGIGDASQ NAKGLDAAIN ELALITGQRP VKTKAKTSI AGFKVREGMT LGIAVTLRGN LMYSFLDRLI NLALPRTRDF QGVNPNSFDG HGNYSVGFRE QSVFPEIKPE I VGKARGMD ...文字列:
AAGTAVFVDK AEAETINRLK TNYIEKMVPL LKEEFSYSNI LEVPKVVKIV VNCGIGDASQ NAKGLDAAIN ELALITGQRP VKTKAKTSI AGFKVREGMT LGIAVTLRGN LMYSFLDRLI NLALPRTRDF QGVNPNSFDG HGNYSVGFRE QSVFPEIKPE I VGKARGMD VCITTTAKTD KEAYKLLSLM GMPFREGSGP STLVRKKKLK SHHFDAKKGR RY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5c

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L6, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L6, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.516748 KDa
配列文字列: MSLPLPSHMK SVFLGMKVEI STSVPVTRIG FWRKSVDCKE SRIGKQPITV PANVAIAMEG QDLKVKGPLG ELSITYPREV LVEKQESGF LRVRKAVETR RANQMHGLFR TLTDNMVVGV SKGFEKKLQL VGVGYRATVE GKDLILSLGF SHPVRMAIPD E LQVKVEEN ...文字列:
MSLPLPSHMK SVFLGMKVEI STSVPVTRIG FWRKSVDCKE SRIGKQPITV PANVAIAMEG QDLKVKGPLG ELSITYPREV LVEKQESGF LRVRKAVETR RANQMHGLFR TLTDNMVVGV SKGFEKKLQL VGVGYRATVE GKDLILSLGF SHPVRMAIPD E LQVKVEEN TKVTVSGRDK SVVGQFAATI RSWRPPEPYK GKGVRYVDEV VRRKEGKAGK KK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6c

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L9, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L9, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 22.038904 KDa
配列文字列: MASTTSTLSL SWSNSFHSFA GAISEPQKSP ENCRVMLPIV AQKKVKKIRK IILKEDIPDL GKKGQLLDVR AGFLRNFLLP LGKAEVVTP LLLKEMKMED ERIEAEKKRV KEEAQQLARM FETVGAFKVK RKGGKGKQIF GSVTAQDLVD IIKAQLQRDV D KKVVFLPD ...文字列:
MASTTSTLSL SWSNSFHSFA GAISEPQKSP ENCRVMLPIV AQKKVKKIRK IILKEDIPDL GKKGQLLDVR AGFLRNFLLP LGKAEVVTP LLLKEMKMED ERIEAEKKRV KEEAQQLARM FETVGAFKVK RKGGKGKQIF GSVTAQDLVD IIKAQLQRDV D KKVVFLPD IRETGEYIAE LKLHPDVTAQ VRVTVFAN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9c

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 詳細: Backbone model of the NTE. / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 28.211629 KDa
配列文字列: MATMACASSL TFPSAQTQKS FFGTNVKQTP VLSFPRPTVA AAVAVSARKS TSASTKCTEE WRQLKEAVKK EFAIPHVPLD QRWMFTLEE ATGPDIWNTT WYPKSADHVP TDKKWYVVDA TDLILGRMAS TIAIHIRGKN LASYTPSVDM GAFVIVVNAD K VAVSGKKR ...文字列:
MATMACASSL TFPSAQTQKS FFGTNVKQTP VLSFPRPTVA AAVAVSARKS TSASTKCTEE WRQLKEAVKK EFAIPHVPLD QRWMFTLEE ATGPDIWNTT WYPKSADHVP TDKKWYVVDA TDLILGRMAS TIAIHIRGKN LASYTPSVDM GAFVIVVNAD K VAVSGKKR TQKLYRRHSG RPGGLKEETF DQLQKRIPER IIEHAVRGML PKGRLGRYLF NHLKVYKGAE HPHQAQQPID LP LRDKRIR VEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13c

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.484741 KDa
配列文字列:
MIQPQTHLNV ADNSGARELM CIRIIGASNR RYARIGDVIV AVIKEAIPNT PLERSEVIRA VVVRTCKELK RDNGMIIRYD DNAAVIIDQ EGNPKGTRIF GAIARELRQK FAKIVSLAPE VL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14c

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L15, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L15, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 29.081514 KDa
配列文字列: MASLLSLSST PPSTANSNNY PSSTFKGNIN NFRINPFNFA PLKLHLRNIV KKESTRLVVV ASASSSNVSP SIGSGSETRF RLDNLGPQP GSRKKGKRKG RGHAAGQGGS CGFGMRGQKS RSGPGIMRGF EGGQMPLYRR IPKLRGIAGG MRAGLPKYVP I NLRDIEVA ...文字列:
MASLLSLSST PPSTANSNNY PSSTFKGNIN NFRINPFNFA PLKLHLRNIV KKESTRLVVV ASASSSNVSP SIGSGSETRF RLDNLGPQP GSRKKGKRKG RGHAAGQGGS CGFGMRGQKS RSGPGIMRGF EGGQMPLYRR IPKLRGIAGG MRAGLPKYVP I NLRDIEVA GFKEGEEVSL ESLKAKGIIN PSGRERRLPL KILGEGELST KLQIKARAFS GSAKEKLEAA GCSVTVLPGR KK YIKESVR KNLARADEYF AKKRAASASE AESA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15c

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.328068 KDa
配列文字列:
MLSPKRTRFR KQHRGRMKGI SYRGNRICFG RYALQALEPA WITSRQIEAG RRAMTRNARR GGKIWVRIFP DKPVTVRPAE TRMGSGKGS PEYWVAVVKP GRILYEISGV AENIARRAVA IAASKMPIRT QFIISG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16c

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L17, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L17, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 14.577172 KDa
配列文字列:
MIDNGGRFFA MKHGRKIHRL SRPADQRRAL LRGLTTQLLK HGRIKTTRAK ASAMRKYVDK MITLAKEGSL HKRRQALGFI YEKQIVHAL FAEVPERYGD RNGGYTRIIR TLPRRGDNAP MAYIELV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17c

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L18, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L18, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 18.410205 KDa
配列文字列:
MAAATSLSFF HSTLASSSSS SVQQLSLPPK FVNFRPQTLP LIQAKAHTRR EDRTARHVRI RKKVEGTPER PRLCVFRSNK HLYVQVIDD TKMHTLAAAS TMQKAISENI DYSAGPTVEV AQKIGEMIAK SCLEKGITKV AFDRGGYPYH GRVKALADAA R EHGLVF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18c

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 26.121254 KDa
配列文字列: MASKVLPQAL LVIPSNHSLQ CPPLKKQLGF PIDSNRRFSL SSNCRSNLMV SRASSNLFSS NFSSIFSFPA RNSFVVRSEA EDSSDAPAE SVAVVAEEEL PVESEAEAEE RPPRQQRVKL GDIMGILNKK AVHAAEELRP VPGIRTGDIV QIRLEVPENK R RLSVYKGI ...文字列:
MASKVLPQAL LVIPSNHSLQ CPPLKKQLGF PIDSNRRFSL SSNCRSNLMV SRASSNLFSS NFSSIFSFPA RNSFVVRSEA EDSSDAPAE SVAVVAEEEL PVESEAEAEE RPPRQQRVKL GDIMGILNKK AVHAAEELRP VPGIRTGDIV QIRLEVPENK R RLSVYKGI VISRQNAGIH TTIRIRRIIA GVGVEIVFPL YSPNIKEIKV VSHRKVRKAR LYYLRDKLPR LSTFK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19c

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.725687 KDa
配列文字列:
MTRVKRGYIA RRRRKKIRFF ASSFRGAHSR LTRTIAQQKI RALVSAHRDR DRQKRDFRRL WITRINAAIR ERGVYYNYSK FIHDLYKRQ LLLNRKILAQ IAILNPNCIY MIYNEIIKKE DCKKYLEII

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20c

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 詳細: Backbone model of the NTE. / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 28.44173 KDa
配列文字列: MASATLAFSC SSLCATLKLP QNLNPLLLNV PPLSKPFSGV VSPPSLSRLS LLPVAAKRRR FQEIPEELKA EFEEFQRPPN QKPQLSDVL PDDFQAPEPG TPEYNDIINQ FLPKKGPPPP REEIFAVVVI GSRQYIVIPG RWIYTQRLKG ATVNDKIVLN K VLLVGTKA ...文字列:
MASATLAFSC SSLCATLKLP QNLNPLLLNV PPLSKPFSGV VSPPSLSRLS LLPVAAKRRR FQEIPEELKA EFEEFQRPPN QKPQLSDVL PDDFQAPEPG TPEYNDIINQ FLPKKGPPPP REEIFAVVVI GSRQYIVIPG RWIYTQRLKG ATVNDKIVLN K VLLVGTKA STYIGTPIVT NAAVHAVVEE QLLDDKVIVF KYKKKKNYRR NIGHRQPITR IKITGITGYE DYPASTLEAE VE AKEEAEA EAEAEAVPV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21c

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / 詳細: Backbone model of the CTE. / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 23.292676 KDa
配列文字列: MGFFKKKEKK AEFDVFRLYG LHHPEPGKCD EITTRGYSIS MSVDKARRVI DQIRGRSYAE TLMILELMPY RACYPIFKLI YSAAANASH NKQFNKANLI ISKAEVNKGI TLKKVKPRAR GRSYMIKRPT CHITIVLRDI THFDSYDKFL ESLTPKKLIA L LGLMSTGR ...文字列:
MGFFKKKEKK AEFDVFRLYG LHHPEPGKCD EITTRGYSIS MSVDKARRVI DQIRGRSYAE TLMILELMPY RACYPIFKLI YSAAANASH NKQFNKANLI ISKAEVNKGI TLKKVKPRAR GRSYMIKRPT CHITIVLRDI THFDSYDKFL ESLTPKKLIA L LGLMSTGR RRELLCGRFR ENHKIKSFLY KIALFKRYEV M

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22c

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 21.832164 KDa
配列文字列: MATTAPNLHS LSSSFAFSNP SSNVSATSFT FQIPNKKAQI SCISSKKLHT QKSFNFHDAV TPMNKPSFGR DLMVAQATEA VAPTTEEAA TSQPKTSKKA KKLKYPRRIL DVYQILQSPI ITEAAIKNIA DENSLLFTVD VRADKKMIRE AISNFFGVKV R KVNTLIRP ...文字列:
MATTAPNLHS LSSSFAFSNP SSNVSATSFT FQIPNKKAQI SCISSKKLHT QKSFNFHDAV TPMNKPSFGR DLMVAQATEA VAPTTEEAA TSQPKTSKKA KKLKYPRRIL DVYQILQSPI ITEAAIKNIA DENSLLFTVD VRADKKMIRE AISNFFGVKV R KVNTLIRP DGTKKAYIML NKEYNASELA KKIGIFPGGN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23c

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 詳細: Backbone model of the last six amino acids. / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 21.481088 KDa
配列文字列: MAAMVLQSSF TSLSLSSNSF LGQRLFPSPT TLQVKTEGHS PCLIVMRIKR WERKDCKPNS LPKLHKRHVK VGDTVKVISG GEKGKIGEI SKIHKHNSTV IIKDLNFKTK HVKSKEEGEQ GQIIKIEAAI HSSNVMLILK EQEVADRVGH KILEDVRKVR Y LIKTGEIV ...文字列:
MAAMVLQSSF TSLSLSSNSF LGQRLFPSPT TLQVKTEGHS PCLIVMRIKR WERKDCKPNS LPKLHKRHVK VGDTVKVISG GEKGKIGEI SKIHKHNSTV IIKDLNFKTK HVKSKEEGEQ GQIIKIEAAI HSSNVMLILK EQEVADRVGH KILEDVRKVR Y LIKTGEIV DTPDRWKEIQ NKKESETAVA VAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24c

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L27, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L27, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 21.366447 KDa
配列文字列: MAVTTSMSFN LMASFRGMSL SSSSSSSFFK GEFGPSSLRL PNKSPLSVSP FPLTIESAHK KGAGSTKNGR DSKGQRLGVK IYGDQVAKP GAIIIRQRGT KFHPGKNVGI GKDHTIFALI DGLVKFEKYG PDKKKVSVYP REIQPENPNS YRARKRENFR L QREKKKAR ...文字列:
MAVTTSMSFN LMASFRGMSL SSSSSSSFFK GEFGPSSLRL PNKSPLSVSP FPLTIESAHK KGAGSTKNGR DSKGQRLGVK IYGDQVAKP GAIIIRQRGT KFHPGKNVGI GKDHTIFALI DGLVKFEKYG PDKKKVSVYP REIQPENPNS YRARKRENFR L QREKKKAR REGYSFQPQL ILASAATDNA DESAVC

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27c

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L28, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L28, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 16.460488 KDa
配列文字列:
MAASGMLISN PSNVCFRKPQ FSCSLKPKAT VSELGFLTSQ LSGIQISPSP LFPIISKPIS APLKPSLQPV ARRICPFTGK KSNKANRVS HSNHKTKRLQ FVNLQYKRVW WEAGKRFVKL RLSTKALKTI EKNGLDAVAK KAGIDLRKE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28c

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L29, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L29, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 19.083385 KDa
配列文字列:
MLAIHSLSST PCSSGLTSPP KSTLLTKSSF HGLRLPSVNL SSSLRLRVQT PPSSVVVMVK KEDELKELRT KTNEQLNEEI LQLKGELFM LRLQRSAREN FKPSDFGRMR KRVARMLTVK REREIEQGVG KRLSRKLDKA WKRSIVVRPP PSLKKLQEKA T AEAEAEKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29c

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 6.650969 KDa
配列文字列:
MAVPKKRTSI YKKRIRKNIW KKKGYWAALK AFSLAKSLST GNSKSFFVRK ISNQTLE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32c

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 7.668121 KDa
配列文字列:
MAKGKDVRVK VILECTGCVR KSVNKGSRGV SRYITQKNRH NTPSRLELRK FCPYCYKHTI HGEIKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33c

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 16.126633 KDa
配列文字列:
MATLSLLSTG VGAAITNRTP SASLTFITGS RTTNKRVSFN GGSARSGSLH CSFLAPSSSL SSNFSGLSLG LDLTSNTGVS TDRCRRFVV RAGKAALCLT KRSRSRKSLA RTHGFRLRMS TTSGRALLKR RRAKGRKILC TKTNPSSGKR ASP

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34c

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 17.376322 KDa
配列文字列:
MAMASATATL SFKTPSLSLS PPSTRCSAAQ GISLTHFNKQ LKSTLNLSSS SSISSSKVQP IVLKNKRIST VDSSVSTSSP SFTVFAAKG YKMKTHKASA KRFRVTGKGK IVRRRAGKQH LLAKKNTKRK NRLSKLIQVD RSDYDNVIGA LPYLKVNRKV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35c

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 4.414462 KDa
配列文字列:
MKIRASVRPI CEKCRLIRRR GRIIVICSNP KHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36c

+
分子 #30: Ribosome-recycling factor, chloroplastic

分子名称: Ribosome-recycling factor, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 30.477936 KDa
配列文字列: MAASSLSSAT SYLHSFRRRN SCVSLQGVSD MECNIARTNV SVWRSSANYV RMDCGVKKFS GKAVVVKQLQ NRAGTFRCAT MEEVEAEKS LIETNTKQRM EKTIETIRSN FNSVRTNRAS PTMLDRIEVE YYGTPVSLKS IAQISTPDAS SLLISPYDKS S LKAIEKAI ...文字列:
MAASSLSSAT SYLHSFRRRN SCVSLQGVSD MECNIARTNV SVWRSSANYV RMDCGVKKFS GKAVVVKQLQ NRAGTFRCAT MEEVEAEKS LIETNTKQRM EKTIETIRSN FNSVRTNRAS PTMLDRIEVE YYGTPVSLKS IAQISTPDAS SLLISPYDKS S LKAIEKAI VTSQLGVSPN NDGEVIRLSL PPLTSDRRKE LAKVVSKLAE EGKVAVRNIR RDALKSYEKL EKEKKLSEDN VK DLSADLQ KLTDEYMKKV ESIYKQKEQE LMKV

UniProtKB: Ribosome-recycling factor, chloroplastic

+
分子 #31: PSRP5alpha, chloroplastic

分子名称: PSRP5alpha, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.351212 KDa
配列文字列:
MALLSPLLSL SSVPPITSIA VSSSSFPIKL QNVSVALLPS FGQRLVAHGP VIAQKRGTVV AMVSAAAEET AGEDGDQSKV EEANISVQN LPLESKLQLK LEQKIKMKMA KKIRLRRTGL CAKESLRKRG AWPPSKMKKL KNV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein cL37 alpha

+
分子 #32: PSRP6, chloroplastic

分子名称: PSRP6, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.080688 KDa
配列文字列:
MSVSAIFGAR VVTIPSVLRT SSVDGRTVKL QPSTGGSCGG GVITIECSSR PQKKGTAHHM KTRPKKTARW DIKRGPAVYP PLPPLPAEW TIVSSAVDEA DSSSSTTSSS AEIAQSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein cL38

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
100.0 mMK(OAc)Potassium acetate
25.0 mMMg(OAc)2Magnesium acetate
6.0 mMBeta-ME2-Mercaptoethanol

詳細: Solutions were made fresh and filtered previous to usage.
グリッドモデル: Quantifoil R3/3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 2.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5afi

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 使用した粒子像数: 37636
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5mlc:
Cryo-EM structure of the spinach chloroplast ribosome reveals the location of plastid-specific ribosomal proteins and extensions

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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