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- EMDB-11862: Structure of the bacterial RQC complex (Decoding State) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11862
タイトルStructure of the bacterial RQC complex (Decoding State)
マップデータ
試料
  • 複合体: Bacterial RQC complex
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 30種
キーワードRIBOSOME / rqch / rqc / rqc2 / hsp15 / fibronectin-binding protein / NEMF / ribosome-associated quality control / ribosome-associated / 50s / Alanine-tailing
機能・相同性
機能・相同性情報


RQC complex / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly ...RQC complex / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein, HP1423 type / Rqc2 homolog RqcH, bacterial / : / NFACT, RNA-binding domain / NFACT protein RNA binding domain / NFACT N-terminal and middle domains / : / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. ...RNA-binding protein, HP1423 type / Rqc2 homolog RqcH, bacterial / : / NFACT, RNA-binding domain / NFACT protein RNA binding domain / NFACT N-terminal and middle domains / : / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / L28p-like / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L2 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Rqc2 homolog RqcH / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL16 ...Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Rqc2 homolog RqcH / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL21 / RQC P-site tRNA stabilizing factor / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL11
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) / Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Filbeck S / Pfeffer S
資金援助 ドイツ, 米国, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB1036 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS102414 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Mimicry of Canonical Translation Elongation Underlies Alanine Tail Synthesis in RQC.
著者: Sebastian Filbeck / Federico Cerullo / Helge Paternoga / George Tsaprailis / Claudio A P Joazeiro / Stefan Pfeffer /
要旨: Aborted translation produces large ribosomal subunits obstructed with tRNA-linked nascent chains, which are substrates of ribosome-associated quality control (RQC). Bacterial RqcH, a widely conserved ...Aborted translation produces large ribosomal subunits obstructed with tRNA-linked nascent chains, which are substrates of ribosome-associated quality control (RQC). Bacterial RqcH, a widely conserved RQC factor, senses the obstruction and recruits tRNA to modify nascent-chain C termini with a polyalanine degron. However, how RqcH and its eukaryotic homologs (Rqc2 and NEMF), despite their relatively simple architecture, synthesize such C-terminal tails in the absence of a small ribosomal subunit and mRNA has remained unknown. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of Bacillus subtilis RQC complexes representing different Ala tail synthesis steps. The structures explain how tRNA is selected via anticodon reading during recruitment to the A-site and uncover striking hinge-like movements in RqcH leading tRNA into a hybrid A/P-state associated with peptidyl-transfer. Finally, we provide structural, biochemical, and molecular genetic evidence identifying the Hsp15 homolog (encoded by rqcP) as a novel RQC component that completes the cycle by stabilizing the P-site tRNA conformation. Ala tailing thus follows mechanistic principles surprisingly similar to canonical translation elongation.
履歴
登録2020年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月25日-
マップ公開2020年11月25日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
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  • 原子モデル: PDB-7aqc
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11862.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11862.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 410.88 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 410.88 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 410.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.041586697 - 0.30001622
平均 (標準偏差)0.00048054146 (±0.004808396)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 410.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z410.880410.880410.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0420.3000.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacterial RQC complex

全体名称: Bacterial RQC complex
要素
  • 複合体: Bacterial RQC complex
    • RNA: 23S ribosomal RNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • RNA: Ala-tRNA (P-site)
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: Rqc2 homolog RqcH
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: nascent polyalanine
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein YabO
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33 1
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29

+
超分子 #1: Bacterial RQC complex

超分子名称: Bacterial RQC complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#33
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

+
分子 #1: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 914.625938 KDa
配列文字列: UUAAGUUAGA AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAG GAGCCGAUGA AGGACGGGAC GAACACCGAU AUGCUUCGGG GAGCUGUAA GCAAGCUUUG AUCCGGAGAU UUCCGAAUGG GGAAACCCAC CACUCGUAAU GGAGUGGUAU CCAUAUCUGA A UUCAUAGG ...文字列:
UUAAGUUAGA AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAG GAGCCGAUGA AGGACGGGAC GAACACCGAU AUGCUUCGGG GAGCUGUAA GCAAGCUUUG AUCCGGAGAU UUCCGAAUGG GGAAACCCAC CACUCGUAAU GGAGUGGUAU CCAUAUCUGA A UUCAUAGG AUAUGAGAAG GCAGACCCGG GGAACUGAAA CAUCUAAGUA CCCGGAGGAA GAGAAAGCAA AUGCGAUUCC CU GAGUAGC GGCGAGCGAA ACGGGAUCAG CCCAAACCAA GAGGCUUGCC UCUUGGGGUU GUAGGACACU CUGUACGGAG UUA CAAAGG AACGAGGUAG AUGAAGAGGU CUGGAAAGGC CCGCCAUAGG AGGUAACAGC CCUGUAGUCA AAACUUCGUU CUCU CCUGA GUGGAUCCUG AGUACGGCGG AACACGUGAA AUUCCGUCGG AAUCCGGGAG GACCAUCUCC CAAGGCUAAA UACUC CCUA GUGACCGAUA GUGAACCAGU ACCGUGAGGG AAAGGUGAAA AGCACCCCGG AAGGGGAGUG AAAGAGAUCC UGAAAC CGU GUGCCUACAA GUAGUCAGAG CCCGUUAACG GGUGAUGGCG UGCCUUUUGU AGAAUGAACC GGCGAGUUAC GAUCUCG UG CAAGGUUAAG CAGAAGAUGC GGAGCCGCAG CGAAAGCGAG UCUGAAUAGG GCGCAUGAGU ACGUGGUCGU AGACCCGA A ACCAGGUGAU CUACCCAUGU CCAGGGUGAA GUUCAGGUAA CACUGAAUGG AGGCCCGAAC CCACGCACGU UGAAAAGUG CGGGGAUGAG GUGUGGGUAG GGGUGAAAUG CCAAUCGAAC CUGGAGAUAG CUGGUUCUCU CCGAAAUAGC UUUAGGGCUA GCCUCAAGG UAAGAGUCUU GGAGGUAGAG CACUGAUUGG ACUAGGGGCC CCUACCGGGU UACCGAAUUC AGUCAAACUC C GAAUGCCA AUGACUUAUC CUUGGGAGUC AGACUGCGAG UGAUAAGAUC CGUAGUCGAA AGGGAAACAG CCCAGACCGC CA GCUAAGG UCCCAAAGUA UACGUUAAGU GGAAAAGGAU GUGGAGUUGC UUAGACAACC AGGAUGUUGG CUUAGAAGCA GCC ACCAUU UAAAGAGUGC GUAAUAGCUC ACUGGUCGAG UGACUCUGCG CCGAAAAUGU ACCGGGGCUA AACGUAUCAC CGAA GCUGC GGACUGUUCU UCGAACAGUG GUAGGAGAGC GUUCUAAGGG CUGUGAAGCC AGACCGGAAG GACUGGUGGA GCGCU UAGA AGUGAGAAUG CCGGUAUGAG UAGCGAAAGA GGGGUGAGAA UCCCCUCCAC CGAAUGCCUA AGGUUUCCUG AGGAAG GCU CGUCCGCUCA GGGUUAGUCG GGACCUAAGC CGAGGCCGAA AGGCGUAGGC GAUGGACAAC AGGUUGAUAU UCCUGUA CC ACCUCCUCAC CAUUUGAGCA AUGGGGGGAC GCAGGAGGAU AGGGUAAGCG CGGUAUUGGA UAUCCGCGUC CAAGCAGU U AGGCUGGGAA AUAGGCAAAU CCGUUUCCCA UAAGCCUGAG CUGUGAUGGC GAGCGAAAUA UAGUAGCGAA GUUCCUGAU UCCACACUGC CAAGAAAAGC CUCUAGCGAG GUGAGAGGUG CCCGUACCGC AAACCGACAC AGGUAGGCGA GGAGAGAAUC CUAAGGUGA UCGAGAGAAC UCUCGUUAAG GAACUCGGCA AAAUGACCCC GUAACUUCGG GAGAAGGGGU GCUCUGUUAG G GUGCAAGC CCGAGAGAGC CGCAGUGAAU AGGCCCAGGC GACUGUUUAG CAAAAACACA GGUCUCUGCG AAGCCGUAAG GC GAAGUAU AGGGGCUGAC GCCUGCCCGG UGCUGGAAGG UUAAGAGGAG CGCUUAGCGU AAGCGAAGGU GCGAAUUGAA GCC CCAGUA AACGGCGGCC GUAAACGGUC CUAAGGUAGC GAAAUUCCUU GUCGGGUAAG UUCCGACCCG CACGAAAGGC GCAA CGAUC UGGGCACUGU CUCAACGAGA GACUCGGUGA AAUUAUAGUA CCUGUGAAGA UGCAGGUUAC CCGCGACAGG ACGGA AAGA CCCCGUGGAG CUUUACUGCA GCCUGAUAUU GAAUUCUAAC CCGCCGCCCU UAUCGGGCGG GGAGACAGUG UCAGGU GGG CAGUUUGACU GGGGCGGUCG CCUCCUAAAA GGUAACGGAG GCGCCCAAAG GUUCCCUCAG AAUGGUUGGA AAUCAUU CG CAGAGUGUAA AGGCACAAGG GAGCUUGACU GCGAGACCUA CAAGUCGAGC AGGGACGAAA GUCGGGCUUA GUGAUCCG G UGGUUCCGCA UGGAAGGGCC AUCGCUCAAC GGAUAAAAGC UACCCCGGGG AUAACAGGCU UAUCUCCCCC AAGAGUCCA CAUCGACGGG GAGGUUUGGC ACCUCGAUGU CGGCUCAUCG CAUCCUGGGG CUGUAGUCGG UCCCAAGGGU UGGGCUGUUC GCCCAUUAA AGCGGUACGC GAGCUGGGUU CAGAACGUCG UGAGACAGUU CGGUCCCUAU CCGUCGCGGG CGCAGGAAAU U UGAGAGGA GCUGUCCUUA GUACGAGAGG ACCGGGAUGG ACGCACCGCU GGUGUACCAG UUGUUCUGCC AAGGGCAUCG CU GGGUAGC UAUGUGCGGA CGGGAUAAGU GCUGAAAGCA UCUAAGCAUG AAGCCCCCCU CAAGAUGAGA UUUCCCAUUC CGC AAGGAA GUAAGAUCCC UGAAAGAUGA UCAGGUUGAU AGGUCUGAGG UGGAAGUGUG GCGACACAUG GAGCUGACAG AUAC UAAUC GAUCGAGGAC UUAAC

+
分子 #2: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 36.15752 KDa
配列文字列:
UGGUGGCGAU AGCGAAGAGG UCACACCCGU UCCCAUACCG AACACGGAAG UUAAGCUCUU CAGCGCCGAU GGUAGUCGGG GGUUUCCCC CUGUGAGAGU AGGACGCCGC CAA

GENBANK: GENBANK: CP019662.1

+
分子 #15: Ala-tRNA (P-site)

分子名称: Ala-tRNA (P-site) / タイプ: rna / ID: 15 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 24.491547 KDa
配列文字列:
GGGGCCUUAG CUCAGCUGGG AGAGCGCCUG CUUUGCACGC AGGAGGUCAG CGGUUCGAUC CCGCUAGGCU CCACCA

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 30.335125 KDa
配列文字列: MAIKKYKPTS NGRRGMTTSD FAEITTDKPE KSLLAPLHKK GGRNNQGKLT VRHQGGGHKR QYRVIDFKRD KDGIPGRVAT VEYDPNRSA NIALINYADG EKRYILAPKG IQVGTEIMSG PEADIKVGNA LPLINIPVGT VVHNIELKPG KGGQLVRSAG T SAQVLGKE ...文字列:
MAIKKYKPTS NGRRGMTTSD FAEITTDKPE KSLLAPLHKK GGRNNQGKLT VRHQGGGHKR QYRVIDFKRD KDGIPGRVAT VEYDPNRSA NIALINYADG EKRYILAPKG IQVGTEIMSG PEADIKVGNA LPLINIPVGT VVHNIELKPG KGGQLVRSAG T SAQVLGKE GKYVLVRLNS GEVRMILSAC RASIGQVGNE QHELINIGKA GRSRWKGIRP TVRGSVMNPN DHPHGGGEGR AP IGRKSPM SPWGKPTLGF KTRKKKNKSD KFIVRRRKNK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 22.723348 KDa
配列文字列: MTKGILGRKI GMTQVFAENG DLIPVTVIEA APNVVLQKKT AENDGYEAIQ LGFDDKREKL SNKPEKGHVA KAETAPKRFV KELRGVEMD AYEVGQEVKV EIFSAGEIVD VTGVSKGKGF QGAIKRHGQS RGPMSHGSRY HRRPGSMGPV DPNRVFKGKL L PGRMGGEQ ...文字列:
MTKGILGRKI GMTQVFAENG DLIPVTVIEA APNVVLQKKT AENDGYEAIQ LGFDDKREKL SNKPEKGHVA KAETAPKRFV KELRGVEMD AYEVGQEVKV EIFSAGEIVD VTGVSKGKGF QGAIKRHGQS RGPMSHGSRY HRRPGSMGPV DPNRVFKGKL L PGRMGGEQ ITVQNLEIVK VDAERNLLLI KGNVPGAKKS LITVKSAVKS K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 22.424951 KDa
配列文字列: MPKVALYNQN GSTAGDIELN ASVFGIEPNE SVVFDAILMQ RASLRQGTHK VKNRSEVRGG GRKPWRQKGT GRARQGSIRS PQWRGGGVV FGPTPRSYSY KLPKKVRRLA IKSVLSSKVI DNNIIVLEDL TLDTAKTKEM AAILKGLSVE KKALIVTADA N EAVALSAR ...文字列:
MPKVALYNQN GSTAGDIELN ASVFGIEPNE SVVFDAILMQ RASLRQGTHK VKNRSEVRGG GRKPWRQKGT GRARQGSIRS PQWRGGGVV FGPTPRSYSY KLPKKVRRLA IKSVLSSKVI DNNIIVLEDL TLDTAKTKEM AAILKGLSVE KKALIVTADA N EAVALSAR NIPGVTVVEA NGINVLDVVN HEKLLITKAA VEKVEEVLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 20.177564 KDa
配列文字列:
MNRLKEKYNK EIAPALMTKF NYDSVMQVPK IEKIVINMGV GDAVQNAKAI DSAVEELTFI AGQKPVVTRA KKSIAGFRLR EGMPIGAKV TLRGERMYDF LDKLISVSLP RVRDFRGVSK KSFDGRGNYT LGIKEQLIFP EIDYDKVTKV RGMDIVIVTT A NTDEEARE LLTQVGMPFQ K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 19.543389 KDa
配列文字列:
MSRVGKKLLE IPSDVTVTLN DNNTVAVKGP KGELTRTFHP DMEIKVEDNV LTVARPSDQK EHRALHGTTR SLLGNMVEGV SKGFERGLE LVGVGYRASK SGNKLVLNVG YSHPVEIVPE EGIEIEVPSQ TKVVVKGTDK ERVGAIAANI RAVRSPEPYK G KGIRYEGE VVRRKEGKSA K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L11

分子名称: 50S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 14.951442 KDa
配列文字列:
MAKKVVKVVK LQIPAGKANP APPVGPALGQ AGVNIMGFCK EFNARTADQA GLIIPVEISV YEDRSFTFIT KTPPAAVLLK KAAGIESGS GEPNRNKVAT VKRDKVREIA ETKMPDLNAA DVEAAMRMVE GTARSMGIVI ED

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL11

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 16.407104 KDa
配列文字列:
MRTTPMANAS TIERKWLVVD AAGKTLGRLS SEVAAILRGK HKPTYTPHVD TGDHVIIINA EKIELTGKKL TDKIYYRHTQ HPGGLKSRT ALEMRTNYPE KMLELAIKGM LPKGSLGRQM FKKLNVYRGS EHPHEAQKPE VYELRG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 13.175288 KDa
配列文字列:
MIQQETRLKV ADNSGAREVL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV CTVKQATPGG VVKKGEVVKA VIVRTKSGAR RSDGSYISFD ENACVIIRD DKSPRGTRIF GPVARELREN NFMKIVSLAP EVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 15.410694 KDa
配列文字列:
MKLHELKPSE GSRKTRNRVG RGIGSGNGKT AGKGHKGQNA RSGGGVRPGF EGGQMPLFQR LPKRGFTNIN RKEYAVVNLD KLNGFAEGT EVTPELLLET GVISKLNAGV KILGNGKLEK KLTVKANKFS ASAKEAVEAA GGTAEVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 16.223049 KDa
配列文字列:
MLLPKRVKYR REHRGKMRGR AKGGTEVHFG EFGIQALEAS WITNRQIEAA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP SKPYTAKPLE VRMGSGKGA PEGWVAVVKP GKVLFEISGV SEEVAREALR LASHKLPIKT KFVKREEIGG ESNES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 13.774806 KDa
配列文字列:
MSYRKLGRTS AQRKAMLRDL TTDLIINERI ETTETRAKEL RSVVEKMITL GKRGDLHARR QAAAYIRNEV ANEENNQDAL QKLFSDIAT RYEERQGGYT RIMKLGPRRG DGAPMAIIEL V

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 12.993829 KDa
配列文字列:
MITKTSKNAA RLKRHARVRA KLSGTAERPR LNVFRSNKHI YAQIIDDVNG VTLASASTLD KDLNVESTGD TSAATKVGEL VAKRAAEKG ISDVVFDRGG YLYHGRVKAL ADAAREAGLK F

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 13.669189 KDa
配列文字列:
MPRVKGGTVT RKRRKKVLKL AKGYFGSKHT LYKVANQQVM KSGNYAFRDR RQKKRDFRKL WITRINAAAR MNGLSYSRLM HGLKLSGIE VNRKMLADLA VNDLTAFNQL ADAAKAQLNK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #17: Rqc2 homolog RqcH

分子名称: Rqc2 homolog RqcH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 65.307398 KDa
配列文字列: MSFDGMFTYG MTHELNEKIM GGRITKIHQP YKHDVIFHIR AKGKNQKLLL SAHPSYSRVH ITAQAYENPS EPPMFCMLLR KHIEGGFIE KIEQAGLDRI MIFHIKSRNE IGDETVRKLY VEIMGRHSNI ILTDAAENVI IDGLKHLSPS MNSYRTVLPG Q DYKLPPAQ ...文字列:
MSFDGMFTYG MTHELNEKIM GGRITKIHQP YKHDVIFHIR AKGKNQKLLL SAHPSYSRVH ITAQAYENPS EPPMFCMLLR KHIEGGFIE KIEQAGLDRI MIFHIKSRNE IGDETVRKLY VEIMGRHSNI ILTDAAENVI IDGLKHLSPS MNSYRTVLPG Q DYKLPPAQ DKISPLEASE DDILRHLSFQ EGRLDKQIVD HFSGVSPLFA KEAVHRAGLA NKVTLPKALL ALFAEVKEHR FI PNITTVN GKEYFYLLEL THLKGEARRF DSLSELLDRF YFGKAERDRV KQQAQDLERF VVNERKKNAN KIKKLEKTLE YSE NAKEFQ LYGELLTANL YMLKKGDKQA EVINYYDEES PTITIPLNPN KTPSENAQAY FTKYQKAKNS VAVVEEQIRL AQEE IEYFD QLIQQLSSAS PRDISEIREE LVEGKYLRPK QQKGQKKQKP HNPVLETYES TSGLTILVGK NNRQNEYLTT RVAAR DDIW LHTKDIPGSH VVIRSSEPDE QTIMEAATIA AYFSKAKDSS SVPVDYTKIR HVKKPNGAKP GFVTYDSQHT VFVTPD ADT VIKLKKS

UniProtKB: Rqc2 homolog RqcH

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 12.481608 KDa
配列文字列:
MQAKAVARTV RIAPRKARLV MDLIRGKQVG EAVSILNLTP RAASPIIEKV LKSAIANAEH NYEMDANNLV ISQAFVDEGP TLKRFRPRA MGRASQINKR TSHITIVVSE KKEG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 11.16612 KDa
配列文字列:
MHVKKGDKVM VISGKDKGKQ GTILAAFPKK DRVLVEGVNM VKKHSKPTQA NPQGGISNQE APIHVSNVMP LDPKTGEVTR VGYKVEDGK KVRVAKKSGQ VLDK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 10.391855 KDa
配列文字列:
MLRLDLQFFA SKKGVGSTKN GRDSEAKRLG AKRADGQFVT GGSILYRQRG TKIYPGENVG RGGDDTLFAK IDGTVKFERF GRDRKKVSV YPVAQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #21: nascent polyalanine

分子名称: nascent polyalanine / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 515.56 Da
配列文字列:
AAAAAAA

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 6.826144 KDa
配列文字列:
MARKCVITGK KTTAGNNRSH AMNASKRTWG ANLQKVRILV NGKPKKVYVS ARALKSGKVE RV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #23: Uncharacterized protein YabO

分子名称: Uncharacterized protein YabO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 9.737266 KDa
配列文字列:
MRLDKFLKVS RLIKRRTLAK EVADQGRISI NGNQAKASSD VKPGDELTVR FGQKLVTVQV NELKDTTKKE EAANMYTILK EEKLGE

UniProtKB: RQC P-site tRNA stabilizing factor

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 6.650795 KDa
配列文字列:
MAKLEITLKR SVIGRPEDQR VTVRTLGLKK TNQTVVHEDN AAIRGMINKV SHLVSVKEQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 13.416853 KDa
配列文字列:
MQKLIEDITK EQLRTDLPAF RPGDTLRVHV KVVEGNRERI QIFEGVVIKR RGGGISETFT VRKISYGVGV ERTFPVHTPK IAKIEVVRY GKVRRAKLYY LRELRGKAAR IKEIRR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 6.745073 KDa
配列文字列:
MAVPFRRTSK MKKRLRRTHF KLNVPGMTEC PSCGEMKLSH RVCKACGSYN GKDINVKSN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L33 1

分子名称: 50S ribosomal protein L33 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 5.915875 KDa
配列文字列:
MRVNITLACT ECGERNYISK KNKRNNPDRV EFKKYCPRDK KSTLHRETK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33A

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 5.271332 KDa
配列文字列:
MKRTFQPNNR KRSKVHGFRS RMSSKNGRLV LARRRRKGRK VLSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 7.581128 KDa
配列文字列:
MPKMKTHRGS AKRFKKTGSG KLKRSHAYTS HLFANKSQKQ KRKLRKSAVV SAGDFKRIKQ MLANIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 4.318422 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPI CEKCKVIRRK GKVMVICENP KHKQKQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 11.296081 KDa
配列文字列:
MYAIIKTGGK QIKVEEGQTV YIEKLAAEAG ETVTFEDVLF VGGDNVKVGN PTVEGATVTA KVEKQGRAKK ITVFRYKPKK NVHKKQGHR QPYTKVTIEK INA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 10.978813 KDa
配列文字列:
MKDPRDVLKR PVITERSADL MTEKKYTFEV DVRANKTEVK DAVESIFGVK VDKVNIMNYK GKSKRVGRYT GMTSRRRKAI VKLTADSKE IEIFEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 7.728029 KDa
配列文字列:
MKANEIRDLT TAEIEQKVKS LKEELFNLRF QLATGQLENT ARIREVRKAI ARMKTVIRER EIAANK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 5869410
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 138382
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3j9w

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5h3x

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5h3w

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1dm9

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-7aqc:
Structure of the bacterial RQC complex (Decoding State)

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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