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- EMDB-35196: Rat Kir4.1 in complex with PIP2 and Lys05 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35196
タイトルRat Kir4.1 in complex with PIP2 and Lys05
マップデータ
試料
  • 複合体: Rat Kir4.1 in complex with PIP2 and Lys05
    • タンパク質・ペプチド: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
キーワードkir4.1 / ion channel / transport protein / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate reuptake / Potassium transport channels / L-glutamate import / response to blue light / central nervous system myelination / response to mineralocorticoid / regulation of resting membrane potential / cellular response to potassium ion / oligodendrocyte development / astrocyte projection ...glutamate reuptake / Potassium transport channels / L-glutamate import / response to blue light / central nervous system myelination / response to mineralocorticoid / regulation of resting membrane potential / cellular response to potassium ion / oligodendrocyte development / astrocyte projection / inward rectifier potassium channel activity / potassium ion homeostasis / non-motile cilium assembly / membrane hyperpolarization / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / adult walking behavior / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / monoatomic ion channel complex / ciliary base / optic nerve development / potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / microvillus / response to glucocorticoid / potassium ion transmembrane transport / visual perception / establishment of localization in cell / regulation of membrane potential / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / potassium ion transport / presynapse / cell body / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / signaling receptor binding / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir1.2 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Zhao C / Guo J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (MoE, China)Frontier Science Center for Brain Science & Brain-Machine Integration, Zhejiang University 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pharmacological inhibition of astrocytic Kir4.1 channel evokes rapid-onset antidepressant responses
著者: Zhao C / Guo J
履歴
登録2023年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35196.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35196.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0111
最小 - 最大-0.05771324 - 0.057430323
平均 (標準偏差)-0.000025586876 (±0.0027142775)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 182.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35196_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35196_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rat Kir4.1 in complex with PIP2 and Lys05

全体名称: Rat Kir4.1 in complex with PIP2 and Lys05
要素
  • 複合体: Rat Kir4.1 in complex with PIP2 and Lys05
    • タンパク質・ペプチド: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10
  • リガンド: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate

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超分子 #1: Rat Kir4.1 in complex with PIP2 and Lys05

超分子名称: Rat Kir4.1 in complex with PIP2 and Lys05 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10

分子名称: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 38.791723 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GAPGIRRRRV LTKDGRSNVR MEHIADKRFL YLKDLWTTFI DMQWRYKLLL FSATFAGTWF LFGVVWYLVA VAHGDLLELG PPANHTPCV VQVHTLTGAF LFSLESQTTI GYGFRYISEE CPLAIVLLIA QLVLTTILEI FITGTFLAKI ARPKKRAETI R FSQHAVVA ...文字列:
GAPGIRRRRV LTKDGRSNVR MEHIADKRFL YLKDLWTTFI DMQWRYKLLL FSATFAGTWF LFGVVWYLVA VAHGDLLELG PPANHTPCV VQVHTLTGAF LFSLESQTTI GYGFRYISEE CPLAIVLLIA QLVLTTILEI FITGTFLAKI ARPKKRAETI R FSQHAVVA YHNGKLCLMI RVANMRKSLL IGCQVTGKLL QTHQTKEGEN IRLNQVNVTF QVDTASDSPF LILPLTFYHV VD ETSPLKD LPLRSGEGDF ELVLILSGTV ESTSATCQVR TSYLPEEILW GYEFTPAISL SASGKYVADF SLFDQVVKVA SPG GLRDST VRYGDPEKLK LDYKDDDDK

UniProtKB: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10

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分子 #2: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...

分子名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: PIO
分子量理論値: 746.566 Da
Chemical component information

ChemComp-PIO:
[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 62.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 75833
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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