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- EMDB-35093: Cryo-EM structure of the SIN3L complex from S. pombe -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35093
タイトルCryo-EM structure of the SIN3L complex from S. pombe
マップデータ
試料
  • 複合体: The SIN3S complex
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • タンパク質・ペプチド: x 4種
  • リガンド: x 2種
キーワードSIN3 / SIN3L / Pst1 / Pst3 / Clr6 / deacetylase / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of TP53 Activity through Acetylation / PI5P Regulates TP53 Acetylation / SUMOylation of transcription cofactors / HATs acetylate histones / Ub-specific processing proteases / HDACs deacetylate histones / SUMOylation of chromatin organization proteins / H3-H4 histone complex chaperone activity / Rpd3L complex / Rpd3L-Expanded complex ...Regulation of TP53 Activity through Acetylation / PI5P Regulates TP53 Acetylation / SUMOylation of transcription cofactors / HATs acetylate histones / Ub-specific processing proteases / HDACs deacetylate histones / SUMOylation of chromatin organization proteins / H3-H4 histone complex chaperone activity / Rpd3L complex / Rpd3L-Expanded complex / Rpd3S complex / pericentric heterochromatin formation / histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K4 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / DNA repair-dependent chromatin remodeling / NuA4 histone acetyltransferase complex / Sin3-type complex / pericentric heterochromatin / : / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / epigenetic regulation of gene expression / double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / heterochromatin formation / chromatin organization / histone binding / chromatin remodeling / cell division / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LCCL domain superfamily / Transcriptional regulatory protein RXT2, N-terminal / Histone deacetylation protein Rxt3 / Transcriptional regulatory protein Rxt2 / RXT2-like, N-terminal / Histone deacetylation protein Rxt3 / Sds3-like / Sds3-like / Sds3-like / Inhibitor of growth protein, N-terminal histone-binding ...LCCL domain superfamily / Transcriptional regulatory protein RXT2, N-terminal / Histone deacetylation protein Rxt3 / Transcriptional regulatory protein Rxt2 / RXT2-like, N-terminal / Histone deacetylation protein Rxt3 / Sds3-like / Sds3-like / Sds3-like / Inhibitor of growth protein, N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / ING family / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / Histone deacetylase / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1 / Histone deacetylase clr6 / Chromatin modification-related protein png2 / Paired amphipathic helix protein pst3 / Transcriptional regulatory protein rxt2 / Transcriptional regulatory protein rxt3 / Paired amphipathic helix protein pst1 / Transcriptional regulatory protein dep1 / Transcriptional regulatory protein sds3
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang C / Guo Z / Zhan X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Two assembly modes for SIN3 histone deacetylase complexes.
著者: Chengcheng Wang / Zhouyan Guo / Chen Chu / Yichen Lu / Xiaofeng Zhang / Xiechao Zhan /
要旨: The switch-independent 3 (SIN3)/histone deacetylase (HDAC) complexes play essential roles in regulating chromatin accessibility and gene expression. There are two major types of SIN3/HDAC complexes ...The switch-independent 3 (SIN3)/histone deacetylase (HDAC) complexes play essential roles in regulating chromatin accessibility and gene expression. There are two major types of SIN3/HDAC complexes (named SIN3L and SIN3S) targeting different chromatin regions. Here we present the cryo-electron microscopy structures of the SIN3L and SIN3S complexes from Schizosaccharomyces pombe (S. pombe), revealing two distinct assembly modes. In the structure of SIN3L, each Sin3 isoform (Pst1 and Pst3) interacts with one histone deacetylase Clr6, and one WD40-containing protein Prw1, forming two lobes. These two lobes are bridged by two vertical coiled-coil domains from Sds3/Dep1 and Rxt2/Png2, respectively. In the structure of SIN3S, there is only one lobe organized by another Sin3 isoform Pst2; each of the Cph1 and Cph2 binds to an Eaf3 molecule, providing two modules for histone recognition and binding. Notably, the Pst1 Lobe in SIN3L and the Pst2 Lobe in SIN3S adopt similar conformation with their deacetylase active sites exposed to the space; however, the Pst3 Lobe in SIN3L is in a compact state with its active center buried inside and blocked. Our work reveals two classical organization mechanisms for the SIN3/HDAC complexes to achieve specific targeting and provides a framework for studying the histone deacetylase complexes.
履歴
登録2023年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35093.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35093.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 391.32 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 391.32 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 391.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.065061845 - 0.124308966
平均 (標準偏差)0.00014828116 (±0.0026157575)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 391.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35093_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35093_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The SIN3S complex

全体名称: The SIN3S complex
要素
  • 複合体: The SIN3S complex
    • タンパク質・ペプチド: Paired amphipathic helix protein pst1
    • タンパク質・ペプチド: Paired amphipathic helix protein pst3
    • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase clr6
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein dep1
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein rxt2
  • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein sds3
  • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein png2
  • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein rxt3
  • タンパク質・ペプチド: RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: POTASSIUM ION

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超分子 #1: The SIN3S complex

超分子名称: The SIN3S complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

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分子 #1: Paired amphipathic helix protein pst1

分子名称: Paired amphipathic helix protein pst1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 171.667125 KDa
配列文字列: MAKDWQDARL GQCHRLEDYS NVAINYTGPY LTPSGTMAYH PGNAPLFTQA PPHTNPQGPP PFPLFNSISP VYDPATGRLL YRNVNTQVS HTAIPNPANG YAAVYGGPPS QLPPPPQPQS HPNVTVISAS PARAIEQQPT ILSSTDSNIP RPGTVKSSAS P FVPNQNPS ...文字列:
MAKDWQDARL GQCHRLEDYS NVAINYTGPY LTPSGTMAYH PGNAPLFTQA PPHTNPQGPP PFPLFNSISP VYDPATGRLL YRNVNTQVS HTAIPNPANG YAAVYGGPPS QLPPPPQPQS HPNVTVISAS PARAIEQQPT ILSSTDSNIP RPGTVKSSAS P FVPNQNPS APPPPPQEYR QLNVTDALSY LDLVKLQFHQ EPEIYNEFLD IMKEFKSQAI ETPEVITRVS KLFAGYPNLI QG FNTFLPP GYSIEISSAD PGSLAGIHIT TPQGPLMIND LGKTTAPPPP HGSTTPLPAA ASYTSMNMKQ SSASHPVLQP PAP STLQFN PSPSPAAPSY PPVDASVKQA ADLDQAINFV NNVKNRFSHK PEAYNSFLDI LKSYQHDQRP IQLVYFQVSQ LFAE APDLL EEFKRFLPDV SVNAPAETQD KSTVVPQESA TATPKRSPSA TPTSALPPIG KFAPPTTAKA QPAPEKRRGE PAVQT RNHS KRTRTATSSV EETTPRAFNV PIAQNKNPSE LEFLEHARQY LANESKYNEF IKLLELYSQE VFDKNALVER CYVFFG SNE HLMNWLKDLV KYNPANPIPV PRPRVDLTQC KSCGPSYRLL PKIELLLPCS GRDDLCWTIL NDAWVSFPTL ASEDSGF IA HRKNQFEENL HKLEEERYEY DRHIGANMRF IELLQIHADK MLKMSEVEKA NWTLPSNLGG KSVSIYHKVI KKVYGKEH A QQIIENLQKN PSVTIPIVLE RLKKKDREWR SLQNHWNELW HDIEEKNFYR SLDHQGVSFK SVDKKSTTPK FLISELRNL AQQQKVELSE GKVTPSHQFL FSYKDPNIIT DIARLFGVFL IHGSTHSAED NEKMSNFLRS FLSLFFDVPY DSFIPYLPTH FNEEESDID SLSSSLIEKP RASSSPIHHA NNNGLRLLKD VLKKTYRGAR ENRSSVKEDY VSESTERTPD ASEIDEHISE H EENDDESS SVFSTGEVWV NCKFTDTDGS LLDDGTKLSD RSVYNLFGNM SLYCFFRLFH TLYSRLEEIK NLEQMAYSKQ HD VKSNPVA VELGLVRHPS ERLGFALPTA DTVYEQAIQL CERLMEGEID QNGFEDALRC LYGIHAFRLY TVEKLVTSII KQL HSVTTN RRLAQVFMYY EKDRVQRRTS PRQQIMYRIQ TETAFGPDEN LCCIDWNSQT RQSAIRLMGR EDLTMGTLKS DAEK WCYYI GSYIMSSPTE GILPEHVRIP FLRKCLPSDE GNEDDESSSV VKSANAIITS FLESGLALTI PINTVKIRYE NGTED VFAR NSEQVYNGPY DKIRDYRQSK WREWLNSDEG WTQGLSKDKV RRIKPCTIES LFNESTLRSG KAERFSENAG VESIGK KGK NLLNESGNGK KLDKGLPPKV NGKSSVTRGN KTNLKARNGR NNDDSSNKIN LSEKEKEKES IEDEEKNREG SMSPVAK HA SDVEDDHDVA KSTAPDFETS SHRPERSSEK KSPSPVFTSV KQTAENDADN EDDKTDMDDQ TEETLDADNT MEEEPSKD D L

UniProtKB: Paired amphipathic helix protein pst1

+
分子 #2: Paired amphipathic helix protein pst3

分子名称: Paired amphipathic helix protein pst3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 133.049766 KDa
配列文字列: MDVMNVPVDS ERDNPGDKVE TQSDKNHLPK ASPSQSQSPV NTSLHNGDGK DNGVATEPVE NKQILSERSV TRDDYEKGKT IVSSLALSS ISGKDGSISS QNAEGLSSSS NRPLDVNDAL SYLELVKYYF SERREIYNRF LEIMRDFKSQ ALDTLGVINR V SELFNGYP ...文字列:
MDVMNVPVDS ERDNPGDKVE TQSDKNHLPK ASPSQSQSPV NTSLHNGDGK DNGVATEPVE NKQILSERSV TRDDYEKGKT IVSSLALSS ISGKDGSISS QNAEGLSSSS NRPLDVNDAL SYLELVKYYF SERREIYNRF LEIMRDFKSQ ALDTLGVINR V SELFNGYP QLIEGFNTFL PSGYKIEVQL DSSNTSVVRV GTPMHPLPQQ GVQSTLPVAP SNEDQRTMES TSPTDSQPQP SA PNLVSST ENEKPRVDFN YAIAYMNKVK ARYPPNSDTY MEFLGVLRTY QKAQKSIFEV RARVAEIFKD SPDLLEEFKL FLP DNVDST EPSTPNVQKS PNRLPPVGNF SLPPSAPVRE KRNRPAHSAQ ISRSISKTSR MYRQTAEEPL NSYSLHVYPQ KITA PTSPY AATQEELLAF TTIRQHLPDT LAFHKFLELL HLYREKLLDK TELLNSFSKL VRNDNLTLWF SEFIRWSDNP ILVKN EPVD ERVYLPETFE CISLTYRKLP DSWKQDKCSG RDDLDNSVLN DDYISVAPKP SHVKNIMHHE NQYLQALQLV EDERYD YDR VLNTTESAIK ILANFCEPTI HEHLETALQE LERSKRIIKN ALIIVYGKEH ANLALDTLFK KLPTAAPVLL KRIKTKD QE WRRSKREWSK IWRQIEKKNA QAAFDDRYCR IEGRDRRGLS YSRILRDIDD IYQRQKHRID GAKLGFQFTQ VLCDSLIF L NILRLSDAQL TNSSFYSYAD KGRISAVLKA LLSQFFGIPL PREALETNLA SENIESVKKH RDGLSKIFIR PESADNSNN TNVSFQTDET QTEDETMSDI HPDDVENHSK SKFLGEESKN IIGYNFFGNA TMYVLFRLIC VCYSRLEHIK LFVESSTIYA SSTGGYENI LNICEKYLKG SCSRLEFRKY LQKFNNETCY MICSIERLLK VIFYRIHEIL LDPKLGQLLL LFESDGANSV T TPREQMVY RNHVESILAP ESKIFNMRWY PLEKRLCIQQ LLPADLTMHD FENPAKAFMY YVDSYAISHI TEGVDLMQVK MP FLRRSLQ RISQQGYLAG RGSGRLHSLF NEHFCKSNLQ LFFSTDTYVI FFEPNTENVY INSYNLWVDQ SSQSKKQNRT TNW RRWLES DEGWRKSKAN TDIKFFSETT LDQCIEAM

UniProtKB: Paired amphipathic helix protein pst3

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分子 #3: Histone deacetylase clr6

分子名称: Histone deacetylase clr6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone deacetylase
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 46.165844 KDa
配列文字列: MGFGKKKVSY FYDEDVGNYH YGPQHPMKPH RVRMVHNLVV NYNLYEKLNV ITPVRATRND MTRCHTDEYI EFLWRVTPDT MEKFQPHQL KFNVGDDCPV FDGLYEFCSI SAGGSIGAAQ ELNSGNAEIA INWAGGLHHA KKREASGFCY VNDIALAALE L LKYHQRVL ...文字列:
MGFGKKKVSY FYDEDVGNYH YGPQHPMKPH RVRMVHNLVV NYNLYEKLNV ITPVRATRND MTRCHTDEYI EFLWRVTPDT MEKFQPHQL KFNVGDDCPV FDGLYEFCSI SAGGSIGAAQ ELNSGNAEIA INWAGGLHHA KKREASGFCY VNDIALAALE L LKYHQRVL YIDIDVHHGD GVEEFFYTTD RVMTCSFHKF GEYFPGTGHI KDTGIGTGKN YAVNVPLRDG IDDESYESVF KP VISHIMQ WFRPEAVILQ CGTDSLAGDR LGCFNLSMKG HSMCVDFVKS FNLPMICVGG GGYTVRNVAR VWTYETGLLA GEE LDENLP YNDYLQYYGP DYKLNVLSNN MENHNTRQYL DSITSEIIEN LRNLSFAPSV QMHKTPGDFT FENAEKQNIA KEEI MDERV

UniProtKB: Histone deacetylase clr6

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分子 #4: Transcriptional regulatory protein dep1

分子名称: Transcriptional regulatory protein dep1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 55.701512 KDa
配列文字列: MTENLQSESI PHEILPKEPF DLPMNNLKSS PKNKDSEKRI NNSIAESEQV VDSALSNPET NANEDIIAPQ LPSQNSEIIE KNSPVNKLN SSTSLTTHQL ASLPKLEVTD HDNVSEAETV VLNEDEEKET SLVGSVSVTE DLGDSSAIGR TILVNNSVEP Q MENTANIT ...文字列:
MTENLQSESI PHEILPKEPF DLPMNNLKSS PKNKDSEKRI NNSIAESEQV VDSALSNPET NANEDIIAPQ LPSQNSEIIE KNSPVNKLN SSTSLTTHQL ASLPKLEVTD HDNVSEAETV VLNEDEEKET SLVGSVSVTE DLGDSSAIGR TILVNNSVEP Q MENTANIT IVSPSLKESD FESEEKATND NNGLIETNHN SKLEESSEHE EEEDEESNIE RTEDSDHQIP QRGGTLEAPR KG GPRSGVG SRKRKRATVS RKWSTNSESK IKRVALETSQ EESDREIADR RSASEQAHEA DDEKAIKRKE AFDALLNIET EFT FLRNRL YGKKLLKLNE HEEMIQNETH ERFNACIDLI TERRDDRVRL ATENLMKQLG NIKNVMDYVT KQRKYQLLFD KRRI RQALL TKIATKCFQL LNKQKSVHDP TYITQKTMSY RQSALLQKQR IEYEAAVLCE LNSFAGFPTA PIIETASFDD IRNDL LEMG CLSENQD

UniProtKB: Transcriptional regulatory protein dep1

+
分子 #5: Transcriptional regulatory protein rxt2

分子名称: Transcriptional regulatory protein rxt2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 27.42926 KDa
配列文字列: MKQFEEQIER FKQALFED(SEP)D A(SEP)D(SEP)DS(SEP)IGE ALTNRGLKRK KGSKNVYYGC VGNSSGSSID IDYY NIGNT KRGVVSHFRR RIDPEWLDHD NPYNDINIAE IMSPLTKPQD LLTHPAISSI FEQNYLSILA SSALEIISAE HKYTA HLEQ ...文字列:
MKQFEEQIER FKQALFED(SEP)D A(SEP)D(SEP)DS(SEP)IGE ALTNRGLKRK KGSKNVYYGC VGNSSGSSID IDYY NIGNT KRGVVSHFRR RIDPEWLDHD NPYNDINIAE IMSPLTKPQD LLTHPAISSI FEQNYLSILA SSALEIISAE HKYTA HLEQ LMVALLGDDP SLPGPPHEVF GISPEQCREL TITVQEALEK SKEFIRCWTN VRMDLLRAIR FKNKVIAYCQ GEDYNG NTQ VLSKNESDGK PNS

UniProtKB: Transcriptional regulatory protein rxt2

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分子 #6: Transcriptional regulatory protein sds3

分子名称: Transcriptional regulatory protein sds3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 30.800586 KDa
配列文字列: MDVLSRVFDN EKEELDPLLN NPLTASEFRA KKAELEAELE SIRNGTCKTL LDLADELRRS RDEELEIAER WRTFLVNRAQ EEYEVEMKA AKEEYEYRCK TLKEMVLSHL NEKKRKIYEA KDMFDIGSES STLLLHDASS QFIDRRKLRH RRNAGNQQNT Q QLPSLNFF ...文字列:
MDVLSRVFDN EKEELDPLLN NPLTASEFRA KKAELEAELE SIRNGTCKTL LDLADELRRS RDEELEIAER WRTFLVNRAQ EEYEVEMKA AKEEYEYRCK TLKEMVLSHL NEKKRKIYEA KDMFDIGSES STLLLHDASS QFIDRRKLRH RRNAGNQQNT Q QLPSLNFF DDYLLFPTDE TAVIPQSVKN AVRNSVNSVK PTSAEASLFS PLLSMANANP TNGRERDPRA SERAERDREK AV EKGLSGA TEEDIQSDLQ LLKKELAKKK

UniProtKB: Transcriptional regulatory protein sds3

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分子 #7: Chromatin modification-related protein png2

分子名称: Chromatin modification-related protein png2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 34.925855 KDa
配列文字列: MGTSGIEIFA ALNDFTDAIV SVPESVCGKF TSLKEIDAQV RDIRQNVIQE IGVVLKNEKN DELSGEERCE RLQKTLKEIL PYSDSKICL ATDAMNNIKS CIDRLDAGFE YVELEIPQQL RLGYPDDRAL MNYHSTVTPQ TSERRRETRR HQNNQHSQQY S SQERSSSY ...文字列:
MGTSGIEIFA ALNDFTDAIV SVPESVCGKF TSLKEIDAQV RDIRQNVIQE IGVVLKNEKN DELSGEERCE RLQKTLKEIL PYSDSKICL ATDAMNNIKS CIDRLDAGFE YVELEIPQQL RLGYPDDRAL MNYHSTVTPQ TSERRRETRR HQNNQHSQQY S SQERSSSY NNFEDASSPQ SSYHTPTKRR KNAVPRKSSS PPLSSTKHAP QSTERRPVRR SESRLKQTNG EPLVKHDTLD SS DISREGE QLYCYCQQVS YGQMIGCDNE NCKREWFHLP CVGLVEPPKG IWYCKECEEL AKSSESRQ

UniProtKB: Chromatin modification-related protein png2

+
分子 #8: Transcriptional regulatory protein rxt3

分子名称: Transcriptional regulatory protein rxt3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 39.464164 KDa
配列文字列: MEEKTPENEQ SKKTFDPKDS MKIEETSTNG SSQPSQPSNI KLSIGSILES SNDNGDPEYS ENGMGNMNMN TLPMATSTPM SYTKQPSEA KYPNSVWERK GVSDQEENTS SVKRQKTLPT QSSGEEEAKY SHPGAPTATS ADSISMESRP SNLSTSLSKT T SYPQFQVR ...文字列:
MEEKTPENEQ SKKTFDPKDS MKIEETSTNG SSQPSQPSNI KLSIGSILES SNDNGDPEYS ENGMGNMNMN TLPMATSTPM SYTKQPSEA KYPNSVWERK GVSDQEENTS SVKRQKTLPT QSSGEEEAKY SHPGAPTATS ADSISMESRP SNLSTSLSKT T SYPQFQVR QFVSPIISID NSALEPFLNR YPASESLFPV TEYEYTPWLE FPLLYSSIGK FVRVTIDIKW LNAAINPRLC RR EIWGTDV YTDDSDIATI LAHCGCFSLL KPVRKIAVVD LYILPPLVHY KGTRKNQIES RSWSSRQDGI SLKIKEVTWK PAC ASIFEN SIHTLTLEER LQARLELSRS STFKI

UniProtKB: Transcriptional regulatory protein rxt3

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分子 #9: RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1

分子名称: RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 48.528926 KDa
配列文字列: MAVSAVPHPS KQAQASEEGI NQEKCINEEY KIWKKNSPFL YDLIITRALE WPCMSLQWYP EQQIFAEHGY TEQKMFLGVR ADVGKYLLA VASIQLPYLN QTVPPTTMEG ASAGDESSLR VNISNLYSHP ESVCSAKLMP QDDSCVATVG NYHNDVLVFD K ESFESYSS ...文字列:
MAVSAVPHPS KQAQASEEGI NQEKCINEEY KIWKKNSPFL YDLIITRALE WPCMSLQWYP EQQIFAEHGY TEQKMFLGVR ADVGKYLLA VASIQLPYLN QTVPPTTMEG ASAGDESSLR VNISNLYSHP ESVCSAKLMP QDDSCVATVG NYHNDVLVFD K ESFESYSS ASESPLKPKY RLTKHTQPCT SVCWNFLSKG TLVSGSQDAT LSCWDLNAYN ESDSASVLKV HISSHEKQVS DV RFHYKHQ DLLASVSYDQ YLHVHDIRRP DASTKPARSV HAHSGPIHSV AFNPHNDFIL ATCSTDKTIA LWDLRNLNQR LHT LEGHED IVTKISFSPH EEPILASTSA DRRTLVWDLS RIGEDQPAEE AQDGPPELLF MHGGHTSCTI DMDWCPNYNW TMAT AAEDN ILQIWTPSRS IWGNEQLEED ATAYLS

UniProtKB: RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1

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分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #11: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 389222
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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