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万見
- EMDB-35010: Human Consensus Olfactory Receptor OR52c in Complex with Octanoic... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35010
タイトルHuman Consensus Olfactory Receptor OR52c in Complex with Octanoic Acid (OCA) and G Protein
マップデータThis is a map of Human consensus olfactory receptor OR52c in complex with octanoic acid and G protein. It is a merged map of receptor-focused and G protein-focused local refinement maps.
試料
  • 複合体: Complex of Consensus Olfactory receptor OR52c in complex with Octanoic acid, G protein and Nanobody 35 (Nb35)
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 35
    • タンパク質・ペプチド: Consensus Olfactory Receptor OR52c
  • リガンド: OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID)
キーワードOlfactory Receptor / G Protein / MEMBRANE PROTEIN / GPCR / Olfactory GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA activation in glucagon signalling / developmental growth / hair follicle placode formation / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / activation of adenylate cyclase activity / Hedgehog 'off' state / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway ...PKA activation in glucagon signalling / developmental growth / hair follicle placode formation / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / activation of adenylate cyclase activity / Hedgehog 'off' state / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / cellular response to glucagon stimulus / regulation of insulin secretion / adenylate cyclase activator activity / trans-Golgi network membrane / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / bone development / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / platelet aggregation / Olfactory Signaling Pathway / cognition / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / sensory perception of smell / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / positive regulation of cold-induced thermogenesis / retina development in camera-type eye / G protein activity / GTPase binding / Ca2+ pathway / fibroblast proliferation / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / GTP binding / signal transduction / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily ...G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Choi CW / Bae J / Choi H-J / Kim J
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
Samsung Science and Technology FoundationSSTF-BA1901-09 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Understanding the molecular mechanisms of odorant binding and activation of the human OR52 family.
著者: Chulwon Choi / Jungnam Bae / Seonghan Kim / Seho Lee / Hyunook Kang / Jinuk Kim / Injin Bang / Kiheon Kim / Won-Ki Huh / Chaok Seok / Hahnbeom Park / Wonpil Im / Hee-Jung Choi /
要旨: Structural and mechanistic studies on human odorant receptors (ORs), key in olfactory signaling, are challenging because of their low surface expression in heterologous cells. The recent structure of ...Structural and mechanistic studies on human odorant receptors (ORs), key in olfactory signaling, are challenging because of their low surface expression in heterologous cells. The recent structure of OR51E2 bound to propionate provided molecular insight into odorant recognition, but the lack of an inactive OR structure limited understanding of the activation mechanism of ORs upon odorant binding. Here, we determined the cryo-electron microscopy structures of consensus OR52 (OR52), a representative of the OR52 family, in the ligand-free (apo) and octanoate-bound states. The apo structure of OR52 reveals a large opening between transmembrane helices (TMs) 5 and 6. A comparison between the apo and active structures of OR52 demonstrates the inward and outward movements of the extracellular and intracellular segments of TM6, respectively. These results, combined with molecular dynamics simulations and signaling assays, shed light on the molecular mechanisms of odorant binding and activation of the OR52 family.
履歴
登録2022年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月20日-
マップ公開2023年12月20日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35010.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35010.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map of Human consensus olfactory receptor OR52c in complex with octanoic acid and G protein. It is a merged map of receptor-focused and G protein-focused local refinement maps.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340.4 Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340.4 Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.851 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-2.7104404 - 5.018383
平均 (標準偏差)0.024314273 (±0.079772666)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 340.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: This is a map of Human consensus olfactory...

ファイルemd_35010_additional_1.map
注釈This is a map of Human consensus olfactory receptor OR52c in complex with octanoic acid and G protein. It is a receptor-focused local refinement sharp map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: This is a map of Human consensus olfactory...

ファイルemd_35010_additional_2.map
注釈This is a map of Human consensus olfactory receptor OR52c in complex with octanoic acid and G protein. It is a receptor-focused local refinement sharp map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: This is a map of Human consensus olfactory...

ファイルemd_35010_half_map_1.map
注釈This is a map of Human consensus olfactory receptor OR52c in complex with octanoic acid and G protein. It is a half B map of NU-refinement map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: This is a map of Human consensus olfactory...

ファイルemd_35010_half_map_2.map
注釈This is a map of Human consensus olfactory receptor OR52c in complex with octanoic acid and G protein. It is a half A map of NU-refinement map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Consensus Olfactory receptor OR52c in complex with Oct...

全体名称: Complex of Consensus Olfactory receptor OR52c in complex with Octanoic acid, G protein and Nanobody 35 (Nb35)
要素
  • 複合体: Complex of Consensus Olfactory receptor OR52c in complex with Octanoic acid, G protein and Nanobody 35 (Nb35)
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 35
    • タンパク質・ペプチド: Consensus Olfactory Receptor OR52c
  • リガンド: OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID)

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超分子 #1: Complex of Consensus Olfactory receptor OR52c in complex with Oct...

超分子名称: Complex of Consensus Olfactory receptor OR52c in complex with Octanoic acid, G protein and Nanobody 35 (Nb35)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 140 KDa

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.891809 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHLEVL FQGPGSLGNS KTEDQRNEEK AQREANKKIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG AGESGKSTIV KQMRILHVNG FNGDSEKAT KVQDIKNNLK EAIETIVAAM SNLVPPVELA NPENQFRVDY ILSVMNVPDF DFPPEFYEHA KALWEDEGVR A CYERSNEY ...文字列:
HHHHHHLEVL FQGPGSLGNS KTEDQRNEEK AQREANKKIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG AGESGKSTIV KQMRILHVNG FNGDSEKAT KVQDIKNNLK EAIETIVAAM SNLVPPVELA NPENQFRVDY ILSVMNVPDF DFPPEFYEHA KALWEDEGVR A CYERSNEY QLIDCAQYFL DKIDVIKQAD YVPSDQDLLR CRVLTSGIFE TKFQVDKVNF HMFDVGGQRD ERRKWIQCFN DV TAIIFVV ASSSYNMVIR EDNQTNRLQE ALNLFKSIWN NRWLRTISVI LFLNKQDLLA EKVLAGKSKI EDYFPEFARY TTP EDATPE PGEDPRVTRA KYFIRDEFLR ISTASGDGRH YCYPHFTCAV DTENIRRVFN DCRDIIQRMH LRQYELL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.286891 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHLEVL FQGPGSSGSE LDQLRQEAEQ LKNQIRDARK ACADATLSQI TNNIDPVGRI QMRTRRTLRG HLAKIYAMHW GTDSRLLVS ASQDGKLIIW DSYTTNKVHA IPLRSSWVMT CAYAPSGNYV ACGGLDNICS IYNLKTREGN VRVSRELAGH T GYLSCCRF ...文字列:
HHHHHHLEVL FQGPGSSGSE LDQLRQEAEQ LKNQIRDARK ACADATLSQI TNNIDPVGRI QMRTRRTLRG HLAKIYAMHW GTDSRLLVS ASQDGKLIIW DSYTTNKVHA IPLRSSWVMT CAYAPSGNYV ACGGLDNICS IYNLKTREGN VRVSRELAGH T GYLSCCRF LDDNQIVTSS GDTTCALWDI ETGQQTTTFT GHTGDVMSLS LAPDTRLFVS GACDASAKLW DVREGMCRQT FT GHESDIN AICFFPNGNA FATGSDDATC RLFDLRADQE LMTYSHDNII CGITSVSFSK SGRLLLAGYD DFNCNVWDAL KAD RAGVLA GHDNRVSCLG VTDDGMAVAT GSWDSFLKIW N

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Nanobody 35

分子名称: Nanobody 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 15.140742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSSH HHHHHEPEA

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分子 #5: Consensus Olfactory Receptor OR52c

分子名称: Consensus Olfactory Receptor OR52c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.49775 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDAID MPTSNHTSFH PSSFLLVGIP GLESVHIWIS IPFCAMYLIA LLGNSTLLFV IKTERSLHEP MYYFLAMLAA TDLVLSTST IPKMLAIFWF NLKEISFDAC LTQMFFIHSF TGMESGVLLA MAFDRYVAIC YPLRYTTILT NKVIGKIGMA V VLRAVLLV ...文字列:
DYKDDDDAID MPTSNHTSFH PSSFLLVGIP GLESVHIWIS IPFCAMYLIA LLGNSTLLFV IKTERSLHEP MYYFLAMLAA TDLVLSTST IPKMLAIFWF NLKEISFDAC LTQMFFIHSF TGMESGVLLA MAFDRYVAIC YPLRYTTILT NKVIGKIGMA V VLRAVLLV IPFPFLLKRL PFCGTNIIPH TYCEHMGVAK LACADIKVNI IYGLFVALLI VGLDVILIAL SYVLILRAVF RL PSQDARL KALSTCGSHI CVILAFYTPA FFSFLTHRFG HHIPPYIHIL LANLYLLVPP MLNPIIYGVK TKQIRERVLK IFF KKK

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分子 #6: OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID)

分子名称: OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: OCA
分子量理論値: 144.211 Da
Chemical component information

ChemComp-OCA:
OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMNH2C(CH2OH)3Tris(hydroxymethyl)aminomethane
100.0 mMNaClSodium Chloride
0.005 %C47H88O22Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
0.0005 %C31H50O4Cholesteryl hemisuccinate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 11 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time 3 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial 3D model was generated with Ab-initio Reconstruction tool in cryoSPARC software.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 126896
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8hti:
Human Consensus Olfactory Receptor OR52c in Complex with Octanoic Acid (OCA) and G Protein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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