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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34968 | |||||||||||||||
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タイトル | Straight fiber of DT57C bacteriophage in the full state | |||||||||||||||
マップデータ | Map of the straight fiber of DT57C | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Straight fiber / T5 / VIRUS / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | Central straight fiber 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia phage DT57C (ファージ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Ayala R / Moiseenko AV / Chen TH / Kulikov EE / Golomidova AK / Orekhov PS / Street MA / Sokolova OS / Letarov AV / Wolf M | |||||||||||||||
資金援助 | ロシア, 日本, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Nearly complete structure of bacteriophage DT57C reveals architecture of head-to-tail interface and lateral tail fibers. 著者: Rafael Ayala / Andrey V Moiseenko / Ting-Hua Chen / Eugene E Kulikov / Alla K Golomidova / Philipp S Orekhov / Maya A Street / Olga S Sokolova / Andrey V Letarov / Matthias Wolf / 要旨: The T5 family of viruses are tailed bacteriophages characterized by a long non-contractile tail. The bacteriophage DT57C is closely related to the paradigmal T5 phage, though it recognizes a ...The T5 family of viruses are tailed bacteriophages characterized by a long non-contractile tail. The bacteriophage DT57C is closely related to the paradigmal T5 phage, though it recognizes a different receptor (BtuB) and features highly divergent lateral tail fibers (LTF). Considerable portions of T5-like phages remain structurally uncharacterized. Here, we present the structure of DT57C determined by cryo-EM, and an atomic model of the virus, which was further explored using all-atom molecular dynamics simulations. The structure revealed a unique way of LTF attachment assisted by a dodecameric collar protein LtfC, and an unusual composition of the phage neck constructed of three protein rings. The tape measure protein (TMP) is organized within the tail tube in a three-stranded parallel α-helical coiled coil which makes direct contact with the genomic DNA. The presence of the C-terminal fragment of the TMP that remains within the tail tip suggests that the tail tip complex returns to its original state after DNA ejection. Our results provide a complete atomic structure of a T5-like phage, provide insights into the process of DNA ejection as well as a structural basis for the design of engineered phages and future mechanistic studies. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34968.map.gz | 230.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34968-v30.xml emd-34968.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34968_fsc.xml | 13.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34968.png | 42.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34968.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_34968_additional_1.map.gz emd_34968_half_map_1.map.gz emd_34968_half_map_2.map.gz | 120.2 MB 226.6 MB 226.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34968 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34968 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34968_validation.pdf.gz | 851.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34968_full_validation.pdf.gz | 850.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34968_validation.xml.gz | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34968_validation.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34968 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34968 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34968.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of the straight fiber of DT57C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Map of the straight fiber of DT57C without sharpening
ファイル | emd_34968_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Map of the straight fiber of DT57C without sharpening | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_34968_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_34968_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia phage DT57C
全体 | 名称: Escherichia phage DT57C (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Escherichia phage DT57C
超分子 | 名称: Escherichia phage DT57C / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2681606 / 生物種: Escherichia phage DT57C / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Central straight fiber
分子 | 名称: Central straight fiber / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage DT57C (ファージ) |
分子量 | 理論値: 74.793328 KDa |
配列 | 文字列: MISNNAPAKM VLNSIMTGYT LAYVQHSIYT DYDVIGRSFW LKVEESIDRR DYTGVDTFFV MINNLTPSTS YEIQGAFYDS IIDSELLEA KIGINLSNET NFRTKEKPII VAARSESEPV DVGVGAPIVV VETTGEASYC TIELKSTASE DSEWVKYYIG A LGPTIKFG ...文字列: MISNNAPAKM VLNSIMTGYT LAYVQHSIYT DYDVIGRSFW LKVEESIDRR DYTGVDTFFV MINNLTPSTS YEIQGAFYDS IIDSELLEA KIGINLSNET NFRTKEKPII VAARSESEPV DVGVGAPIVV VETTGEASYC TIELKSTASE DSEWVKYYIG A LGPTIKFG GVPVGDYKIR ISGQVTMPDG VTVDSSGYYE YPSVFTVAYN FVPPTAPTNI AFKAARIADG KERYDARIEW DW ERGAGAN VREFLVTYIN SEEYARTGWA KAQKINVGAA RAATIISFPW KVEHTFKVSS IAWGPNRQDI TESAPATFIL NED TPLDNS FVNETGIDVN YAFIKGSMKE GEIWKQTFLI DAATGAINIG LLDEEGKAPI SFDPINRVVN VDGKVITRDI NAAN FIMTN LSGEDNPAIY TQGKSWGDNN SGIWMGMDNT SAKAKLDIGN ATQWIRYDGD VLRISSGVVI GTPNGDVDLG TGMQG KQTV FVYKLATSLP AKPLEQDYPP PGWSKTPPNR TDMTQNIYAT TGTLDPVTNR LLEGTSWSDV VQWSGTEGTI GHDGQR GPG MYSVGIAGLG GWDDGQANSF FTSNFSSAPV KYDVLTEYKS DAPGTAFTRQ WNGSGWVNPA MVLHGNMIVN GTITADK IV AGNAFLSQIG VNTIYDRAAA LSGNPEAQYK MKIDLVNGYI HIR UniProtKB: Central straight fiber |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 67.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |