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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34955 | |||||||||||||||
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タイトル | Baseplate of DT57C bacteriophage in the full state | |||||||||||||||
マップデータ | Composite map for the baseplate | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Baseplate / T5 / VIRUS / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia phage DT57C (ファージ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Ayala R / Moiseenko AV / Chen TH / Kulikov EE / Golomidova AK / Orekhov PS / Street MA / Sokolova OS / Letarov AV / Wolf M | |||||||||||||||
資金援助 | ロシア, 日本, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Nearly complete structure of bacteriophage DT57C reveals architecture of head-to-tail interface and lateral tail fibers. 著者: Rafael Ayala / Andrey V Moiseenko / Ting-Hua Chen / Eugene E Kulikov / Alla K Golomidova / Philipp S Orekhov / Maya A Street / Olga S Sokolova / Andrey V Letarov / Matthias Wolf / 要旨: The T5 family of viruses are tailed bacteriophages characterized by a long non-contractile tail. The bacteriophage DT57C is closely related to the paradigmal T5 phage, though it recognizes a ...The T5 family of viruses are tailed bacteriophages characterized by a long non-contractile tail. The bacteriophage DT57C is closely related to the paradigmal T5 phage, though it recognizes a different receptor (BtuB) and features highly divergent lateral tail fibers (LTF). Considerable portions of T5-like phages remain structurally uncharacterized. Here, we present the structure of DT57C determined by cryo-EM, and an atomic model of the virus, which was further explored using all-atom molecular dynamics simulations. The structure revealed a unique way of LTF attachment assisted by a dodecameric collar protein LtfC, and an unusual composition of the phage neck constructed of three protein rings. The tape measure protein (TMP) is organized within the tail tube in a three-stranded parallel α-helical coiled coil which makes direct contact with the genomic DNA. The presence of the C-terminal fragment of the TMP that remains within the tail tip suggests that the tail tip complex returns to its original state after DNA ejection. Our results provide a complete atomic structure of a T5-like phage, provide insights into the process of DNA ejection as well as a structural basis for the design of engineered phages and future mechanistic studies. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34955.map.gz | 221.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34955-v30.xml emd-34955.xml | 26.1 KB 26.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34955_fsc.xml | 18.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34955.png | 82.1 KB | ||
マスクデータ | emd_34955_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-34955.cif.gz | 8.5 KB | ||
その他 | emd_34955_half_map_1.map.gz emd_34955_half_map_2.map.gz | 221.4 MB 221.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34955 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34955 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34955.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map for the baseplate | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_34955_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_34955_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_34955_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia phage DT57C
全体 | 名称: Escherichia phage DT57C (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Escherichia phage DT57C
超分子 | 名称: Escherichia phage DT57C / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2681606 / 生物種: Escherichia phage DT57C / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Baseplate hub protein
分子 | 名称: Baseplate hub protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage DT57C (ファージ) |
分子量 | 理論値: 107.114055 KDa |
配列 | 文字列: MKQILDSARN YLKNNSRIKT ASLISLELPG STGTSTAFIY LTDYFRDVIY NGILYQAGKV KSISPHKQNR DLSIGSLSFT ITGTAQDEV LKLVQNGVSF LDRTVSIHQA IITEDGSILP VDPDTNGPLL YFRGRITGGG IKDNISTSGV GTSTITWNCS N QFYDFDRV ...文字列: MKQILDSARN YLKNNSRIKT ASLISLELPG STGTSTAFIY LTDYFRDVIY NGILYQAGKV KSISPHKQNR DLSIGSLSFT ITGTAQDEV LKLVQNGVSF LDRTVSIHQA IITEDGSILP VDPDTNGPLL YFRGRITGGG IKDNISTSGV GTSTITWNCS N QFYDFDRV NGRYTDDASH RGLEVVAGQL LPSNGAKRLE YQEDYGFFHA NKSISILAKY QVQEERYKLK SKKKLFGLSR SY SLKKYYE TVTKEVDIDF NLAAKYIPVV YGVQKIPGIP IFADTELHNP NIVYVVYAFA EGEIDGFLDF SFGDNPMICV DAN DSSART CFGTKKIVGD TMQRIASGIS SSSPSVHGQE YRYNDGNGDI RIWTYHGKSN QTASDVLVNI ARNRGFYLQN MNGN GPEYW DARYKLLDTA YAVVRFTINE NRTEIPEVSA EIQGKKVKVY HSDGRVTANS TSLNGIWQTL DYLTSDRYGA NITID QFPL QQLIQEAAIL DIIDESYQVS WQPYWRYVGW TNPLAENRQI VQMNTILDTS ESVFKNVQGL LESYGGAINN LSGQYR VTV EKYSNTPLEI NFLDTYGDLE LSDTTGRNKF NSVQASIVDP ALSWKTNSIT FYNSNYKEQD KNLDKKLQLS FANITNY YT ARSFADRELK KSRYSRTLSF SLPYQFIGIE PNDAIAFTYD RYGWDRKYFL VDEVENSREG KINVTLQEYG EDVFINSG Q VDNSGNDIPD ISNNVLPPRD FKYTPTPGGL VGSIGKNGEL SWLPSLTNNV VYYSIVHSGH AEPYIVQQLE TNPNERMIQ EIIGEPAGLA IFEIRAVDIN GRRSSPVTLS IELNSAKNLS VVSNFRVTNT ASGDVTEFVG PDVKLAWDRI PEEDIIESIF YTLEIHDPQ NRMLRSVRIE NQYTYDYLLT YNKADFALQN SDALGINRKL YFRIRAEGDD GEQSVEWASI UniProtKB: Baseplate hub protein |
-分子 #2: Distal tail protein
分子 | 名称: Distal tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage DT57C (ファージ) |
分子量 | 理論値: 22.666484 KDa |
配列 | 文字列: MRLPDPYTNP ELSGLGFESV NLIDNDPVIR DELPNGKVNE VKVSAQYWGI NISYPELFPD EYSVLDAFIL EYKRTGGYID VILPQYEAF RVRGNTNLVN IPAGQKGSNI TMDTQGVLTG IPKPGDLFKL SNHPKVYKIT SFNRSGNSWS INVYPDLFIT T TGAEKPVF ...文字列: MRLPDPYTNP ELSGLGFESV NLIDNDPVIR DELPNGKVNE VKVSAQYWGI NISYPELFPD EYSVLDAFIL EYKRTGGYID VILPQYEAF RVRGNTNLVN IPAGQKGSNI TMDTQGVLTG IPKPGDLFKL SNHPKVYKIT SFNRSGNSWS INVYPDLFIT T TGAEKPVF NGILFRTKLM NGDAFGSTLN NNGTYSGISL NLRESL UniProtKB: Distal tail protein |
-分子 #3: Minor tail protein
分子 | 名称: Minor tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage DT57C (ファージ) |
分子量 | 理論値: 34.513672 KDa |
配列 | 文字列: MYYSLMRESK VIVEYDGRAF HFDALSNYDV QTSYEEFKTL RRTIHRRTNY ADSVINAQTP SSISLAINFS NTLTEANFFE WLGFDRKGN TFLLPLYSNN IEPIMFNIYI VNKDNNCVYF ENCYVSTVDF SLDKNIPILN VGIESGKFSE VSTYREAASI I QGEAMSYS ...文字列: MYYSLMRESK VIVEYDGRAF HFDALSNYDV QTSYEEFKTL RRTIHRRTNY ADSVINAQTP SSISLAINFS NTLTEANFFE WLGFDRKGN TFLLPLYSNN IEPIMFNIYI VNKDNNCVYF ENCYVSTVDF SLDKNIPILN VGIESGKFSE VSTYREAASI I QGEAMSYS PVIVSTNGNI LPGLISASLS FQQQCSWRED KSVFDINKIY NNKRAYVNEM NASATISLYY LKRFAGDMVY NI EPETDVP LNIRNNNISI DFPLARISKR LNFSDVYKVE WDIIPTASSD PVRIDFFGEI KND UniProtKB: Minor tail protein |
-分子 #4: L-shaped tail fiber assembly
分子 | 名称: L-shaped tail fiber assembly / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage DT57C (ファージ) |
分子量 | 理論値: 15.384226 KDa |
配列 | 文字列: MSTENRVIDI VVDEKVPYGL IMQFMDVDDS VYPPSEIPVN LTGYSLRGTI KSSLDENAET LASFTTSIID AAQGAAAISL SVADVTNIG EKASKERDKY NPRQRFAGYY DILMTRDVIG SEVSSFRIME GKVYISDGVT Q UniProtKB: L-shaped tail fiber assembly |
-分子 #5: L-shaped tail fiber assembly
分子 | 名称: L-shaped tail fiber assembly / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage DT57C (ファージ) |
分子量 | 理論値: 113.712461 KDa |
配列 | 文字列: MALKTKIIVQ QILNIDDTTT TASKYPKYTV VLGNSISSIT AGELTAAVEA SAGSAAAAKG SEIAAKESEL NAKDSENEAA ISAGASEES ASQSAASAAE SERQAGLSKG SADNSAASAQ ESEGFRDSAE LAAQNAEQSR LLAEQAKTAA QQAQTAAEAA K TGAETAKD ...文字列: MALKTKIIVQ QILNIDDTTT TASKYPKYTV VLGNSISSIT AGELTAAVEA SAGSAAAAKG SEIAAKESEL NAKDSENEAA ISAGASEES ASQSAASAAE SERQAGLSKG SADNSAASAQ ESEGFRDSAE LAAQNAEQSR LLAEQAKTAA QQAQTAAEAA K TGAETAKD GADAAATTAG EHAAAARQSE LNAKISETNA AGSATEAGDK AIDATTEADR AKAEADRATQ IVDSKLDKVD IS GFIKVYK TKAEADADVV NRVLDEKVLV WNQTNSKYGW YKVAGTAETP VLELVETEQK LTSVNNVRAD DAGNVQITLP GGN PSLWLG EVTWFPYDKD SGVGYPGVLP ADGREVLRVD YPDTWEAIEA GLIPSVSEAE WQAGASLYFS TGDGSTTFRL PDMM QGQAF RAPTKGEEDA GVIKDQIPYV VTVNGISPDA ITGNVEIDTS LQGTVSINQG GTGATTKEDA RIALELYSTT EVDSA LADK ADIATTYTKT EVDSALADKA DIATTYTKVE VDSALADAKT QSDTDYLLKA NNLSDLADRA AAWLNVRPIG STPLAG DPV GDYDAVTKRW VENKINTGTV GPTMNGVMNY GVGDFHLRDS RAYIQPYEVV SDGQLLNRAD WPELWAYAQM LSPISDA DW LADPTKRGQY SLGDGSTTFR VPDRNGVQTG SISALFGRGD GGASSTGGTI LDSAAPNITG SFGRLVYAST GTIYEANT G TGAFSAVLSQ AKYKRLSEIS AADGTAATYP SGFEFFASNS SPVYGRGSTE VRPKAFTGVW VIRASGGFVA ANTSWSVIN GDATRPADGT TADGGEIISR YNVNGVREAQ MSWRIRAQIG AEHYARLNVY NATANRTAVY DFNDLGTFSA ENLHSKGAIY SDGNLTIQN QGWPGINFKS NRYNTPATQI GGSTIIEVSG TDGNVSGVNL IRRRGDGNQA GQIIVSFPTT GGAIALQGTS G IEYKKDVT DADAQEAMDR INGQRLVNFV YKDDEQERVR FGVIAEEAEL IAPQYIKHNQ VSYEDILDEE GNKIGEKTRD RP SVDVNPI VMDLMGCVQA LNAKIAALEA RIAELESKE UniProtKB: L-shaped tail fiber assembly |
-分子 #6: Tape measure protein
分子 | 名称: Tape measure protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage DT57C (ファージ) |
分子量 | 理論値: 132.626406 KDa |
配列 | 文字列: MTDKLIRELL IDVKQKGATR TAKSIENVSD ALENAAAASE LTNEQLGKMP KTLYSIERAA DRAAKSLTKM QASRGMAGIT KSIDSIGAK LDDLSIAMIE VADKLEAGFD GVSRSVKVMG NDVAAATEKV QDRLYDTNRV LGGTARGFND TAGAAGRASR A IGNTSGSA ...文字列: MTDKLIRELL IDVKQKGATR TAKSIENVSD ALENAAAASE LTNEQLGKMP KTLYSIERAA DRAAKSLTKM QASRGMAGIT KSIDSIGAK LDDLSIAMIE VADKLEAGFD GVSRSVKVMG NDVAAATEKV QDRLYDTNRV LGGTARGFND TAGAAGRASR A IGNTSGSA RGATRDFAAM AKVGGGLPLL YAAIASNIFV LQSAFEQLKL GDQLNRLEEF GVIVGTQTGT PVQSLARSLQ EA AGYAISF EEAMRQASSA SAYGFDAEQL NKFGLVARRA AAVLGVDMTD ALNRVIKGVS KQEIELLDEL GVTIRLNDAY ADY VKQLNA ANTGITYNIN SLTTFQKQQA YANAVIAEST KRFGYLDEVL RATPWEQFAA NADAALRTIQ QAAAKYLGPV IDAI NTVFY TSQASISAEA ARAQEQTNKQ IDPTNVGAVA LSLSASEEGY NKALDMYKES LDKRNKLKSE FDKRMEQADF YTKLA IRQV GEGIPAGLAT AGASEANKKF VEETAAMGLQ VARLDKEVTD STENLNAWKS AYQAAGAAAA KANPEFQKQI NLQRDT TDP GAVYDFNSTV LKGLTEQQKA YNQTKKTASD LANDIQNVAQ NTDTAAKTSA TLADAIKNIE SLSLGTGKSA DEYVKNL NL GYNTLSEMKT ASQALSEYVK LTGNETKNQL AVQQKIADVY NQTKDKEKAQ EAGRRLELQQ LEEQEAALRR VLQTNQGN K AVEREIEKIQ LEKIKLTNQG MEAQKKVKDY TDKILGVDRE IALLNNRTMT DTQYRLAQLN LELTIEKEKY EWYTKQADK QKEAEQSRRA QAQIEREIWK FHQDQQAEMT SKRQEAFENT LTSMFPLAGE MQKMEMQLDF YTQMKELTKD NANEQMRWNA EIAKTRAQM SALTAQRNAQ MQSSVGSSLG AVYTPTTGLS GEDKKFADMG NQLASYDQAI SKLSELNSEA TAVAQSMGNL A NAMIQFSQ GSLDTTSTIA VGMQTVASMI QYSTSQQVSA IDQAIAAEQK RDGKSEASKA KLKKLEAEKL KIQQDAAKKQ II IQTAVAV MQAATAVPYP FSIPLMIAAG LAGALALAQA SSASGMSSIG DSGADTASYL TLGERQKNID VSMSANAGEL SYV RGDKGI GNANSFVPRA EGGNMYPGVS YQMGEHGTEV VTPMVPMKAT PNDELKNSSN STAGRPIILN ISAMDAASFR EFAS SNSGA LRDAVELALN ENGASLKTLG NS UniProtKB: Tape measure protein |
-分子 #7: Tail tube protein
分子 | 名称: Tail tube protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage DT57C (ファージ) |
分子量 | 理論値: 50.759051 KDa |
配列 | 文字列: MSLQLLRNTR IFVSTVKTGH DTTNTQEILV QDDISWGQDS NSTDITVNEA GPRPTRGSKR FNDSLNAAEW SFSTYILPYE DTTTGKQIV PDYMLWHALS SGKAIDLDGD TGAHNNATNF MVNFKDNAYH ELAMLHIYIL TDNAWSYIDS CQINQAEVNV D IEDIGRVT ...文字列: MSLQLLRNTR IFVSTVKTGH DTTNTQEILV QDDISWGQDS NSTDITVNEA GPRPTRGSKR FNDSLNAAEW SFSTYILPYE DTTTGKQIV PDYMLWHALS SGKAIDLDGD TGAHNNATNF MVNFKDNAYH ELAMLHIYIL TDNAWSYIDS CQINQAEVNV D IEDIGRVT WSGNGNQLIP LDEQPFDPDA LGIDDETYMT IQSSYIKNKL TILKIKDMDS DKEYDIPITG GTFTINNNIT YL TPNIMSR VNIPIGSFTG AFELTGSLTA YLNDKSLGSM ELYKDLVRTL KVVNRFEIAL ILGGEYDDER PAAVLVAKQA HVN IPTIET DDVLGTSVEF KAIPTDLDTG DEGYLGFSNK YTKTTVANLI ATGDGAETPP ILVESITVKS AADATSVTNS DTLQ MSVEV TPPEATNTAV TWSISSGDAA TIDAESGLLT ADVSKTGEVI VKAVAKDGSG VEGTKTITVS AGE UniProtKB: Tail tube protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 67.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |