EMDB-34837: Cryo-EM map of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-34837

タイトル

Cryo-EM map of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome without glutaraldehyde crosslinking at 3.87 angstrom

マップデータ

試料

複合体: complex of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å

データ登録者

Huasong A / Zebin T / Man P / Lei L

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Chem / 年: 2023
タイトル: Synthetic E2-Ub-nucleosome conjugates for studying nucleosome ubiquitination.
著者: Ai HS / Tong Z / Deng Z / Tian J / Zhang L / Sun M / Du Y / Xu Z / Shi Q / Liang L / Zheng Q / Li JB / Pan M / Liu L

履歴

登録	2022年11月23日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年4月12日	-
マップ公開	2023年4月12日	-
更新	2023年4月12日	-
現状	2023年4月12日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_34837.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_34837.map.gz	4.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-34837-v30.xml emd-34837.xml	13.7 KB 13.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_34837.png	73.1 KB
その他	emd_34837_additional_1.map.gz emd_34837_half_map_1.map.gz emd_34837_half_map_2.map.gz	49.5 MB 49.6 MB 49.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34837 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34837	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_34837_validation.pdf.gz	760.5 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_34837_full_validation.pdf.gz	760.1 KB	表示
XML形式データ	emd_34837_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	emd_34837_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34837 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34837	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	34206C 34207C 34208C 34212C 34834C 8grmC 8grqC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_34837.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.07 Å/pix. x 256 pix. = 274.944 Å	1.07 Å/pix. x 256 pix. = 274.944 Å	1.07 Å/pix. x 256 pix. = 274.944 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.074 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.009
最小 - 最大	-0.0153946895 - 0.037161972
平均 (標準偏差)	0.00018160653 (±0.0016027635)

対称性

空間群: 1

詳細

-
追加マップ: #1

ファイル

emd_34837_additional_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_34837_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_34837_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : complex of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome

全体	名称: complex of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome
要素	複合体: complex of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome

-
超分子 #1: complex of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome

超分子	名称: complex of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 23775
初期角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
追加マップ: #1

-
ハーフマップ: #1

-
ハーフマップ: #2

-
試料の構成要素

-
全体 : complex of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome

-
超分子 #1: complex of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

画像のコントロールX

-添付データ

-追加マップ: #1

-ハーフマップ: #1

-ハーフマップ: #2

-試料の構成要素

-全体 : complex of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome

-超分子 #1: complex of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

-画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
追加マップ: #1

-
ハーフマップ: #1

-
ハーフマップ: #2

-
試料の構成要素

-
全体 : complex of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome

-
超分子 #1: complex of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)