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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34637 | |||||||||
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タイトル | cocktail of FMDV (A/TUR/14/98) in complex with M678F and M688F | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | FMDV / antibody / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス) / Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Li HZ / Dong H / Liu P | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural and in vivo studies of neutralizing antibody topographical classifications reveal mechanisms underlying differences in immunogenicity and antigenicity between 146S and 12S of ...タイトル: Structural and in vivo studies of neutralizing antibody topographical classifications reveal mechanisms underlying differences in immunogenicity and antigenicity between 146S and 12S of foot-and-mouth disease virus 著者: Li HZ / Dong H / Liu P | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34637.map.gz | 49.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34637-v30.xml emd-34637.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34637.png | 70.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34637.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_34637_half_map_1.map.gz emd_34637_half_map_2.map.gz | 75.6 MB 75.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34637 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34637 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34637.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34637_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34637_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : FMDV capsid protein in complex with M678F nab and M688F nab
全体 | 名称: FMDV capsid protein in complex with M678F nab and M688F nab |
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要素 |
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-超分子 #1: FMDV capsid protein in complex with M678F nab and M688F nab
超分子 | 名称: FMDV capsid protein in complex with M678F nab and M688F nab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス) |
-分子 #1: M678F nab
分子 | 名称: M678F nab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 12.753181 KDa |
組換発現 | 生物種: Yeast centromeric expression vector p416GPD (その他) |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCVYSGGAYS MGWYRQAPGK QRELVAAITD DGITNYRDTV KGRFTISRDN AKKAVYLQMN SLKPEDTAV YHCNTVRRVA TLSGSSSGSW GQGTQVTVSS |
-分子 #2: M688F nab
分子 | 名称: M688F nab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 13.861437 KDa |
組換発現 | 生物種: Yeast centromeric expression vector p416GPD (その他) |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQAGDSLRL SCVPSVRTSD NYIMGWFRQP PGKEREFVAA IRRSDGTTKY AASVKGRFAI SRDVAKNAAY LQMNSLKAE DTAVYYCAAK YQSTFYSTMD VQYDYWGQGT QVTVSS |
-分子 #3: VP1 of capsid protein
分子 | 名称: VP1 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 23.111094 KDa |
配列 | 文字列: TTSAGESADP VTTTVENYGG ETQVQRRHHT DVGFIMDRFV KINNTNPTHV IDLMQTHQHG LVGALLRAAT YYFSDLEIVV RHEGNLTWV PNGAPEAALS NAGNPTAYNK APFTRLALPY TAPHRVLATV YNGTSKYSTT GERTRGDLGA LAARVATQLP A SFNFGAIR ...文字列: TTSAGESADP VTTTVENYGG ETQVQRRHHT DVGFIMDRFV KINNTNPTHV IDLMQTHQHG LVGALLRAAT YYFSDLEIVV RHEGNLTWV PNGAPEAALS NAGNPTAYNK APFTRLALPY TAPHRVLATV YNGTSKYSTT GERTRGDLGA LAARVATQLP A SFNFGAIR ATDISELLVR MKRAELYCPR PLLAVEVTAQ DRHKQKIIAP AKQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #4: VP2 of capsid protein
分子 | 名称: VP2 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 24.575779 KDa |
配列 | 文字列: DKKTEETTLL EDRTLTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYSTGE DHVSGPNTSG LETRVTQAER FFKKHLFNWT TDKPFGHLEK LKLPTDHKG VYGHLVDSFA YMRNGWDVEV SAVGNQFNGG CLLVAMVPEW KKFTPREKYQ LTLFPHQFIS PRTNMTAHIT V PYLGVNRY ...文字列: DKKTEETTLL EDRTLTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYSTGE DHVSGPNTSG LETRVTQAER FFKKHLFNWT TDKPFGHLEK LKLPTDHKG VYGHLVDSFA YMRNGWDVEV SAVGNQFNGG CLLVAMVPEW KKFTPREKYQ LTLFPHQFIS PRTNMTAHIT V PYLGVNRY DQYKKHKPWT LVVMVVSPLT TSSIGATEIK VYANIAPTHV HVAGELPSKE UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #5: VP3 of capsid protein
分子 | 名称: VP3 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 24.284121 KDa |
配列 | 文字列: GIVPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVY NPPRTNYPGR FTNLLDVAEA CPTFLCFDDG KPYVVTREDE QRLLAKFDVS LAAKHMSNT YLSGIAQYYA QYSGTINLHF MFTGSTDSKA RYMVAYVPPG VETPPDTPER AAHCIHAEWD TGLNSKFTFS I PYVSAADY ...文字列: GIVPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVY NPPRTNYPGR FTNLLDVAEA CPTFLCFDDG KPYVVTREDE QRLLAKFDVS LAAKHMSNT YLSGIAQYYA QYSGTINLHF MFTGSTDSKA RYMVAYVPPG VETPPDTPER AAHCIHAEWD TGLNSKFTFS I PYVSAADY AYTASDVAET TNVQGWVCIY QITHGKAQND TLVVSVSAGK DFELRLPIDP RTQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #6: VP4 of capsid protein
分子 | 名称: VP4 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 8.778129 KDa |
配列 | 文字列: GAGQSSPATG SQNQSGNTGS IINNYYMQQY QNSMDTQLGD NAISGGSNEG STDTTSTHTT NTQNNDWFSK LASSAFSGLF GALLA UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34373 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |